明治天皇の情報 （めいじてんのう）
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明治天皇（めいじてんのう、1852年11月3日〈嘉永5年9月22日〉- 1912年〈明治45年 / 大正元年〉7月30日）は、日本の第122代天皇（在位: 1867年2月13日〈慶応3年1月9日〉- 1912年〈明治45年 / 大正元年〉7月30日）。諱は睦仁（むつひと）、御称号は祐宮（さちのみや、旧字体：祐󠄀宮）。お印は永（えい）。

今上天皇（第126代天皇・徳仁）の高祖父である。

倒幕および明治維新の象徴として近代日本の指導者と仰がれた。維新後、国力を伸長させた英明な天皇として「大帝」と称えられる。東京に皇居を置いた最初の天皇。在位中に皇族以外の摂政（二条斉敬）、太政大臣（三条実美）、左大臣（有栖川宮熾仁親王）、右大臣（岩倉具視）、征夷大将軍（徳川慶喜）が置かれた最後の天皇にして、内閣総理大臣（伊藤博文）が置かれた最初の天皇でもある。皇后と共に和歌も多く残しており、その作品数は93,032首に及ぶ。

嘉永5年9月22日（1852年11月3日）午の半刻（午後1時頃）に京都石薬師の中山邸の産殿において第121代天皇孝明天皇の第二皇子として生誕した。生母は当時権大納言であった公家中山忠能の娘で権典侍である中山慶子。江戸時代、現在の京都御苑に当たる場所には皇居である禁裏御所を取囲む形で、公家屋敷が立ち並ぶ公家町が存在したが、その中の1つである中山邸は御所より300メートルほど北東側に位置していた。

生母中山慶子の父である中山忠能は孫誕生を待ちわびており、娘の慶子が懐妊した時からお産の準備に大わらわとなった。当時、産殿の建設には、総工費100両が必要とされたが、年収200石の公家であった中山家には過重に過ぎたため、忠能は朝廷に200両の拝借を願い出たが、関白鷹司政通から前例は100両として退けられ、忠能に100両、大叔母中山績子（孝明天皇の後宮の女官長格の「大典侍」）名義で50両の合計150両が中山家に貸出され、その資金を使って六畳、十畳二間の産殿を建設した。

慶子は妊娠5か月後の著帯を実家の中山邸で済ませたが、6か月の時に慶子が高熱を出し、流産しかけるも乗り切り、9か月目の正式な著帯を8月27日（10月10日）に宮中において行った。この日、孝明天皇は風邪で臥せっていたが、略式ながら天皇の部屋で祝の盃を交わし、天皇は「御手づから帯を結びたま」わった。

当時は出産に血の穢れが発生すると考えられており、天皇の配偶者は実家に帰って出産する慣習であったため、慶子も著帯後、中山邸に新設された産殿に入って出産に備えた。忠能は9月に入ると賀茂川の出町橋の北まで産湯の水を汲みに行かせたり（賀茂の水の産湯は長命を保証すると信じられていた）、大和国の永久寺生産社の神璽を祀るなど、大層な熱の入れようであった。

邸内に新築された産殿には、七日船鉾町（新町綾小路南）と十四日船鉾町（新町四条南）の町年寄から献上された毎年の祇園会で船鉾に祀られる神功皇后の神面が飾られていた。神功皇后は妊娠中に三韓征伐を乗り切ったという伝説から京の町の人々から安産の守り神として信仰を集めていた。また忠能は神功皇后の安産祈願を行ったことで知られる大阪の坐摩神社に依頼して皇子生誕に当たって安産祈願を執り行った。

慶子の出産が迫ると陰陽頭の土御門晴雄が出産日の月日によって分娩が行われるべき方角を占うなど、出産に関する入念な指示を与えた。

『明治天皇紀』は慶子が出産の兆候を見せた同日辰の刻（午前8時前後）からの動向を詳細に記している。忠能は巳の刻（午前10時前後）に典薬寮医師3人と産婆1人を呼び寄せると友に、関白鷹司政通、議奏、武家伝奏に書状を出して生誕が間近であることを伝えた。そして午の半刻（午後1時頃）に慶子は無事皇子を出産した。忠能はこれを心底喜び、生誕を知らせる新たな書状を回した。

孝明天皇がその報告を受けたのは常御殿北庭の花壇の菊の花を愛でながら一献傾けていた時で、皇子生誕の吉報にことの他喜び、さらに杯を重ねたという。孝明天皇には既に2人の子が誕生していたが、明治天皇生誕時にはいずれも既に薨去していた。当時の幼児死亡率は極めて高く、嘉永3年（1851年）11月に生まれた孝明天皇第一皇女（生母は九条夙子（英照皇太后））は一宮と名付けられるも嘉永5年6月（1852年8月）に3歳で薨去しており（孝明天皇は3日遡って一宮に内親王を追贈し順子の名を与えている）、嘉永3年12月には第一皇子（生母は坊城伸子）も生まれているが、こちらは名付ける前に即日生母共々薨去した。そのため、孝明天皇にとっては、待望の第二皇子誕生であった。

生誕直後に胞衣（胎盤など）とともに請衣に包まれる儀式を受けた。ついで誕生の奏上の後に継入の湯に入れられた。それが終わった後、中山邸にある火は全部廃棄され、禁裏御用を務める餅屋川端道喜から新たに火が取り寄せられた。火も出産の穢れとされていたためである。川端道喜の家は室町時代後期より宮中のお出入りとなって代々朝廷から特別の待遇を受けていた商家で、その家で使われる火は「清火」とされて宮中釜殿でも使用されていた。

臍帯を切ってこれを縛り、創痕を焼灼する儀式が行われた後、賀茂の水の産湯に入れられた。皇子生誕に当たって勧進のために陰陽頭土御門晴雄が中山邸に派遣されていたが、土御門邸は御所からかなり距離があったために晴雄が中山邸に到着した際には既に皇子は産湯を終えており、晴雄の占い結果の内容の大半はもう済んでいたが、胞衣埋蔵場所の問題だけ残っており、晴雄の占いの結果に従って洛東吉田神社に埋蔵された。

産衣を着るまでの数日間は襦袢と袖無し、御巻と呼ばれる請衣に似た白羽二重で包まれた。皇子の寝室は産所正室の片高（厚畳を斜めに削いだもので、竹の高い方を枕にした）に設けられた。その身辺服飾調度品はほとんどが白一色で「色直しの儀」でこれらが彩色した物に替えられた。

9月28日に「七夜の礼」が予定されたが、その日は姉の順子内親王の百箇日に当たったため、翌日に延期された。9月29日に七夜の礼が行われ、父・孝明天皇から祐宮（さちのみや）という幼名を賜る。これは明治天皇の曽祖父である119代天皇光格天皇と同じ幼名であり、『周易』の「自天祐之、吉无不利」（「天佑があって、吉であり万事に有利」）に由来し、孝明天皇が深慮あって選んだものである。というのも、光格天皇は、在位中は諸朝儀・神事の再興復古による朝廷再興に邁進し、そのためには江戸幕府に強い姿勢をとり、時に軋轢を起こしながらも奮闘し、また宮廷文化の振興にも務め、譲位後も朝廷の政務処理や意思決定に重要な役割を果たし、天皇・朝廷の権威を高めた天皇であったからである。その影響で孫の孝明天皇は幕末に高い権威を帯び、幕府と反幕府勢力の双方から担がれて政治の頂点に浮上することとなった背景があった。孝明天皇にとって光格天皇は理想の天皇の一人だったのである。

ただし、祐宮皇位継承はこの時点では確定したものではなかった。祐宮を産んだ中山慶子の実家中山家は羽林家であり、慶子は天皇の正室になれる五摂家の娘ではなかったためである。既に孝明天皇には正室・九条夙子（英照皇太后）があり、夙子は女御から准后、皇后へと昇格していくことになっていた。そのため、夙子に皇子が生まれ成長したなら、祐宮が将来即位する可能性は低くなってしまう状況であった。また、有栖川宮幟仁親王（男系で霊元天皇の4世孫）は、光格天皇の猶子（養子）として仁孝天皇から親王宣下を受け、有栖川宮熾仁親王（男系で霊元天皇の5世孫）・伏見宮貞教親王（男系で崇光天皇の15世孫、女系で霊元天皇の6世孫）は、仁孝天皇の猶子として、孝明天皇から親王宣下を受けていた。これら3人の親王は、いずれも皇位継承の有力候補であった。従って、夙子に皇子が生まれなくとも、祐宮が親王となる以前に、孝明天皇が崩じる場合などは、3人の親王の1人が皇位継承する可能性もあった。以上のような事情があったものの、孝明天皇は、自身の祖父・光格天皇の幼名を与えるほど、唯一の皇子である祐宮に大きな期待を抱いていた。

生後30日目の10月22日、参内始で、祐宮は初めて孝明天皇に会った。この時、天皇は祐宮に人形を与え、祐宮は生母の中山慶子の局（部屋）を宮中での在所とすることになった。

ただし、当時は皇子は生母の実家でしばらく育てられた後に御所に戻る慣習があったため、祐宮は四歳まで中山邸で育てられ、折りに触れて御所に参内するという生活を送った。

父・孝明天皇

母・中山慶子

外祖父・中山忠能

祐宮は安政3年9月29日に御所へ移る4歳までを中山邸で過ごした。外祖父の中山忠能が父親代わりであり、母慶子は典侍として宮中にいたから、外祖母の中山愛子（肥前国平戸藩主松浦清の娘）が母親代わりであった。中山家には新たに井戸が掘られ、「祐井」と名付けられた。この井戸は現代まで保存されている。

忠能が祐宮に最初に与えた玩具は木剣、竹刀、木馬だった。祐宮が特に好きだったのは木馬だった。四足の下に箱車が付いていて高さ一尺四、五寸の木馬であり、祐宮はこれにまたがってハイハイと声をかけ、侍女や忠能が引いて歩いた。木馬が壊れた時には侍女も忠能も馬になった。

乳は乳母によって与えられた。当初は九条家の家臣の妻が乳母となったが、途中から学者・木村縫殿之助の妻ライに替わった。乳母にも自身の赤子がいるので、赤子を伴っての中山邸入りとなった。この赤子達と祐宮は幼友達ととなった。祐宮は乳母のライのことを「ライ公」と呼び、殿之助とライの子で1歳年下の禎之介のことを「禎ボン」と呼んでいた。

禎ボンが祐宮の金魚を握り潰してしまった時には祐宮は突然禎ボンを殴り付けるなど、幼友達との喧嘩も多かったことから、祐宮の短気な性格とも伝えられてるが、こうした喧嘩はごく普通の子供同士の喧嘩であり、むしろ微笑ましいといって良い。乳母やその赤子の他にも、中山邸には、中山忠光のような型破りな人間や、儒学者・田中河内介のような熱血漢もいた。このような中山家で養育されたことは、祐宮に大きな影響を与えた。

ただ、当時の中山家は経済的に困窮しており、前述のように、産殿造営の際も朝廷に借財するなど家計に苦労していた。嘉永6年（1853年）2月には、女官が中山家の家計を心配して、祐宮の宮中帰還を提起するなど、実際にかなり援助を必要とする経済事情であった。そうした中で、祐宮は質実に育てられたと考えられる。

祐宮は嘉永6年9月22日（1853年11月3日）の1歳の誕生日までは、比較的順調に育ったが、誕生日を過ぎて数日した頃、風邪にかかり、高熱が続いた。生母慶子は、10月15日以来、中山家に泊まり込んで、祐宮の看病に努め、11月23日にようやく宮中へ帰った。孝明天皇も祐宮の病気のことを心配していたと推察されるが、当時の慣行では、天皇が臣下の中山邸に行幸して祐宮を見舞うことは考えられないことであり、見舞いには行けなかった。同年12月24日、祐宮が全快すると、天皇は祐宮を看護した労を労り、忠能に銀15枚・絹・真綿を、忠能の母綱子（正親町三条実同娘）に銀3枚・絹・真綿を下賜し、以下乳人（めのと）代等に至るまで慰労の品を下賜した。綱子は曾孫にあたる祐宮の回復に歓喜して「吾命（わがいのち）いきかえるよりうれしきは 此日（このひ）の御子（みこ）の今日の御祝」と詠んだ。綱子らと祐宮の侍女は北野社に詣で、皇子回復に感謝の念を込めて、お百度参りを行った。こうして祐宮は、孝明天皇や中山家の人々の愛情を受けて、最初の病を乗り切った。

その後、祐宮は1歳の間に、何度か10日以上に渡る病気にかかり、2歳の時には水痘にかかり、3歳の時の安政3年（1856年）1月にも高熱を出した。このように、祐宮は、時折体調を崩したが、この程度の発病は現代の幼児にも普通のことであり、医薬が未発達なために、祐宮の病気が現代より長引くのは当然で、回復出来ず死亡に至る乳幼児が多い当時において、回復出来た祐宮の体は特に弱かったわけではなかった。

祐宮も3歳半になると、好き嫌いの感情をはっきり示すようになった。安政3年（1856年）3月25日の参内の時は輿（こし）に乗るのを嫌がったので乳人が抱いて参内した。また群衆の目や儀式を嫌ったため、中山邸より御所の北の朔平門に近い穴門までの間、道路を横断して幕を張り、一般通行を止めて参内した。それ以降も同様の方法が取られた。このように自我仕方が発達して来た祐宮に対して、孝明天皇の愛情は一層深まった。

安政3年（1856年）5月下旬に祐宮が参内すると、天皇は祐宮が可愛くて仕方がなく、宮中に泊まらせるように命じた。そこで、曽祖母の綱子と一緒に泊まった。滞在は三十数日にも及んだ。9月22日（11月3日）、祐宮は4歳の誕生日を迎え、例年同様天皇より祝いの品を与えられた。その翌日、忠能に、祐宮を宮中へ戻すようにとの天皇の命が伝えられた。こうして9月29日、祐宮は中山邸から御所へ移った。曽祖母の中山綱子は、皇子誕生以来、寝食を忘れて日夜養育に専念して来たので、涙が溢れて祐宮と別れることが出来なかった。綱子はその後も祐宮に会うため度々参内した。祐宮は中山家の人々と屋敷に愛着を持った。宮中で暮らすようになっても、中山邸の杏の実を毎年届けて貰っていた。また、明治天皇は、生涯に渡って、果物の中では杏を大変好んだ。

祐宮は、御所にある生母の中山慶子の局（部屋）に、慶子と一緒に居住することとなった。中山邸から御所に移った4歳の祐宮は、2か月ほど精神的に不安定な状態が続いた。生母も一緒に住むこととなったとはいえ、環境の大きな変化に適応するのには時間が掛かったと考えられる。

孝明天皇は、祐宮が御所に住むようになって半年ほど過ぎた安政4年（1857年）春頃より、自分が関わる宮中行事を出来るだけだけ沢山見せて、祐宮を宮中に慣れさせると共に、父子の絆を強めて行こうとした。3月18日に石清水八幡宮の臨時祭が行われると、祐宮は清涼殿に行ってその儀式を観覧し、勅使以下が出発する服装を見て喜んだ。また4月2日には、天皇に付き従って参内殿の桜を花見し、9日には御所庭園に天皇のために建築されつつあった茶亭上棟式に参列し、16日には賀茂祭で天皇に付き従って、近衞使の進発を見た。以降も様々な行事に参加した。祐宮が8歳で親王宣下するまでの3年半の間に、孝明天皇は自分の後継者として、祐宮の自覚を促すと共に、周囲にも認知させようとした。

この間、5歳となった祐宮は、安政4年11月に初めて和歌を詠んだ。

雁（かり）がとんて（飛んで）ゐる 水の中にも うつるなりけり

幕末政治の動乱

践祚と新政府樹立

鳥羽伏見の戦いと東征軍

大坂親征と初めての各国公使引見

五箇条の御誓文

一、広ク会議を興シ万機公論ニ決スベシ

一、上下心ヲ一ニシテ盛ニ経倫ヲ行フベシ

一、官武一途庶民ニ至ル迄各々其志ヲ遂ゲ人心ヲシテ倦マザラシメンコトヲ要ス

一、旧来ノ陋習ヲ破リ、天地ノ公道ニ基クベシ

一、智識ヲ世界ニ求メ、大ニ皇基を振起スベシ

五箇条の御誓文は以上の5つからなる。草案は由利公正と福岡孝弟が作り、木戸孝允がその修正に加わって作成された。これは明治以降の日本の指導精神となり、立憲政治の基礎となった。

参列した公家・大名たちは順に天神地祇と天皇を拝し、それを遵守する旨の誓書（「叡慮ヲ奉戴シ死ヲ誓ヒ黽勉従事冀クハ以テ、宸襟ヲ安ジ奉ラン」（天子の志を慎んで仰ぎ、死を賭して全力で勉め励み、願わくは天子の心を安んじ奉る所存である）に署名した。当日に参加できなかった公家・大名は後日署名を行った。署名した者の総数は前後あわせて767人である。

また御誓文と同日に歴代天皇の偉業を称え、天下万民の安寧を祈り、ともに国威を海外に発揚することを訴えた天皇の告諭が宸翰の形で出されている。

さらに閏4月21日（6月11日）には五箇条の御誓文の趣旨に従って、政体職制を定めた政体書が出された。その大要は天下の権力を太政官に統一し、太政官の権を行政・立法・司法の三権に分かち、三権分立して偏頗なく、相互に侵犯することなからしめ、各府藩県より貢士を出し、議事の制を立てること、諸官は4年を以て交代し、公選入札の法を用いること、各府藩県の政令も御誓文の旨を体して行るべきことなどである。

王政復古によって天皇は、軍の統率者としてだけでなく、「万機親裁」のイメージも形成する必要が生まれた。そこで大阪行幸後の閏4月21日、天皇の政務の日課が布告された。天皇は午前7〜8時に学問所に出て政務を「総覧」し、その間、重臣のいる八景間に行ったり、学問や武道に励んだりし、午後4〜5時に学問所を出ることになっていた。天皇は主に学問や乗馬に熱心に励み、建て前としての政務の「総覧」には殆ど時間は使わなかったが、7月23日に木戸孝允が天皇に政治の近情を申し上げた際、天皇が積極的に時情を尋ね、木戸が尽く答えたように、政治への関心もより示すようになった。

この頃、政府の統治下に入ってまもなかった関東の治安が問題になり、江戸への天皇行幸が考えられるようになった。江戸市民の間では幕府が瓦解した今、その政治的価値を失って誰からも顧みられない僻地と化すことが恐れられており、天皇行幸が待ち焦がれていた。大木喬任と江藤新平は、東国の人心鎮撫のために、武威を示すために、天皇が江戸に下ることを主張し、江戸を東京と改称し、将来的には東西両京を鉄道で繋げば国家が分裂する憂いは無くなると提案した。この案が容れられて、7月17日（9月3日）に天皇より「江戸ヲ称シテ東京ト為スノ詔書」が出され、江戸は東京と改称された。そして8月4日（9月19日）に天皇の東幸が布告された。すでに3月から閏4月にかけて、大阪行幸を行った天皇は、他所に滞在することへの自信がつき、東幸についての拒絶感覚が無くなったと思われる。岩倉によれば、江戸から帰った木戸と大木がその状況をよく説明し、江戸を東京とする命を天皇が下すべきであると上奏したことも、天皇はよく理解を示したという。それが政府の安定に資するなら、そうしたいと考えるようになったと思われる。慎重派からは経費の問題や、奥羽方面の反乱がまだ完全に鎮定されていないので時期尚早との指摘もされていたが、8月23日（10月8日）には政府軍は奥羽列藩同盟中でも最も有力であった会津藩の若松城の包囲に成功しており、大勢は決しようとしていた。

大阪からの還幸後、天皇が政務に出る親政が行われるようになったことで、天皇には東京行幸の前に諸儀式を済ませておくことが望まれていた。本来は前年11月に予定されていたものの内外の情勢から延期されていた即位の儀が意識されるようになった。

慶応4年8月21日（10月6日）からの一連の儀式を経て、8月27日（10月12日）に内裏（京都御所）にて即位の礼を執り行い即位を内外に宣明した。

即位の礼の内容や準備は、岩倉具視の内命の下、神祇官副知事亀井茲監（津和野藩主）や神祇官判事福羽美静（同藩士）など津和野藩が中心になって行われたが、岩倉具視は維新後最初の即位の礼は将来の雛形となるような、中国の制度の模倣ではない日本古来式に更改されるのが望ましいと考え、5月にも亀井に古来式の考証勘案するよう命じ、日本古来の典拠に則る「皇国神裔継承」の規範を裁定させた。

これにより即位の礼に様々な変更があった。大きな変更点として、まず第一に天皇の礼服が、唐風の冕冠・袞衣から、黄櫨染御袍の束帯となったように、中国風を排除して復古を目指したことである。近代以前の即位の礼は、服制のほかにも、中国の皇帝即位儀礼に倣ったものが多かった。香を焚いて天帝に即位を報告する儀式は取りやめられ、庭上に置かれる幡旗は、榊に鏡・剣・璽を付けた大幣旗・日章旗・月幣旗に変えられた。また、即位灌頂という印を結び真言を唱える仏教的儀礼も廃止され、神道の儀式として徹底した。

第二は、即位式の行われる紫宸殿前（実際には小雨のため、承平門内に置かれた）に、直径1メートルの地球儀を置くことであった。この地球儀はかつて水戸藩主徳川斉昭が孝明天皇に献上したものだが、斉昭の狙いは天皇に世界を意識させ世界に向けて国威を発揚するよう仕向けることにあった。もしこの地球儀を即位の礼の式典の中心に据えるなら列席する百官有司（役人）に高邁なる志操を吹き込み、その見識を深めるであろうと福羽は論じている。

第三は、天皇の命令である宣命を宣命使が小声から大声で読むようにし、万民に告知することを明示するとともに「万民奉賀」の寿詞を奏上したこと、公家だけでなく功臣である武士の参列を認めたことである。これに関して福羽は、式典に捧げられる宣命宣制や寿詞は、万民の奉賀の気持ちを体したものでなければならない。これまでのような公家だけの儀式の世界であってはならず、儀式の世界に広く万民を取り込まねばならないと論じている。

なお宣命は、桓武天皇が即位した際に、天智天皇の定めた法に従って即位するという文言が用いられ、以後それが踏襲されてきた。明治天皇の即位礼でも従来の宣命が使われたが、加えて神武天皇への復古も唱えられた。「神武創業」への復古、「万世一系」の強調による変化である。

即位の礼当日、天皇は紫宸殿に用意された高御座（玉座）に北面（裏側）から入って座し、女官がその御帳をあげて天皇の姿を見えるようにすると群臣たちは一斉に平伏した。弁事勘解由小路資生は天皇に幣（神に捧げる布製の礼物）を献上し、神祇官知事鷹司輔熙が御前に進んで幣を拝受。ここで典儀伏原宣足が再拝を求めて群臣が一斉に再拝。つづいて宣命使冷泉為理が宣命を捧げ、新天皇の皇位継承を宣した。さらに天皇の長命と国家の繁栄を祝う寿詞が読み上げられ、伶官によって「わたつみの はまのまさごを かぞへつつ きみがちとせの ありかずにせん（大海の浜辺の砂を数えながら、その砂の数ほどに御治世が永遠に続くことをお祈りする）」という大歌が奏された。大歌が終わると伏原宣足の合図により群臣が一斉に再拝。有栖川宮幟仁親王が御前に進み、即位の礼の終了を告げ、女官たちが再び御帳を下げて天皇の姿は見え無くなった。こうして即位の礼は無事に終了した。

またこの即位の礼の前日に天皇と国民の間の絆を強めるための措置として明治天皇の誕生日（旧暦9月22日。明治6年の改暦後は11月3日）を天長節として国民の祝日に定めた。天皇の誕生日を祝日とする先例はすでに宝亀6年（775年）に見られる。それ以降長く中断していたこの慣習を復活させたのは、やはり古代の慣習へ立ち返ることを強く意識したものである。

慶応4年9月8日（1868年10月23日）に詔書を発して年号を慶応から明治に改元するとともに「一世一元の制」を定めた。幕末には頻繁に改元が繰り返され、干支の組み合わせという年の表示があるとはいえ、同時代の人も流石に困惑を感じていたこと、皇帝権力の強い中国の明や清では、皇帝一代に一つの元号であったこと、この2つの理由から一世一元が目指されたと思われる。「明治」という語は『易経』の「聖人南面而聴天下、嚮明而治」（聖人南面して天下を聴き、明に嚮（むか）いて治む）から取られている。

明治元年9月20日（1868年11月4日）辰の刻（午前8時前後）、天皇は紫宸殿から出御して鳳輦に乗って建礼門から御所を出ると東京へ向かった。岩倉具視、中山忠能、伊達宗城、池田章政（岡山藩主）、木戸孝允を筆頭として3300人が供奉する大行列だった。掲げられる三種の神器八咫鏡の警護の任の名誉は加藤明実（水口藩主）が担った。道喜門で皇太后と淑子内親王が見送り、親王、公家、在京大名たちは南門外に整列して天皇を見送った。沿道には老人から子どもまで男女が集まって車駕を拝観し、拍手が絶えなかった。

行幸の列は三条通りを東に粟田口まで進み、天台宗門跡青蓮院で小休止。ここで午餐を取るとともに遠出用の軽便な板輿に乗り換えた。その後行列は東山を越えて山科に出、そこで天皇は天智天皇の山科陵を遥拝した。未の半刻（午後3時頃）に大津に到着。ここで東幸反対派だった権中納言大原重徳が馬で駆けつけてきて、伊勢神宮で鳥居が崩れる不吉があったとして、東幸を取りやめることを求めたが、岩倉は退けた。

同日天皇は沿道の全ての神社に幣帛を命じ、また高齢者、病人、困窮者などに施しを行い、功労者を表彰した。これは東幸中に通りがかった全ての土地で行われ、そのため旅費は巨額に上ったが、三井家など京大阪の豪商が旅費を請け負っている。

翌朝瀬田橋にさしかかり、天皇は琵琶湖の景色を楽しんだ。9月22日（11月3日）、行列は石部を出発し、土山まで進んだ。この日は天皇の16歳の誕生日であった。土山の行在所となった本陣では、岩倉具視・中山忠能・木戸孝允らが召されて、ささやかな祝いが行われ、土山の人々にも清酒3石（約540リットル）とスルメ1500枚が下賜された。同日、奥羽戦線では会津藩が政府軍に降伏、その後数日間に他の反乱諸藩も次々と降伏し、奥羽は平定された。未だに反乱を続けるのは蝦夷地へ逃亡した榎本武揚一党のみとなった。

天皇は四日市・桑名を経て、9月27日（11月11日）に名古屋に到着し、元尾張藩主徳川慶勝と尾張藩主徳川徳成父子の出迎えを受け、東海道沿道の八丁畷（現名古屋市瑞穂区東ノ宮神社境内地）において農民の収穫の様子を初めて天覧した。天皇は農民たちに菓子を与え、その労苦をねぎらった。またその直前に熱田神宮を親拝している。天皇は行幸前にも熱田神宮に勅使を遣わして反乱が続いていた東北の平定を祈願する宣命を下賜していた。

10月1日（11月14日）、天皇は新居（遠江）の手前で、初めて太平洋を眺めた。古代以来、持統天皇が伊勢国に、元正天皇が美濃国に、聖武天皇が伊勢・美濃に行幸した例があるが、東国のここまで来た天皇は明治天皇が最初であった。10月2日、行列は浜名湖を船で渡った。湖面は静かで、その時の天皇の様子について「天顔頗る（すこぶる）麗し」とある。浜松・掛川を経て、10月4日（11月17日）、天皇は大井川を渡河するにあたって、金谷台から富士山を眺めた。天皇が富士山を眺めたのは、古来未曾有のことであった。感銘を受けた天皇は随従する者たちに東京到着までに富士を詠み込んだ和歌を作っておくよう命じた。江戸時代を通じて軍事的な配慮から大井川には橋がかけられていなかったが、この時には天皇がお通りになるということで緊急に橋が架けられており、その橋を通過して関東へ向かった。

10月8日（11月21日）、箱根に到達、芦ノ湖の風光を見た天皇は銃猟を見たがっていたが、土地の者に迷惑をかけることを好まなかった。木戸孝允が気をきかせて前日に駿河伊豆の国境で天皇の行列を出迎えにでていた射撃の名手江川太郎左衛門にその件を相談し、江川は従者の一人に御前に広がる湖上の鳥を銃で狙わせ、一羽の鴨に命中させた。江川はこれを天皇に献上。天皇はいたく喜んで江川の従者に賞金五百疋を下賜している。同日午後7時半に小田原に到着。10月10日には大磯に到着し、漁夫たちの地曳き網の漁を天覧し、捕獲された魚は数個の大桶に入れられ、天皇の御座所へ運ばれた。それを眺めた天皇は「天顔頗る喜色あり」と記録されている。

10月11日（11月24日）は神奈川に泊まったが、英仏両国の軍隊が宿場町の西方に列をなして拝礼し、行列を迎えた。また、横浜港に停泊していた各国の軍艦は、一斉に祝砲を放った。

10月12日（11月25日）には川崎田中本陣で昼食を取り、その後23隻の小船でつくられた舟橋で六郷川（多摩川）を渡河した。東京府に入った天皇は、梅屋敷で休息後、午後3時頃に品川に到着し、東征大総督有栖川宮熾仁親王、鎮将三条実美、東京府知事烏丸光徳の出迎えを受けた。

10月13日（11月26日）の早朝に行列は宮中の雅な装束に着替えて品川行在所を出発し、秋晴れの下、壮麗な行列を仕立てて東京を進んだ。その行列は親王、公家、大名が衣冠帯剣、三等官以上の徴士が直垂帯剣であり、いずれも騎乗していた。この演出者は岩倉具視だった。岩倉はその意図を次のように述べている。長年にわたって武力による支配に慣らされてきた関東の民衆は「剽悍」であるので、これを御するには「先づ朝廷衣冠の礼を観しめ、以て其の心を和にするに如かざるなり」。

途中増上寺で小休止し、ここで天皇は再び鳳輦に乗り換えた。芝から新橋、京橋、呉服橋見附を進み、同日午後1時過ぎ、和田倉門から江戸城に入城した。京都御所から江戸城への到着まで全行程22日の旅であった。

同日未の半刻（午後3時頃）に天皇は西丸に入った。このときより江戸城は皇居となり、名称も東京城と改称された。この日幾千という東京市民が天皇の行列を拝観しており「図らざりき、今日一天万乗（天下を統治する天子）の尊厳を仰ぎ奉らんとは」と感涙したという。

10月27日（12月10日）には東京到着直後に鎮守勅裁の社と定めていた氷川神社に行幸。東京でも沿道の各地で高齢者、病人、困窮者を慈しみ、功労者を表彰し、国事殉難者の遺族を慰めた。

11月4日（12月17日）に天皇は東京行幸の祝いとして東京市民に2990樽という大量の酒を下賜した。さらに錫瓶子（錫製の徳利）550本、スルメ1700把も下賜された。総額1万4318両にも及ぶ。東京市民は2日間にわたって家業を休み、歓を尽くした。この時のことは明治初期の文学の題材にも使われている。漢詩人大沼枕山は「天子遷都寵華ヲ布ク 東京ノ児女美華ノ如シ 須ラク知ルベシ鷗渡ニ輪スルヲ 多少ノ搢紳家ヲ顧ミズ」（天子が遷都し寵華（酒）を賜った。東京の女子は花の如く美しい。「鴨水（京都の鴨川）」が「鷗渡（東京の墨田川）」に及ばぬことを知って公家たちは家のことなんてどうでもよくなった）という七言絶句を書いている。

忠臣を愛する天皇は、11月5日（12月18日）に権弁事山中献を勅使として高輪泉岳寺に派遣し、大石良雄（大石内蔵助）以下赤穂義士47士の墓前に勅宣を賜い、赤穂義士の忠節を追弔した。

東京滞在中、東京各界人に謁を頻繁に賜った。まず叔母の親子内親王（和宮）を引見、ついで11月23日（1869年1月5日）にはフランス留学帰りの水戸藩主徳川昭武を引見した。天皇は昭武に外国事情を下問し、昭武が語る外国話は天皇の心をとらえたようでこの後も頻繁に昭武を召している。ただ昭武は12月初めには函館の五稜郭に立て籠もった榎本武揚一党の征伐軍に従軍するため蝦夷へ派遣された。また11月22日（1月4日）にはイタリア、フランス、オランダの公使、11月23日にはアメリカ、プロイセン、イギリスの公使を引見した。

11月28日（1869年1月10日）に天皇は初めて日本の軍艦に搭乗してその運転を視察。前日に三条実美と岩倉具視は軍艦で横浜沖までの出航を天皇に勧めたが、外祖父中山忠能は海上において剣璽を紛失することを恐れて反対した。しかし天皇の聖断により剣璽は浜御殿に残し厳しく警備させ、乗艦することに決定した。天皇が富士艦に搭乗した際に米国軍艦が祝砲21発を撃ち、富士艦もそれに対して答砲した。この時天皇に随従していた中山忠能や大久保利通らは砲弾音に肝をつぶしたというが、天皇は「自若として龍顔殊に麗し」であったという。この日は天気がよく風波もなく、天皇は初めての軍艦搭乗体験にすこぶる満悦だったと記録にある。翌日には天皇は「海軍之儀ハ当今ノ急務」「講究精励」あるべしと御沙汰を下した。

東京での生活をしばらく楽しんだ天皇は、翌春に再び東京に戻ることを約し、明治元年12月8日（1869年1月20日）に冬の寒さが厳しくなる中、京都への還幸を開始した。還幸の理由は孝明天皇の三年祭と、一条美子（後の昭憲皇太后）の皇后冊立のためであった。還幸も供の者は外祖父で議定の中山忠能、参与の大久保利通以下2150人余りという大人数であった。しかし、三条と岩倉は東京に留まった。天皇が来春に再び帰ってくるまでに、東京の行政組織を事実上の首都として、また東京城を皇居としてふさわしく整えるためであった。再幸までには太政官が京都の二条城から東京の皇居内に移され、皇居の宮中三殿もこの間に建造された。また天皇の行幸に従って多くの公家が東京へ移住したので、彼らの住居も必要となり、東京府が上地した旧旗本屋敷が公家たちに貸し与えられた（完全な下賜ではなく、後の明治5年に旧公家華族が東京府貫属になるにあたって東京か京都の屋敷地を選ばせており、選んだ方が所有権として確定している）。

厳寒の中の還幸で、途中12月18日（1月30日）に名古屋付近で寒波と強風があったが、天皇は全くこたえなかったという。

京都到着後、12月25日（2月6日）に孝明天皇三年祭で後月輪東山陵を親拝。12月28日（2月9日）には一条美子が入内し、同日中に皇后に冊立された。

明治2年（1869年）の正月を天皇は京都で過ごした。天皇が京都で正月を過ごすのはこれが最後となった。1月5日（2月15日）には参与横井小楠が暗殺され、天皇はその事件の報に驚き、ただちに侍従少納言長谷信成を横井宅に遣わして事の真偽を確かめさせた。天皇は負傷した門弟や従僕のために治療費として金400両を下賜し、横井が仕えていた熊本藩主細川韶邦にも横井を手厚く葬るよう命じて祭祀金として300両を賜った。

1月15日（2月25日）に天皇は馬場初の儀に出御し、騎乗する姿を披露した。大名たちの他、公家の三条実美や中山忠能らも陪騎した。1月24日（3月6日）に明治天皇治世下最初の和歌御会始があり出御した。ついで1月27日にはやはり治世最初の御楽始が開かれ、天皇と皇后そろって小御所に出御した。奏楽は近衛忠房・中山忠能など公家たちが行った。

2月20日（4月1日）には反乱が鎮定されていた奥羽地方の民に向けて次の告諭を発した。天地の間、行くところすべて「王土」でないところはない。そこに住む者はすべて天皇の赤子である。「苟も生を本邦に禀けたる者は、之を視ること赤子の如く、一民も其の所を得ざれば深く宸襟を悩ましたまふを以て、山間僻遠の地、蝦夷松前に至るまで撫恤（慈しみ憐れむこと）を加へたまわんとす」。言葉使いは儒教的であるものの、民に向けて声明を出し、民に親しく心をくだく、それは孝明天皇の時代には見られなかった新時代の天皇ならではのスタイルであった。

他にも天皇と民の距離を縮めるための処置として、2月23日から3日間、東京市民に皇居庭園が解放され、東京城吹上御苑の拝観が許された。市民は歓喜したが、あまりに大量の人が東京城門に押し掛けたために死者8人、負傷者若1000人出る事態となり、天皇は遺族及び負傷者に金300両を下賜した。

3月7日（4月18日）、予定通り京都を出発して東京行幸の旅に出た。ルートもほぼ昨秋の東京行幸の時と同じであったが、今回は春景色であった。道中の3月12日（4月23日）に歴代天皇として初めて伊勢神宮を親拝。天皇の伊勢神宮親拝は前例がなかったため、この時に儀式の次第が定められた。天皇は黄櫨染御袍を着用し、午前に豊受大神宮（外宮）、午後には宇治橋を通って皇大神宮（内宮）を親拝した。皇祖神天照大御神に王政復古を奉告し、国運の発展を祈願した。

前回の東京行きより1日早い21日間の旅の末、一行は3月28日の正午前に皇居（東京城）に入城。以後、天皇は東京で暮らし続ける。

しかし京都市民の間では東京再幸は東京遷都の前触れとして不安視された。岩倉具視が遷都はたとえ千百年後でもありえないと述べて、京都市民の民心を鎮めていたが、皇后も東下する計画があることを知った市民の不安は高まった。市民がこぞって神社に集まり、皇后が東行しないよう祈りをささげるようになり、地元の官吏は市民が徒党を組んで強訴哀願に及ぶのを恐れた。しかし留守長官中御門経之と京都府知事長谷信篤が市民の説得に尽力して、京都市民の興奮も収まり事なきを得た。この後も正式に東京遷都が発表されることはなかった。天皇が京都へ戻らない理由として政府の公式声明は天皇が処理しなければならない国事の緊急性を強調した。

5月18日（6月27日）に政府軍は榎本武揚一党を函館五稜郭の戦いで完全鎮圧、戊辰戦争は終結した。反乱に関与した諸藩主たちが寛大な処置を受けたのは、昨年の明治元年12月7日（1869年1月19日）に天皇が出した詔書によるものである。その中で天皇は次のように述べる。賞罰は天下の大典にて、朕一人が勝手に決めるべきものにあらず、広く天下の衆議を集め、至正公平いささかも誤りなきように決すべし。松平容保等の罪はまことに厳刑に処すべきものではあるが、彼らにその罪を犯さしめたのは、朕の不徳によって教化の道が立たなかったのと、この700年ほど紀綱が振るわず、名義が乱れていたからである。また容保のような大名の場合は、彼一人で謀反を行えるわけではない。必ず首謀した家臣がある。容保の死一等を許し、首謀した家臣を誅することをもって寛典に処すべきである。朕はこれから国内に励精図治教化を敷き、徳威を海外に輝かしたいと思う。汝百官将士はこれを体せよ。

この詔によって奥羽における反乱の中心人物だった前会津藩主松平容保は本来であれば謀反の罪で厳刑となるところ死一等が減じられて永預けとなった。容保のみならず他の謀反藩主にもこの詔が適用され、処刑された者は一人も出ず、彼らは謹慎と減封で済んだ。五稜郭の反乱軍指導者だった榎本武揚も捕縛後3年間投獄されたものの恩赦で釈放された後に政府高官となった。この寛大な詔に聖帝の心事として感泣せざる者はなかったという。

全国の支配権を天皇のもとに帰一させることは、王政復古の根本思想の一つである。幕末の段階で岩倉具視は「天下を合同するは、政令一に帰するに在り。政令一に帰するは、朝廷を以て国政根軸の府を為すに在り」と論じていた。明治初年には参与木戸孝允が副総裁三条実美と岩倉具視に宛てて「七百年来の積弊を一変し、三百諸侯をして挙て其土地人民を還納せしむべし」として、鎌倉時代以来の封建制度を終わらせ藩主の所有する土地人民を朝廷に返上させる構想を示し、明治元年9月18日（1868年11月2日）には木戸孝允と大久保利通がこの構想を版籍奉還として進めることで合意している。弱肉強食の帝国主義時代の真っただ中にあった当時の国際社会において、強力な国家を形成するためには何よりも統治機構の一元化は必要不可欠だった。

他の政府高官も、諸藩をリードする薩摩藩・長州藩・土佐藩・肥前藩の四雄藩もそれに異論はなかった。薩摩藩は明治元年2月の段階で参与大久保利通の意見に基づいて封土10万石の献上を政府に願い出ていたし、長州藩も第二次征長戦争の勝利で獲得していた小倉や浜田などの占領地の返上を政府に願い出ているなど、藩の側から封土の一部を朝廷に返還しようという動きはすでに存在した。

版籍奉還に向けた最初の動きとして明治元年10月28日（1868年12月11日）には藩治職制が布告され、地方政治について府・藩・県の三治が定められるとともに、これまでの各藩の重職の役職名が執政・参与に統一された。その人選は藩主に委ねられたが、従来の家格や門閥に囚われず、下士からも積極的に登用するよう要求している。また藩主の家政を藩政から分離することや、議事の制度を積極的に設けることも求められた。これらの要求は従来の身分制の枠組みを崩すことで、より改革が進みやすいよう各藩を導くためのものだった。

木戸は土佐藩の後藤象二郎とも版籍奉還について協議し、明治2年1月14日（1869年2月24日）に京都で大久保と長州藩の広沢真臣、土佐藩の板垣退助が会談し、版籍奉還の方針が合意された。さらに木戸は肥前藩の前藩主鍋島直正にも掛け合って連携に加え、1月20日に薩長土肥四藩主（島津忠義、毛利元徳、山内豊範、鍋島直大）による版籍奉還の上表が提出される運びとなった。その上表は「皇統一統、万代無窮、普天卒土其有に非ざるはなく、其臣に非ざるはなし」と王土王臣を強調するが、具体的な処置については「願くは朝廷其宜に処し、其与ふ可きは之を与へ、其奪ふ可きはこれを奪ひ、凡列藩の封土、更に宜しく勅令を下し、これを改め定むべし」と曖昧な表現をしており、木戸の後の回顧によれば領主権を一気に回収されるのではという不安が諸藩に広がらないようにするためだったという。

その後諸藩も四藩に続いて続々と版籍奉還の上表を行っている。天皇は、明治2年6月17日（1869年7月25日）に諸藩からの版籍奉還の上表を勅許、版籍奉還の請願を出していない藩については速やかな奉還を命じた。その時点で大半の藩は版籍奉還を請願していたが、未請願藩が14藩あり、これらが勅命の対象であった。14藩が請願しなかった理由は様々だが、その一つである川越藩は府藩県三治の藩県並立論に立っていたといわれ、宇都宮藩は王土王臣は自明のことなので改めて版籍返上申し上げる必要はないという立場だったという。

版籍奉還により各藩の藩主たちは天皇の勅命で藩知事に任命された。藩主が藩知事に横滑りした形であるため、封建主義に決定的変革をもたらす改革とはならなかったが、それでも法制的には大きな変化があった。藩知事は府県知事と同じく天皇から任命された一地方行政長官に過ぎず、土地人民に対する私有権は明確に否定されており、その地位の世襲も保障されていなかった（実際には版籍奉還から廃藩置県の間に隠居した藩知事の世襲を政府が拒否した事例はほとんどないが、唯一福岡藩知事黒田長知が紙幣偽造の責任により藩知事を解任された際に後任に黒田家の世襲は認めず、有栖川宮熾仁親王が藩知事に任じられた事例がある）。また藩士たちも法制上天皇の官吏となったので、藩知事と藩吏の間の主従関係は廃止された（藩知事も藩吏も等しく主君は天皇ただ一人）。版籍奉還は2年後の廃藩置県の第一歩となる改革だった。

版籍奉還に基づく最初の藩行政機構改革として、明治2年6月25日（1869年8月2日）に諸藩に対して11項目の庶務変革指令が下った。その中で一門以下平士に至るまで士族と称することが指令されている。「士族」という呼称はここで初めて使用された。江戸時代の大名家臣団は家格を基礎に構成されていたが、藩主一門や家老家といった高禄の上士も、微禄の下士も「士族」という枠組で等質化することによって家格による優劣を否定したものである（とはいえ大抵の藩では「士族」の文字の上に「上中下」「一等二等」などの文字を勝手に付け加えることで旧来の家格を温存しようと図っているが）。

さらに明治2年7月8日（1869年8月15日）には職員令が布告された。これにより藩知事には行財政と刑罰について府県知事と同じ権限が付与されたが、藩知事は旧家臣団と藩兵という独自の軍事力を保有する点が府県知事とは異なった。各藩の執政・参与も府県と同じ大参事・権大参事・少参事に改名され、天皇が政府の奏薦に基づき任命する奏任官に位置づけられたため、もはや藩知事の一存だけで藩重役の任免はできなくなり、政府の許可を得ることが必要となった。

政府内では急進派と守旧派（後者は主に公家）が激しい綱引きを演じ続けており、版籍奉還後、守旧派の反撃があった。職員令の布告があった明治2年7月8日に守旧派の主導で政体書体制の革新色が払しょくされる政府組織の再編が行われたのである。神祇、太政の二官が設置され、神祇官が諸官の上位に位置付けられ、二官六省制度となった。三条実美が右大臣、岩倉具視と徳大寺実則が大納言に任じられた他、公卿や旧藩主の復活が目立つ人事となった。各省の卿を見ると4割以上が公卿であり、西南雄藩出身藩士（3割）を明らかに凌駕する。大久保利通と木戸孝允も建白を受理する待詔院学士という立場に追いやられて政府第一線から退かされている。これほどまでに守旧派の意向に沿わねばならないというのは、依然として公卿たちが政権の重しとして必要であり、政権の権威化が求められる政治情勢であったということだと考えられる。この政府機構改革のために政権は一気に古色蒼然となり、官員たちは源平藤橘の本姓を名乗るようになる始末だった。

しかしこれは改革を前に進めるために一時的な後退だった。天皇の大久保・木戸への期待も変わりはなかった。三条・岩倉が述べたように「利通・孝允は柱石の臣なり。祖の進退は実に国家の治乱隆替に関す、宜しく二人を優遇して至尊の顧問に備へ、以て天下の重望を負はしむべし」だったのである。事実早くも11日には待詔院学士は廃止され、大久保たちには待詔院出仕が命じられ、国事を諮詢される立場になった。さらに22日には大久保が参議、23日には広沢真臣が参議となった。

天皇が版籍奉還を勅許したのと同日の明治2年6月17日に出された行政官達543号により公卿（公家の堂上家）と諸侯（大名）の身分は廃止され、華族として一つに統合された。この日に華族として認められたのは公卿142家、諸侯285家の合計427家であった。

廃藩置県後の明治4年（1871年）7月に華族は東京在住が命じられ、10月10日に天皇より「華族は四民の上に立、衆人の標的とも成られる可き儀」という勅旨が出される。さらに同年10月22日に天皇は華族全戸主を3日に分けて赤坂御所小御所代に召集し、ここでも「華族は国民中貴種の地位に居り、衆庶の属目する所なれは、其履行固り標準となり、一層勤勉の力を致し、率先して之を鼓舞せさるへけんや」と勅諭している。この勅諭に触発・奮起された華族は少なくなく、日本型ノブレス・オブリージュの原点となる勅諭となった。

この華族は皇室の近臣にして国民の中の貴種として民の模範たるべき存在というあり方からやがて華族は「皇室の藩屏」と呼ばれるようになった。「藩屏」とは「外郭」のことであり、皇室の周りを取り巻く貴族集団という意味である。華族のうち旧公家華族は古代より皇室に仕え、その守護にあたってきた家々であるが、旧武家華族は維新までは皇室と敵対することも多かった家々である。すなわち華族制度の創設は旧公家だけでなく旧大名家もすべて天皇の臣下に組みこむことにその本質があった。

また華族は婚姻を通じて皇室との結びつきを強めていく。皇族妃となるのは華族の公侯爵の娘が多く、さらに公侯爵は伯子男爵家と婚姻関係を持ったので、皇族と華族は親類縁者の集合体として一体化していった。

明治2年（1869年）初夏には英国でヴィクトリア女王第二王子エディンバラ公爵アルフレッドの訪日計画が立ち上がった。この頃エディンバラ公は蒸気フリゲート艦HMSガラティア（英語版）に乗って世界一周航海中であり、その途中に色々な国に訪問しており、日本にも訪問を希望していた。その報告を受けた英国公使ハリー・パークスはさっそく日本政府と交渉に入った。実現すればヨーロッパ王族の最初の来日となるが、それだけに当時の日本国内では相当議論があったらしく、『ヤング・ジャパン（Young Japan）』の著者ジョン・レディー・ブラックはその状況を次のように書いている。「『進歩派』は今回に限り天皇はこのような場合には他国の君主が行う慣例にできるだけ従う決断をされるべきであると主張し、強硬な『反対派』は言葉激しく次のように反論した。外国の王族の皇子と日本の天孫の家系である皇族とを同列に置くことを容認しかねないような如何なる措置も、ことごとく天皇の尊厳を貶めるものだ」。しかし最終的に日本政府はイギリス王子の来日を承諾し、英国の王子が近く来日されることを知って天皇はいたくお喜びであり、もし王子に海に面した浜離宮に宿泊していただけるならば、天皇の喜び、これに勝るものはないという内容の返事をパークスに送った。

初のヨーロッパ王族来日だけに準備は周到に進められた。明治2年7月22日（1869年8月29日）にエディンバラ公が横浜に到着すると21発の祝砲が撃たれ、エディンバラ公が通る予定の横浜から東京までの道路は掃き清められ、修復され、祈願が行われた。警備も天皇の行列並みの限界態勢が敷かれた。領客使に任じられた伊達宗城と大原重実が英国公使館に入ったエディンバラ公を訪ねて歓迎の勅旨を伝えた。まもなくエディンバラ公はパークス公使を伴って延遼館（浜離宮内の迎賓館）へ移った。

天皇がエディンバラ公を引見したのは、明治2年7月28日（1869年9月4日）のことだった。しかし、エディンバラ公が天皇に拝謁するため皇居の門を通った際に日本側が穢れを払う「幣（ぬさ）」の儀式を行った。これは前年の慶応4年2月に外国公使を天皇が引見する場合に外国人を御所に入れてもいいのか議論された際、外国人を御所に入れてもいいが、御所の四方の門で浄化の儀式を行って穢れを払う決定がなされたのが踏襲されたものであったが、欧米で物議をかもした。福沢諭吉の『福翁自伝』によれば、米国臨時代理公使アントン・ポートマンは『エディンバラ公の清め（Purification of Prince of Edinburgh）』と題する報告書を米国大統領に送り、その内容は「日本は真実自尊自大の一小鎖国にして、外国人をば畜生同様に取り扱うの常なり。既にこのほどイギリスの王子入城謁見のとき、城門外において潔身の祓を王子の身辺に施したり（略）日本人の眼をもって見れば王子もまたただ不浄の畜生たるに過ぎず云々」というものだったという。福沢諭吉は米国公使館通訳からこの話を聞かされた時「実に苦々しい事で、私はこれを聞いて、笑いどころではない。泣きたくなりました」と記している。おそらく外国人の笑い話にされたという話が伝わったのだと思われるが、この後日本が外国人賓客を迎えるのにこの手の儀式をすることはなくなった。

エディンバラ公一行はこの儀式に当惑は覚えなかったようである。馬車を降りたエディンバラ公は岩倉具視、徳大寺実則、伊達宗城、澤宣嘉（外務卿）の出迎えを受け、休憩所へ案内され、右大臣三条実美が応対した。その後エディンバラ公は領客使の伊達宗城の案内で謁見室である大広間へ案内された。天皇は大広間の上段に立つ立礼でエディンバラ公を迎えた。天皇と一緒に上段に立っていたのは仁和寺宮嘉彰親王のみで臣籍は全員段の下に侍立した。エディンバラ公は天皇と同じ上段の天皇と向かい合った席へ招かれた。エディンバラ公に同道した通訳のアルジャーノン・ミットフォードによれば「陛下は二言、三言歓迎の言葉を述べた。これに対して、殿下もしかるべく答えた。その後で陛下は、エディンバラ公に『もう一度庭園で、もっと打ち解けて会いたい』と勧めた。そこで殿下は客間に下がった」、「少し遅れて親王や朝廷の重臣がエディンバラ公に敬意を表し終えた後、エディンバラ公は皇居の庭（吹上御苑）にある紅葉御茶屋に案内された。そこであらゆる種類の珍味が供された。やがて、滝見御茶屋で天皇が待っているから来るように、とのお召しがあった。パークス公使、ケッペル（英語版）提督、そして私の三人がエディンバラ公のお供をした」という。

滝見茶屋で天皇とエディンバラ公は通訳を介して歓談し、天皇は初めての外国王族との外交体験を得た。とはいえ、特別な話をしたわけではなく、天皇ははるばる遠国から来られた王子を歓待できることは多大な喜びであり、旅の疲れをいやすため心行くまで滞在し、行き届かないことがあれば何なりと言ってもらいたいと伝え、それに対してエディンバラ公は自分が受けた心温まる持て成しに感謝し、その歓待は不満どころか、自分の想像を超えるものだったと返答するなど、外交上の社交辞令に留まったようである。それでも先の公使引見時には天皇はまるで国内の臣下に接するかのように御帳台に座して短い一方的な挨拶を告げて終わったことを考えれば、儀礼的であっても同じ段で向かい合って座り、会話を交わすようになったのは大きな変化だった。

会談の最後にエディンバラ公はダイヤモンドをあしらった嗅ぎ煙草入れを天皇に贈り、また帰国後に母のヴィクトリア女王に献じたいとして、天皇の宸筆の御製を所望したので、天皇は次の御製をエディンバラ公に贈った。「世を治め人をめぐまば天地（あまつち）のともに久しくあるべかりけり」。これについてブラックは「ここにもまた、古い迷信からの決別がある。驚くべきことだ。というのは、以前はミカドの親書は寺社の神聖な場所に、宝物として秘蔵されるものだったからだ」と指摘する。

このエディンバラ公の来日は、外国王族が来日した場合には天皇は対等に親しくふるまうことの最初の先例となった。

明治2年の版籍奉還が封建領主制解体まで進められなかったのは、当時の政府の直轄軍の軍事力が藩の軍事力に対抗できるほどの規模ではなかったためである。こうした状況下では一度に封建制度を解体することは不可能であり、版籍奉還に留まらざるをえなかったのである。しかし西郷隆盛の尽力で明治3年（1870年）から明治4年（1871年）初頭には薩長土三藩献兵問題が進捗を見た。西郷らは足しげく各藩の説得に回り、ついに明治4年（1871年）年6月に薩摩藩兵4大隊、長州藩兵3大隊、土佐藩兵2大隊など約1万の兵力を東京に集めて御親兵を創設することに成功した。この御親兵は来る廃藩置県で反対藩に対抗しうる政府直轄の軍事力として創設されたものだった。

明治4年7月14日（1871年8月29日）の廃藩置県の日の朝、天皇はまず薩摩藩、長州藩、土佐藩、肥前藩の4藩知事（島津忠義、毛利元徳、山内豊範、鍋島直大）を小御所に召した。天皇は4藩が明治2年に版籍奉還を首唱したことを褒めて取らし、そのうえで今また来るべき廃藩置県の大業に力を課すよう命じた。つづいて東京に在京中の藩知事56名が西ノ丸御殿の紫宸殿代大広間に召集され、彼らに向けて右大臣三条実美が次の勅語を読み上げた。「内以テ億兆ヲ保安シ外以テ万国ト対峙セントス因テ今藩ヲ廃シ県ト為シ務テ冗ヲ去リ簡ニ就キ有名無実ノ弊ヲ除キ更ニ綱紀ヲ張リ政令一ニ帰シ天下ヲシテ其向フ所ヲ知ラシム」（国内において億兆の民を守り、国外において万国と対峙しようと考えている今、藩を廃して県と為す。無駄を去って簡潔にし、有名無実の幣を除き、綱紀を全国に行きわたらせ、政令を統一し、天下にその進むべき方向を指し示す）。ここでいう「有名無実の弊」とは一国が何藩にも分断される封建主義のことを指す。

版籍奉還は薩長土肥4藩を中心に藩からの動きであったが、廃藩置県は勅命として藩に課されたものだった。構想の立案者の一人である大久保利通は、廃藩置県にあたって西郷隆盛に助力を仰いだ。西郷は維新建設の中心人物、また清廉潔白の人として広く尊敬されており、西郷の支持を得ることで反対派に回るかもしれない藩知事の動向に影響を与えることが可能だった。西郷は「戦いを以て決する」と意気込んでいたが、蓋をあけてみると抵抗はほとんどなかった。12世紀の鎌倉幕府から様々な変容しつつ続いてきた武家の封建主義体制をこの一時で解体しようというのであるから、非難の嵐が巻き起こっても不思議はなかったが、勅命に逆らう者はいなかった。迅速な決定で反対派が形成される時間的猶予を与えなかったこともあるが、華士族の家禄は全額が政府に引き継がれ、彼らの生活維持がしばらくは保障されたことも大きい。

福井藩のお雇い外国人だったアメリカ人ウィリアム・グリフィスは廃藩の情報を耳にした福井藩の様子を観察して書き留めている。「私は封建制度下の福井の城の中に住んでいて、この布告の直接的な影響を十分に見ることができた。三つの光景が私に強い印象を残した。第一はミカドの布告を受けた1871年7月18日（陽暦）の朝、その地方の官庁での光景である。驚愕、表にあらわすまいとしてもあらわれる憤怒、恐怖と不吉な予感が、忠義の感情と混じりあっていた。私は福井で、この市における皇帝政府の代表にして1868年の御誓文の起草者である由利（公正）を殺そうと人々が話しているのを聞いた。」「けれどもちゃんとした武士や有力者は異口同音に、天皇の命令を褒めている。それは福井のためでなく、国のために必要なことで、国状の変化と時代の要求だと言っている。日本の将来について意気揚々として語る者もいた。『これからの日本は、あなたの国やイギリスのような国々の仲間入りができる』と言った」、「第二は1871年10月1日の城の大広間での光景である。越前の藩主は何百人もの世襲の家臣を招集し、藩主への忠誠心を愛国心に変えることを命じ、崇高な演説をして、地方的関心を国家的関心に高めるよう説いていた。」「第三は、その翌朝の光景である。人口4万の全市民（と私には思われた）が道々に集まって、越前の藩主が先祖からの城を後にし、何の政治的権力もない一個の紳士として東京に住むため、福井を去っていくのを見送った」。

こうした光景は福井に限らず、だいたいどこの藩もそうであり、藩士たちに代々の忠勤を感謝して、今後は自分ではなく天皇陛下に忠誠を誓うことを求めて告別し、市民に見送られながら東京へ向かっている。

藩の書類は新県の官吏に引き継がれ、藩の役職に付いていた士族の大部分は職務を解かれるか、転任していった。これについてグリフィスは「昔から日本の災いは働かない役人とごくつぶしが多すぎることであった。まさにシンドバッドが海の老人を振り落としたと言える。新生日本万歳！」と政府の決断を絶賛している。

廃藩置県により明治4年末には全国は3府72県となり、その後統廃合が進められ、明治21年に至って3府43県（+北海道庁）となり、現在の各県の領域が定まっている。封建制度が平和的に解体されたことについて、英国公使ハリー・パークスは、仮に欧州でこのような改革を成功させようと思えば、武力を用いて相当の年月が必要であり、それを不要とする天皇という存在は「真神の能力」を有すると驚嘆している。

大嘗祭とは天皇の即位に際して行われる儀式で、天皇が新穀を天照大御神や天神地祇にお供えして自らも召し上がって世の安泰や五穀豊穣をお祈りする儀式である。毎年行われる新嘗祭と異なり、天皇一代で一回のみ行われる。明治天皇の大嘗祭は当初は即位した明治元年のうちに予定されていたが、内外の情勢から延期されて明治4年11月17日（1871年12月28日）に執り行われた。皇居内の吹上御苑に大嘗宮が造営されて史上初めて東京で行われた。また儀式に用いられる御饌、御酒の収穫する斎田として山梨県巨摩郡に悠紀田、千葉県長狭郡に主基田が設けられた。

天皇は17日夕刻から悠紀殿における宵の御儀に臨み、18日深夜の主基殿での暁の御儀までご親祭を続けた。

18日と19日の両日に天皇は豊明節会を催して政府高官などの参列者に白酒や黒酒など酒饌をふるまった。浜離宮の延遼館でも外国の外交官たちを招いての饗宴が催され、その席で外務卿の副島種臣が大嘗祭の趣旨について各国に説明している。大嘗祭終了後には一般国民にも大嘗宮の拝観が許されたため、多くの人々が見学に訪れた。

廃藩置県まで天皇を取り巻く宮内省・宮中の役職には基本的に堂上華族（旧公家）が就いていた。このような環境では天皇の近代的君主としての成長は望めないと考えていた大久保利通は宮中改革を焦眉の急と捉えるようになった。

明治3年10月27日（1870年11月20日）、岩倉邸で、三条実美・岩倉具視・徳大寺実則・大久保利通などが集まり、天皇の輔導（教育）や人員整理等について話し合われ、同年閏10月5日に木戸孝允と大久保が天皇の「君徳培養」の任につき、天皇の教育も担当することになった。

さらに西郷隆盛が参議として政府に加わったことで、天皇を武人的かつ西欧的な近代君主に導いていこうとする路線に弾みがついた。明治4年（1871年）7月の廃藩置県と同時に政府は官制改革も断行して人事を大幅に刷新。大久保は自身の信頼厚い、薩摩藩士・吉井友実を宮内大丞に起用。大久保は女官が支配する奥向きの空間は近代君主の生育にふさわしくないと考えており、その意向を体した吉井により、古株の局、命婦、権命婦らは尽く宮中から排除された。また、西郷も「華奢・柔弱の風ある旧公卿」は排斥して「剛健・清廉の士」を天皇側近にすべきとして、宮内省や宮中の人事の刷新を断行し、堂上華族に代わって士族の任命を推進した。

明治4年7月21日（1871年9月5日）、宮内省の大小丞8人が生理され、薩摩藩出身の村田新八が宮内大丞に任命され、吉井友実の補佐となった。24日には、士族侍従が任命された。士族で登用されたのは、侍従長に長州の河瀬真孝、侍従に薩摩の高島鞆之助、土佐の高屋長祚、肥前の島義勇、熊本の米田虎雄である。後に、長州の有地品之允、土佐の片岡利和、元幕臣で江戸開城交渉にあたった山岡鉄舟なども任命された。この時に侍従となった高島鞆之助によれば、士族が登用された後の宮中は「剛健勇武」の気風に満ち、天皇も非常に剛毅になって酒も強くなり、時々気に入った側近を集めて酒宴を開き、勇壮な物語を肴にして酒をどんどん飲むようになったという。また、天皇の幼い頃からの勝ち気な性格も発揮されたようで、ある時、天皇は「わしは楠木正成である、賊将尊氏を撃つのだ」と叫びながら、木剣で高島を何度も叩き、高島があまりの痛さに打ち返しの気配を見せたところ、天皇が「今日はやめよう」と言って終わったこともあった。またこの頃、19歳に近づいた天皇と腕相撲をした高島は、天皇の筋力が強いのに驚いたという。

西郷は宮中改革後の明治4年12月11日（1872年1月20日）、鹿児島の叔父・椎原与三次に所感を次のように書き送っている。「天皇は士族の侍従を寵愛し、後宮にいることを厭い、朝から晩まで表にいて、和洋漢の学問や侍従との会読をして修行している。『中々是迄（これまで）の大名抔（など）よりは一段御軽装』で、その変貌には三条・岩倉さえも驚いている。馬は天気さえよければ毎日乗っている。近々兵士の指揮訓練も始まり、自ら大元帥となるとの意思を述べている。自分も天皇と同室で食事をしたこともある。これからは一ヶ月に三度ずつ諸省の長官を招いて政治の得失を論ずることに内定している。『尊大の風習は更に散じ、君臣水魚の交わり』となるであろう。」このようにして、宮中改革は着実に進められ、西郷らの企図は実を結んだ。

西郷が「和洋漢の学問」と書中で述べているように、天皇の学問の面でも進歩があった。すでに明治3年（1870年）12月24日に、洋学者加藤弘之が侍読となり、欧米の政体・制度・歴史を進講していた。明治4年（1871年）8月にはドイツ語の学習が始まり、洋学者の西周が侍読となって博物学・心理学・審美学・英米比較論を進講した。また漢学には、熊本藩の朱子学者元田永孚が5月に宮内省出仕に任命された。

元田のことを頑迷な保守主義者と見る向きもあったが、天皇や政府高官からの信頼は厚く、滅多に他人を褒めない大久保利通が元田を指して「この人さへ君側に居れば安心だ」と述べたり、副島種臣が「君徳の大を成すに一番功労のあつたのは元田先生である。明治第一の功臣には先づ先生を推さねばならん」と述べたりしている。元田は朱子学者ながら西洋の科学的知識・技術の高さは認め、日本人は「格別」の精神でこれを学ばねばならないと論じていた。しかし人間関係の在り方については西洋は提示すべき何物も持っていないので、その手本となるものは今でも朱子の言う通り六経（四書二経）にあると主張していた。幕末に佐久間象山が唱えた東洋の道徳と西洋の科学の結合、成長後の天皇あるいは明治時代そのものを特徴づけるこの思想は、恐らく元田の教えによって天皇に培われた。

この頃の講義書目は、「日本書紀」「書紀集解」「論語」「元明史略」「英国史」「国法汎論」「人身窮理書」等であった。加藤によれば、天皇の性質は「綿密茶実」で「物事を中途半端にして御止め遊ばす様な事なく、飽く迄根底を理解せられざれば止まず」という性質で、進歩は遅いが理解すれば「何時迄も御忘れない」という学習状況であった。こうして、天皇は、公家に囲まれる隠れた存在ではなく、軽易で尚武の存在となり、大久保が明治初年に描いた天皇像に近くなった。また、天皇自身もそうした在り方が性に合っていた。

廃藩置県に伴う官制改革によって、守旧派を政府・宮中から排除したことで、天皇の生活に関する改革も可能になった。明治4年（1871年）8月からは、横浜で購入された椅子などが学問所に備えられ、9月からは天皇が好む乗馬において西洋馬具を使うなど、西洋風の生活様式が取り入れられ始めた。また、明治4年8月17日（1871年10月1日）、今後、天皇は民情や風俗を視察するため、騎馬や馬車などに乗り、軽装で行幸を行うとの布告が出された。それまでは、天皇の行幸は鳳輦と板輿に乗って行われていた。8月18日（10月2日）、天皇は、8月6日（9月20日）に初めて乗った馬車によって、三条実美と岩倉具視の屋敷に行幸した。天皇が皇居の外へ馬車を用いて行幸した初例であり、臣下の屋敷への初めての行幸でもあった。ついで兵部省をはじめ各省への行幸もあった。明治4年9月22日（1871年11月3日）、天皇は19歳の誕生日を迎え、その際に、皇居の各門外に整列している御親兵の各大隊等を馬車に乗って親閲した。以後、これが天長節観兵式として恒例化された。11月2日（12月13日）には、海軍を軍艦に乗って親閲した。明治4年11月21日（1872年1月1日）には、工部省横須賀造船所への行幸があった。工部省は、当時の欧化・開化の拠点であり、これは欧化・開化を支持する政府の象徴的行為となり、天皇の学習にもなった。

天皇の食事も変わった。明治4年8月18日（1871年10月2日）、天皇は、浜離宮内の外国人接遇施設である延遼館で、大臣・参議とともに、初めて西洋料理を食べた。12月17日（1872年1月26日）には、平常の食事にも牛・羊の肉を用い、時々、豚・鹿・猪・兎も用いることとなった。11月からは、滋養のため牛乳を日に二度飲むようになった。しかし天皇は牛乳があまり好きではなく、後年にはコーヒーに入れるだけとなった。明治6年（1873年）7月までには、天皇は昼食に西洋料理も食べる習慣を身につけた。西洋料理にはテーブルマナーも必要なため、明治6年9月以降、宮内省出仕の西五辻文仲を築地精養軒（東京初の西洋料理店）に派遣し、テーブルマナーを学ばせることになった。西五辻の回想によれば、ある日、天皇から「お前西洋料理を食ふ法を知つてゐるか」と尋ねられ、「誰かに教へて貰つて来い」、「イヤまだ奥の者は誰も食つたことはないから、一遍西洋料理を食はそうと思ふ、だからお前行つて覚えて来い」と命じられた。そこで西五辻は精養軒に行き、教示を頼んだ。精養軒からは天皇の好みの西洋料理を聞かれたが、西五辻は、天皇は西洋料理の食べ方を知っているかと尋ねる位であるから、まだ何が好みなのかははっきりしないため、一番軟らかくて一番旨いものを、自分が覚えるために同じメニューで出してくれと頼み、7、8回行って習得した。天皇に報告すると、奥の三階で食べようということになり、精養軒からボーイと食器や調理器具を取り寄せて、明治6年10月12日に食事会となった。天皇が「西五辻のするとおりにせよ」と命じたため、落語で伝授役が芋を転がすと、習っているみんなが芋を転がすというような有様であったという。その後、西五辻の奮闘もあって、西洋料理とテーブルマナーが、奥にまで浸透していった。

そして、天皇の身なりも変化していった。明治4年11月21日から23日（1872年1月1日から3日）、天皇が横須賀造船所に行幸した際にオーストリア人の写真師であるシュティルフリートは、天皇を隠し撮りした。天皇は小直衣姿で椅子にすわり、直垂を着た三条実美が近くに侍座し、侍従や政府のお雇い外国人とともにいるところを撮られた。この時期までの国内では、天皇というのは、その姿を一般庶民が見てはならないもの、極めて恐れ多いものという認識があり、江戸時代までの一般的天皇観を強く引きずっていた。しかし、当時の欧米における日本への関心の高まりによって、国内外の一般人が見たことのない天皇の写真は大きなビジネスチャンスであり、それがシュティルフリートが天皇を盗撮した動機だった。日本の外務省は驚愕し、オーストリア公使に働きかけ、シュティルフリートのネガ、および紙焼き写真を没収し、日本国内では天皇のこの写真を売ることができなくなったが、没収されなかった第二のネガで紙焼き写真を作り、それが外国で販売されてしまった。当時、オーストリア人を含めた欧米人は治外法権にあったこともあり対策は困難であった。撮影者のシュティルフリートも結局罰せられることはなかった。日本政府がシュティルフリートのネガと紙を買い上げることによって、シュティルフリートが盗撮した写真が極力外部に漏れないようにしたのは、天皇の御姿は人目に晒してはならないとする伝統的な天皇観に基づいていた。しかし、この盗撮を契機に、天皇はどうあるべきかという近代的課題に政府は直面したのであった。

この一件の少し前、明治4年11月12日（1871年12月23日）、欧米列強との不平等条約改正を目的として、岩倉具視を特命全権大使とした岩倉使節団が横浜を出発した。明治4年12月6日（1872年1月15日）、アメリカのサンフランシスコに上陸した使節団一行は、同年2月3日（3月11日）よりアメリカとの条約改正交渉を始めたが、交渉は開始直後に頓挫した。アメリカ側は、国家間の条約交渉においては国家元首の正式な委任状が必要だという。使節団は天皇の委任状を持参しておらず、岩倉がいくら「私は天皇の信任を受けた全権大使」だと口頭で主張してもアメリカ側は納得しなかった。国際的な交渉の難しさを知った一行は、天皇の委任状を受け取るために副使の大久保利通と伊藤博文を一時帰国させることにした。明治5年3月24日（1872年5月1日）、大久保と伊藤は日本に帰国した。この時、随員の小松済治を通して岩倉は宮内省に天皇の肖像写真作成を要請した。当時、高位の階級や、一定の共同体にある名士が挨拶時に自分の写真を贈与・交換する風習があり、王侯貴族や政治家・高官などが外交交渉を行う場合には国家元首の肖像写真を交換するのが慣例となっていた。写真の交換は国家間の友好を意味し、互いに平等に元首を確認する儀式的行為でもあった。国家元首の写真を求められた使節団は早急に天皇の写真が必要になったのであった。歴史上初めての天皇公式写真を誰に撮らせるのか、大久保・伊藤帰国後の数週間に議論があったが、最終的には、当時国内トップクラスの写真師であった内田九一に決定した。依頼を受けた内田は明治5年（1872年）4月に天皇と美子皇后の写真を撮影した。この時撮影された天皇の写真は、束帯姿と小直衣姿であったが、近代国家の元首らしい洋装姿の天皇像を望んだ大久保と伊藤は、出来上がった天皇の写真に難色を示した。 そこで、再び撮影をすることになった。5月からの巡幸で用いる燕尾型正服を着用した上半身の写真が撮影された（この時点では天皇はまだ髷を結っていたため、帽子によってそれを収めている）。この写真が束帯・小直衣姿の写真とともに、岩倉使節団の元に送られた。それとともに、乗馬姿の全身像も撮影された。明治4年（1871年）12月から、軍隊の操練を本格的にするようになった天皇は、その際に軍服を着るようになっていたが、明治5年4月の、この写真撮影以降、天皇は公務の際にも洋装をするようになった。

明治5年（1872年）4月に内田九一が撮影した明治天皇の写真


束帯姿の明治天皇

小直衣姿の明治天皇

燕尾型正服姿の明治天皇

騎乗する燕尾型正服姿の明治天皇

明治5年5月15日（1872年6月20日）、京都で暮らしていた旧公家の橋本実麗が親子内親王からの伝言奏聞のために参内して天皇に謁見し、拝伏して伝言を奏聞した後、面を上げると、洋服姿で椅子に腰かけた天皇の姿があり、また廊下に敷かれた絨毯にも気づいて、宮廷の急速な西洋化に狼狽したという。この時すでに宮中勤務の侍従たちは靴を脱ぐ必要がなくなっており、執務は椅子に座って行われるようになっていたのである。

明治初年以来進んでいた電信網の整備も天皇に影響を与えるようになった。日本に電信線を架設することが決定されたのは、明治元年12月の新政府の廟議によってであり、イギリス人電信技士ジョージ・M・ギルバートがお雇い外国人として雇われて来日して以降、日本の電信網整備が始まった。明治2年（1869年）8月に横浜市内の灯明台役所から日本大通の裁判所までの間に電信線が架設されて試験的に運用されたのを最初として、明治2年9月19日（1869年10月23日）から横浜電信局と東京築地東京電信局（東京傳信機役所）の間の約32キロに電柱593本と電信線が架設する工事が行われ（この10月23日は現在電信電話記念日となっている）、年内に工事を完了させて、明治2年12月25日（1870年1月26日）から日本最初の公衆電気通信業務が開始された。この時に使われたのはオーストリアから贈呈されたエンボッシング・モ－ルス機であり、使用された和文モールス符号は、ギルバートから通信技術を学んだ外務省大録訳官子安俊の考案といわれる。明治3年11月1日（10月の説もあり）に天皇は皇居においてこのエンボッシング・モ－ルス機を天覧している。

明治政府は日本全国に電信網を急速に整備し、明治6年（1873年）には青森-東京-長崎を電信線でつなげ、明治15年（1882年）までにはほぼ日本全国の主要幹線網を完成させている。幕末以来の政治的混乱がいまだ多い時代だった明治初期に明治政府はこんなに早く電信情報インフラを整備したのである。また明治4（1871年）には デンマークの大北電信会社によって長崎-上海間と、長崎-ウラジオストク間の海底ケーブルが敷設されていたため、日本からヨーロッパへの国際通信も可能となった。東京から長崎、ウラジオストクからロンドンを経由してニューヨークまで届くようになったのである。欧米の最新情報が日本にすぐ伝達されるようになり、天皇も外国の国家元首に吉兆があった場合などにすぐに祝辞やお見舞いの電報を送ることができるようになった。

明治5年5月23日から7月まで天皇の西国巡幸が行われた。江戸行幸の時のような旧態依然とした鳳輦に乗っての大行列の行幸とはだいぶ異なり、燕尾型の洋服を着用し、少数の臣下だけを伴って騎馬や乗艦を組み合わせての近代的君主としての最初の行幸となった（詳細は後述）。

明治5年9月12日（1872年10月14日）には日本最初の鉄道である新橋-横浜間の鉄道開通の開業式典に臨御している。日本に鉄道を敷設することが決まったのは、明治2年11月10日（1869年12月12日）のことで、この時政府は東京から京都・大阪を経て兵庫を結ぶ鉄道の建設を政府事業として行うことを決定したが、路線を東海道経由にするか、中山道経由にするか、軍事上の問題も考慮されてなかなかまとまらず、まず距離が近く地形が平坦で建設が比較的容易と考えられた東京-横浜間に日本最初の鉄道を敷設することを決定した。イギリス鉄道技術者たちがお雇い外国人として招かれ、彼らの指揮のもと、明治3年3月（1870年4月）から鉄道敷設工事が開始された。まず開通したのは品川-横浜間であった。東京(新橋)-横浜間の正式開業に先立って、明治5年5月7日（1872年6月12日）からこの区間が仮開業された。仮開業当初は両駅間は直通で、時速およそ40キロメートル、所要時間は35分だったというが、当時の日本人にとっては驚愕の文明開化の機器であり「あたかも人間に羽翼を付して空天を翔けるに似たり」（『横浜毎日新聞』明治5年6月10日付）と報道されている。6月5日には同区間に神奈川駅と川崎駅が追加され、料金も値下げされたことで利用者数が急増した。

明治5年7月12日（1872年8月15日）には天皇がこの区間の汽車に乗車している。天皇は西国巡幸からの帰路にあり、横浜から品川まで汽車を利用したのである。天皇にとって初めての汽車乗車体験であり、これが「お召し列車」の最初であった。

仮開業の間に品川-新橋間の建設工事が進められてそちらも完成し、明治5年9月12日（1872年10月14日）に東京(新橋)-横浜間の鉄道の開業式が天皇臨御のもと、政府高官や各国外交官などが多数出席して開かれることとなったのである。この日天皇は和装の直衣を着し、午前9時に四頭立て馬車で新橋停車場に到着。午前10時に特別仕立ての列車で新橋を出、54分で横浜に到着。横浜停車場において午前11時から開かれた開業式に臨御した。天皇は「今般、我が国鉄道首線工竣るを告ぐ。朕親ら開行し、その便利を欣ぶ。嗚呼汝百官この盛業を百事維新の初めに起しこの鴻利を万民永享の後に恵まんとす。その励精勉力実に嘉尚すべし。朕我が国の富盛を期し、百官のためにこれを祝す。朕また更にこの業を拡張しこの線をして全国に蔓布せしめんことを庶幾す」（このほど我が国の鉄道の最初の区間が竣工したことを告げる。朕自らが鉄道を開業し、その便利さを喜ぶ。ああ、そなたたち諸官は、この偉大な事業を維新のはじめに起こし、その大きな利益を広く万民に長きにわたって恵もうとしている。その精励さと努力は大いに称賛する。朕は我が国が富み栄えることを期待し、諸官のため祝福する。朕はさらにこの事業を拡張し、全国に線路を敷設することを心から願う）との勅語を述べた 。式が終わった後天皇は楼上の一室で休憩した後、正午に再び列車に乗って新橋へ戻り、午後1時から新橋でも開業式を行った。

この後、鉄道網は急速に全国に広がり、汽車は海の蒸気船と比較して「陸蒸気」と呼ばれ、交通の近代化に貢献した。

明治5年11月9日（1872年12月9日）には太陰暦（天保暦）から西洋諸国で使われる現行の太陽暦（グレゴリオ暦）への改暦を決定した。この日の午前10時に賢所便殿に出御した天皇は、伊勢神宮を遥拝した後、明治5年12月3日（太陰暦）をもって明治6年1月1日（太陽暦）と為す旨を布告した。天皇は改暦を皇霊に報告した後、正院に臨御して三条実美に改暦を行う理由を記した詔を与えた。その中で天皇が指摘した改暦の理由は次の通りだった。太陽の軌道に合わせるため、二、三年ごとに閏月を挿入しなければならない太陰暦は極めて不便であること、それに比べて太陽暦ははるかに正確で四年ごとに一日を加えるだけで済むこと、しかもそこから生じる誤差は七千年に一日の割合に過ぎない。この比類なき精密さこと太陽暦採用を決断した理由であるとしている。これに合わせて時法も改正され、定時法に基づく24時間制が採用された。日本の国際社会への参加が進むにつれ、外交上および経済上の互換性の必要性から必然的な帰結だったと言える。

岩倉具視が岩倉使節団の外遊中、自らが目の当たりにした近代化された欧米の文明についての感想を書いた手紙を日本に送った。そしてその手紙には、岩倉自身が断髪・洋装化した姿を写した写真を同封した。岩倉の写真に影響を受けた公家たちは次々と断髪し、日本の最も伝統的で古風な部分がビジュアル的に近代化しはじめた。そして、明治6年（1873年）3月20日、ついに天皇も断髪を行った。髷を結び白粉をして、奥から表へ出かけた天皇は、公務が終わって奥へと帰ってきた。奥の女官たちは驚愕した。天皇が髷を切っていたのである。天皇の髷は一人の侍従によって切り落とされ、二人の侍従によって調髪された。天皇の断髪が新聞で報道されて以降、断髪をする国民が後を絶たなかったという。

明治6年（1873年）4月14日から17日、断髪した天皇は、鎌倉で陸軍の野営演習を親閲した。4月15日、雨が降り風も強かったにもかかわらず、天皇は馬に乗り、鶴岡八幡宮前での演習部隊を親閲した。4月17日、天皇は、乗馬で藤沢から神奈川駅に行き、新橋駅まで汽車に乗り皇居に戻った。このように、天皇は、馬のほか、文明開化を象徴する汽車を乗り継いで、野外演習をこなした。

明治6年（1873年）4月29日には天皇は近衛兵約2800人を率いて皇居を出発し、演習が行われる千葉の大和田原（現・習志野）までの30キロ近い行程を乗馬で抜剣して進んだ。近衛都督・陸軍元帥の西郷隆盛も同道したが、肥満して馬に乗れない西郷は、その間ずっと徒歩で供奉し続け、この西郷の行動に、天皇は感銘を受けた。その日の夜は大暴風雨となり、天皇は演習地に天幕を張って将校や供奉員とともに野営した。その時騎兵小隊長を務めていた人物の回想によると「夜中に陛下のテントが吹き飛んだといふことを聞きましたから、そら大変と言って直に駆け付けて参りますと、まだ吹き飛んでしまつたのではございませぬが、宮内省の人夫が網を引つ張たり」しており、天皇のテントは「雨は漏る、水は這入る」という有様だったが、「陛下は泰然として少しも御騒ぎ遊ばさずにおいでになりました」という。また夜中には「西郷隆盛が陛下の御前へ出て『陛下如何』と申上げますと陛下は『随分風も強いが雨が漏るのに困る』と仰せられた」という。30日に雨が上がった大和田原で野戦演習が行われ、天皇が率いる軍に対して、陸軍少将篠原国幹が対抗演習を指揮した。演習が行われた大和田原は、天皇により習志野原と命名されて、以降陸軍の操練場と定められた。

その後も西郷は、天皇の輔導に努めた。ある日、天皇が落馬して「痛い」と言った時、西郷に「どんな事があっても痛いなどとはおっしゃってはいけません」と叱られたことを天皇は後に語った。この時期の西郷との思い出を、天皇は「あの時に西郷がこういった」「かような折に西郷はこうした」と、生涯にわたって懐かしんだ。天皇の武人的変化は、西郷の個性によって、さらに促進されることとなった。

岩倉使節団の帰国直後の頃の明治6年（1873年）10月には内田九一が三度宮中に召し出され、同年6月に制定されていた御軍服の正装および略服を着用しての天皇の写真撮影が行われ、数種類のポーズで撮影された。この頃には天皇は口髭も蓄えていた。この撮影の際、内田は椅子に腰掛けていた天皇の姿勢を正すために、傍に寄り、天皇の頭に手を触れた。当時は一般庶民が天皇の身に触れることなど想像もできないことであり、近侍の者が内田の無礼を責め、厳罰を加えると怒鳴ったが、天皇は微笑して「写真撮影の際はわが体といえども彼の手中にある。咎めるには及ばない。」と述べたという。

明治6年（1873年）10月に内田九一が撮影した明治天皇の写真


御軍服の正装の明治天皇

略服の明治天皇

撮影された天皇の写真は、全国の各府県に伝達された。同年12月に写真が到達した宮崎県では、道筋を掃除して「臨幸」として迎えている。とはいえ、当時の奉置の様子は、祝日に掲示して自由に参観させるという形式が多かった。のちの学校への下賜に先だって、祝祭日を通じて緩やかに浸透していった。

このように廃藩置県を経て、天皇は近代化の象徴としての天皇像が求められ、天皇も柔軟に応えた。そして、その姿は行幸と写真という新しい方法で広められていった。

しかしその後、1880年代になると天皇の写真嫌いが強まっていった。天皇は、写真機を通して肖像を撮り、それを交換するという西欧的な習慣に違和感を覚えていた。それが後に公式写真の撮影をしなくなった原因になった。

明治5年（1872年）5月23日から7月まで、天皇は燕尾型ホック掛の正服に身を包み、六大巡幸の最初となる西国巡幸を行った。この巡幸の目的は、天皇に全国の地理・人民・風土などを視察させる、天皇が将校に率先して艦船を指揮して沿海を巡覧する、そして、政府の方針を知らない人民に行幸によって「開化進歩」を知らしめること等であった。そのため、この巡幸のために大名行列のような交通遮断が行われることはなく、民はいつもと同じように仕事に精を出した。道路を修復したり、不浄の場所を隠すような、まことしやかに偽装された外観で天皇の眼を楽しませることも行われず、天皇はありのままの国の姿を視察した。西郷隆盛はこの行幸に付き添った。西郷にとってこの行幸は、自らが望む武人的天皇像に向かって天皇をさらに成長させ、それを国民に宣伝する意義があった。明治天皇は行幸中、かつてのように鳳輦や板輿に乗って重々しく移動するのではなく、陸上では乗馬や、時には徒歩で、海上では軍艦で、機能的に移動した。これによって、伝統的天皇から武人的・近代的天皇へとイメージの変化がさらに進んだ。天皇の新しい姿は、西国の守旧派に示された。

5月23日に天皇は西郷隆盛、その弟で陸軍少輔の西郷従道ら70余人を率いて品川沖に停泊する旗艦龍驤に乗艦。25日に艦隊は鳥羽湾に到着し、最初の訪問先伊勢神宮へ向かった。地方官が行列を先導し、工部省、海軍省、陸軍省の官吏らが後に続き、侍従2名が剣璽を捧持。天皇自身は騎馬で進み、侍従がその左右を固め、近衛兵が前後を固めた。諸官はいずれも燕尾服を着用して洋刀を行使に差して徒歩で供奉した。伊勢神宮の門前町では、天皇を奉迎した沿道の庶民は、天皇の服装が旧来のものとは異なり、行列も簡素であったことに驚いたが、路傍に座って拍手拝礼した。こうした行列と歓迎の光景はこの巡幸を通じて訪問先各地で繰り返された。

次の訪問先は大阪だった。その途中の航路ですれ違ったロシア軍艦は、龍驤に掲げられた錦旗に敬意を表して国家元首に対する21発の礼砲を撃った。天皇の行幸を知ると大阪市民は献灯を掲げて奉迎の意を表し、迎拝者は天皇が通る道に数多く集まり、拍手して万歳を唱えた。松島居留地の外国人も沿道に篝火を焚いて脱帽敬礼して天皇の行列を迎えた。

5月30日に大阪を立って京都へ向かった。3年以上ぶりに京都に戻ってきた天皇に京都市民は「親しく天顔を拝して感泣せざる者なく」だったと記録にある。天皇は中山忠能や親子内親王、淑子内親王など身内の者を引見した後、京都の産物を陳列した博覧会に出席。伝統的な織絹だけではなく、新発明の米搗器やこうもり傘なども展示されていた。その後地元中学校にも訪問し、生徒たちの句読、暗誦、算術、外国語などの試験の様子を視察した。ついで華士族の子女（後に平民の子女も入学可能となった）に英語、ドイツ語、フランス語、手芸を教える目的で創設された新英学校女紅場（後の京都府立第一高等女学校）を訪問。同校の外国人教師たちに次の勅語を与えた。「生徒教育尽力ノ段、朕甚ダ之ヲ嘉ス、朕更ニ汝等ノ勉励シ生徒ヲシテ益研学懈ラザラシメンコトヲ望ム（生徒の教育に尽力してもらい、朕は非常に嬉しく思う。今後とも更に勉励し、生徒が研鑽を怠らないよう指導してくれることを望む）」。この時以降天皇は各地の巡幸の際にその土地の物産の視察を欠かさなくなり、また学校を訪問して化学の実験を見学したり、生徒が外国語と日本語で行う演説に耳を傾けるのが常となった。また野営地のある場所では必ず部隊を閲兵した。今回の巡幸を通じて天皇は近代日本の将来は産業、教育、軍隊にかかっていることを理解したのである。

天皇は、鎮台・大阪造幣寮・長崎造船所・各府県庁など近代化の拠点も訪問し、開化の進展を見届けた。九州に入り、肥後国小島では、干満の測定ミスをした海軍小輔の川村純義に対して西郷は激怒、庭にスイカを投げつけ粉砕した。天皇は二階からその一部始終を見ており、この出来事を「あの時は、西郷が怒ってのう」と、後々まで語りぐさにした。長崎では、天皇の洋装反対意見が出されたが、西郷は「未だ世界の大勢を知らざるか」と大声で叱った。

6月22日（7月28日）に鹿児島に到着。旧鹿児島城内にある鎮西鎮台分営（旧島津邸）を鹿児島における行在所としたため、鹿児島城に入城した。鹿児島港では陸海軍の対抗演習が天覧に供された。これは文久3年（1863年）の薩英戦争の場面を再現したものだった。現在その演習のあった天覧所の跡地（桜島フェリー乗船場付近）には「明治天皇行幸所舟形台場」碑が残されている。さらに田ノ浦の陶器会社の薩摩焼の製造、磯の紡績場や大砲製造所などを視察。さらに地元の人々によって御田植踊、桜島踊、太鼓踊、相撲などが天覧に供された。

鹿児島では、大臣たちが陪食した時に天皇がよく語ったもう一つのお気に入りの逸話があった。鹿児島に暮らす外国人の家に天皇と供の者数名が休憩した時に、その家の老婆が素晴らしい西洋料理と茶菓子でもてなしてくれたという。しかし彼女は「朕の誰れなるかを知らざるが如くなりき」であったと天皇は笑ってこの話を締めくくるのが常だった。

天皇が鹿児島を立った後には鹿児島市民に行在所の拝観を許され、夜明け前から拝観のための長い行列ができた。鹿児島市民は天皇が神代三陵を遥拝した際に膝の下に敷いた薦の切れ端と、涼み台として使った御涼櫓装飾の杉の葉を拝戴し、災厄払いの護符にした。

天皇は鹿児島から航路で7月4日に四国・丸亀に到着。崇徳天皇の白峯陵、淳仁天皇の淡路陵を遥拝した。しかしこの日、東京からの知らせで旧薩摩藩兵が大半を占める近衛兵の間で衝突が起きたという報告がもたらされ、薩摩出身の西郷隆盛と従道はこれを沈めるべく緊急に軍艦で東京に戻っていった。しかし天皇は予定通りの巡幸を続け、神戸に寄港し、その後横浜へと帰路に就いた。

8月10日、西郷は寺田弘への書状で、行幸が盛り上がりありがたいことであると述べ、8月12日の大久保への書状では、無事に行幸が終わり、保守的な京都の人心もかなり政府を支持する方向になったこと等を報じた。この巡幸は、天皇に国土を学ぶという経験を与えた。それに加えて、天皇にとっては西郷隆盛と行動をともにしたことが大きかった。

明治5年8月1日（1872年9月3日）に日本最初の公立図書館書籍館ができたのを機として、翌2日（9月4日）に天皇は学事奨励、学制の制定に関する被仰出書を出し、その中で「自今以後一般人民邑に不学の戸なく、家に不学の人なからしめんことを期す」との聖旨を表明した。

その聖旨に基づき太政官が日本の公教育の始まりとなった学制を発布し、日本において普通教育制度が始まった。

学制は、学校を大学校・中学校・小学校の三等制にし、日本全国の学区を8大学区に分け、各大学区に大学校を1校設立し、1大学区を32中学区に分けて、各中学区に中学校を1校を設立し、1中学区を210小学区に分け、各小学区に小学校を設置することで、全国に8つの大学校、256の中学校、5万3760の小学校を設置するものと定めている。そのため、学制の公布以降、日本全国で小中学校が急ピッチで建設されていき、明治12年までには小学校2万8035校、就学児童は221万6007人に及んだ。学生発布の明治5年時と比較すると学校数は1万5467校、就学児童数は102万7639人も増加している。また師範学校や中学校も急速に増加し、これらは同じ時期までに196校、生徒1万4512人を数えた。廃藩置県で藩校は廃され、私塾や寺子屋の類も順次廃業が進み、小学校が全国民共通の普通教育のスタートラインとなり、身分階層や男女の別なく全国民に等しく開かれた単一の学校体系が生まれた。

全国を8つの大学区に分けたり、大学・中学・小学校という三等に区分したり、小学校在学期間を6歳から13歳としていることや、6歳前の幼稚小学の制度などは、フランス学制の影響が認められる。また、大学区内に督學局を設け、文部省との連携で管内の学校運営全般を指導監督する教育行政システムや、小学校教員を養成するための師範学校の創設などもフランスの影響と思われる。就学費用が受益者負担なのもフランスと同じだが、当時アメリカとプロイセンが世界に先駆けて行っていた義務教育（小学校）無償化の実現は、当時の日本の財政事情ではまだ不可能であり、その実現にはさらに30余年が必要であった。

学制は、単一制度の小学校を、その後の全ての上級教育機関の基本階梯として義務付けたが、これは国民が等しく同じ初等教育を受けるという教育の機会均等という民主的理念に照らして大きな意義があった。それはアメリカの学制と同じシステムであり、いわば「単線型教育体系」というべきものである。これに対して欧州諸国では、中等教育が独自の初等予備教育を行う付属の学校を持つ教育体系と、一般の初等教育・職業教育の教育体系の二種が存在するという「複線型教育体系」が一般的だった。ヨーロッパでは、貴族・支配階級と庶民を分ける必要から、19世紀後半から20世紀に至ってもこの複線型教育系列が主流だったのである。初等教育の一元化に限れば、日本の「学制」は、ドイツに48年、イギリスに72年、フランスに87年先行していた。

アメリカ南北戦争の際、帝政ロシアはニューヨーク湾に艦隊を派遣して英仏を牽制したため、米国大統領ユリシーズ・グラントはそれを感謝しロシア皇帝アレクサンドル2世の第4皇子アレクセイ・アレクサンドロヴィチ（ロシア語版）大公をアメリカに招待し、大公は明治4年（1871年）からフリゲート艦「スヴェトラーナ」でアメリカを訪問。その帰路に大公はアジアにも回航し来日を希望したため、天皇の招待を受け、大公の日本への公式訪問が決まった。有栖川宮熾仁親王が筆頭の接伴係に任命されて接待の準備にとりかかり、エディンバラ公来日の先例に倣って国賓として迎えることになった。

天皇がアレクセイ大公を引見したのは10月17日（11月17日）だった。エディンバラ公の先例を踏襲し、天皇は有栖川宮熾仁親王とともに大広間の上段に立つ立礼で迎え、アレクセイ大公は上段に設けられた天皇と向かい合った席に招かれて会談を行った。翌日10月18日（11月18日）に天皇は返礼として大公が滞在する延遼館に初めて行幸、これ以降、国賓が宮中に参内するたびに滞在先への天皇の返礼の行幸が行われるようになる。10月21日（11月21日）には天皇と大公は同じ馬車に乗って日比谷陸軍操練所へ向かい、馬車から閲兵を行った。皇居に戻ると御学問所代で茶菓子が供され、この際にアレクセイ大公は美子皇后にも拝謁し、皇后はこの時に初めて西洋人を目にしたと言われている。

10月25日（11月25日）に天皇と大公は汽車で横浜駅まで移動し、そこから馬車で横浜港に向かい、停泊中の日本軍艦の龍驤とロシア軍艦のスヴェトラーナに相互に乗艦しあい、日本艦隊6隻を閲艦。またスヴェトラーナでは昼食を供された。天皇が外国軍艦に乗艦するのも、外国人と食事を共にしたのもこれが初めてである。ブラックによればアレクセイ大公は「宮廷馬車で陛下と同席が許された最初の外国人」であるといい、天皇がロシア艦に行幸したのは「これまでにミカドの示したヨーロッパ式儀礼のうちで、一番驚くべき進歩の徴（しるし）だった。」と記している。また「私の記憶に間違いがなければ、陛下が公衆の面前で、日本の礼装をした最後の機会だった」という。

清国属国ながら実質的に薩摩藩支配下にあった琉球王国について、新政府は発足当初より日本の領土として捉えていた。明治2年（1869年）2月の段階で京都府が天皇の東幸についての告諭の中で「（天皇の）深思ノ思召ハ蝦夷琉球ノハテトモ日本ノ土地ニ生レシ人々ハ赤子ノ如ク」という言葉を使用していることからもそれが分かる。廃藩置県後の明治5年1月に大蔵大輔井上馨は、琉球について日本本土の諸藩と同様に版籍を収納し、その所属は日本にあることを内外に明示すべきであることを正院に報告している。同月、鹿児島県参事大山綱良は、琉球駐在県役人を通じて、王政維新以来、琉球国王がいまだに天皇への拝謁を行っていないので国王はただちに維新慶賀の使節団を東京に上京させるベきことを琉球に命じた。

琉球国王尚泰は了承し、維新慶賀使を9月3日に東京へ送った。使節団は9月14日に太政大臣三条実美以下重臣たちが立ち並ぶ中、天皇に拝謁した。尚泰は使節団に持たせた天皇宛ての書簡の中で遥南方の島にて伏して維新の盛事を聞き及んで喜びに堪えない旨を表明し、これに対して天皇は長らく薩摩属国であった琉球が朝廷に忠誠を誓ったことを満足に思うとの勅語を与えるとともに、尚泰を琉球藩王および華族に任じる詔を与えた。日本本土では「藩」はこの前年の廃藩置県によって全て解体されていた。にもかかわらず琉球でのみ藩を復活させたのは、ゆくゆくは藩を解体させたのと同じ過程によって琉球を日本政府の統治下に収めるための暫定的な処置だったからといえる。

尚泰が天皇から琉球藩王に任じられたのを機に、外務卿副島種臣は東京駐在の外国公使たちに対して日本が琉球について全権限を有していることを通達した。しかし清は琉球への宗主権を主張し、日本の琉球領有権主張に異議を申し立ててきた。

明治6年（1873年）3月9日に副島に対して、この前年に起きた台湾に漂流した琉球国宮古島の島民54人が台湾原住民パイワン族に虐殺された事件「宮古島島民遭難事件」についてその罪を清国に糾明すべきことを命じる上諭（勅命）を出した。この上諭の意図は琉球島民が日本人であることを清に認めさせることにあった。また間接的には清国が台湾全島を領有しているというなら台湾の「生蕃人」（台湾原住民）を罰することによってのみそれが証明できるという、清の台湾領有権主張に対する異議申し立てでもあった。

北京に到着した副島は、清国当局と各国公使が皇帝謁見の礼式で膠着状態になっていることを知った。各国公使は西洋諸国の外交慣例に従って清国皇帝は立礼でもって公使たちを迎えるべきであると要求したが、清側は皇帝は世界で最も尊い存在であるので立って出迎えるなど以ての外であり、逆に各国公使に対して額を地に叩きつけて皇帝に拝礼する三跪九叩頭の礼を要求した。各国公使はそんな屈辱的な礼式には応じられないとして断ったので、いつまでたっても皇帝の謁見が受けられず押し問答になっていた。副島も清国当局から皇帝に拝謁したいなら三跪九叩頭の礼を取るよう求められたが、副島はこれに激怒し、自分は明治天皇の代理として来ており、天皇の威信に関わる跪礼は応じられないと断り、もし自分が頭を下げねばならないのなら皇帝もまた同様の礼をもって報いてもらいたいと要求した。また天皇の代理として来ている自分は、公使として来ているに過ぎない各国の駐在外交官よりも優先的に皇帝の謁見を受けるべきと主張した。中国古典に詳しかった副島は終始中国の聖賢の教えを引用しては自己の見解の裏付けに使った。たとえば外国人に対する中国人の侮辱的な態度を非難する際には周公の言葉を引いて「夷モ亦人国也、君子ヲ以テ待テバ即チ君子ト為リ、蛮夷ヲ以テ待テバ即チ蛮夷ト為ル（野蛮人もまた人間である。もしこれを君子として遇するなら即ち君子となる。しかし野蛮人として遇するなら即ち野蛮人となる）」と述べた。西洋の外交礼式を押し付けてくる西洋諸国の使節団に対して、中国の古典を引用して反論する副島は清皇族恭親王奕訢の関心を得たらしく、6月29日に至って副島は各国使節に先駆けて跪礼はしなくてよいとされて三拝の礼で皇帝の謁見を受けている。

一方本題である台湾問題については、6月21日に外務大丞柳原前光が総理衙門（清国外務省）で交渉に当たっており、柳原は台湾問題について次のように主張した。清国はいまだかつて台湾島の半分以上を支配したことがなく、二年前に日本人漂流民を惨殺した島の東部にすむ「生蕃人」にも支配力が及んでいない。日本としては生蕃人に対する征討軍を派遣するつもりであるが、生蕃人は清国領土に隣接する地域に住んでいるのであらかじめ日本の意図を貴国に伝えておくのが妥当だと考える。この発言に対して清側は、琉球人が殺されたのは知っているが、日本人が殺されたとは聞いていない。生蕃人の襲撃を免れた琉球人の生存者はすでに清国官吏により祖国である琉球王国へ送還されたので日本には何の関係もないと反論した。柳原は琉球は久しく薩摩の属国であり、したがって琉球人は日本国臣民として日本政府の保護下にあると反論した。その後の議論の中で清国はついに清の支配は台湾全島には及んでおらず、（清国の統治に服する「熟蕃」に対して）「生蕃」（漢化していない台湾原住民）は支配下にないと認めた。この発言は日本による台湾「生蕃」地域への攻撃を正当化する言質となった。さらに朝鮮問題について清当局は朝鮮国王は清国皇帝が任命しているが、朝鮮国内の統治及び戦争平和の問題については全て朝鮮国の手中にあると述べた。この言葉から柳原は、日朝が戦争になったとしても清国は介入しないという確信も得た。

副島は意気揚々と帰国の途についた。日本は今や台湾と朝鮮に拡張できるのだった。副島は横浜に戻るまでに寄港した日本各地で英雄並みの歓迎を受けた。7月27日に副島は天皇に拝謁して清国皇帝の復書を捧呈、天皇は副島の労をいたわって酒饌を下賜した。

明治4年（1871年）の廃藩置県後に導入された太政官三院制の下では各省庁の権限が強化されたため、各省庁は自主的な政策運営に乗り出して省庁間の政策競合化のような現象が生じた。特に明治6年（1873年）は留守政府の開明政策が多く展開された年だったためにそれが顕著となった。徴兵令を布告して近代国民軍の形成を目指す陸軍省、学制を発布して普通教育普及を目指す文部省、司法職務定制を定めて日本各地に裁判所を設置して司法権の地方官からの回収を目指す司法省などが、各々の政策の実行のために大蔵省に予算を要求した。

一方、岩倉使節団に参加して日本を不在にしている大蔵卿大久保利通の留守を預かっていた大蔵大輔井上馨や大蔵少輔事務取扱渋沢栄一ら大蔵省首脳部は緊縮財政の方針を立てていたため、多額の予算を要求する他省庁との間で衝突が絶えなかった。特に明治6年予算をめぐる紛議は深刻化し、司法卿江藤新平が大蔵省の厳しい査定に反発して辞職を表明する騒ぎになり、本来各省庁の調整を行うべき正院は、三条実美と大隈重信を軸としていたこともあり、有効な仲裁者となりえず、5月には痺れを切らした井上馨や渋沢栄一ら大蔵省首脳部が辞職するという事態に陥った。この予算紛糾は留守政府の限界や太政官三院制の抱える矛盾などが一気に噴出したもので、そのしこりがこの直後に始まる征韓論論争の底流にあったといえる。

鎖国体制を取り続けていた李氏朝鮮は、交易・外交関係を開こうという日本に対して門戸を閉ざし続け、日朝関係は悪化を続けていた。そんな中の明治6年（1873年）7月に対馬人以外の日本人が朝鮮の倭館に出入りしていることが発覚したとして、朝鮮政府が倭館に「潜商禁止の令」を掲示したことで情勢は緊迫化した。朝鮮側の主張は、対馬島を介しての両国交易は伝統的な「不易之法」であり、対馬以外の他島人の交易は我が国が許すところではない、このような潜商が倭館が自由に出入りしているということは、日本は「無法之国」となったことを意味する。倭館の者たちよ、あとで後悔することがないように我が国の非難を頭領に報告すべし、というものである。

一応これは日本人全般への批判ではなく、日朝貿易の伝統的枠組みを逸脱したところで商取引をした日本人商人に批判の的を絞ったものだったが、当時の日本人にこの侮蔑の言葉をそのように解釈する者はなかった。特に「無法之国」なる表現は日本の名誉に対する侮蔑以外の何物でもなかった。日本中で朝鮮に対する怒りの声が巻き起こり、朝鮮出兵の呼び声は高まった。

天皇は情勢を深く憂慮し、太政大臣三条実美に朝鮮事件処理の勅命を下した。閣議を招集した三条は、日本は朝鮮との善隣の道に努力してきたが、それは侮蔑により報いられただけだった。事態ここに及んでは日本は朝鮮にいる居留民保護のため陸海軍の小部隊を派遣するべきであり、その数は必要とあればいくらでも増強できると述べた。これに対して西郷隆盛は今にわかに軍を派遣すれば朝鮮人民は日本に併呑されるのではないかという猜疑心を持つようになるに違いなく、これは我が朝廷の遺志に反する所である。まずは全権使節を派遣し、日本の真意を伝えて朝鮮を説諭すべきである。もし朝鮮がこれを聞き容れず、使節に無礼を働くようであれば、その罪を天下に鳴らし、朝鮮を討てばよい、その使節には自分がなると主張した。

閣議に出席していた留守政府の政府高官たちはことごとく西郷の意見を支持したが、この時には岩倉具視以下岩倉使節団に参加している政府高官が日本にいなかった。三条は岩倉に早期帰国して閣議に加わるよう求める電報を打った。しかし8月3日には西郷が三条に書簡を送って閣議の結果を断固実行に移すべきことを要求した。三条から返信がないことに苛立った西郷は、8月16日には直接三条のもとを訪ねて次のように論じた。もし岩倉の帰国を待っていたら時機を逃がすことになる。使節を送れば朝鮮は必ず使節を殺す。それでこそ軍隊を派遣しその罪を鳴らす名目が立つ。昨今の国内情勢は内乱の発生を望むかのような兆しが満ち満ちている。この際国内に鬱積した怒りの切っ先を外へ転じて、以て国威を海外に発揚すべきである。

西郷の熱弁を前にして三条は、西郷を思いとどまらせるのは無理と判断し、8月17日にも閣議を招集して西郷の提案通り朝鮮への使節派遣を決定した。閣議で反対を表明したのは黒田清隆だけだった。彼は日露間で紛糾している樺太問題の解決の方が重要で、またもし仮に朝鮮に使節を派遣することになったら西郷ではなく自分が行くと主張した。

一方天皇は8月5日に皇后とともに避暑のため神奈川県箱根宮ノ下へ移っていた。元来政務に熱心な天皇は私的な理由で東京を離れることを嫌ったが、明治6年夏の東京の酷暑は尋常ではなく、さすがの天皇も参ったようである。そのため政府閣僚らは裁可を仰ぎに箱根まで行かねばならなかった。8月19日には三条が宮ノ下にやってきて天皇の拝謁を受けた。天皇と三条がこの時にどんな会話をしたのかは不明だが、最終的に天皇は、西郷の朝鮮派遣の件は岩倉の帰国を待って閣議で十分な議論を尽くし、その上で朕に報告せよ、という聖断を三条に与えている。三条は使節派遣を閣議決定しながらも揺れ動いており、岩倉が早期帰国して意見を述べてくれることに期待していたから、この聖断に胸をなでおろして東京へ帰り、西郷に天皇の勅命を伝えた。岩倉の帰国を待てという天皇の勅命が天皇自身の決断なのか、三条の度重なる説得の結果なのかは不明である。

西郷は7月29日から8月17日まで板垣退助に三通の書簡を送っているが、即時朝鮮出兵を主張する板垣の意見に反対している。そこでの西郷の主張は「軍隊は目下ロシアの北方からの侵略に備えて必要である。然るべき理由もないのに戦端を開いたらこちらの討伐の名目が立たない。まずは使節を送るのが望ましい。そして日本が使節を送ってくれば朝鮮は必ずその使節を殺す。そこでお願いだが自分を使節にしてほしい。副島種臣（外務卿）のような立派な使節はとても務まらないが、死ぬぐらいなら自分にもできる。」という閣議での発言と同じ趣旨のものである。毛利敏彦は、この書簡は板垣に西郷の使節任命を後押ししてくれるよう頼んだものだろうと見、それは西郷がいくらこだわっても外交交渉にたけた副島種臣が使節に任命される可能性が決して少なくなかったからであると分析する。また、もし西郷の見立て通りに事が進んだ場合、使節となった西郷は死ぬことになるが、この頃の西郷の書簡は「死」を意識したものが多い。持病の悪化で苦しんでいた時期であり、無意味に病に倒れて死ぬのを恐れていたのではと考える歴史学者もある。

9月13日に岩倉が帰国。それより前に一足早く帰国した木戸孝允が9月上旬に三条と会談しており、内政優先から朝鮮への使節派遣に反対したが、当時木戸は体調を崩していたため、岩倉は木戸より大久保に期待を寄せて彼を参議に引き立てようとした。洋行中に大久保と不仲になっていた木戸すら大久保の尽力に期待した。大久保は当初参議就任を渋っていたが、副島種臣も参議にすることを条件に承諾。西郷派に回る可能性が高かった副島をなぜ大久保が参議に推したかは不明だが、ともかく岩倉は大久保の助力を必要としていた。10月中旬に天皇は岩倉の奏請に応じて大久保と副島を参議に任じた。

顔ぶれがそろうと10月14日に閣議が開かれた。閣議で岩倉は外交上の3つの懸念事項として、樺太、台湾、朝鮮を挙げ、樺太問題が先決すべき外交問題である論じた。しかし西郷は朝鮮の事件こそが皇威、国威にかかわる最も重要な問題と主張して真っ向から対立。4人の参議（板垣退助、後藤象二郎、副島種臣、江藤新平）が西郷支持、3人の参議（大久保利通、大隈重信、大木喬任）が岩倉支持で政府が真っ二つに割れた。

この征韓論論争の最中に三条が病気になったので天皇は侍医2人とドイツ人医師2人を三条邸に派遣し、10月20日には自らも三条邸を訪問して三条を見舞った。天皇は政治的空白を作るまいと、その足で岩倉邸にも行き、岩倉を太政大臣代理に任じた。これにより岩倉が政局をリードするようになった。10月23日に岩倉は征韓論について「臣その不可を信ず」という反対理由を記した意見書を天皇に奏上した。その中で岩倉は次のように論じた。維新以来4、5年しかたっておらず、いまだ国の基盤は不安定である。軽々しく外国と紛争を起こしている場合ではない、朝鮮との戦争は使節の到着とともに勃発することが予期される。したがって使節派遣は国力が充実するまで待つべきである。さもなくば大惨事を招く。

10月24日に天皇は裁定を下した。宸翰の勅書を出して岩倉の意見に支持を与えた。この天皇の裁定によってすべては決し、征韓論は消え、西郷ならびに西郷を支持した参議4人（板垣、後藤、副島、江藤）は全員病気を理由にして辞任することになった。天皇はこの征韓論論争に大いに心を痛めたが、朝鮮をめぐる危機はひとまず収束した。

この征韓論論争で西郷と西郷を支持した留守政府の政府高官たちの多くが下野した結果、政府内では大久保利通の権勢が突出するようになった。大久保は明治6年に内務省を新設して内務卿に就任し、事実上の大久保政権を誕生させた。大久保は、岩倉具視、伊藤博文、大隈重信の協力・補佐を受けて、征韓論論争の余波をできる限り取り除くべく、行政改革に着手し、参議と省卿を分離したことが各省の独走を招いて予算紛議のような事態を招いたことから、参議・省卿兼任制に変更した。

しかし西郷下野の影響は深刻だった。西郷支持派が多い近衛兵の脱走、帰郷に歯止めがかからなくなり、その中には天皇の侍従を務めた島義勇や村田新八も含まれた。西郷辞職の翌日に天皇は篠原国幹以下佐官将校クラスを小御所代に召したが、篠原らは応じなかった。10月下旬に天皇は再び140余名の近衛将校を召したが、病気を理由に参内しない者が多かった。まばらに集合する近衛将校団を見た天皇は憂慮の念をもらしている（『明治天皇紀』）。天皇の権威の失墜は隠しようがないものだった。

明治6年は天皇にとって厄年のような年で征韓論騒動以外にも様々な不幸に見舞われた。特に辛かったのは権典侍葉室光子が明治6年9月18日に明治天皇の第一皇子を儲けるも即日薨去し、光子も産後に容体を悪化させて4日後に死去したことであった。さらにその直後には橋本夏子が第一皇女を儲けるも死産だったうえ、夏子も産後の容態悪化で死去してしまった。天皇は悲しみのあまりしばらく酒にふけった。

さらに同年5月5日には皇居において女官の火の不始末が原因で物置から出火し、折からの強風に煽られて皇居全域が焼失する事件が起きている。皇居の前身である旧江戸城は安政6年(1859年)10月の火事で本丸、ついで文久3年(1863年)6月の火事で西丸が焼失していた。いずれも焼失後に再建の普請が実施されるも、西丸普請中に本丸が再焼失し、本丸の再建は断念されたため、慶応4年（1868年）に江戸城が皇居となった際には西丸が残っているのみであった。この明治6年の火事でその西丸も焼失したということである。幸い天皇皇后は無事であり、三種の神器も難を逃れたが、多くの官庁が被災し重要な文書の多くが灰となるなど甚大な被害があった。この後新皇居となる明治宮殿が完成したのは明治22年（1889年）のことであり、それまで天皇は赤坂離宮を仮御所として政務に臨んだ。仮とはいえ当面の天皇の居所、公務の場となる以上赤坂離宮にそれに見合った修繕を施す必要があったが、質素を旨とする天皇はその経費として5万円を上限に定めた。天皇はそれを徹底するため三条太政大臣に勅を下し、仮御所修繕のことで民衆に負担をかけないよう命じた。

明治6年（1873年）7月28日、明治天皇は正院がまとめた地租改正法案を裁可し、自らの上諭を付して布告した。天皇の上諭部分の内容は以下のとおりである。「朕惟フニ租税ハ國ノ大事、人民休戚ノ係ル所ナリ。従前其法一ナラス、寛苛輕重率ネ其平ヲ得ス。仍テ之ヲ改正セント欲シ乃チ所司ノ群議ヲ採リ、地方官ノ衆論ヲ盡シ、更ニ内閣諸臣卜辨論裁定シ、之ヲ公平畫一ニ歸セシメ地租改正法をヲ頒布ス。庶幾クハ賦ニ厚薄ノ弊ナク、民ニ労逸ノ偏ナカラシメン。主者奉行セヨ。」（朕が思うに租税は国の重要な問題である。それは人民の幸・不幸に関わるからである。従前の制度は統一的ではなかった。租税負担が寛大だったり苛酷だったり、軽かったり重かったりがあって概ね不公正であった。よって朕はこれを改正したいと願い、役人たちに議論を行わせ、地方官たちの意見を引き出し、さらに内閣の大臣らと討議をして裁定した、公平にして統一的な制度に帰すための地租改正法を公布する。これによって租税の不公正という悪弊が除去され、民の苦楽に偏りがなくなることを願う。担当者はこの法を執行せよ）

当時法律には上諭（勅語）は付されないのが一般的であったが、地租改正法には上諭が付されており、地租改正がいかに重要視されていたかを物語る。

地租改正の具体的内容の要旨は次の4点である。1、地券調査により「土地ノ代価」を確定し、地租の税率は「土地ノ代価」の100分の3とし、天災等の場合を除き豊凶によって増減はしない。2、地租の納付方法は金納とする。3、地租は個々の土地ごとの土地所有者に対して賦課する（村ではなく個人が課税単位）、4、地価の課税標準である「土地ノ原価」は、一定面積の耕地の収穫高から必要経費（種肥代）と、予定される新地租と村入費（村税）を控除して利益を求め、これを地方慣行の利子率で資本還元して地価を求める。

江戸時代の年貢と比較すると、以下の5点が改善された点である。1、納税義務者、課税標準、税率といった税に関する基本的事項が法定されているため、江戸時代のような為政者の恣意の余地はなく、租税法律主義による予測可能性と法的安定性が確保されている、2、納税義務者は土地所有者個人なので、江戸時代のように村全体が連帯して納税義務を負わされるということはない、3、課税標準が地価であり、税率が3％に固定されているため、江戸時代の年貢よりも歳入として安定している、4、納付は金納であるため、江戸時代の米納と違って納税者に輸送の負担がない、5、法律の適用は全国一律なので、各藩領や幕府領でバラバラだった江戸時代と違って特定の地域が異なる取扱いを受けることはない。

地租改正は非常に大きな意義があったといえる。まずこれまでの年貢は各藩や各幕府直轄地など地域によって負担の軽重があったが、それが解消されたこと、金納になったことで米納のような検見や輸送等の煩雑な手続きも不要になり、政府においてはコメ相場によって税収が左右されることがなくなったこと。また納税義務者が村といった集団ではなく、個人になったため、他の者の納税に左右されることがなく、自己の納税さえすればよく、責任の所在が明確になったこと。地券調査により全国の土地が測量された結果、これまで把握されていなかった土地を含め土地の形状や境界が正確に把握されるようになったこと。地券発行に際して土地台帳が作成されたことで、土地私有化や土地取引自由化とも相まって、土地管理や、民間の土地取引の推進に大きな影響を与えたことなどが挙げられる。

地租改正は江戸時代の年貢制度を抜本的に改革するものとなったが、導入への抵抗はほとんど見られず、比較的スムーズに移行された。その理由は、すでに版籍奉還と廃藩置県によって藩主・藩士による土地支配体制が事実上崩壊しており、地租改正が行われやすい環境がすでに整備されていたことが挙げられる。

日本の三人目の国賓となったのは、明治6年（1873年）8月、世界一周旅行中に来日したイタリア王室サヴォイア家の一員である第2代ジェノヴァ公爵トンマーゾ・ディ・サヴォイア（サルデーニャ王カルロ・アルベルトの第2王子初代ジェノヴァ公爵フェルディナンド・ディ・サヴォイアの長男）である。

ジェノヴァ公が横浜に到着した明治6年8月23日には天皇は避暑のため箱根に移っていたが、天皇が東京へ還幸した後の9月1日に赤坂離宮で天皇に拝謁。ジェノヴァ公は天皇が洋装で迎えた最初の国賓である。9月8日に天皇とジェノヴァ公は日比谷陸軍操練所で飾隊式（観兵式）に臨んで閲兵した後、皇居・吹上御苑の瀧見御茶屋で午餐を取ったが、これは外国からの賓客に対して天皇が初めて行った宮中招宴である。この際に振舞われたのは西洋料理であり、児玉定子はこの時以降宮中の招宴は現代に至るまで全て西洋料理（フランス料理）となり、西洋の礼式をもって行われるようになったと述べている。またこの午餐会の間、前庭では日本海軍軍楽隊が西洋音楽を演奏していたが、これも宮中に西洋音楽が入るようになった端緒である。

台湾「生蕃」人が琉球島民を殺害した事件をめぐる清国との交渉は、明治6年（1873年）6月に副島種臣が清国官吏と談判して以降、遅々として進んでいなかった。そこで明治7年（1874年）1月に大久保利通と大隈重信は三条実美の要請を受けて生蛮問罪について調査し、台湾蕃地処分要略を作成し、その中で、清国政府の声明によれば、台湾「生蕃」地域はどこの国にも所属していない、従って邦人が受けた暴行に対する報復は日本政府の義務であることを指摘した。

3月には大隈重信、参議兼外務卿寺島宗則、駐清国公使柳原前光、陸軍大輔西郷従道が大隈邸に集まって台湾出兵についての具体的な計画を立案した。政府高官の中では木戸孝允が唯一台湾出兵に反対し、台湾出兵が決定された場合には辞職することを表明した。木戸は次のように指摘した。「夫れ国威を海外に張り版図を異域に闢くは、人情豈之れを喜ばざらんや、然れども政府の務、自ら内外本末の弁あり、緩急先後の序あり、今や三千万の民未だ大に政府の保護を被らず、蒙昧貧窮の人未だ権利を持する能わずして、国国たらずと云ふべし（国威を海外に張り、領土を異域に拡張することに喜ばない者はいないだろう。しかし、政府の務めには自ずと内と外、本と末の区別があり、緩急先後の順序がある。三千万の民は未だ政府の十分な保護を受けておらず、無知蒙昧や貧窮に喘ぐ人は未だに権利を持つことができないでいる。こんなことで国が国と言えるだろうか）」。

しかし木戸以外に反対する政府高官はなく、台湾出兵計画は進められた。天皇も台湾出兵に強い関心を示していた。天皇は、4月3日に大隈を召してこれまでの経緯を説明させるとともに、その翌日には西郷従道を中将、台湾蕃地事務都督に任じ、5日には大隈を正院の台湾蕃地事務局長官に任じた。そして4月6日に西郷従道に台湾蕃地処分に関する全権委任の勅書を与えた。勅書には「我国人ヲ暴殺セシ罪ヲ問ヒ相当ノ処分ヲ行フベキ事」とある。またこれと別の特諭十款の中で天皇は次の大要を論じた。生蕃人を自儘に放任すれば、その害極まるところを知らない。「今朕が膺懲（外敵討伐）を行ふの意は彼の野蛮を化して我が良民を安んずるに在り、汝此の旨を体し、事を為すに際しては恩威並び行ふべし、鎮定の後は土人を教導して開明に向はしめ、我が政府との間に有益なる事業を興さしむべし」。

これを受けて西郷従道と大隈重信は長崎に入り、いつでも軍を台湾へ出陣させられる状態を整えた。しかし日本の台湾出兵の動きを察知した米英政府から台湾は清国領とする抗議があり、これが日本政府をひるませた。日本政府はこれ以上の行動に出る前に清国政府に筋を通す必要があると判断し、大隈は帰京を命じられ、従道はそのまま長崎に留まって後命を待つよう命じられた。従道は政府の弱腰に激怒し、次のように述べた。進発をこれ以上遅らせることはできない、諸兵はすでに出陣の態勢にある。遅延はいかなる理由でも士気を大きく損なうことになる。それでも強いて止めようというのであれば、自分は天皇から与えられた全権委任の勅書を奉還し、賊徒となって生蕃の巣窟を攻撃して国家に累を及ぼすことのないよう処置する決意である。大隈は従道の説得に当たったが、無駄であった。従道は諸艦に命令を出して炭水を運びこませた。そのため大隈は東京の正院に宛てて「士気強盛にしてその勢い制し難し」という電報を送った。

4月27日に従道は駐厦門領事福島九成に清の閩浙総督李鶴年に宛てた書簡を届けさせた。その内容は、本官は天皇の大命を奉じ、親兵を率いて今まさに蕃地へと乗り込もうとしている。我が船艦は貴国治下の海域を通過することになる。もとより他意はない。航路を遮断しないでいただきたい。本官の目的は我が国民を暴殺した生蕃を懲戒し、二度とそのような事件を起こさせないようにすることにある。もし清国統治下の台湾府県内に潜入する生蕃があれば、逮捕し当方へ身柄引き渡しをお願いしたい、というものであった。

従道は5月2日に4隻の軍艦に分乗した海陸諸兵千余人を台湾社寮港へ送り、5月17日に自身も台湾へ向かった。台湾を自国領と見なす清国にとっては当然不快極まりない事態で、清政府は5月22日にも軍艦2隻を台湾社寮港へ送り、その艦長が従道と会見して日本軍の撤兵を要求したが、従道は両国の交渉ごとに関しては駐清公使柳原前光と談判すべしとだけ答えた。日本軍は台湾の酷暑のため熱病に苦しめられたが、生蕃討滅作戦は順調に進み、戦勝を収めた。

天皇は、台湾出兵の事後処理のため、8月1日に大久保利通を全権弁理大臣に任じ、清国に派遣した。交渉は難航したが、10月31日に日清間に条約が成立。その内容は、清国は日本の征蕃を義挙として認める。清国は日本人被害民に賠償金を支払う。清国は日本が台湾で修造した道路、建築した家屋の費用を報償する。両国間で交わした敵意ある公文書はことごとく破棄する。今後清国は台湾生蕃を取り締まり、航海の安全を確保する、等である。日本の要求をほぼすべて清国に受け入れさせた形であり、台湾出兵は日本の完全勝利に終わった。しかも清国は琉球人のことを「日本人」と表現するのを許してしまったため、琉球が日本領であることを暗に認める形にもなってしまった。条約締結を受けて日本の部隊は12月20日に台湾から撤収した。

天皇は12月9日に帰国した大久保利通と、台湾出兵で活躍した将官に謁を賜り、一同の尽力を称え、贈り物を下賜した。13日には宮内卿代理・宮内大輔万里小路博房を通じて、大久保に御手許金から1万円を下賜した。大久保は清国との交渉が成功したのは、自分ひとりの功績ではなく、皇上の明威と廟堂の謨猷（計略）に因るものであるとして拝辞したが、天皇が受け取るよう強く求めたため、ついに大久保も拝受した。

明治8年（1875年）には毎月定められていた福羽美静、元田永孚の進講のほかに、新たに出仕を命じられた西村茂樹等の進講も受けるようになり、天皇の学ぶ学問に『輿地誌略』などの新たな学科が加わった。

同年1月21日には権典侍柳原愛子が第二皇女を出産した。第一皇子と第一皇女の悲劇があったから天皇は皇女の無事の出産に安堵した。皇女には薫子の名が与えられ、住居が梅御殿であったことから梅宮と呼ばれた。しかし梅宮薫子内親王は生後数か月で脳疾を患い、侍医たちの懸命な治療もむなしく、1年半足らずで薨去している。

同年4月4日には東京隅田川沿いにある小梅村にある徳川昭武の水戸徳川邸に行幸し、明治維新の原動力となった水戸学の発展に尽くした徳川光圀や徳川斉昭の遺文や絵画を天覧した。昭武とその親族たちにも謁を賜り、中には斉昭生母補子の姿もあった。天皇は光圀と斉昭の尊皇の功績を称え、その志を継ぐようにとの勅語を昭武に下した。水戸徳川邸の桜を天覧した際に天皇は「花ぐはしさくらもあれどこのやどの代代のこころをわれはとひけり」という、満開の桜以上に水戸徳川家の代々の尊皇の志に最も感銘を受けたという和歌を詠んだ。墨田川では60隻もの船が漁獲を競う投網漁を天覧して楽しんだ。さらに同日中に尾張徳川邸に行幸し、徳川慶勝らにも謁を賜った。

木戸孝允は台湾出兵に反対して昨年以来下野していたが、その後大久保利通が政府を立て直すため木戸に復帰を働きかけており、明治8年3月の大阪会議で大久保が木戸の進言を受け入れて漸進的に立憲体制を作ることを承知したため、木戸は同じく下野中だった板垣退助と共に政府に復帰することになった。大久保利通、木戸孝允、板垣退助、伊藤博文の四参議が政体取り調べとして立憲政体を目指す詔勅の起草にあたり、特に伊藤の信任厚き法務官僚井上毅が草案の調査・作成を主導した。天皇はその草案に基づき、4月14日に正院において『立憲政体樹立の詔』（『漸次立憲政体樹立の詔』とも）を交付した。

その内容は以下のとおりである。「即位ノ初首トシテ群臣ヲ會シ五事ヲ以テ神明ニ誓ヒ國是ヲ定メ萬民保全ノ道ヲ求ム幸ニ祖宗ノ霊ト群臣ノカトニ頼り以テ今日ノ小康ヲ得タリ顧ニ中興日浅ク内 治ノ事更ニ振作更張スヘキ者少シトセス朕今誓文ノ意ヲ擴充シ茲ニ元老院ヲ設ケ以テ立法ノ源ヲ廣メ大審院ヲ置キ以テ審判ノ権ヲ鞏クシ又地方官ヲ召集シ以テ民 情ヲ通シ公益プ圓り漸次ニ國家立憲ノ政體ヲ立テ汝衆庶ト倶ニ其處ニ頼ント欲ス汝衆庶或ハ舊ニ泥ミ故ニ慣ルルコト莫ク又或ハ進ムニ軽ク爲スニ急ナルコト莫ク 其レ能ク朕カ旨ヲ髄シテ翼賛スル所アレ」（朕は即位の初めに群臣を集めて五箇条の誓文を神明に誓い、国是を定め万民保全の道を求めた。幸いに祖先の霊と群臣の力によって今日の小康を得た。かえりみるに、中興の日は浅く、内政の事業には振興したり引締めたりすべき点が少なくない。朕は今、五箇条の誓文の意を拡充し、ここに元老院を設けて立法の源泉を広め、大審院を置いて審判権を確立し、また地方官を召集して民情を通じ公益を図り、漸次に国家立憲の政体を立て、そなたたち庶民とともにそれを願う。そなたたち庶民は古い物に拘泥するのに慣れることなく、また進むのに軽くなって、急になることもなく、よくよく朕の主旨に従って翼賛するところあるように。）

この詔勅により太政官の行政機構の改革が行われ、左院・右院は廃止、太政官正院のみ行政組織として存続し、五箇条の御誓文の精神に則り、立法機関として元老院、司法機関として大審院が創設された。さらに地方官（府知事と県令）を集めた地方官会議が開かれることになった。

明治8年6月20日に天皇は全国の府知事と県令たちを召集し、木戸を議長とし、府知事、県令、権令62名を議員とする第一回地方官会議を開催している。この地方官会議は政府と国民を近づけるため木戸が以前から提案していたものだった。現代の全国知事会のような地方行政長官が一堂に会する会合は、明治2年4月に民部省が全国の地方官を招集したのが最初であり、これが初めての試みというわけではないが、木戸は西洋のように三権分立して両院制議会を創設する構想を持っており、大阪会議では地方官会議を下院に発展させる案を示しており、単なる地方官の会合以上の物に昇華させようと心血を注いでいた。

第一回地方官会議では、現状の人民の開化の実情を鑑みて、区戸長会と公選民会はどちらが適切なのかといった議論が、民権派・漸進派・守旧派の地方官の間で白熱した他（明治8年当時、各府県は地方民会について選挙で選ばれた議員による公選民会を置いているところ、府県下の大小区長や戸長が議員となる区戸長会を置いているところ、地方民会が存在しないところなど地方によって様々であり、統一されていなかった）、堤防法案をめぐって、初めての全国的な本格議論が行われ、また地方警察や道路附橋梁に関する議論などが行われている。

立憲政体樹立の詔により、具体的にどの国の憲法をモデルにするかの議論も本格化し、特にイギリス流の自由主義的憲法を志向する急進主義者、ドイツ流の君主大権の強い憲法を志向する漸進主義者という分裂が生じ始め、後に明治14年の政変へと繋がる。

明治8年9月20日には江華島事件が発生。対馬海峡測量の任務を終えた日本の軍艦の雲揚が朝鮮半島西海岸を航行した際に飲料水が欠乏したため、江華島沖に投錨し、艦長自らが短艇に乗船して淡水を求めて上陸地点を捜索した。その短艦が江華島にある朝鮮軍の砲台の前を通過した時、朝鮮軍が砲撃を開始。雲揚は応戦したが、艦長が本鑑に戻ってひとまず戦闘を中止させた。翌未明に雲揚は攻撃を再開し、短時間の激戦の末に砲台を破壊し、その南の永宗島を占領した。この戦闘で日本側死者1人、朝鮮側死者35人が出、さらに朝鮮側16人が日本軍の捕虜となった。その後雲揚は9月28日に長崎に帰還したというのが事件の概要である。

江華島での交戦の報告が政府に届いた9月29日は、たまたま天皇の正院臨御の定日だったため、天皇御前で閣議が行われた。閣議は朝鮮に在住する日本人居留民保護のため軍艦1隻を釜山に派遣することを決定した。この江華島事件をめぐって日本の世論は沸騰し、朝鮮出兵を求める声が再び高まった。事態を深く憂慮した天皇は、4月以来病気を理由に家に引きこもっていた岩倉具視を召して次の勅諭を下した。「朝鮮国に事あり。其の詳細は未だ汁べからずと雖も、思ふに是れ国家の重事、朕甚だ憂念す、汝四月以来病を以て家居すと雖も、勉めて其の職に就き、以て輔翼する所あるべし」。天皇は岩倉を内閣顧問に任じ、事件解決に尽力するよう命じた。

明治6年時には征韓論に反対した木戸孝允も、朝鮮側が攻撃を加えてきた今回は立場を変えている。木戸は「（自分が征韓論に反対したのは）彼（朝鮮）を征すべき罪未だ明かならざるを以てなり、今や朝鮮国明かに我に敵す。然れば徒らに内治をのみ顧みること能はざるなり。是に於て予の思想亦自ら一変せざるを得ず」と述べる。そして三条実美に宛てて書いた書簡の中で木戸は次のように指摘した。明治6年の政治的動乱と昨春の佐賀の乱はひとえに朝鮮と修好関係を樹立できなかったことから生じたものである。昨年琉球島民暴殺のことで台湾討伐があったが、今回の事件はさらに深刻なものである。日本の国旗が侮辱されただけではない、台湾と違って朝鮮には日本人居留民がいるからだ。事件を無視できないことは論を待たない。まず第一に朝鮮を統治しているはずの清国が朝鮮を懲罰する意思があるかどうかを確認しなければならない。確認した結果、清国に懲罰の意思がなく、事件の処理を日本に委ねるのであれば、我が国は朝鮮政府に事の真意を問いただし、妥当な処置を取らねばならない。もし朝鮮政府があくまで罪を認めないなら、我が国としても行動を起こさざるを得ない。朝廷がもし朝鮮との交渉の駆け引きを自分に一任するのなら、自分は非力ながら身命を賭して皇国の威光が損なわれることのないよう尽力するだろう。

天皇はこの木戸の考えに共感を寄せ、この問題をめぐっては大臣たちの中でも木戸に多く諮問している。

11月1日に右大臣岩倉具視と参議たちが三条邸に集まり閣議が行われた。そこで朝鮮使節を特派し、また情勢把握のため清国に特命全権公使を駐在させることが決まった。11月9日には朝鮮に特派する特命全権弁理大臣として陸軍中将・参議の黒田清隆が選ばれた。木戸は再三にわたり使節に立候補していたが、折り悪く脳出血を患ったため認められなかった。ついで11月10日には森有礼が駐清公使に任じられた。森の使命は淡水を求めていたにすぎない日本人をなぜ朝鮮側が攻撃したのか清国政府を通じて事実確認することだった。また同日に井上毅、伊藤博文、ボアソナードの三名から成る調査委員会が設置され、同委員会が善後処理のための訓条・内諭の起草にあたった。

太政大臣三条実美から黒田に対して訓条が与えられ、日本国旗が受けた汚辱に相当な賠償を朝鮮政府に要求するよう命じた。同時にその中で日本政府は朝鮮政府との親交が全く途絶えたとは見なしていない、江華島事件は或いは現地の地方官の独断から出たもので朝鮮政府の与かり知らぬことかもしれない。肝心なのは誰が決定を下したかということである。もし朝鮮が日本と友好関係を結び、貿易を促進しようという日本の考えに応じるなら、使節はそれをもって雲揚艦攻撃の賠償とみなし、承諾する権限を有する。しかし、もし朝鮮政府が雲揚艦攻撃の責任を取らず、日本との旧交を再開する意思を見せないようならば、同様に使節は臨機応変に適切な措置を取る権限を有する、と通達している。

内諭は「臨機ノ処分」について具体的に触れており、相当の防御をして一旦対馬に引き上げて、政府に状況を報告することであるとしている。また釜山や江華島付近の開港、朝鮮海航行、江華島事件の謝罪の3項目については、訓條・内諭ともに「完結スヘシ」条件となっているものの、これらが受け入れられない場合の対処について内諭は「別ニ処分アルヘシ」との「一書ヲ投シ」るよう指示しているのみである。また訓條での「賠償」が、内諭では「謝辞」に変えられた背景には征韓派士族に対する対策があったようである。ともかく、訓条・内諭とも即時開戦や軽々な軍事力行使は否定されている。井上案とボアソナード案では朝鮮が日本の要求を受け入れない場合に京城に軍隊を駐留させ、江華山城（朝鮮語版）を占領するという武力行使も否定されていなかったが、戦争回避・内治優先論の漸進主義者である伊藤博文が訓条・内諭をこの内容に変更させたと見られる。

この訓条と内諭を携えて黒田は明治9年（1876年）1月6日に軍艦2隻、輸送船3隻、海兵3小隊の計800人を率いて朝鮮へ向けて出港した。また交渉決裂に備えて極秘に陸軍の増派を計画され、軍人や軍属の休暇が取り消され、陸軍卿山縣有朋が下関に赴き、朝鮮への軍事遠征の命令が下った場合に対応できるよう準備を整えている。

黒田率いる日本の艦隊は江華島に上陸した後、16日に江華府練武堂まで示威行進し、そこで朝鮮政府から派遣されてきた代表者である朝鮮接見大官申櫶（朝鮮語版）と会見に及んだ。交渉当初黒田は妥結に至る可能性がほとんどないと判断して、本国に増援を求めているが、日本政府は早まった軍事力示威は朝鮮国民を恐怖させ、平和的交渉の妨げになる恐れがあると判断して却下した。

交渉の中で日本側は朝鮮と旧交を続けようとする日本の要請をなぜ撥ねつけてきたのか質したが、朝鮮側はなぜ日本の君主は清国皇帝にしか許されない「皇」の字を勝手に使っているのか質してきた。朝鮮が「皇」の字にこだわるのは、これを認めると朝鮮が日本の隷属的な地位に置かれると思っているからである。これに対して日本側は天皇は朝鮮に対して宗主権を主張する意図で「皇」を名乗っているのではないと否定したうえで、日本の船が江華島で砲撃を受けた理由を質した。朝鮮側は日本の海兵がヨーロッパ式の制服を着用していたためにフランスやアメリカの兵と間違えたのだとし、地方官は日本船籍であることを知らなかったという話を繰り返すのみで謝罪しようとしなかった。日本側は、なぜ朝鮮政府は船籍に掲げた日本国旗について地方官に通達していなかったのか、これは謝罪して然るべきではないかと追及したが、申櫶は自分は国王の一使臣に過ぎず、勝手に謝罪を行う権限はないと返答した。

交渉は朝鮮側代表が数度にわたって朝鮮政府と協議を行うとして中断させたために長引いたが、2月27日に至って妥結し、日本側代表（黒田清隆、井上馨）と朝鮮側代表（申櫶、副使の尹滋承）の間で日朝修好条規が締結された。この条約により朝鮮は開国することになり、日本との貿易において関税自主権を放棄させられ、朝鮮国内にいる日本人の治外法権も認めることになった。幕末以来、列強諸国から不平等条約を結ばされていた日本が初めて外国に締結させた不平等条約となった。調印式の後、日本は朝鮮国王高宗に伝統的な絹織物のほかに、回転砲一門、六連短銃一挺、神珍装金の懐中時計一個、晴雨計一個、磁針一個を贈っているが、これらは（絹織物を除いて）、アメリカが江戸幕府に不平等条約を結ばせた際に幕府に贈った物と全く同じものだった。外国に不平等条約を結ばせる立場に昇格したという日本の満足感の表れだった。

急速な近代化は明治9年（1876年）後半になっても衰えることを知らなかった。9月4日には天皇の専用艦として軍艦迅鯨の進水式が横須賀造船所で開かれた。翌5日には京都-神戸間を結ぶ鉄道が全通し、天皇は大阪・神戸・京都での開業式に行幸し、全区間に乗車している。9月7日には天皇は元老院に以下の勅語を与えて近代憲法制定に向けて始動させた。「朕爰（ここ）ニ建国ノ体ニ基キ広ク海外各国ノ成法ヲ斟酌シ以テ国憲ヲ定メントス汝等ソレ宜シク之ガ草按ヲ起創シ以テ聞セヨ朕将（まさ）ニ撰バントス」（朕は建国の体に基づき広く海外各国の成法を研究調査し、それを参考にして我が国の憲法を定めたい。汝等は憲法草案を起草して報告せよ。朕が選ぶであろう）。民間マスメディアも勃興し、それを後押しするため、9月9日から東京日日新聞と横浜毎日新聞の二紙を天覧するようになった。この二紙以外も天皇は郵便報知をはじめとする新聞各紙を天覧した。こうした交通網の発展、政治の進展、情報の普及は、いずれも近代日本の来るべき姿を暗示していた。

またこの頃から天皇は欧米元首とより緊密な交際を始めるようになった。10月1日にはアメリカ合衆国独立100周年を記念するフィラデルフィア万国博覧会を祝して米国大統領ユリシーズ・グラントに親書を贈った。その2日後にはロシア皇帝アレクサンドル2世から贈呈されたサンクト・ペテルブルクの冬宮殿の写真と設計図を天覧。これはかねてから天皇が新皇居造営の参考にするために望んでいたもので、それを耳にしたロシア皇帝が天皇に贈呈したものだった。

しかし全ての者がこうした世の趨勢を喜んでいるわけではなかった。士族の間では今も攘夷思想を持つ者は少なくなく、日本を近代国家にするために政府が取った数々の措置に憤慨を覚えていた。士族の不満の背景として、彼らが江戸時代に有していた身分的特権が明治一桁のうちに（つまり10年もたたずして）ほぼすべて廃されたことがあった。たとえば、武士に不敬を働いた下位身分の者は斬り捨ててよい殺人権（切捨御免）は明治4年に禁止され、明治3年の平民苗字許容令や明治8年の平民苗字必称義務令によって苗字も士族の特権でなくなった。明治4年の断髪令による髪型自由化で髷の形というビジュアル面での士族の特権性も喪失。国民皆兵となると士族の軍事的優越性もなくなり、禄制改革から秩禄処分に至る家禄廃止で士族の多くが経済的苦境にも陥った。明治9年時にも未だ残された士族の特権といえば刀を指して町中を歩けるぐらいだったが、前述の通りこの年の廃刀令により制服着用時の軍人・警察官を除いた一般国民の帯刀は禁止された。これをもって平民と比しての士族の特権は（戸籍の族称欄に士族と表記される以外）何もなくなった。そのため士族の最後の特権を廃するものとなった廃刀令は士族の激しい反発を誘発した。

征韓論論争で征韓派の政府高官が多く下野した後、彼らを担いだ不平士族の反乱が西国各地で多発する。最初に起きたのは明治7年の佐賀の乱だが、特に多かったのは廃刀令があった明治9年である。熊本県の神風連の乱、福岡県の秋月の乱、山口県の萩の乱などが相次いで発生。いずれも鎮圧されたが、明治10年（1877年）2月には鹿児島県で西郷隆盛を担いだ最大規模となる不平士族の反乱の西南戦争が勃発する。

その直前の明治10年1月24日に天皇は皇后や皇太后を伴って京都府・奈良県への行幸に出発した。孝明天皇十年式年祭が行われる後月輪東山陵の親拝のためで、他にも神武天皇の畝傍山東北陵はじめ、京都奈良に点在する歴代天皇御陵などへの親拝が予定されていた。同日朝、天皇一行は汽車で横浜まで向かった後、横浜港から高雄丸に乗船して海路で27日に三重県鳥羽港に到着、28日に神戸駅から京都駅まで汽車で移動し、京都市民の歓待を受けながら、久しぶりに京都御所へ入った。29日から小御所で皇族や京都在住華族などに謁を賜り、翌30日に後月輪東山陵において孝明天皇十年祭を斎行した。

一方29日に鹿児島県草牟田村では西郷隆盛の私学校で学ぶ士族たちが陸軍火薬庫を襲撃して弾薬を略奪し、西南戦争の口火が切られていた。陸軍火薬庫と海軍省所管造船所兵器局火薬庫への襲撃は1週間続いた。造船所次長の海軍少佐菅野覚兵衛は鹿児島県令大山綱良に警察の出動を要請したが、大山は無視した。大山が動かないのは襲撃者への共感と見た菅野少佐は2月3日に造船所を閉鎖。2日後に私学校生徒たちが造船所を占領し、そこで武器弾薬製造を開始した。

この「私学校」というのは征韓論論争で下野して鹿児島に帰郷した西郷隆盛が鹿児島市内城山の麓にある旧薩摩藩厩跡に作った士族の私学校で、まず市内に分校が広がり、市外の士族は当初この私学校への参加を渋ったものの、周りの空気に押されて「士族の結束」を示さざるを得なくなり、鹿児島県中に分校ができるようになっていた。県令の大山からも密かに支持を得ており、大山は私学校生徒を県官、各地区長に任命していた。鹿児島士族の間では征韓論が退けられたことへの不満が特に強く、政府への不満が高まっていた。

反乱がおきる直前の明治9年12月に政府は鹿児島の西郷の私学校による破壊活動の実態を探るため、内務省警視局少警部中原尚雄率いる調査団を鹿児島に送ったが、中原らは鹿児島に到着するや私学校生徒たちにより政府の密偵として捕らえられ、拷問のすえに西郷隆盛暗殺を企んだとする供述書に署名を強要された（後に中原は供述の内容を否定した）。そのため鹿児島士族の間では東京政府が西郷隆盛の暗殺を企んでいるという噂が広がり、蜂起の口実にされる。

鹿児島の緊迫した情勢の報告が次々と京都に入ってきた明治10年2月6日、京都にいた政府高官の三条実美、木戸孝允、伊藤博文らは協議の末、内務少輔林友幸と海軍大輔川村純義の鹿児島派遣を決めた。天皇は事の大事に鑑み、2月21日の出航に間に合うよう船を神戸港に戻す条件で林と川村に高雄丸に乗船しての鹿児島行きを勅許した。

東京にいた大久保利通のもとにも林と川村から電報が送られた。大久保は今回の暴発は西郷の意思ではなく、桐野利秋や篠原国幹の計略であろうと考えていた。大久保はしばらくは東京から動かず、京都にいる伊藤と連絡を取り合っていたが、やがて自身も京都へ向かうことを決意した。

林たちを乗せた高雄丸は2月7日に神戸港を発ち、2日後に鹿児島に到着。ほどなく県令の大山が来船し、私学校の動揺は大警視川路利良が刺客を放って西郷暗殺を企んだことが原因であり、県下の人心は沸騰し、もはや制し難いと主張した。これに対して林は刺客が鹿児島に放たれたという事実は信じがたい、西郷と力を合わせて士族鎮撫に尽力すべきだと大山を説諭した。大山下船後、十数人の武装した男を乗せた短艇数隻が高雄丸に近寄り、乗船しようとしたため、高雄丸艦長の海軍中佐伊東祐亨は錨索を切って船を桜島西岸に転航させた。後に大山が再び来船し、西郷の従妹の姪にあたる川村と会いたがっているという西郷の伝言を伝えたが、林は士族の動揺が鎮まるまで川村を上陸させるわけにはいかないこと、また官船への攻撃は不敬であることを大山に詰め寄ったうえで、事ここに至っては帰京して復奏する旨を告げた。高尾丸は2月12日夜半に神戸に帰還。京都ではすでに高雄丸襲撃の報が入っており、政府は鹿児島出兵の準備について協議を開始した。

天皇はその間の2月7日に宇治川にかかる観月橋で行列を止めて船数十隻による網漁を展覧。翌8日には平等院に臨幸した後、奈良県に入り東大寺東南院の行在所に入った。2月9日には春日神社を親拝し、同社古伝の神楽に聞き入った。同日午後には東大寺大仏殿内で開催された奈良展覧会を訪問し東大寺や法隆寺の宝物を天覧し、庭で今春広成の能「石橋」を天覧した。その後、普段勅封されて入ることができない正倉院を勅命によって開封し御物を天覧。天皇は御物の中でも「蘭奢待」に関心を持った。かつて足利義政と織田信長は貴重な蘭奢待の一片を切り取って自己の権勢の証とした。奈良の行在所に戻った後、天皇も蘭奢待の一片を所望したため、博物局長町田久成が長さ2寸を切り取って天皇に献上した。天皇はそれを2片に切り、1片をその場で焚き、もう1片を東京へ持ち帰った。

『日本書紀』に記される神武天皇即位日を太陽暦に換算した2月11日は、明治6年に「紀元節」（現・建国記念の日）として国民の祝日になっていたが、この日に合わせて畝傍山東北陵を親拝。

天皇は内戦勃発を前にしながら物見遊山の旅をして遊んでいたわけではない。天皇の巡幸は、これまでの巡幸がそうであったように天皇と民衆を結びつける重要な意味があったから簡単に中止というわけにはいかなかった。随行していた木戸孝允も2月10日の日記の中で次のように書いている。「余は元より此揺動に付 還幸の御積り俄然御変換は必不可然且　還幸前暴動有之時は、御駐輦にて可然暴動に不到とも実際の形勢征伐と御決定に至り候ときは御駐輦可然」（前々から考えていたことだが、鹿児島の異変を理由に還幸の予定を急に変更するのはよくない。ただ還幸前に暴動が起きた時は天皇は京都に留まられるべきである。或いは暴動に至らなくても事実上征伐と決定された場合にはやはりこの地に留まられるべきである）。

一方西郷隆盛は2月12日に西郷暗殺の噂などを口実に「今般政府へ尋問の筋これあり」（『大西郷全集』）として上京するため挙兵する決意を固めた。2月14日に歩兵7大隊、砲兵2隊、輜重兵等からなる総勢1万5000人の西郷軍は九州南部の政府軍中枢である熊本城（熊本鎮台）を狙って熊本進軍を開始した。西郷が戦闘行為に入るのを望んでいなかったことはあらゆる資料の一致して語るところである。しかし激昂する鹿児島士族はもはや西郷にすら抑えが効かなくなっていた。

2月17日、京都に到着した大久保が天皇に拝謁。政府首脳が京都に集結した形となり、京都御所に仮太政官が設置された。2月18日には暴徒が熊本県水俣に乱入したとの報告が京都に入った。しかし西郷軍が熊本県の県境を越えてもなお天皇は京都で予定通りの日程をこなしていた。2月18日には天皇は木戸孝允、宮内卿徳大寺実則、侍従長東久世通禧らを伴って京都嵐山の天竜寺村の漢詩人山中献の山荘対嵐山坊を訪問し、午後には大堰川で鯉の捕魚を天覧。さらに梅津製紙工場を視察している。

2月18日に政府高官の廟議の結果、太政大臣三条実実が鹿児島私学校生徒たちの反乱の意図はもはや明白との結論を出し、翌19日にも天皇にその旨を奏上。天皇は暴徒征討の勅命を出し、有栖川宮熾仁親王を征討総督、陸軍卿山縣有朋、海軍大輔川村純義を征討参謀に任じた。熾仁親王は2月20日に京都を発ち、征討軍は東京鎮台、名古屋鎮台、大阪鎮台から物的人的補給を受けた。

一方2月19日に鹿児島県令大山綱良は熊本鎮台司令長官谷干城陸軍少将に使者を送り、上京の趣旨を記した西郷の紹介状、大山の届書、中原尚雄に署名させた西郷暗殺供述書を渡したが、谷は受け取りを拒否し、もし西郷軍が熊本鎮台城下を強いて通過しようとするのならば、守備兵は抵抗せざるを得ないと告げた。そして2月21日に西郷軍が熊本城下に攻め入ろうとして、熊本城から砲撃を受けたことで戦闘が開始された。谷は開戦を告げる電報を大阪総督本営に送った。

西郷軍は翌22日から熊本城に猛攻を加えたが、ついに熊本城を抜けなかった。しかし西郷軍は熊本県の不平士族も合流してますます強大化したため、その後熊本城攻防戦は実に54日間にもわたって続き、4月14日まで西郷軍の包囲が解かれなかった。4月12日に西郷軍の熊本城の包囲網が崩れ、西郷軍は敗走を始めたが、その後も5か月にわたって戦闘が続いた。

その激戦の間天皇は西郷との直接対決を避けようとして引きこもりがちになった。天皇は長く側近として天皇に仕えた西郷を深く憐れんでいた。征韓論論争の際には西郷の下野のために近衛兵の多くから離反されて著しい天皇の権威低下を招くといった辛酸を嘗めさせられはしたが、それでもなお天皇は西郷には信頼を寄せていた。その様子を見た木戸は功臣を思う天皇の憐憫の情に深く感銘を受け、感涙したという。

しかし西郷との直接対決を回避しようとするあまり、御学問所にもあまり姿を見せなくなったため、三条、岩倉、徳大寺、東久世らは折に触れて天皇に諫奏したが、徒労に終わることが多かったという（『明治天皇紀』）。乗馬好きだった天皇が御所内の馬場に出ることも減った。やがて木戸も天皇が「日々深宮を出でたまわず」という状態になったことを憂慮するようになり、病に侵される木戸は最後の力を振り絞って天皇に外出の諫奏を繰り返した。

2月25日には天皇は木戸の進言を受け入れ、木戸、徳大寺、東久世らを従えて京都市内を騎乗で闊歩した。また3月31日には大阪鎮台の病院に入院している西南戦争で負傷した兵たちを見舞っている。しかしこれによって天皇の無気力が回復したわけではなかった。天皇は学問もおろそかになり、5月には侍講の元田永孚に東京へ戻るよう命じた。元田も天皇の無気力を懸念し、京都を去るにあたって君主の振る舞いについての10か条を書いて天皇に上奏し、その中で君徳について「徳有レバ人君ト為ル可ク徳無ケレバ人君ト為ル可カラズ」と書いて諫めている。

5月16日、長い闘病生活を送りながら最期まで天皇に仕え続けた木戸孝允が死去した。天皇の衝撃は大きかったが、なお天皇を無気力から回復させるには到らなかった。木戸の死去で君徳培養の後退が懸念され、7月に三条は元田永孚と福羽美静を京都に呼び寄せ、二人に輔導の任を与えたい旨を天皇に奏請した。天皇は三条の奏請を受け入れ、今後は勉学に励むとの勅語を述べたが、諸般の事情で開講に至らなかった。

一方政府軍は6月1日に熊本県人吉を西郷軍から奪還、その後も宮崎県都城、同延岡と順調に奪還を進めていった。

西南戦争のために天皇の東京還幸は何度か延期されていたが、7月28日に天皇は京都を発って東京への帰路に就いた。天皇が京都にとどまっていたのは熊本・鹿児島で戦う政府軍の士気を落とさないためだった。戦闘の大勢が決した今、いつまでも政府機能が東京と京都に分断されているのは好ましくなかったためである。

西郷隆盛は9月には鹿児島まで撤退したが、鹿児島でも政府軍に敗北。西郷の最後の拠点となったのは鹿児島市内の城山だった。9月24日、西郷の傘下には40人だけが残り、西郷は負傷していた。西郷は皇居の方角を遥拝しながら側近別府晋介の介錯で自害。ここに日本の最後の内戦は終結した。

公的には西郷は賊将としての罪を明治22年の赦免まで許されなかったが、天皇は当時からずっと西郷に同情の念を持っており、西郷の死の翌日に皇后に「西郷隆盛」という勅題を与え、皇后は「薩摩潟 しづみし波の 淺からぬ はじめの違ひ 末のあはれさ」という歌を詠んだ。

明治10年の残る日々は少なくとも天皇に関する限り、ほとんど西南戦争の残務処理に追われた。凱旋した将校、下士官、兵卒らが民から歓呼の声で迎えられて続々と帰還する中、天皇は軍功を挙げた将兵に勲章を与え、謁を賜った。天皇の謁見を受けた者の中には戦闘で腕や指を切断した者、眼を失った者もあり、天皇は彼らに負傷した場所や日時を尋ね「疼痛既に去れりや」と述べて自らの手で彼らの傷痕に触れた。負傷者はただ低頭して感泣した。その光景を見た山縣以下の将校らが全員起立して敬意を表し、皆で落涙した。

天皇は明治9年から脚気を患うようになった。天皇は医者嫌いで、なかなか侍医に病状を明かそうとしなかったので、侍医が気付いた時にはだいぶ病状が進んでいたという。侍医たちは天皇に伝統的な転地療養を勧めたが、天皇は受け入れなかった。

天皇の医師嫌いを心配した岩倉具視も空気のいい高操の地に離宮を造営して転地療養されてはどうかと天皇に勧めたが、天皇は次のように勅答している。「転地療養可なるべし。然れども脚気病は全国人民の疾患にして、朕一人の病にあらず。土地を移すの事、朕之を能くすべし、然れども全国の民悉く（ことごとく）地を転ずべからず。故に全国民のため別に予防を講ぜんことを欲す。且（かつ）東奥巡幸の際、彼の地の鎮台兵を視るに、皆高操の地に屯営すれども、脚疾に悩む者数十人ありたり。思ふに、土地を択ぶとも必ず是の患を免るべきにあらず。該病は西洋各国には存せずして只本邦にのみ存すと聞く。果して然らば其の原因誠に米食にあるべし。朕聞く。漢医遠田澄庵なる者あり。其の療法米食を絶ちて、小豆、麦等を食せしむと。是れ必ず一理あるべし。漢医の固陋（ころう）として妄りに（みだりに）、斥くべきにあらず。洋医・漢医各々取る所あり。和法亦（また）棄つべからず」（転地療養もいいだろう。しかし脚気は日本全国の誰もが患う可能性のある病であり、朕一人の病ではない。朕は転地もできようが、全国の民全てが転地できるわけではあるまい。だから全国民のため予防の方法は別に講じるべきである。東奥巡幸の際にそこの鎮台兵を視察して気づいたことだが、高操の地に駐屯しているにも関わらず、脚気に悩む兵が数十人はいた。思うに土地を選んだからといって、脚気を避けられるとは限らないのではないか。この病気は西洋諸国には存在せず、日本にだけあると聞いた。そうだとすれば、その原因は米食にあるのではないか。漢医に遠田澄庵という者があり、その療法は米食を絶って小豆、麦などを与えることにあると聞く。必ず一理あることに違いない。漢医の狭量と決めつけるべきではない。洋医であれ漢医であれ、それぞれ長短があろう。伝統的な日本の療法もまた棄てたものではない）。岩倉はこの勅答に胸を打たれ「敬服して退く」と記録にある。

叔母の和宮こと親子内親王も明治10年6月に脚気を患い、侍医たちから転地療養を勧められ、8月に箱根に移って湯治をするも病状は回復せず、9月2日に同地で31歳にして薨去した。このことが天皇の医者不信を更に招いたようだった。天皇は概して自ら納得しないと物事を受け入れない性格で、侍医たちの拝診を拒否するようになった。侍医たちはこれでは職務を全うできないと天皇に諫奏を繰り返したが、天皇が受け入れないので、侍補の佐佐木高行が二時間にもわたって諫奏して、ようやく天皇は朝夕の拝診を受け入れた。

天皇は自分と同じく脚気に苦しむ国民のため、脚気の病理学的解明と治療法の発見を目的とした脚気病院の設立を命じる内勅を内務卿大久保利通に与えた。これを受けて大久保は、明治11年（1878年）3月15日に東京府に対して脚気病院と癲狂院（精神病院）設立の設立を命じた。同年4月23日に天皇は東京府立脚気病院の設立費として御手許金から2万円を東京府に下賜し、癲狂院の方にも御手元金から3000円を下賜した。

東京府立脚気病院は7月10日に神田神保町で開業したが、年末には向ヶ丘弥生町（現東京大学農学部）に移転した。この種の病院はこれまでに無いものだった。脚気病院には遠田澄庵などの漢医、佐々木東洋などの洋医双方が勤務し、『東京医事新誌』明治14年6月4日号「脚気病院報告」に掲載される入院患者の治療成績表を見ると、漢医も洋医もあまり差異はなかったようである。同病院は脚気の治療法は発見できなかったが、明治15年7月に東京大学農学部に建物が引き渡されるまで続いた。上野公園で開業した癲狂院の方は後に巣鴨駕籠町を経て東京府巣鴨病院、さらに後に松沢村に移設されて都立松沢病院となった。

明治10年（1877年）8月21日から11月30日にかけて上野公園において第1回内国勧業博覧会が開催された。約8万4000点以上が出品され、45万人が来場する一大イベントとなった。この博覧会は殖産興業政策を推進する大久保利通内務卿率いる内務省がウィーン万国博覧会とフィラデルフィア万国博覧会をモデルに準備したものである。大久保は岩倉使節団や万国博覧会の経験から博覧会が国内産業の推奨に非常に有効であることを認識しており、博覧会への天皇の行幸があれば勧業は一層盛んになると考え、行幸願いを宮内省に提出した。

大久保の奏請を認めた天皇は、8月21日午前8時、皇后、宮内卿徳大寺実則、侍従長東久世通禧らを伴って内国勧業博覧会開場式に臨御した。門前で陸海軍の軍楽隊の演奏と伶人の雅楽が奏でられた後、天皇は会場に入り、山階宮晃親王、伏見宮貞愛親王、太政大臣三条実美、右大臣岩倉具視、内務卿大久保利通以下の参議、勅奏任官、麝香間祗候、各国公使らの出迎えを受けた。

天皇は次の勅語により開場を宣言した。「爰ニ内国勧業博覧会会場ノ日ニ方リ朕親ラ臨ミ開場ノ典ヲ行フ朕惟フニ会場ノ整備セル列品ノ良好ナルヤ以テ知識ノ日ニ開明ニ赴キ工芸ノ月ニ精巧ニ進ムヲ徴スヘシ而シテ有司勧奨ノ効モ亦小ナリトセス朕深ク之ヲ悦フ朕更ニ臨ム人民ノ益々奮励シ産業ノ益々繁盛シ我全国ヲシテ永ク殷富ノ幸福ヲ享ケシメンコトヲ」（ここに内国勧業博覧会の開場日を迎えるにあたり、朕自らが臨み、開場式を行う。朕が思うに会場に並べられた品々は良質であるので、これらによって知識は一層開明に向かい、工芸は一層精巧に進むであろう。加えて諸官の勧奨の効果もまた小さくはないだろう。朕は深くこれを喜ぶ。朕はさらに望む。人民が益々奮励し産業がますます繁盛し、我が国全国が長く富み栄える幸福を受けることを）。

その後大久保利通が奏上して会場区画図と出品目録を奉呈し、東京府知事楠本正隆が祝辞を読み上げた。式後に天皇は美術館を巡覧し、午前11時に還幸した。ついで10月26日にも天皇は皇后や皇太后を伴って再び内国勧業博覧会に行幸。大久保内務卿の案内で午前中に東京府養魚池、動物館、西本館、機械館、園芸館、美術館などを巡覧した。午後には東本館、植物場、農業館を巡覧し、最後に開拓使建設の五角堂で少憩した後に還幸した。

さらに11月30日の閉場式にも皇后と共に臨御し、閉場宣言の勅語を述べるとともに出品者の努力と大久保内務卿以下関係者の労をねぎらった。開場式と閉場式には一般民衆は入場できなかったが、その時にも会場の周りには多数の民衆が集まっていたので、天皇の存在は強く意識された。

第1回内国勧業博覧会を盛況のうちに終えて産業振興に対する効果を確信した大久保は、太政大臣三条実美に上申し、内国博を5年に一度の開催とさせて次回を明治14年に予定した。第2回以降も天皇は内国博への行幸を続け、明治36年に大阪で第5回が開催されるまで計22回にも及んで内国博への行幸が行われた。

京都から東京に戻った後の天皇は西南戦争中の無気力状態から徐々に回復しはじめていた。午前10時から毎日30分内閣に臨御するようになり、また当番侍補二人を相手に行う内廷夜話も復活した。

天皇の乗馬熱も蘇った。明治11年（1878年）1月初頭の雨が降り続いた日々にも天皇は御苑内の馬場に出ることを欠かさず、 馬場が雨で泥沼になっていても意に返さなかった。宮内省御厩課の馭者、馬丁は焦燥し、厳しい寒さで病む馬も多くなった。連日の乗馬で天皇が疲労して落馬することも懸念され、1月12日に至って当番侍補の土方久元と高崎正風は意を決して天皇に行き過ぎた乗馬について諫奏を行った。天皇は穏やかな顔でこれを聞き届け、「善くこそ申したれ、以来馬場の事は馭者の意見に一任すべし」と述べたという。土方らは天皇のお言葉を聞いて感泣して退下したという。しかし落馬しそうになったのは天皇ではなく、土方の方だった。この翌日に土方は天皇に陪乗して馬場に出たが、松林を過ぎたところで土方の馬が奔逸し落馬しそうになり、それを見た天皇は馬を掛け寄せ「土方恙（つつが）なかりしか」と声をかけている。この話が伝わると天皇の寛仁大度の人徳に感嘆しない者はなかったという。

1月24日には農学校開校式に臨御し、「朕思フニ農ハ国ノ本ナリ」に始まる勅語を述べた。

5月14日には国内外を震撼させた事件が発生した。同日夕刻、明治6年の征韓論論争以来事実上政権を掌握していた内務卿大久保利通が馬車で赤坂仮御所へ向かう途中の紀尾井坂において西郷隆盛の征韓論に共鳴する石川県不平士族らに襲撃されて暗殺されたのである。大久保は普段は護身用の拳銃を馬車の中に置いていたが、この日は清国公使館の晩餐会に招待されていた関係で馬車を掃除させており、その際に部下に拳銃を預けていたため丸腰だった。犯人らは人気のない紀尾井坂で馬車の馬の脚を切って馬車を止めると、馭者を斬り殺した後、大久保を馬車から引きずり出してめった刺しにして殺害した。犯人らはその後赤坂仮御所に自首した。

この時天皇は赤坂仮御所で元田永孚から『論語』の進講を受けているところだった。書記官が駆けつけてきて元田に大久保遭難を報告。驚いた元田はすぐに進講を打ち切り、天皇に事の次第を奏上した。その時の天皇の様子について元田は手記の中で「皇上容ヲ動シテ驚嘆シ玉フ」と記している。

天皇はただちに侍従を大久保邸に派遣し、事の成り行きを質し、戻った侍従は大久保がすでに死去していることを天皇に奏上した。天皇は大久保の死を深く悼み、宮内卿徳大寺実則を勅使として大久保邸に派遣。皇后と皇太后もそれぞれ皇后使、皇太后使を大久保邸に派遣した。翌日天皇は大久保の偉勲を表彰して正二位右大臣を追贈するとともに祭祀料として金5000円を遺族に下賜した。同日午後には在京中の地方官を召して「朕深ク股肱（ここう）ノ良臣ヲ失フヲ悼ム国家ノ不幸之レニ過ルナシ」という勅語を述べた。

大久保暗殺の波紋は海外にも広がり、海外各紙が事件を報道し大久保の死を悼んだ。東京在住の各国公使館は半旗を掲げ、横浜港の軍艦は21発の弔砲を撃った。

犯人らは自首の際に提出した『斬姦書』という供述書の中で大久保殺害の動機について「凡そ政令法度、上天皇陛下の聖旨に出づるに非ず。下衆庶人民の公議に由るに非ず、独り要路官吏数人の臆断専決する所に在り」と記していた。そのためこの事件は天皇の成長と共に高まっていた天皇親政派の動きを刺激した。特に侍補の佐佐木高行は大久保の死により政治的空白が生じた今、天皇親政を開始する好機だと考え、他の侍補たちに天皇への直訴を働きかけ、5月16日にも侍補一同で拝謁を受けた。佐佐木は今日天皇親政は整っているかにみえるが、実際には政治は内閣に委任されており、そのことが凶徒を生み出したとして「万機御親政ノ御実行コソ肝要ナル」を説き、天皇にもっと能動的な君主となって天皇親政を開始することを求めた。ついで吉井友実、土方久元、高崎正風が大久保の天皇輔導の熱意を引いて、大久保の遺志を継ぐべきことを涙ながらに言上すると、天皇も感極まって涙を流した。米田虎雄は天皇に馬術に向ける熱意を政治に向けるよう促した。この侍補一同の上奏は天皇の心をとらえたようだった。天皇は「一同が申出でたる事は至極尤もなり、是より屹度注意致すべし、猶気付きたる事あらば遠慮なく申出で呉れよ」と応じた。

明治11年（1878年）7月5日に天皇は嫡母英照皇太后の住居である青山御所（現・東宮御所）に行幸した。皇太后は能が好きで、天皇は嫡母のため青山御所に能舞台を仮設するよう指示しており、この日はその能舞台が竣工した舞台開きの日だった。皇后の行啓も予定されていたが、病を患ったため天皇と皇太后だけで演能を天覧し、他の皇族や政府高官にも拝観が許された。雨の中の演能となったが、能演は二回に分けて行われ、午後10時に終了。当時能楽は能役者の主な雇い主だった大名家が廃藩置県で消滅したことで衰退していたが、この時の演能が皇室の保護を受けて能楽が再興するきっかけとなった。この後も皇太后在世中にはしばしば能演が催され、天皇も付き合ったが、天皇自身は能にさほど関心はなく、明治30年（1897年）の皇太后崩御後には天皇が能を天覧することはほとんどなくなった。

六大巡幸の三番目となる北陸東海両道巡幸を前にした明治11年7月に宮内省は御巡幸御用掛心得書を出した。その中で、巡幸の目的はありのままの飾らない状態の民情を天皇が御覧になることにあり、虚飾のために無益な費用をかけて地方人民を苦しめることは聖意ではないことが示されている。巡幸のために余計に費用が掛かったとして地方費や町村費を増加させるのはもっての外であり、巡幸によって人民の営業を妨げてはならぬこと、行列の拝観は自由であるが、往来を止めるようなことは不要であることが通達されている。

明治11年8月30日から北陸東海両道巡幸へ出発した。この巡幸はもともと明治10年中に予定されていたが、西南戦争勃発のために翌年に延期されたものだった。

皇后と皇太后は板橋まで見送った。埼玉県浦和に入った天皇は埼玉県令を召したが、その際に同県中津川村の貧困かつ未開ぶりについて報告を受けた。人口129名の同村民は文明と隔絶された生活を送っており、文字の存在を知らず、身にまとう綿布も知らず、この世に学校、薬局、酒店、魚屋などというものが存在することさえ知らなかった。「輦轂の下（れんこくのもと。天皇の御膝元という意味）を距てる（へだてる）こと僅かに数十里にして、斯くの如き陋愚（ろうぐ）の民あるは実に聖代の汚点にして痛恨に堪へざるなり」（『明治天皇紀』）であり、驚いた天皇はただちに村に通じる道を修復させ、村民を漸次開明に導く手立てを講じさせた。

天皇は埼玉県庁各課を回って職員たちの勤務ぶりを視察した後、裁判所や県立学校を視察。勧業博物館にも行幸して埼玉県の産物を天覧。天皇が特に関心を示したのは狭山産の茶と高麗郡産の生糸だった。その後群馬県前橋、同高崎、同松井田を経て碓氷峠へ向かった。東京を出発してから連日雨で道路がぬかるんでいたため、山路などでは天皇も鳳輦から降りて歩かねばならないこともあったが、天皇は健脚であり、供奉の者たちは天皇を追いかけるだけでやっとだったという。碓氷峠を越えた日は快晴で天皇は峠の頂上からの素晴らしい景色を存分に楽しんだ。

峠を越え長野県に入ったが、天気が悪く浅間山は見えなかった。9月9日に長野では善光寺住職に謁を賜り、善行寺にも行幸し、御掃除料として金100円を下賜した。

新潟県高田では名産の翁飴と水飴等を買いあげて長野産の菓子と共にお土産として皇后、皇太后に送った。これは貢物として献上されたものではなく、天皇自らが購入したものである。これについてドナルド・キーンは西洋の君主だったら考えられないことと評している。

高田から柿崎への移動は日本海に面した道を通り、天皇は日本海の雄大な眺めを堪能した。しかし悪路だったため天皇が乗っていた馬車もかなり揺れた。また日差しが強く馬車内が暑かった。陪乗していた侍補の佐佐木高行は耐えかねて途中で馬車から降りて歩いているが、天皇は忍耐強く馬車の揺れと暑さに耐えた。しかし柿崎に到着した際にはさすがの天皇も参って医者嫌いを押して侍医を召して拝診させている。

出雲崎では天皇は漁船数百隻が夕暮れの海で火を点じて漁をする幻想的な光景に見入った。出雲崎の行在所は狭く、しかも蚊が多かったため侍従たちは天皇に例刻より早めに蚊帳に入るよう勧めたが、天皇は「巡幸は専ら下民の疾苦を視るにあり、親ら艱苦を嘗めずして争でか下情に通ずるを得べき、毫も厭う所なし」（巡幸の目的は庶民の悩み・苦しみを視察することにある。朕自らがその辛さを味わうことなしに、どうして庶民の気持ちを知ることなど出来ようか。これしきのことは何でもない）と述べて断ったという。

9月16日に新潟に到着し、翌17日に新潟県庁や医学所、師範学校、裁判所、勧業博覧場などを視察した。新潟では天皇はトラコーマ病患者の多さに驚いた。二年前の東奥巡幸でもこの病を患う者を少なからず見ていた天皇は、侍医に原因の究明と治療、予防の方法を講じるよう命じた。2日後に天皇は侍医から報告を受け、主因として土地の気候風土、吐煙設備の不良のため屋内が不潔であること、トラコーマの伝染性の高さが指摘された。天皇は眼病者の治療と予防研究費用として御手許金から1000円を新潟県に下賜した。

その後行幸した長岡は戊辰戦争でほぼ灰燼と帰した町だったが、10年たったこの頃にはだいぶ復興が進んでおり、天皇もいたく喜んだ。ついで『奥の細道』で「北国一の難所」として出てくる親不知子不知へ向かい、この難所を無事通り抜けた後、天皇は肩輿から降りてしばらくその絶景を楽しんだ。

その後、石川県金沢に到着。ここは5月の大久保利通暗殺事件の犯人を出した土地であり、未だ過激派が潜んでいる可能性があり警戒されたが、幸い何事もなく、天皇はいつも通り地元の学校で生徒たちの授業を視察した後、金沢博物館を訪問して地元の物産を天覧した。また兼六園にも行幸した。

さらに石川県小松、福井県福井、同敦賀、滋賀県大津を経て京都に到着した。ついで東海地方へ向かう巡幸が始まり、京都から滋賀県草津、岐阜県大垣、同岐阜を経て愛知県名古屋へ入った。東京へ還幸したのは11月9日のことであり、北陸東海二道の一府十県をめぐる旅となった。

いずれの地でも天皇は地元の学校を訪問し、土地の物産を天覧した。また鳳輦や馬車での移動中も天皇は民の暮らしぶりをつぶさに視察するのを欠かさなかった。西南戦争中に一時消えた天皇の強い義務感が今再びはっきりと蘇り、以降は崩御までその火が消えることはなかった。

明治11年12月27日には内務卿伊藤博文の主導により、琉球藩を廃して沖縄県を設置する琉球処分が朝議により決定された。この決定の背景には次の事情があった。

琉球王国が琉球藩となった後、日本政府は琉球藩に対して再三にわたり清国との冊封関係をやめること（清国皇帝から冊封を受けないこと、隔年朝貢使の派遣を止めること、清国皇帝即位の際に慶賀使を送らないこと、清国の年号ではなく日本の明治の年号を使用することなど）を命じていたが、琉球藩はこれを無視し続け、明治10年（1877年）4月には藩王尚泰は幸地親方向徳宏を秘密裏に清国へ派遣し、日本に対抗するための助力を仰いだ。のみならず、琉球藩東京藩邸在番の池城親方安規が、日本に駐在する清国、アメリカ、フランス、オランダ各公使館に斡旋を依頼しはじめた。池城親方は日本政府に対して、しきりに「父皇母清」（天皇は琉球の父、清皇帝は琉球の母）を唱え、琉球と清国の冊封関係を認めるよう要求したが、日本政府は「一国が二帝に奉仕することは、一婦が両夫に相まみえるに等しい」としてその要求を拒否した。

のらりくらりと駆け引きを続ける琉球藩の狙いが、外国の介入を促すための時間稼ぎにあることを悟った内務卿伊藤博文は、その前に琉球藩を廃して第二尚氏の統治体制を終わらせ、日本政府が県令を送って直接統治する沖縄県に変えることを決意したのである。伊藤は部下の内務大書記官松田道之に命じ、琉球藩処分案を作らせ、太政大臣三条実美と朝議の承認を得た。

那覇へ派遣されていた松田が東京に戻った後、3月11日に天皇は琉球藩を廃して沖縄県となし、藩王の尚泰、王族の尚健、尚弼は東京に移住させるよう勅命を下した。翌3月12日、勅命を携えた松田は警察官160人を伴って横浜港を発って再び那覇へ向かい、途中鹿児島で軍人600人を加えて25日に那覇に到着。松田は琉球藩に対して同藩を解体し、沖縄県を設置する旨の勅命を布告し、尚泰は藩王から解任するので首里城から退去するよう命じた。尚泰は病気を理由にして松田に合おうとしなかったが、首里城に居座ることはできず、3月29日夜には尚泰は首里城を退去して嫡男尚典の屋敷に移住した。

天皇は4月4日に旧鹿島藩知事だった鍋島直彬を初代沖縄県令に任じた。さらに4月5日に天皇は尚泰の慰問のために侍従の富小路敬直を内勅使として那覇に派遣し、できるだけ早く尚泰を東京へ連れてくるよう命じた。また尚泰の航海の安全のため官船の明治丸を回航させた。富小路は4月13日に那覇に到着したが、尚泰はまたしても病気を理由に勅使に拝謁することを固辞し、嫡男尚典の代謁を願い出た。富小路はこれを却下し、自ら尚泰の屋敷に赴いたため、ついに尚泰も謁見を受けるしかなくなった。富小路から天皇の聖諭を伝えられると尚泰は拝謝したが、聖諭を遵奉するか否かを問われると尚泰は翌日奉答すると答えた。

翌14日に松田は旧琉球藩重臣たちを召して奉答を督促したが、重臣らは尚泰の病気を理由に上京の延期を請願した。松田は尚泰の疾患は慢性のため完全な快癒は期待できない、また尚泰の航海は政府の特別な保護下で行われるので憂慮するには及ばないとしてこれを退けた。日本政府が尚泰の上京を急いでいたのは、上京を遅らせることによって尚泰は清国の介入を待っているのではないかという疑念があったからである。尚泰の上京が早ければ早いほど清国に介入される余地は少なくなると考えられた。

その後重臣等は、旧藩士たちが動揺しているので王自ら旧封民を説諭し、諸般の事務引継ぎを滞りなく完了したいと称して、尚泰の上京の延期を求め、代わりに嫡子尚典の上京を願い出た。この請願は勅使の富小路により認められ、4月19日にも尚典は富小路とともに明治丸に乗船して那覇を出港。5月1日に横浜に到着し、3日に尚典と随行の旧藩臣5名は天皇の拝謁を受けた。5日に尚典は太政官に父の上京延期願いを提出するも却下された。

結局、尚泰も5月27日に那覇を出港することになり、6月8日に横浜港に到着。6月17日に尚泰は嫡子尚典、次男尚寅ほか旧藩臣十余名を伴って参内し、天皇の拝謁を受けた。天皇は尚泰を従三位、尚典を従五位に叙して自らの臣下であることを内外に示した。

その間の5月10日に清国総理衙門の恭親王が日本に抗議を開始している。恭親王は次のように主張する。琉球王国は代々清国の冊封を受け、貢物を捧げてきた国なので清国に宗主権があるが、清国は琉球王国を独立国と認め、政教も禁令もすべて王国の裁量にゆだねてきた。また清国および日本国と条約を結んでいる国で琉球王国と条約を結んでいる国が存在するのは、各国もまた琉球王国を独立国と認めているからに他ならない。したがって日本のやっていることは独立国に対する主権侵害にあたる、と。しかし清国が抗議をするのに弱い立場にあったのは先述の台湾出兵の際の日清の条約で琉球島民を「日本人」と認めて賠償金を支払っていることだった。日本の外務卿寺島宗則は沖縄は歴史的に日本領であり、琉球藩廃藩は日本の内政上の処分なので、他国は介入すべきではないとして突っぱねた。

清はこの後も引き続き沖縄を日本領とは認めない立場を堅持するが、清にとって海を隔てた琉球は大して価値のない属国であり、琉球のために武力行使する気などはなく、事実上は捨て置くこととなった。清にとって武力行使してでも守らねばならない重要な属国は、（後に清仏戦争や日清戦争を遂行したことからわかるように）陸続きの朝鮮やベトナムだった。

それでも清がわざわざ日本に抗議してきた理由は、清の駐日公使何如璋が本国の李鴻章と総理衙門に宛てて送った報告書により明らかとなる。その要旨は大きく次の三点である。「1、琉球の清に対する朝貢を日本が阻止したことは重大であり、日本の琉球併合の次は、朝鮮に及び、たとえ今回の琉球の一件を我々が譲歩したところで、結局のところ日本との紛争は不可避である、2、琉球のような小さな土地のことで日本と争っている場合ではないが、黙認すれば、我々が『弾丸之地』については争わないという認識を日本側に持たせることになる、3.このような方法で解決するかは分からないが、日本が少しでも気遅れするようなことがあれば、その間は琉球は存続できるから、やはり何も言わないよりは争った方が得る物が大きい」、この報告に対して李鴻章は「琉球の朝貢から得られる利益は少ないが、琉球のような朝貢国を失えば、他の国から軽く見られてしまう」と論じる。また総理衙門に対して「琉球からの朝貢がなくなっても特に問題はないが、日清修好条規第一条にあるように『邦土』を侵すような前例を作って朝鮮に及んでしまっては黙っていられなくなる」と述べる。つまり清国は、琉球自体はどうでもいいのだが、朝鮮を失うのに繋がるのを何より恐れていたということである。

明治12年（1879年）5月23日にはドイツ皇帝ヴィルヘルム1世皇太子フリードリヒ（後のドイツ皇帝フリードリヒ3世）の第二皇子であるハインリヒが、コルベット艦「プリンツ・アーダルベルト（ドイツ語版）」で横浜に寄港して来日。国賓待遇で迎えられた。

これに先立つ4月8日に天皇はドイツ皇帝ヴィルヘルム1世に金婚式の祝賀として日本の最高勲章大勲位菊花大綬章および大勲位菊花章（以降両者合わせて菊花章と略）を贈呈しており、ヴィルヘルム1世はその返礼でプロイセン最高勲章黒鷲勲章を天皇に贈るため、それをハインリヒ皇孫に持たせていた。

西洋の王室・皇室はお互いの国の勲章を贈りあう勲章外交を盛んに行っており、ハインリヒ皇孫の訪日は日本皇室が本格的に勲章外交に参入していくはじまりとなったが、天皇が外国勲章を受けるのはこれが初めてというわけではない。天皇は明治7年10月31日にザクセン・コーブルク・ゴータ公国から最高勲章エルンスト勲章を贈られており、それが天皇が受けた最初の外国勲章だが、この時にはまだ日本に勲章制度がなかったため、日本側からすぐに返礼の勲章を贈ることができなかった。日本の勲章制度の創始となったのは、明治8年4月に創設された旭日章であり、まず宮内省お雇い外国人たちに授与され、その後、明治8年10月にはマリア・ルース号事件仲裁や千島樺太交換条約締結に尽力したロシア人官吏たちに返礼としてそれぞれの格に応じた等級の物が贈られたが、その主君たるロシア皇帝アレクサンドル2世に臣下と同じ勲章を送るわけにはいかないということで、明治9年12月に日本の最高勲章の菊花章が制定され、明治10年4月27日にロシア皇帝に贈呈された（当時皇帝は外遊中だったため、翌11年1月19日に駐ロシア公使榎本武揚より皇帝に贈呈されている）。ドイツ皇帝ヴィルヘルム1世に贈呈された菊花章はロシア皇帝に続く授与であり、前年に駐ドイツ公使青木周蔵が外務卿寺島宗則に宛てて日本が最高勲章をドイツ皇帝に贈ればドイツ側もプロイセン最高勲章の黒鷲勲章を天皇に贈るのではないかという進言を行っており、その影響で授与が決定されたものである。

5月26日にドイツ語に堪能な北白川宮能久親王と外務省御用掛蜂須賀茂韶がハインリヒ皇孫が乗る「プリンツ・アーダルベルト」に乗艦し、天皇の名において歓迎することを表明。5月28日に艦を降りたハインリヒは汽車で新橋駅まで向かい、そこから延遼館へ案内された。翌29日にハインリヒは参内し、小御所代にて天皇の引見を受け、祖父ヴィルヘルム1世から預かった黒鷲勲章を天皇に贈呈し、天皇は御礼に旭日大綬章をハインリヒに贈呈した。

翌日に天皇は前日受けた黒鷲勲章を佩用してハインリヒが滞在する延遼館を行幸。6月4日に天皇とハインリヒは紅葉御茶屋でベルモットを飲みながら歓談した後、瀧見御茶屋へ移り、そこで宮中午餐会が催された。天皇はドイツ皇帝のため、ハインリヒは天皇のため、それぞれ乾杯の音頭を取った。6月7日に2人は日比谷陸軍操練所での飾隊式に臨み、馬車から閲兵した。6月10日にハインリヒが離日の告別の挨拶に小御所代に参内した際に天皇は菊花章を贈呈した。この際にハインリヒの随伴者にもそれぞれの格に応じた旭日章が贈られている。これ以降、勲章を送り届けに来た王族・皇族のみならず、随行者にも勲章が与えられるのが慣例となった。

その後ハインリヒはシベリア訪問を経て、5か月後に再来日し、10月15日に天皇から赤坂離宮での会食に招待された。御車寄で右大臣岩倉具視、ついで八景間で有栖川宮熾仁親王と北白川宮能久親王の出迎えを受け、小御所代で天皇の引見を受けた後、天皇皇后、両親王とその御息所（夫人）とともに広間で会食した。11月3日の天長節にもハインリヒが参内し、天皇皇后は小御所代でハインリヒから誕生日の祝賀を受けた。

この直後にイタリア王族ジェノヴァ公の再来日があった。天皇は明治5年の来日時と同じように接遇した。ジェノヴァ公を引見した際に天皇はイタリア最高勲章聖アヌンツィアータ勲章を贈呈されたが、宮中顧問官の吉田要作によれば、この際に次のようなエピソードがあったという。イタリアの最高勲章にはイタリア王の従兄弟になるという規定があるため、奉呈の儀式として接吻の習慣があり、吉田が「キッスの礼」の詳細を尋ねると「キッスとはいっても、ただ形をするだけ」という説明だった。「ともかく前以て陛下にお伺いしておかなければというので、係りの者からお伺いすると、さしつかえ無いという仰せ、ホッと安心して、さてその奉呈の儀式になった。が、侍臣をはじめ接伴員一同も慣れない儀式なので、ひそかに気づかい申上げていたが、明治天皇の御態度はまことに立派にあらせられた」という。イタリア公使ラッファエーレ・ウリッセ・バルボラーニ伯爵（イタリア語版）の記述によれば、ジェノヴァ公は勲章贈呈後天皇に抱擁する前に「もはや天皇とは兄弟同然の関係になったので抱擁してもよろしいか」と天皇に尋ねて許可をもらってから抱擁したという。12月8日に天皇は返礼としてジェノヴァ公に菊花章を贈呈した。

一方ドイツのハインリヒ皇孫の方は西日本をお忍び旅行中であり、明治13年2月7日に大阪府吹田付近で猟を行っていた際、村民と警察官が禁猟地であるとしてドイツ皇族と知らず制止して尋問しようとした。ハインリヒは禁猟地域で発砲していないと反論して騒動となり、大阪府知事に抗議するため府庁を訪れたが、知事はその時不在で担当者が普通の外国人と思って接して外交問題になった。この事件は天皇の耳にも入り、結局礼を失したとして村民は謝罪、警察官は罷免、警察幹部も処分を受け、大阪府知事も謝罪して事件は解決した。4月2日にハインリヒ皇孫は帰国の途に就く告別の挨拶のため参内したが、天皇は事件について熱心に遺憾の意を表し、色々あったとしても日本に良い思い出を抱いて帰られるよう願われた。

ハインリヒ皇孫の来日以降、日本皇室の勲章外交は本格化し、天皇は、スペイン国王アルフォンソ12世（明治12年9月11日）、ベルギー国王レオポルト2世（明治13年5月7日）、オーストリア皇帝フランツ・ヨーゼフ1世（同日）、イタリア国王ウンベルト1世（同日）、オランダ国王ウィレム3世（同日）などに日本の最高勲章である菊花章を贈呈した。天皇は彼らに宛てた親書の中で、日本と相手国との交際が親密になってきたことを喜び、その友情の証として菊花章を贈るので、相手国君主に佩用してほしいことを希望している。勲章を相手国に贈るのは「敬意スル所ノ友情ノ徴」であった。

天皇も各国から次々と勲章を授与されていくが、イギリス最高勲章ガーター勲章だけはなかなか授与されなかった。明治14年10月21日には英女王ヴィクトリアの皇太子ウェールズ大公アルバート・エドワード（後の英国王エドワード7世）の長男アルバート・ヴィクター（後のクラレンス公爵）と次男ジョージ（後の英国王ジョージ5世）が非公式来日を行っているが、両王孫の来日に先立ち、外務卿井上馨と宮内省四等掌典長崎省吾は、ガーター勲章を両王孫に持たせて天皇に贈呈するようイギリスに要求。しかしイギリス側は、日本はキリスト教国でないこと、またキリスト教徒でない外国君主にガーター勲章を贈った先例としてトルコ皇帝アブデュルメジト1世の例があるものの、天皇はトルコ皇帝と違って直接訪英していないことから贈呈は難しいとして断り、インドの星勲章なら贈呈可能と返答したが、最高勲章でなければ受け取れないと日本側が拒否。その後の明治19年に天皇は、英皇太子アルバート・エドワード（後の英国王エドワード7世）に菊花章を贈っている（当時の菊花章は男性専用の勲章であり、イギリスは君主が女性なので代わりに皇太子に送った）。返礼にガーター勲章が贈られることを期待しての贈呈だったと思われるが、この時にも返礼はなかった。結局、天皇にガーター勲章が贈られたのは明治39年になってのことである。

日本の勲章外交の本格化に伴い、明治13年3月には勲章佩用法があらためられ、天皇は陸軍正服を着用するときには上部に菊花章・無綬章、下部には各国無綬章を佩用するが、勲章を捧呈する国の王族皇族や高官を引見する場合には、その国の大綬章・無綬章と菊花無綬章を正服につけ、略服の場合は大綬章を除いた他国の無綬章を佩用することもある旨を定めている。

アメリカ前大統領ユリシーズ・グラント将軍は明治10年（1877年）から世界周遊の旅に出、ヨーロッパ諸国を歴訪した後、エジプト、インド、シンガポール、サイゴン、バンコク、香港、清国、そして日本を訪問した。グラントは南北戦争の英雄だったが、その後の大統領在職中に汚職事件を起こして名声は地に落ちていた。しかし三期目の大統領選挙出馬を諦めていなかったので、アメリカ国民が汚職事件を忘れるまで、しばらくアメリカから離れようと世界周遊旅行を始めたのだった。

グラントは、北京滞在中に清国総理衙門の恭親王から、日清間の琉球をめぐる紛争に決着をつけてほしいと依頼されていた。恭親王は「我が国に貢物を捧げ、常に友好的だった琉球王国を日本は抹殺しようとしてる」とグラントに訴えていた。

その後の明治12年（1879年）6月21日にグラントは軍艦リッチモンド（英語版）で長崎に寄港した。天皇の名代として接待役に任じられた伊達宗城と駐米特命全権公使の吉田清成がグラントを出迎えた。グラントに同行した作家ジョン・ラッセル・ヤング（英語版）によれば、吉田は米国でグラントと面識がある人物だったため、本国に呼び戻されて接待役に任じられたという。

7月3日に横浜港に到着すると岩倉具視以下政府高官が出迎え、岩倉は、握手という日本人がいまだ慣れない挨拶をグラントと交わした。翌7月4日にグラントは天皇の引見を受けた。当時天皇は26歳、グラントは57歳だった。天皇も自ら前に進み出て手を伸ばし、グラントと握手をしているが、かなり堅い感じの握手だったらしく、ヤングはその挙動について「こわばっており、ぎこちなかった」と記している。一方で「日本の歴代皇帝の歴史で、このようなこと（握手）は未だかつてなかったことだった」「ミカドは、これまで訪問を受けた王族の皇太子に対して常に礼儀にかなった対応をした。ミカドにとって英国、ロシア、ドイツの皇太子は、あくまで皇太子だった。しかしグラント将軍は友人として遇された」と記している。

その日はアメリカ独立記念日だったことから、天皇は「今日ハ貴国独立ノ期日ニ当リ候ヨシ此日ニ於テ初面会ヲ遂ゲ右ノ歓ヲ申候ハ別テ目出度事二存候」という勅語を述べた（『明治天皇紀』）。またヤングによれば天皇は「貴殿が日本について大臣たちに語った意見を色々と耳にした。貴殿はすでにこの国と国民を見た。朕はそのことで貴殿と話したい思いしきりである。もっと早く機会を持てなかったことは残念である」と述べ、グラントは「自分は天皇の為なら何でもする。陛下にお会いできて嬉しい。日本で受けたあらゆる親切に感謝する。日本人以外で自分ほど日本に関心を持っている者はいないし、また自分ほど日本国民に真摯な友情な持っている者はいないといっていいほどだ」と応じたという。

ヤングは天皇の印象について次のように書き留めている。「皇帝は若く、すらりとした体つきで日本人の標準より背が高い。我々から見れば平均的な背の高さである。印象的な顔で、口と唇はどこかハプスブルク家の血統を思わせるものがある。額はふっくらと狭く、頭髪と薄い口髭、顎鬚はすべて漆黒である。髪の色はアメリカであれば浅黒いと言える顔貌を、さらに黒くしているように見える。顔の表情からは感情が一切消され、将軍に注がれている黒く輝く瞳がなければ、彫刻の立像かと見間違えるほどである。傍らの皇后は、高貴で地味な日本の衣装を身に着けていた。顔は実に白く、ほっそりした身体つきで、さながら子供のようである。髪はきれいに梳かれ、金色の矢で束ねられていた。皇帝、皇后ともに実に感じの良い顔で、特に皇帝の顔には確信と優しさが張っていた」。

またヤングは同席していた三条実美と岩倉具視について「首相（三条実美）は、印象深い人物である。背は低く、やせて、まるで少女のような身体つきである。繊細で、彫の深い、愛嬌のある顔立ちで、二十歳の青年とも五十歳の大人ともとれる」「岩倉は、断固とした決断力を示す線の太い顔立ちで印象が強い。頬に刀傷があり、それは日本のもっとも偉大な政治家大久保が数か月前に暗殺されたように、岩倉暗殺を謀った暗殺者が斬りつけた跡である。」と書き留めている。

二度目の引見は7月7日で、同日朝、天皇はグラントとともに陸軍飾隊式（後の観兵式）を天覧した。閲兵終了後には芝離宮に赴き、グラントを歓迎する午餐に出席した。天皇はグラント夫妻を迎えて握手した。グラントは有栖川宮熾仁親王御息所（夫人）をエスコートし、三条実美がグラント夫人をエスコートして食卓に着いた。遣欧使節団が国の公式行事に女性が列席しているのを見てカルチャーショックを受けた時代もまだそれほど昔ではなかった。食事中には陸海軍の軍楽隊が交互に曲を演奏したが、このわずか二十年前に日本人は「胡楽（夷狄の音楽）」に仰天していたものだった。

午餐後グラント夫妻は別殿に誘われ、天皇とコーヒーを飲みながら吉田清成の通訳で会談した。天皇はグラントの世界周遊旅行についていくつかの質問をしているが、それらの質問を見る限りこの頃には天皇は諸外国の知識をある程度身に着けていたことがうかがえる。これ以前の天皇は外国の知識に乏しいために外国の賓客と会話を交わすのが苦手だったが、すでに紋切り型の社交辞令以外の言葉も操れるようになっていた。

グラント夫妻は7月17日に避暑のため日光に出発し、伊達宗城と吉田清成が同道した。その翌日、天皇は内務卿伊藤博文も日光に派遣した。日光でグラントは伊藤と会談し、清の恭親王から依頼されていた琉球問題について切り出し、清国の立場を伝えたが、伊藤は「日本の琉球主権は古来からのものである」と述べた。それに対してグラントは自分の関心はすべて日清両国を思う気持ちから出たもので他意はないと述べ、清国と日本では日本の方が軍事的に勝っているだろうという見解を述べた。

7月末にグラントは東京へ戻り、天皇との再会談を希望した。会談は8月10日に浜離宮で行われた。天皇は三条実美や通訳の吉田清成を伴って会談に臨み、グラントは息子と書記を伴っていた。会談は二時間以上に及んだ。この会見でグラントは日本の国政について様々な助言を行った。議会開設は急ぐべきではなく、慎重に国民を教育しながら漸進的に議会開設を目指すべきであることや、また議会の権限について制限を付すべきであることを忠告した。さらに外国からの借金は危険であるとして、新たな外債の募集は避けるべきであること、教科書にのみ依拠した教育法は避けるべきことなどを忠告した。これらのグラントの助言がどの程度日本に影響を与えたか測るのは難しいが、少なくとも外債に関する忠告は影響を与えたようである。大蔵卿大隈重信が5000円の外債を発行することで政府の財政難を打開しようとしたとき、その提案が否決されたが、その理由の一つとして引用されたのがグラントの忠告だったからである。

一方琉球問題についてグラントは、日本はもっと清国の意を汲んで懐柔的な態度を取らなければいけないと述べたが、天皇は「琉球問題については、伊藤に命じて貴殿に話すよう言っておいた。近日中にその機会があるだろう」と応じてかわした。後にグラントは日本の岩倉具視と清国の恭親王双方に宛てて書簡を送り、琉球の帰属先をめぐり日清両国が会談することを促し、アメリカ大統領ラザフォード・ヘイズからも同じ要求があり、琉球をめぐる日清会談は明治13年（1880年）になってようやく開かれるも、進展はなく、結局清国の心変わりで琉球問題が日清両国間で再び交渉の議題に上がることはなかった。

8月25日には東京遷都12周年を記念する東京府民の祭典が上野公園で開催され、天皇が臨御し、グラントも招待されて出席した。天皇が到着すると軍楽隊の演奏が奏でられ、槍術、剣術、流鏑馬などが天覧に供され、花火も打ち上げられた。グラントは天皇とともにお祭り気分を楽しんだ。

8月30日に帰国の途に就くグラントは参内して天皇に別れの挨拶を告げた。この時ヤングは最初に天皇から受けた堅い印象とは別の印象を受け、次のように書いている。「皇帝は、いわゆる優雅な人物ではない。その物腰は不安に満ちた人物のようで、とても気楽にふるまっているとは言い難い。人の気に入るように、ひたすら間違いを冒さないように、願っているかのようだ。しかし最後の謁見で見た皇帝は、以前我々が見た時よりも、くつろいだ様子で、いかにも自然だった。」。

明治13年（1880年）6月16日に天皇は、六大巡幸の四番目となる甲州東山道巡幸（公式文書の多くは「山梨県三重県京都府御巡幸」となっている）に出発した。貞愛親王（伏見宮邦家親王第14王子）、太政大臣三条実美、参議山田顕義、宮内卿徳大寺実則以下360人が供奉した。後に参議の伊藤博文や寺島宗則も後発で東京を発って7月5日に津で天皇と合流している。

『明治天皇紀』によればこの巡幸中、天皇は美しい景色を見つけると供奉する印刷局写真師に撮影を命じ、さらに命令がなくても写真師の判断で随時撮影するよう命じていたという。

最初の宿泊地は八王子で、絹糸、絹生地など土地の物産を視察。また近隣の川から取られた蛍が献上され、二籠の蛍を皇太后、皇后に送った。

6月19日には山梨県甲府に到着。翌20日には山梨県庁、静岡裁判所甲府支庁、勧業製糸場を視察し、翌21日には県営葡萄酒醸造所、師範学校を視察した。

6月23日に長野県に入り、上諏訪町に到着し高島学校を行在所とし、翌24日には下諏訪町高木で諏訪湖の投網漁を天覧した。同日松本に到着、四柱神社を行在所とし、松本区裁判所、師範学校松本支校、開智学校などを視察した。

6月30日に愛知県名古屋に到着し、ついで7月2日に三重県桑名に到着。ここは幕末に朝敵となった桑名藩の城下だったところだが、行列は極めて熱狂的な観衆に迎えられた。7月4日には津に到着し、三重県庁を視察、師範学校では化学の実験を天覧した。

7月8日には伊勢神宮を親拝。明治2年（1869年）の最初の親拝の先例を踏襲し、豊受大神宮（外宮）、ついで皇大神宮（内宮）の順に親拝した。神宮祭主、宮司らは皇祖たる天照大神を祀る皇大神宮を先に親拝すべきだと異議を唱えていたが、天皇には穀物を司る豊受大神宮が万物の基本を為すという考えがあり、異議は聞き容れなかった。

7月11日に亀山に到着。11日と12日には亀山付近で軍事演習を天覧した。天皇は何よりも陸軍演習を好んだ。

7月14日の大津から京都への移動には鉄道を利用した。これが可能となったのは逢坂山を抜ける日本最初のトンネルが完成していたからだった。7月16日夕刻には父帝の後月輪東山陵を親拝し、その日の夕刻には東山に大文字の火が点じられて天覧した。また伯母の淑子内親王が暮らす桂宮邸に行幸し、内親王に七宝焼菓子器一対を下賜した。淑子内親王が天皇のため用意した能楽5題と狂言4題を天覧し、他の京都在住皇族たちも陪覧している。

7月20日に京都から神戸へ行き、海路で7月23日に横浜港へ戻り、赤坂仮皇居に還幸した。

明治12年（1879年）から外務卿に就任し、欧米諸国との条約改正に努力していた井上馨は、欧州では王室が外交の中心となっていることから、日本でも皇室外交を盛んにさせたいと考え、春と秋に2回園遊会を開いて諸外国の外交官を招待することを建言した。

天皇は井上の建言を受け入れ、明治13年（1880年）11月18日に赤坂仮皇居の御苑において最初の親菊会（秋の園遊会）を催した。天皇は軍服姿で皇后と共に臨御し、招待された親王、政府高官、麝香間祗候、各国公使・書記官、彼らの家族ら総計170人を接見した。天皇はこの際にアメリカ、ロシア、イタリア、ドイツ各国の公使およびその妻と握手している。大広間から御苑へ移って菊の鑑賞を行い、午後3時に仮設の立食場で食事が供され、その後天皇皇后を先頭に円山の菊を鑑賞して天皇皇后は午後4時30分に宮廷へ戻った。

観桜会（春の園遊会）が初めて開催されたのは明治14年（1881年）4月26日に皇居の吹上御苑においてである（明治19年から会場は浜離宮に移された）。以降春と秋の園遊会は現代にいたるまで皇室行事として続けられている。

明治14年（1881年）元旦の新年朝拝の儀は、参列者の夫人の同伴が初めて許された。これに伴って各国公使は夫人を伴って天皇に拝謁するようになった。旧習が改められた理由について公式の説明はなかったが、恐らくヨーロッパ宮廷の慣習に倣ったものと思われる。

しかし朝拝の儀に夫人の同伴が許されるのは歴史上初めてなので、夫人の礼遇については様々な議論を惹起した。まず妻が着用する衣装は和装の袿袴とされたが、各国公使夫人に限り袿袴がない場合には洋服着用が許された。また夫妻が玉座に進む際に妻はどこにいたらいいのかも問題となった。日本の伝統では妻は夫の後ろに従って歩くものだが、それは否定され、ヨーロッパに倣って右に夫、左に妻が並んで一緒に進むことになった。また日本の伝統では左が右より上位という思想があったが、それも採用されなかったことになる。

天皇はこの変更には承諾を与えたが、他の件については拒絶した。たとえば外務卿井上馨は各国公使夫妻は賓客にあたるので、臣下に過ぎない日本人参列者より先に朝拝の礼が認められるべきと進言していたが、天皇は、次のように述べてこれを却下している。新年の拝賀は本来、年の初めにあたって君臣の礼を正すためのものである。したがって外国の賓客より、まず朕の臣僚を第一としなければならない。これは平時の交際とは自ずと別のことである。

明治14年（1881年）2月23日に天皇は米国公使ジョン・ビンガムからハワイ国王カラカウアが世界一周旅行の途中に非公式に来日する予定であるとの知らせを受け取った。また駐サンフランシスコ日本領事からもハワイ国王が訪問予定との報告が日本政府に伝達されていた。天皇は同王を国賓待遇で迎えることを決め、東伏見宮嘉彰親王を御用係に任命した。これが初めての外国元首の訪日となった。

カラカウア王は、英国ホワイト・スター・ライン社の客船オセアニック号（英語版）に乗って、3月4日に横浜港に到着。下船した王は、出迎えに並ぶ日本の軍楽隊がハワイ国歌を弾いたり、宿泊先の離宮までの沿道の家々に日本とハワイの国旗が交差して飾られていたり、拝観する群衆もたくさんいて、中には王の乗った馬車に向かって土下座している者もおり、その暖かな歓迎ぶりに驚いたという。帝国主義時代にあって軽んじられ続けた小国ハワイの王カラカウアは外国でかつてない持て成しを受けたことに感激して涙を流したという。

王は、翌日に皇室のお召し列車で東京に向かい、赤坂仮御所を訪問した。天皇は、君主を迎えるヨーロッパ宮廷の外交儀礼に則って宮殿の玄関近くの部屋で王を出迎えた。天皇と王は握手を交わし（ハワイ王一行は天皇が普通は握手しないことを知らされていたため、特別な名誉として受け取った）、挨拶を交わした後、並んで謁見の間に入った。これについて、王の随行員の一人ウィリアム・ネヴィンズ・アームストロング（英語版）は、「天皇は神の子孫であるため、何人たりとも横に並んで歩くことは許されなかった。皇后でさえ、天皇の後ろに随って歩いた。しかし天皇の治世、いや歴代天皇の治世において初めて、天皇は彼の賓客である王と肩を並べて歩いたのだ」と記している。天皇は謁見の間の御座所で待っている皇后に王を紹介した。アームストロングによれば、王の挨拶に対して皇后はわずかに頭と目を動かしただけだったというが、王の日記によれば「余が入ると皇后は立ち上がった。余は恭しく会釈した」とある。

外務卿井上馨の娘で英語が堪能な井上末子が通訳となり、20分の会談の後、天皇と王は再び肩を並べて謁見の間を出、玄関に近い一室で握手して別れた。王は馬車で延遼館へと戻っていった。同日中に天皇は返礼として延遼館を訪問し、応接間で王と再び会談した。3月8日に天皇と王は、日比谷陸軍操練所で観兵式に臨み、騎乗した。騎乗中も二人は並び立った。

内密の話がしたいという王の要請により、3月11日に天皇と王の私的会談の席が設けられた。天皇が外務卿井上馨のみを通訳として残して他の臣下を下がらせた後、王は、次の話を切り出した。「今アジア諸国は西洋列強の圧政に苦しめられている。今こそアジア諸国は西洋列強に対抗するために連盟を結ぶ必要があり、アジア諸国の中で最も進歩が著しい日本がその盟主となるべきである。アジア諸国が結ばされている不平等条約の撤廃のためには、まず日本が万国博覧会を開き、そこにアジア諸国・ヨーロッパ諸国の君主たちを一堂に招待し、天皇を盟主にアジア諸国君主が団結し、不平等条約の撤廃を西洋君主たちに迫るべきである。」という趣旨の話だった。これに対して、天皇は、西洋列強とアジアの大勢の認識、および東洋諸国の連盟については同感であると答えながらも、その時機が到来しているのかについては疑問を呈し、特に「清国が如きは大国にして、かつ傲慢不遜の風がある。招待したとしても、まず来会することはないだろう」と述べた。王は「確かにアジア諸国の君主が全員顔をそろえて来会することは期待できない。しかし、シャム王、ペルシャ王、インド国諸王等の来会は間違いない。これだけ揃えば連盟の発端を形成するには十分である。ただしこの種の企画が成功するには1回、2回の会合では不十分である。ヨーロッパ諸国の君主を貴国の博覧会に招待するのは、あくまで彼らの嫌疑を避けるためである。大事を語る相手はアジア諸国の君主に限ることは申すまでもない。もし陛下が幸いにも私の言葉を了承してくださるのなら、なにとぞ陛下の指輪を賜りたい」と述べた。天皇は少し考えた後に「貴説は傾聴した。しかし我が国の進歩は外見とは異なる。問題は山積みし、特に清国とは葛藤を生じることが多い。清国は常に我が国の侵略を企てていると考えている。清国との平和的関係を維持するのは非常に困難なことである。まして貴説を遂行することは、さらに難事に属する。内閣と相談し、返答したい」と述べ、王も承知した。

天皇にとって明らかなのは仮にアジア諸国連盟なるものを作っても、清国が日本を盟主と認めるはずがないことであり、またインド諸国、シャム、ペルシャも言葉・習慣等に何の共通点もなく、西洋列強への憤慨ということだけで結束させるのはまず困難なことであった。

さらにこの会談で王は、日本とハワイを海底電線で結ぶことや、王位継承者と考えていた姪のカイウラニと当時海軍兵学校に在学していた日本の皇族山階宮定麿王の結婚を天皇に提案した。おそらく王としてはこの結婚がハワイが米国に併合される危機から守ってくれると考えており、逆に日本側としてはハワイ併合を狙うアメリカの反感を買う恐れがある縁組だった。この提案への天皇の反応についてアームストロングは「天皇は王の提案に上機嫌かつ丁重に耳を傾けた。しかし天皇は、それは熟慮を要することだと言った。日本の伝統から大きく逸脱することになる、と」と記している。結局、明治15年（1882年）1月14日に山階宮本人、ついで2月に外務卿井上馨がカラカウア王に書簡を送ってこの縁組に断りを入れている。断りの理由は山階宮には幼少の頃から決められた許嫁があり、王女との結婚を考える自由がないというものだった。

3月14日に王は東京を発つにあたり、天皇への別れの挨拶のため参内した。天皇は謁見の間で最高勲章の菊花章を王に贈った。この贈呈をめぐっては賞勲局副総裁大給恒が、西洋4国がカラカウア王に送った勲章は最高勲章ではなく「第二位」の勲章であること、またすでに菊花章を贈った西洋君主たちが小国君主と同列にされることを嫌悪する可能性を指摘し、最高勲章の菊花章ではなく旭一が妥当と主張したが、外務卿井上馨がカラカウア王は一国の君主であり、菊花章を贈るべきと大給を説諭した経緯があった。

その後、天皇と王はダイニングホールに移って天皇主催の午餐会に出席。外の芝生の軍楽隊は日本国歌とハワイ国歌を演奏した。不平等にならぬよう天皇と王両方の後ろにそれぞれ給仕が控え、サービスを行った。午餐会の後には、天皇と王はともに謁見の間に戻り、皇后が迎えてコーヒーと葉巻を共にした。そこへ外務卿井上馨が入ってきてロシア皇帝アレクサンドル2世が暗殺されたことを報告。驚いた天皇と王は、それぞれ元首としてロシア皇室への対応を取るべく散会とした。日本皇室はすぐにアレクサンドル2世のために服喪に入った。またカラカウア王のために予定されていた同日の舞踏会は中止となった。その翌日には天皇は返礼のため王の滞在する延遼館を訪れ、王主催の午餐会に出席。天皇は七宝焼きの花瓶、絹、漆の箱、青銅の飾り物、刺繍した布などの高級品を王に贈呈し、随行員たちにもそれぞれ贈り物を送った。

明治14年7月30日に天皇は六大巡幸の五番目となる山形県・秋田県・北海道への巡幸に出発した。明治9年の北海道行幸は最南端の函館にとどまったことから北海道民からは再行幸を願う世論が強かった。また北海道開拓使の十年計画が明治15年1月に終了する運びだったので、それ以前に拓殖の状況を視察する必要があることから、この巡幸が決まった。山形県も、明治9年や明治11年の巡幸で行幸地から外れたため、山形県令三島通庸が、県民の行幸を願う世論が大きいことや、県下の各区長からも懇願されていることを指摘して山形行幸を督促した結果、今回の巡幸で行幸が決まった。

有栖川宮熾仁親王、北白川宮能久親王、大蔵卿大隈重信、司法卿大木喬任などが随行し、開拓使長官黒田清隆や内務卿松方正義らが先発した。

7月30日に鳳輦に乗って東京を出た天皇は、栃木県、福島県、宮城県、岩手県を通御し、8月29日に青森県に到着。8月30日、青森港から軍艦「扶桑」で小樽港に渡り、札幌・手宮間の官営幌内鉄道汽車「義経号」に乗車して札幌に到着。

翌日に開拓使庁（現北海道庁旧本庁舎）を行幸し、開拓使長官黒田清隆の案内で使庁内を視察。その後、札幌農学校(現北海道大学)、演舞場（現時計台）、麦酒製造所（現サッポロビール）、蒸気木挽場、煉鉄所、葡萄園、苗穂にある札幌監獄署（現札幌刑務所）などを視察した。

9月1日には山鼻村（現札幌市中央区山鼻）の屯田兵舎を視察。また山鼻学校では屯田兵が収穫した農作物が天覧に供された。屯田兵制度は明治2年に開拓使次官黒田清隆の建議により北海道の開拓と防衛を同時に行う目的で実施された制度で、廃藩置県で失職した士族たちに職を与える救済策でもあった。屯田兵になると一定の土地と住宅が与えられ、その兵村は軍事施設のほか、学校、寺社、道路、防風林、墓地などのインフラが整備され、北の守りとして重要な役割を担った。同日午後、天皇は開拓使博物館に入館、「札幌丘珠事件」の加害熊の剥製を鑑賞している。

9月2日には札幌本道を車駕で島松駅逓まで移動し、道央圏で初めて稲作を成功させた中山久蔵による水田の育成状況を視察し、さらに3日には美沢の開拓使美々鹿肉缶詰製造所なども視察し、白老では当地のアイヌ民族が模擬的に挙行したイオマンテを鑑賞している。9月4日に室蘭から対岸の森町へ海路で移動。森では漁民が昆布採集作業を天覧に供し、天皇はことのほか関心をもったという。9月6日に森を出発し、道中七重勧業試験場や御牧場視察を経て函館着、9月7日に函館を発ち、青森港に戻った。

9月21日には秋田県南部の院内鉱山を視察。院内銀山は17世紀初めに発見され、江戸時代には久保田藩主佐竹氏直営の銀山で、維新後は工部省管轄の官営企業となり、ドイツ人技師たちが招かれてヨーロッパ鉱山技術が導入された結果鉱産量を増やしていた鉱山だった。天皇は、鉱夫らの鉱石搬出作業や、器機を使った掘削作業などを視察し、選鉱所や製鉱所では製鉱方法の変遷について担当者の説明に耳を傾けた。天皇が院内銀山を視察した9月21日は鉱山記念日となっており、地元では天皇の院内銀山行幸を祝う院内銀山祭りが毎年開催されている。

その後秋田県より山形県に入り、10月3日には米沢から福島へ向かう際に栗子隧道の開通式に臨御。これは県令三島通庸が明治9年から旧来の不便な米沢街道に代わって米沢と福島をつなぐ新たな街道として建設した栗子峠道に作られたトンネルである。栗子山は堅固な岩山だが、明治の文明開化でアメリカから穿孔機を購入したことで（当時アメリカに1台、イギリスに1台、日本に1台の計3台しかなかった）、明治13年10月19日に貫通に成功していた。このトンネルを含む栗子峠道は明治15年2月に天皇より万世大路の名が与えられた。

この巡幸中に国内外で色々な事態が発生したため、明治維新以来日本全国で整備がすすめられた電信が役に立つ場面が多かった。京都において病床にあった伯母淑子内親王の容体悪化と薨去までの情報は刻々と電報で天皇に知らされていた。9月19日にはアメリカ合衆国大統領ジェームズ・ガーフィールドが暗殺されたが、これもただちに電報で天皇に報告され、天皇は2日後にもガーフィールド大統領の後任となったチェスター・アーサー新大統領に宛てて弔電を打っている。

内政上最も重大な報告となったのは、開拓使の官有物を払い下げをめぐる不正疑惑に世論が沸騰しているというものだった。この払い下げ自体は、前年の内閣の閣議決定に基づき、天皇が巡幸に出る7月30日に裁可していた案件だが、開拓使長官黒田清隆が開拓使在勤官吏に官有物を払い下げ、それを五代友厚ら関西貿易商会が後援する案を閣議に提案した件をめぐって、300万円の実価があるものが、無利子30年38万7000余円で払い下げられるものとして、新聞各紙や民権論者から非難が殺到した。黒田と五代がともに元薩摩藩士だったことが疑惑に火をつけたようだった。この案は閣議決定されたわけではなく、間近に迫っている北海道巡幸で陛下自らが現地を視察した後にその可否を決すべきであることが閣議決定されていたが、黒田は事実無根のことで閣議決定されないのは不当と激怒し、元薩摩藩士の参議らは、閣内で批判を主導している大隈と対立を深めるようになり、後述する憲法論争をめぐって大隈と対立していた伊藤博文と対大隈で連携するようになった。この動きを新聞各紙は、薩長出身の政治家が団結して大隈を排除しようとしていると批判していた。この事態は巡幸中の天皇にも報告された（天皇は巡幸中も新聞を読んでいたのですでに事態を知っていた）。この問題は明治14年の政変の原因の一つとなる。

明治14年の政変に至る遠因の一つは、明治13年（1880年）に大蔵卿大隈重信の提案した外債発行案が閣議で否決されたことだった。西南戦争の際に戦費調達で銀行券（紙幣）が増刷された結果、当時インフレが急速に進んでいた（明治13年3月の段階で銀貨1円に対して紙幣は1円43銭5厘の割合）。紙幣価値を回復させる唯一の手段は正貨に兌換できない不換紙幣を償却し、兌換紙幣と交換することだった。兌換とは発行紙幣が金もしくは銀の正貨と交換可能なシステムのことである。不換紙幣償却のために必要な金の一部は政府所有工場の民間への売却により調達できたが、大蔵卿大隈重信は、それだけでは不足で、25年償還の5000円の外債発行することで、不換紙幣7800円を償却できるという見積もりを立てた。しかし外債発行の是非をめぐって閣議は意見が割れ、特に岩倉具視と伊藤博文が外債発行に強く反対した。侍補制度が廃止された後にも天皇に大きな影響力を持っていた佐々木高行や元田永孚も外債に強く反対していたため、天皇も反対派だった。

天皇はこの外債論争が征韓論論争のような事態に至るのを恐れていたが、最終的には外債募集案を不可とする裁定を下し、明治13年6月3日の詔勅の中で、先のグラント将軍の外債発行への警告も引用して大隈の外債募集案を退け、財政危機克服は勤倹を基本とするよう命じた。この天皇の勅諭が下った後には大隈を含め、もはや異論を唱える者はいなかった。この一件は内閣各省で意見対立が起きた場合は、最終的決定権は天皇にあることを改めて示した形となった。

更にその後、一部の政府閣僚（岩倉具視や黒田清隆など）の中からは財政危機は米の売買がすべて農民の手にゆだねられていることに起因するとして、地租の一部に米納を復活させる案も出され、その件をめぐっても内閣の意見が真っ二つに割れ、8月10日に太政大臣三条実美、左大臣有栖川宮熾仁親王らが参内し、天皇の裁断を具奏。天皇は両者に御前で意見を開陳させてから裁断を下すことを決め、8月31日にそれを行わせた後、9月18日に内勅を下し、地租米納論を「頗（すこぶる）不穏」として退けるとともに、財政危機打開の唯一の方法は朕が繰り返し述べてきた通り、経費節減にある。大臣らは朕の望むところを断行せよ、との聖断を下した。天皇はこの内勅を出す以前から地租米納復活論には明確に反対しており、佐佐木高行に次のように述べていた。地租を旧制に復して米納とすることは必ずや農民の不平を呼び、全国いたるところで農民蜂起が発生するだろう。特に本年は地租は明治18年まで地租改正当初に定めた地価によって徴収することを布告したばかりである。もしこれを放棄し、旧制の米納に戻せば、民衆の信義を失うことになる。

一方外債案否決で指導力を問われていた大隈重信は、民権運動の高揚で政治的焦点となっていた憲法制定問題に熱心に取り組むようになった。大隈は、君主大権の強いドイツ流憲法の制定を志向する伊藤博文や岩倉具視らの漸進主義に対抗し、君主権力が大きく制限され議会権力が強いイギリス流憲法の制定を目指す急進主義の立場を取った。明治14年3月に大隈は左大臣有栖川宮熾仁親王を通じて天皇に意見書を提出し、国会の過半数を得た政党の党首が国を率いるべきであるというイギリス型議院内閣制の導入を訴えている。また国会開設時期をわずか2年後の明治16年と非常に早くに設定した。大隈はこの案を出すときに他見を差し控えられるよう熾仁親王に要求していたが、内容が急進的すぎることに警戒した熾仁親王は、三条と岩倉に意見書を内示。6月27日には漸進派の中心人物である伊藤博文もこの動きを知るところとなった。

大隈の意見書を読んだ伊藤は、わずか2年後という時期の問題もだが、何よりも天皇に君主権を放棄せよと迫っているに等しい急進的な内容に激怒した。伊藤の考えるところ、イギリス型憲法にするということは、天皇をイギリス国王と同じ「君臨すれども統治せず」の立場に貶めるということであり、それは王政維新を無視して、武家政治の昔に返そうという企みではないかという疑念があった。王政維新とは幕府に奪われていた天皇の統治権の復活であり、今日天皇の統治権を政党に与えようというのは、七百年にしてようやく回復した皇権が再び喪失する事態になりかねないことだからである。したがって伊藤は、あくまでドイツやオーストリアのように君主大権が強い国の憲法をモデルにすべきと考えた。特にドイツは当時普仏戦争の勝利や、皇帝ヴィルヘルム1世と首相ビスマルクの名コンビで国威が隆々発展の途上にあった。伊藤にとってはこれこそが日本のモデルであった。少し後のことになるが、伊藤は明治15年8月27日に司法卿山田顕義に宛てて書いた書簡の中で「我が国が今日学ぶべきはプロイセン先王フレデリック大王の治術である。プロイセンの今日の隆盛は、決して自由民権の種子より生じたものでなくて、先王の遺伝道徳の余光の然らしむる所である。ゆえに我々の学ぶべき所は英仏のごとく国会に多数を占むる政党の首領が内閣を組織する議会政治の国でなくて、ドイツのごとき純然たる立君国で、国会の衆議に依り政府の根軸を動揺することなき、君権の明了完全な国である」という趣旨のことを書いている。伊藤が自身をビスマルクを以て任じるようになったのもこの頃からである。

明治14年7月1日に伊藤は、三条に書簡を送り、大隈と自分の意見がここまで相反している以上、もはや閣議で同席しているのは無理であるとして、辞職を願い出た。岩倉が留任するよう伊藤の説得に当たるも伊藤は翻意しなかったので、岩倉は続いて大隈のもとを訪ねたが、大隈も自説は曲げなかった。後に岩倉の仲裁で大隈と伊藤は会談して一応和解し、伊藤は再び閣議に出席するようになったものの、二人の憲法観の隔たりは大きく、対立は収まらなかった。

伊藤博文は、大久保利通の後継者的な立場にあったとはいえ、明治14年時点では大久保ほどの権威はまだなく、内閣をまとめる力に欠けていた。それがこのような閣内論争に至った原因であった。とはいえ、伊藤は天皇および三大臣（太政大臣三条実美、左大臣有栖川宮熾仁親王、右大臣岩倉具視）の信任が最も厚い参議であった。伊藤か大隈どちらかを切らねばならない状態に至れば、切られることになるのは当然大隈の方であった。10月11日に山形・秋田・北海道巡幸を終えて東京へ還幸した天皇は、大隈罷免について新聞各紙の批判が多いことから、大隈罷免にためらいを示しつつも、最終的には大臣らの進言を容れて大隈を辞職させる決意を固めた。天皇の聖断を得、10月12日にも伊藤博文と西郷従道が代表で大隈と会見し、辞官を説き、大隈は直ちに承諾した。その一方で同日に天皇は、大隈の顔を立てるかのように、太政大臣三条実美に対して開拓使官有物払い下げの許可を撤回するよう勅命している。黒田清隆の名誉が傷つけられる形となったが、黒田は政敵大隈の失脚で留飲を下げた。また大隈派参議への配慮から、天皇は同日に国会開設の勅諭を下し、国会開設時期を明治23年（1890年）に正式決定している。伊藤ら漸進派にとってはかなり時期が早められたものとなった。

天皇が下した国会開設の勅諭は以下の通りである。「朕祖宗二千五百有余年の鴻緒を嗣き、中古紐を解くの乾綱を振張し、大政の統一を総攬し、又夙に立憲の政体を建て、後世子孫継くへきの業を為さんことを期す。嚮に明治八年に元老院を設け十一年に府県会を開かしむ。此れ皆漸次基を創め序に楯て歩を進るの道に由るに非さるは莫し。爾有衆亦朕か心を涼とせん。顧るに立国の体、国各宜きを殊にす、非常の事業実に軽挙に便ならず。我祖我宗照臨して上に在り。還烈を揚け洪謨を弘め、古今を変通し断して之を行ふ責朕か躬に在り。将に明治二十三年を期し、議員を召し国会を開き、朕か初志を成さんとす。今在廷臣僚に命し、仮すに時日を以てし、経画の責に当らしむ。其組織権限に至ては、朕親ら衷を裁し時に及て公布する所あらんとす。朕惟ふに人心進むに偏して、時会速なるを競ふ。浮言相動かし竟に大計を遺る。是れ宜しく今に及て謨訓を明徴し、以て朝野臣民に公示するへし。若し仍ほさらに躁急を争ひ、事変を煽し、国安を害する者あらは処するに国典を以てすへし。特に茲に言明し、爾有衆に諭す。」。この勅諭は国会開設とその期日、憲法制定の方法などを示したものであり、かつ国民に過激な民権論を主張して狂騒し建国の精神を忘れることがないようにという天皇の思し召しであった。

明治15年（1882年）1月4日に太政官に出御した天皇は、陸軍卿大山巌に対し、「軍人に賜りたる勅諭」（軍人勅諭）を下した。陸海軍共通の軍人規範であるが、当時海軍卿川村純義は出張中で不在だったため、大山が陸海軍双方を代表して拝受している。

徴兵令発布後、華族・士族・平民と様々な階級出身の男性国民が軍人になったが、特に平民出身の軍人にあっては軍人的教養と訓練を与えるには少なからぬ精神的訓練を必要とした。また士族出身の軍人であっても（藩の気風にもよるが）概して長き泰平の世で士風が緩みきっており、精神訓練が必要な者は多かった。統一された近代国家の軍隊であるためにはさまざまな階層出身者から成る軍人たちに共通の教訓と訓練を与えることが重要だった。そうした観点からこれまでも軍人規範はたびたび出されていた。明治元年の陸軍局法度、明治4年の御親兵創設で制定された御親兵御規則、陸軍読本、海軍読本、明治11年に徴兵制度に適するように陸軍卿山縣有朋が寄稿した軍人訓戒などであるが、これらは結局は禁制を明らかにしただけの消極的なものだったので、天皇はそれに満足しておらず、改めて建国の古制に基づく歴史の成果を述べ、天地の公道、人倫の常道に基づく軍人規範を定める必要があると考えていた。そのために出されたのが軍人勅諭である。

勅諭は「我国の軍隊は世々天皇の統率し給ふ所にぞある」という出だしで日本の軍事史の概略から始まる。その内容の概要は次のとおりである。我が国の軍隊は古代より天皇が統率するところだった。古代において皇后・皇太子に代行させたことはあるが、天皇が兵権を臣下に委ねたことはなかった。中世には唐の制度を参考に兵制が整えられたが、その後朝廷の衰えで約700年にわたって兵馬の権が武士どもの棟梁の手に帰し、朕の祖先が定めた制度に背いて、武士どもが勝手に国を支配するという浅ましい事態となった。しかし列強諸国の脅威が高まる中、幕府は衰退し、朕が若くして皇位を継承した後、文武に有能な忠臣たちが朕を補佐したことにより、古代の天皇統治の制度に復帰させることができた。その時に兵制を改め、この15年ほどで陸海軍を打ち立てた。その兵馬の大権は朕が統率するところであるので、日常業務は臣下に任すといえども、その大綱は朕自らがまとめるべきものであり、臣下に委ねるつもりはない。子々孫々までこの勅諭を伝え、天子が文武の大権を掌握する原則を守り、再び中世以降のごとき失体がないことを望む。朕は汝ら軍人の大元帥である。したがって朕は汝ら軍人を臣下の中でも最も頼りにし、汝らは朕を頭首と仰ぎ、この親愛関係は特に深くあるべきである。朕が国家を護持し、天帝の恵みに応じ、先祖の恩に報いることができるかどうかは、汝ら軍人がその職務を果たすかどうかにかかっている。

前文の後に続いて、天皇が具体的に軍人に何を期待しているかが五項目の訓令によって列挙される。第一の訓令は「軍人は忠節を尽すを本分とすべし」である。軍人の職務は国家に忠誠を捧げることにあるので、軍人は単に技術に優れ、学識があるだけでは十分ではなく、報国の心こそが大事と説く。軍人は政治に関わらず、世論に惑わされず、ただ一途に軍人の本分たる忠節を守るよう命じている。第二の訓令は「軍人は礼儀を正くすべし」である。下級の軍人にあっては、上官の命令を朕の命令と心得るよう命じるとともに、上級の軍人においては下級の軍人に対し「軽侮驕傲の振舞」があってはならず、親切と慈愛の精神をもって接することを命じている。そのうえで「上下一致して王事に勤労せよ」と命じる。第三の訓令は「軍人は武勇を尚ぶべし」である。軍人には武勇が大事であるが、真の武勇とは血気にはやって粗暴の振舞をすることではなく「軍人たらむ者は常に能く（よく）義理を弁へ、能く胆力を練り、思慮を殫して事を謀るべし」。他人と接する場合には温和を第一とし、一般国民の愛敬を得るよう心掛けねばならないと説く。第四の訓令は「軍人は信義を重んずべし」。信とは自分が言ったことを実行し、義とは自分の分を尽くすことを言う。したがって、信義を尽くそうと思うなら、はじめからその事が可能かまた不可能か慎重に検討せよと説く。第五の訓令は「軍人は質素を旨とすべし」。質素を旨としなければ、文弱に流れて軽薄に走り、豪奢華美を好むようになり、ついには汚職に走って志もなくなり、節操も武勇も甲斐なく、人々に爪はじきにされる人生になるであろうと警告する。

以上を主旨とする軍人勅諭は天皇自らが訓戒したものであるため、他の詔勅と異なり、大臣太政三条実美の奉勅も、副署もなく、直接に陸海軍卿を宮中に召し下賜したものである。勅諭を賜った大山はただちに全軍に伝達の手続きをとり、勅諭写4600部が陸海軍省、警視総監、府県知事、各省長官、大臣、参議、宮中各部署に配布された。ついで内閣が謹書校写のうえ、天皇の親署を仰いで、順次陸海軍に伝達され、2月頃までには陸軍の近衛鎮台諸部隊、戸山学校、士官学校、教導団の各隊、海軍の鎮守府・兵学校・機関学校・東海水兵分営・艦船に下賜された。拝受した各部隊ではこれを奉誦銘記して軍人各人に徹底し、また海軍では海軍教官近藤真琴が上下二巻からなる軍人勅諭の解説本『勅諭衍義』を著し、兵学校や各艦長がこれを教材に毎週1回は生徒や乗組員に講義した。陸軍も毎日曜日の武装検査前とか、雨天の日などに中隊長や小隊長が軍人勅諭の講義を行い、軍人手帳にも軍人勅諭が書かれており、日夜奉誦させた。その後も勅諭の奉戴は陸海軍共に怠らず、軍隊教育の基本となった。

明治15年（1882年）には幕末以来の不平等条約の改正をめぐり、外務卿井上馨が列強諸国代表を東京に集めて条約改正に向けた条約改正予備会を繰り返し行ったことで条約改正の機運が高まった。

条約改正予備会は、明治15年1月25日に外務省において第1回が開かれた。イギリス、フランス、ドイツ、ロシア、オーストリア＝ハンガリー、オランダ、スペイン、イタリアが出席し、アメリカ、ベルギー、ポルトガルは第2回から出席した。日本側からは井上馨と外務少輔塩田三郎が代表として出席し、それぞれ会議の議長、副議長となった。またアレクサンダー・フォン・シーボルトも井上外務卿秘書官および外務省書記官として日本側で出席。井上は改正実現に向けて交渉を重ねて当事国の大半から承諾を漕ぎつけたが、イギリスの反対だけは揺るがなかった。

井上馨は条約を改正し治外法権を手放すことになる列強諸国に何の益もないのでは所期の目的は達成できないとして、譲歩案の作成を政府に求めた。政府内の議論は紛糾したが、数回にわたる閣議を経て、甲乙案の二つを基礎とすることで何とか一致した。甲案は参議山田顕義が主に主張したもので、外国人が日本の国法に従うことを承諾するなら、内国人と等しく居住・営業及び通商を許すべきであるというものである。これに対して乙案は伊藤博文が主に主張したもので、甲案より条件を狭めており、外国人に対する行政規則・警察違警罪にかかる裁判、また民事裁判の全部が回復されるなら、外国人の内地の通商を許すべしとしていた。

明治15年3月5日に太政大臣三条実美は天皇に甲乙案を提出し、この二案をもって議論の基礎としたい旨の勅許を求めた。天皇はそれを裁可しつつ、次の3つの助言を与えた。「大臣・参議等小異を去り、大同に就き、一致して此の大業を全うすべし」「閣議機密を貴ぶ、改正の議未だ成らざるに。忽ち（たちまち）漏洩して世の紛議を醸すこと、前年開拓使払下事件に於けるが如くなるなかれ」「我が国民の智識未だ彼（外国）に及ばず、財力亦頗る（またすこぶる）劣る、若し彼に居住・営業の権を与へ、通商を許すに於ては、其の結果頗る憂ふべきものなしとせず、卿等宜しく深く謀り遠く慮り（おもんばかり）、以てその備を為すべし」。

イギリスの強硬な反対と閣議の紛糾に苦しみ、井上は一度は辞職を表明したが、三大臣（三条実美、熾仁親王、岩倉具視）が慰留し、最終的にはドイツ人内閣顧問ヘルマン・レースレルが甲乙二案を書き直し、甲案は新たに外国人の不動産所有権を許し、その代わりに民事・刑事裁判権を回復するものとし、乙案は民事上の裁判権の回復だけに限定し、依然と同じく「内地の通商」だけを許すものとした。三条は新たな甲乙案をもって再び参内して天皇の聖断を仰いだ。天皇はまず甲案に基づき外国使節と交渉を行い、もし成功しなければ乙案を試み、双方とも成功しなければ、さらに衆議を尽くして朕の裁可を仰ぐよう命じた。

4月5日の第7回条約改正予備会で井上馨は、列強諸国の使節たちに対し、日本が近代化を成し遂げた証拠や西欧列強と対等である資格を次のように列挙した。日本は常に国際的な公法と国際的な道徳に従ってきた。封建制度を廃して全ての国民に同等の権利をもたらし、行政と司法は分離させた。教育を普及させ、キリスト教禁制も緩和した。郵便の制度を確立し、万国郵便連合に加入した。電信と鉄道を敷き、沿海に灯台を設置した。新たに刑法と治罪法（のちの刑事訴訟法）を定めた。しかし日本政府および国民は、これらの達成に安ずることなく、益々の進歩改良に努めており、各国と親密な関係を樹立し、共同の利益を増進させることを望んでいる。しかし不幸にも諸外国との友好・貿易を促進するのに今なお数々の障害がある。現行条約によれば、外国人は開港場以外での居住と交易が認められていない。日本政府はこれらの障害を除去する適当な時機を待ち望んでおり、今こそその時期と考えている。日本の法律に服することを条件に外国人は日本国内を自由に旅行し、自由な場所に居住し、動産・不動産の所有権を得ることも認められ、商売・産業を自由に営むことができるべきである。この新制度が施行されれば外国人民はこれまでの開港場内で行われていたものと異なる裁判権に服することになるが、これは公義正道の見地からいって是認されるべきである。これによって日本人と外国人の本当の友好が樹立されることになる。通商は自由化され、外国資本が招致され、工業貿易の繁栄がもたらされることになる。その結果、輸入品の為の広大な市場が開かれることを期待する。

6月1日の第11回条約改正予備会で井上は条約改正案の細目を正式に提出。もしこの改正条約案が批准されれば、その日から5年後に外国人は日本国内の自由な旅行、居住、動産・不動産の所有、貿易その他の職業を営む権利が日本人と同様に認められるようになる。日本政府は日本の法律に対する外国人の信頼確保に向けてあらゆる努力を払う。あらゆる法律・規則は少なくとも一つのヨーロッパ言語に翻訳して配布する。外国人が被告となる裁判においては、外国人判事が日本人判事と同席し、陪審制度が採用される場合は陪審員の一部を外国人とする。この条約改正案が読み上げられた後、ドイツ公使が最初に賛同を表明。ついでベルギー、ポルトガル、オーストリア＝ハンガリー、オランダ、スペイン、イタリア、ロシア、アメリカの各公使も賛同したが、英国公使パークスのみ賛同の合唱に加わらず、持ち帰って精査するとして回答を留保した。

そして7月17日の第15回条約改正予備会においてパークスは英国政府は同改正案に反対であると表明した。この改正案が採択された場合、日本はただちに領事裁判権を撤廃できるが、外国人は5年間もの準備期間をおいて、その間は従来の通商のために内地を旅行する自由があるのみであり、その地に居住することも、不動産を所有することも、資金を商売に使うことは許されない。日本政府が示した裁判制度も依然として不十分であり、外国人の権利保障が確実とはいえない。日本は民法と商法をいまだ完備しておらず、刑法と治罪法については施行されてまだ1年なので、今の段階で判断するのは早計である。それらの法が有効に機能しているかどうか確認のための時間をおくべきだ。このたびの提案では英国人民の信頼を獲得できないであろうし、日本国将来の隆盛に必要な外国資本の移入も招致することはできないだろうと論じた。

日本で条約改正予備会が行われていた明治15年（1882年）6月から7月にかけて、朝鮮では閔氏政権の打倒を目指す朝鮮兵の反乱が起きていた（壬午軍乱）。

閔氏政権とは、朝鮮国王高宗の王妃閔妃およびその出身氏族である閔氏の一族が実権を掌握していた政権のことであり、1873年末にそれまで実権を握っていた高宗の父である大院君を失脚させたことで成立した。鎖国体制に固執して日本や欧米との条約締結を拒絶した大院君政権と比べると、閔氏政権は日本や欧米にやや融和的で、彼らが1876年に日朝修好条規を締結し、さらに欧米列強とも続々と条約を締結して朝鮮を開国した。開国後の朝鮮では西洋の制度や技術を導入する内政改革を行うべきだと主張する「開化派」（金玉均、朴泳孝、徐光範、洪英植など）と呼ばれる勢力が強まった。開化派は明治維新を成し遂げた日本をモデルケースとして注目していたため、親日派が多かった。

開化派の影響力が増したことで当時の閔氏政権は日本に倣った近代化改革を志向するようになり、日本公使館付武官堀本礼造陸軍少尉を軍事顧問に迎えて、近代部隊「別技軍」を創設し、貴族階級両班の子弟たちが入隊して、堀本少尉の指導のもとで軍事訓練を受けた。別技軍は一般朝鮮軍より装備・食料など様々な面で優遇されていた。しかし朝鮮軍一般兵は俸禄米を13カ月も止められているような惨状にあったため、両班の別技軍だけが優れた装備・環境で近代的な訓練を受けることに不満を抱いていた。

1882年6月に久しぶりに一般朝鮮兵にも俸禄米が支給されたが、良質米は朝鮮軍上層部によって横領され、兵士たちには雑穀に砂と家畜飼料を混ぜた「俸禄米」が支給された。それは悪臭を放って食えたものではなく、激怒した兵士たちは俸禄米を搾取した張本人と疑った宣恵庁（軍需担当官庁）の責任者で、閔氏一族である閔謙鎬の私邸に向かった。閔謙鎬は、押しかけてきた兵士たちを逮捕させ、翌日の処刑を発表した。見せしめの処刑で反乱を押さえようという意図だったが、逆に兵士たちを憤慨させ、閔謙鎬の私邸が反乱兵に襲撃された。閔謙鎬は不在だったが、反乱兵たちは閔邸の家具類をすべて破壊して鬱憤を晴らした。ついで反乱兵たちは兵器庫を襲撃して武器弾薬を奪い、それを使って監獄を襲撃し、閔謙鎬の命令で捕らえられていた仲間の兵士たちのみならず、他の政治犯も釈放した。王宮にいた閔謙鎬は、朝鮮軍に暴徒鎮圧を命じたが、すでに手遅れであり、町の貧民や不平分子も続々と反乱軍に加わったことで瞬く間に鎮圧不可能な規模の反乱に発展した。

反乱兵の一団は日本の堀本陸軍少尉が滞在している官舎を襲撃し、堀本少尉を刀剣でめった刺しにしてなぶり殺しにした。さらに反乱兵の別の一団は日本公使館襲撃に向かった。その時日本公使館には花房義質公使以下館員17人、警察官10人の計27人の日本人が勤務していた。まもなく反乱兵たちは日本公使館を取り囲み、口々に「日本人皆殺し」と叫んだ。花房は公使館を焼いて逃げることを決意し、重要書類に石油をかけて火をつけさせ、炎と煙の混乱に乗じて公使館から脱出した。その後、舟で漢江を下って仁川の仁川府使まで逃れたが、ソウルでの事変の報が届くと仁川府兵士たちの態度が急変した。危険を感じた花房ら日本公使館一行は仁川府からも脱出したが、仁川府兵士の追撃を受け、日本人6名が殺害され、5人が重傷を負った。花房を含む生き延びた日本人は、負傷者を抱きかかえながら、なんとか浜までたどりつき、そこで見つけた小舟に乗り込んで沖を目指した。3日後に英国測量船フライング・フィッシュ号に救助され、日本に生還した。

日本公使館襲撃後の7月24日に反乱兵たちは、高宗と閔妃と閔謙鎬がいる王宮昌徳宮の襲撃を開始した。まず閔謙鎬が発見されて殺害された。ついで反乱兵たちは閔妃の捜索を行ったが、閔妃は女官に変装して間一髪で王宮を脱出して難を逃れた。

反乱兵を支援し、扇動していたのは国王高宗の父大院君であった。大院君は9年前に自分を権力の座から追い落した閔氏一族を恨んでおり、閔氏政権を失脚させて復権するチャンスを虎視眈々と窺っていたのである。身の危険を感じた高宗は、父大院君に王宮に入って反乱兵たちを押さえるよう懇願し、大院君を執政に任じた。こうして大院君が復権を果たした。大院君は生死不明の閔妃は王宮襲撃の際に死んだということにして国葬を命じ、日本式に訓練された別技軍も廃止を命じた。

一方日本へ逃れた花房公使以下日本公使館一行は、上司の外務卿井上馨にソウルで起きた事変を報告した。井上は7月31日にも緊急招集の閣議を開いた。天皇も事態を憂慮し、同日に太政官に臨御し、井上に下関に赴き危機の処理にあたるよう命じるとともに、海軍少将仁礼景範と陸軍少将高島鞆之助にそれぞれ軍艦四隻と歩兵一大隊を率いて帰任する花房たちを護衛するよう命じた。また侍従長山口正定を朝鮮に特派しソウルの事変と事変後の状況を報告するよう命じた。

8月2日に井上は下関で花房と会い、次の指示を与えた。「朝鮮凶徒の行動はすこぶる残虐を極め、隣国間にあるべき情宜を重んじないものである。にも拘わらず、日本政府は朝鮮の国情を考慮し、ただちに懲罰軍を送ることは時期尚早であると判断した。花房公使はソウルへ帰任することになるが、公使には陸海軍兵を護衛に付ける。これは未だに暴徒の勢いが収まらず、先の見通しが立たないためで他意はない」「もし朝鮮政府が犯人を匿って処罰しない様子を見せたり、また日本が要求する談判の席に出席するのを拒否した場合、それは和平を破る意図ありと見なす。その場合は使臣（花房）は直ちに朝鮮政府に最後通牒を突きつけて、その罪状を明らかにしなければならない。即刻、陸海軍が仁川に軍を進め、港を占領する。仁川へ到着したら使臣は直ちに東京へ詳細の報告を送り、次の命令を待て。もし清国その他の国が仲裁を申し出てきても拒絶せよ」「日本政府は、朝鮮政府が意図的に和平の関係を損傷したとは見なしていない。使臣は両国の伝統的な修好関係を保全できるよう鋭意努力すること。むしろこの事件をきっかけに永遠の和平を獲得する手段とするよう尽力せよ」。

8月初旬にも天皇は予備役の召集を裁可して備えた。8月20日、花房は二個中隊に護衛されながらソウルの王宮を訪問し、今回の事変について、日本人を殺害した犯人の処罰、謝罪のため大官を日本に特派すること、賠償金50万円などの要求を提示した。大院君が復権した朝鮮政府は、これが法外（50万円は当時の朝鮮政府の全歳入の約6分の1に相当）だとして強く反発した。朝鮮政府に応じる気配がないと判断した花房は、井上からの指示通り最後通牒を朝鮮政府に突きつけた。

日朝開戦の危機が高まる中、山中に身を隠していた閔妃が国王に書簡を送り、宗主国の清国に反乱鎮圧のための部隊を朝鮮に送るよう要請すべきだと国王に迫った。常に閔妃に従順な高宗はその通りにし、北京に使者を出して清国の李鴻章に部隊派遣を要請した。当時、衰退の一途をたどっていた清国は、朝鮮への宗主権もかなり弱体化していたので、李としては、ここで部隊を朝鮮に派遣すれば、朝鮮に対する支配権を回復するチャンスと見、軍艦3隻と商船6隻から成る総勢4000人の艦隊の朝鮮派遣を決定した。派遣された清国艦隊はまず仁川港を占領する予定だったが、李が不必要に日本と事を構えないよう指示していたため、仁川港で日本の軍艦の金剛を発見すると清国艦隊はひとまず撤退したが、8月23日には清国艦隊から200人の部隊が仁川に上陸した。

日本の花房公使が仁川に到着すると清国は彼と接触を図り、自分たちは属国朝鮮で起きた反乱鎮圧のために出動したことを告げたが、花房は朝鮮は独立国家であり（日本政府は、日朝修好条規第1条「朝鮮国は自主の邦にして日本国と平等の権を保有せり」に基づき、清と朝鮮の宗属関係を認めることを拒否していた）、日本と朝鮮の問題に清国は無関係であると主張した。ついで清国は日清両軍が共同して反乱の鎮圧にあたることを提案したが、花房は自分は今朝鮮政府に最後通牒を突きつけ、その返答を待っているところであり、他国が介入すべきことではないと述べて拒否した。

日朝が開戦して朝鮮が日本に占領されることで自国の朝鮮支配権が失われることを恐れる清国は、日清共同出兵案が日本から拒否されると、対日強硬派の大院君を朝鮮政府から排除することで、朝鮮政府に日本の要求を呑ませ、日朝開戦を回避させる以外に朝鮮支配権を維持できる見込みはないと判断した。そのために強引な手段に打って出た。8月26日、大院君が清国艦隊を率いる馬建忠に招かれて幕舎に入った際、合図（大院君の万寿を祝する乾杯）とともに清国兵士たちが幕舎になだれ込み、大院君を取り押さえ、そのまま清国軍艦に運び込んで拉致したのである。その後大院君は3年にもわたって清国で拘禁された。

大院君が拉致されたことで、朝鮮政府は再び閔妃と閔氏一族の主導するところとなり、8月30日にも日朝両国間で済物浦条約が締結された。その主な内容は「朝鮮政府は日本人を殺害した暴徒を二十日以内に逮捕し、処罰する。」「朝鮮政府は日本人犠牲者に対して相応の葬儀を執り行う」「朝鮮政府は日本人犠牲者とその遺族と負傷者に5万円の補償金を支払う」「朝鮮政府は日本公使館に加えらえた暴徒による損傷、および遠征にかかった費用の補償として50万円を日本政府に支払う。支払いは毎年10万円ずつ五ヶ年にわたるものとする」「日本公使館は今後『若干名』の日本兵によって警護される」「朝鮮政府は大官を特派し、国書を以て日本国政府に謝罪する」であり、日本政府の要求を朝鮮政府がほぼ丸吞みする形となった。また合わせて日朝修好条規も改正され、開港場から20キロ以内（2年後には更に40キロに拡大）の日本人の旅行・通商が認められた。

この事変中、日本人の愛国心はかつてないほど燃え上がり、従軍を希望する者、軍資金の献納を申し出る者が全国で殺到していた。9月5日に天皇は府県知事を通じて彼らの忠誠心を褒め称えた。また花房が9月28日に東京へ戻ると天皇は彼の労を労って勲二等旭日重光章を与えた。また11月2日には朝鮮で殉職した堀本中尉（死後に昇進）以下12人が靖国神社に合祀された。

朝鮮国王高宗は、特命全権大臣朴泳孝ら3人の大官に国書を持たせて日本に特派し、天皇は10月19日に彼らを引見した。高宗は国書の中で、この度の不幸な事件については誠に遺憾であり、日本に謝罪することを表明した。また、天皇の輝かしい業績を礼賛し、両国の和平と末永い友好を願うと結んでいた。天皇は朝鮮国王に懇親の意を伝えるよう朴らに告げるとともに、小銃500丁を賜った。恐らく再度同じような反乱があった時に鎮圧に役立てることを期待してのことと思われる。朴は「小銃は朝鮮国にとって最も緊要のものであり、国王の喜悦は計り知れない」と述べて深く感謝の意を示した。

欧米列強との条約改正予備会は実を結ばなかったとはいえ、朝鮮に謝罪させて賠償金を取ることができたことから、明治15年はそのまま楽観的ムードの中で年越しを迎えた。しかしこの事変以降、清国が朝鮮駐留軍を通じて朝鮮への強圧支配を強めるようになったため、それをめぐって朝鮮国内は閔氏一族を中心とした清国をあくまで宗主国と仰ぐ親清派の事大党と、朴泳孝や金玉均らを中心とした清の支配から脱して独立国になろうという親日派の独立党に分裂し、清国は前者、日本は後者を支援して対立は深まり、2年後の甲申政変に繋がっていく。

明治16年（1883年）5月、右大臣岩倉具視は、事実上の東京遷都で衰微する京都の再興のため、京都御所修復を含む京都保存計画を天皇に建言した。天皇はこれを裁可し、同計画を取り仕切らせるため岩倉を京都に派遣した。この京都保存計画により、御所、御苑、離宮、陵墓など皇室関連施設を管理する宮内省支庁が設置され、関西所在の社寺を管理する社寺分局も設置され、賀茂の祭礼などが再興し、御苑内には平安京の建設者である桓武天皇を奉祀する祠殿が建設された。かつて公家町だった御苑には通路が区画され、樹木が植林され、溝を改造して清水を疎通させ、不要な建物は除去し、修学院離宮も修復し、二条城と桂宮別荘は正式に離宮と位置付けられた。また御苑内と鴨川近辺には外国人向けの旅館として新たに洋館を建設することになった。これらは逐次実行されて京都の衰微を食い止める手助けとなった。

この計画にかける岩倉の情熱は、胸部神経痛を患って消化管狭窄で食事が喉を通らなくなった後も衰えず、仕事をやめなかった。しかし、天皇は岩倉の発病を聞いて深く憂慮し、侍医の伊東方成やエルヴィン・フォン・ベルツを岩倉のもとへ派遣して診察にあたらせた。岩倉の体調は東京に帰れる程度には回復したが、東京に帰京した後に再び病状が悪化した。岩倉を案じた天皇は、7月5日に岩倉邸を行幸して岩倉を見舞っている。岩倉は二人の息子に支えられながら病床を離れて天皇の御前に進み、親問の恩に浴した。岩倉の衰弱した様子を見た天皇は涙を流した。

その一週間後に美子皇后も岩倉を見舞うため岩倉邸へ行啓することを決めたが、皇后として行啓すれば、礼を重んじる岩倉は、無理して病床を離れて送迎しようとするだろうから、「一条忠香の女（娘）」という臣籍の肩書で訪問することにし、送迎不要なのでくれぐれも病床に就いたままでいるようにと念を押してから訪問している。

7月19日、岩倉が危篤状態に陥ったとの報告を受けた天皇は、宮内卿徳大寺実則を召して「朕親しく右大臣と永訣（今生の別れ）せんと欲す」と述べ、すぐに鳳駕を命じ、儀衛が整うのも待たずに岩倉邸へ向かった。宮内少輔香川敬三が先に岩倉邸に入り、天皇陛下がお見えになることを岩倉に告げると、岩倉は天皇の寵眷の厚きに感泣して落涙した。

天皇が岩倉の病床に到着すると、岩倉は身を起こして拝礼しようとしたが、もはや身体が思うように動かせず、ただ合掌して感謝を示した。その様子を見た天皇は落涙した。天皇は体調のことを岩倉に尋ね、岩倉は奉答しようとするも、もはや声を発することすら叶わなかった。その後数刻、天皇と岩倉は無言のまま見つめあうことで最期の別れを告げ、天皇は岩倉邸を跡にした。同日に岩倉の辞表を受理し、翌7月20日に岩倉は薨去した。

天皇は岩倉の死を悼み、3日の廃朝（服喪のため天皇が政務を取らないこと）を決定し、国葬に付すことを命じた。そして天皇の臣下として最高位である正一位太政大臣の地位を追贈した。位記に付けられた勅語には「朕幼沖ニシテ阼ニ登リ、一ニ匡輔ニ頼ル、啓沃誨ヲ納ル、誼師父ニ均シ、天憖遺セズ、曷ゾ痛悼ニ勝ヘン」（朕は幼少にして皇位を継ぎ、岩倉の補導を頼りにし、その啓沃（思うことを主君に隠さず申し上げること）の教えを納めてきた。朕にとって師にも父にも等しい存在だった。天は岩倉を残しておいてはくれなかった。この悲しみにどうして堪えられようか。）とある。一般に天皇の勅語は大半が常套句から成り立っており、このような感傷的な勅語は極めて珍しい。そこには恩師を失った天皇の本当の悲しみが強く表現されている。

浜離宮延遼館の老朽化により新たな外国賓客の接待施設として、麹町区内山下町（現千代田区内幸町）の旧薩摩藩装束屋敷（中屋敷）跡地に総工費18万円（当時の外務省庁舎の総工費は4万円）をかけた豪勢な洋館鹿鳴館が建設され、明治16年（1883年）11月28日に外務卿井上馨・武子夫妻がその落成式を主催した。英国人建築家ジョサイア・コンドル設計の2階建て洋館で、マンサード屋根から「フランス式ルネサンス様式」と呼ばれたが、柱や柱廊などにムーア風やインドの様式も取り入れていた。和風なのは庭園のみだった。式典を夫妻で主催するというのも日本の伝統では考えられないことで、欧州の女性尊重に倣ったものだった。

鹿鳴館は単なる外国賓客の接待施設というだけではなく、今や日本人は西洋の食事マナー、舞踏会の礼儀作法などを自由に駆使できるようになったことを西洋外交官たちに示し、不平等条約の改正交渉を少しでも有利に運ぼうという狙いがあった。そのため鹿鳴館では連日のように西洋式の祝宴会や舞踏会が催された。鹿鳴館に出入りするにはダンスと洋楽は必須教養であった。

明治16年（1883年）の鹿鳴館開会式の夜会において日本人女性で舞踏に加われたのは、アメリカ滞在経験がある大山巌夫人の捨松、津田梅子、永井繁子、洋行経験のある井上馨夫人武子と娘末子、イタリアから帰国した鍋島直大夫人栄子、ロシアから帰国した柳原前光夫人初子ぐらいであったが、明治17年（1884年）10月27日に華族夫人向けの舞踏会練習会が催され、以降毎週日曜日の夜には舞踏会の練習会が開催された。華族令制定で侯爵になったばかりの鍋島直大がその練習会の幹事長をやっていた。鹿鳴館で踊られたダンスはカドリール、ワルツ、ポルカ、カレドニアン、マズルカ、ギャロップなど多種多様であり、習得は大変だったと思われるが、華族や外務省・宮内省官僚たちの間でダンス熱は盛んになった。特に天長節（天皇誕生日）の夜会は盛会を極めた。

鹿鳴館は井上馨の欧化政策を象徴する建物となり、煌びやかな舞踏会が世の関心を呼ぶ一方、守旧派からは公衆の面前で男女が抱き合うなど不道徳極まりないなどの批判も多く、何かと物議をかもす施設でもあった。天皇も儒教的な思想の君主なので、西洋の文物を好むハイカラ趣味は嫌うところが多く、鹿鳴館に行幸することはついになかった（美子皇后と英照皇太后は明治18年11月19日に鹿鳴館に行啓しているが、舞踏会出席のためではなく、ここで婦人慈善会のバザーが催されたためであり、物品をいくつか購入している）。もちろん天皇は西洋の物をなんでも否定する排外主義者ではない。広く世界の長所を取り入れて日本に同化せよとの大御心は、五箇条の御誓文に始まって、これまでも繰り返し勅語で述べてきたところである。しかし行き過ぎた欧化主義は、虚飾を嫌う質実剛健な明治天皇の好みではなかった。

天皇は特にダンスを嫌い、絶対にやろうとはしなかった。見ることすら嫌悪した。後の事になるが、明治21年（1888年）1月に小松宮彰仁親王邸を行幸した際に余興として舞踏が行われたが、彰仁親王、同妃、参会者らの洋風舞踏を見た天皇は席を立っている。天皇がダンスを踊るなどということは威厳にかかわることであり論外であった。

鹿鳴館文化が最高潮に達したのは、明治20年（1887年）4月に内閣総理大臣伊藤博文が首相官邸で催した仮面舞踏会であった。各国外交官、政府高官、華族など400人もの招待客がそれぞれ高価な仮装を凝らして参集した。伊藤博文と妻梅子はヴェネツィア貴族、娘はイタリア田舎娘の仮装をしていた。天皇にとってはダンスだけでも威厳に関わるのに、仮装などは全くの論外であり、当然のごとく天皇の臨御はなかった。こうした鹿鳴館文化は、様々な批判を招きながらも人々の興味をかきたてる題材であり、鹿鳴館を好んで取り上げた作家に芥川龍之介や三島由紀夫などがある。しかし明治20年には欧化政策への国粋主義者の批判と風当たりが強くなる中、井上馨の外務大臣辞職により、鹿鳴館文化も幕を下ろすこととなった。

明治17年（1884年）は、『明治天皇紀』において記録される天皇の活動は、前年の反復が多く、目新しい活動が少ない年だが、恐らくこの年に天皇にとってもっとも重要だったのは、3月14日に曽祖父光格天皇の実父にあたる閑院宮典仁親王に90年忌を期して慶光天皇の諡を追号したことだった。この件をめぐっては、寛政元年(1789年)に光格天皇が実父に太上天皇の尊号を宣下しようとした時、江戸幕府の妨害で阻止された事件が起きていた（尊号一件）。明治天皇は高祖父に慶光天皇号を追号することによって、旧江戸幕府による天皇の先祖に対する積年の不敬を正したのであった。

他に天皇の同年の活動で特筆されるものとしては、6月25日に上野・高崎間の鉄道が開通した際に試乗を行ったことや、7月28日にドイツ留学から帰国した軍医の森林太郎（森鴎外）に謁を賜ったこと、同日に陸軍士官学校生徒卒業証書授与式に臨御し、優等生に賞品を賜ったこと、8月30日には世界周航の途中に来日したスウェーデン王オスカル2世の第二王子ゴトランド公爵オスカー・カール・アウグスト（スウェーデン語版）が参内し、皇后とともに謁見所で王子を歓迎したこと（これまでの国賓接遇と同じように9月1日に返礼として天皇が王子が滞在中の延遼館を行幸し、3日に閲兵式を催して王子を招き、大勲位菊花大綬章を王子に授け、離日に際しては御会食所で午餐を共にした）などがある。

一方で、1884年（明治17年）は、国際的・外交的には清仏戦争と甲申事変があった年である。清国は、1882年（明治15年）の壬午軍乱後、呉長慶率いる約3000人の兵を朝鮮に上陸させ、治安維持という名目で漢城（ソウル）に駐留させるようになり、その軍事力を背景に本格的な朝鮮支配に乗り出していた。日本も済物浦条約に基づき日本公使館防衛のために漢城に二個中隊を置いていたものの、数で圧倒的に勝る清軍に牽制された。1882年9月の清朝商民水陸貿易章程、清国の李鴻章の外交顧問であるドイツ人メレンドルフが朝鮮に派遣されて朝鮮政府の高官となったことなどは、清国の朝鮮支配の強化の表れだった。

朝鮮駐留の清軍は横暴を極め、清兵が朝鮮民衆に殺人や略奪を行っても、清軍はまるで処罰しようとしなかったので、朝鮮民衆の不満は高まっていた。この悲惨な属国状態に憤慨する親日派の独立党は、事大党（親清派）の閔氏政権との対決姿勢を強め、日本に助力を求めたが、日本の外務卿井上馨は、対清軍事力の不備、財政上の困難、独立党勢力の弱体化などから、過度に独立党を支援して清国と完全な対決関係に入ることには慎重姿勢を崩さなかった。日本政府の閣議でも、朝鮮問題について、清と朝鮮の宗属関係は認めない独立論を維持し、これに若干の援助は与えるが、積極的な独立推進策は取らない方針が確認されている。そうした本国政府の方針のもと、日本の駐朝鮮公使竹添進一郎は、独立党を疎外し、むしろ事大党に接近を図ったり、1883年（明治16年）8月には漢城に駐留させている二個中隊の約半数を日本に帰還させるなど、約1年半にわたって対清宥和路線を取った。

そうした中の1884年（明治17年）6月、ベトナムに宗主権を主張する清国と、ベトナムを植民地化するフランスが、ベトナム支配権をめぐって開戦し、清仏戦争が勃発した。日本政府は同戦争に対して他の欧米諸国と同様に中立を宣言していたが、清国が対フランス戦争に動員するため、朝鮮駐留軍のうち約半分を朝鮮から撤退させたことで、後ろ盾の弱体化に焦った閔氏政権は、日本や独立党に対する態度を軟化させるどころか、清朝商民水陸貿易章程の均霑問題の不承認などにみられるように、むしろ強硬姿勢を強め、独立党の全面弾圧（流刑など）も企てるようになり、朝鮮情勢は緊迫化した。

明治16年10月に日本に帰国していた竹添公使は、明治17年10月30日に漢城に帰任したが、予想以上の情勢緊迫化を知り、以前とは一転して独立党に接近した。独立党は、清軍の半数がフランスとの戦争に回されて不在の今こそ閔氏政権打倒のチャンスと考え、11月4日に竹添公使に具体的なクーデター計画を提出して支援を求めた。竹添公使は、11月12日に甲乙案を作成して本国の外務卿井上馨に送付して訓令を仰いだ。甲案は対清開戦を決意のうえで独立党のクーデターを支援するもの、乙案は清国との対決を回避して不干渉の立場を取るものであり、竹添は甲案を推したが、対外慎重派の井上は、11月28日に乙案を指示する訓令を竹添に出した。清国との決定的対決は回避する政府方針は依然として変更がなかった。

しかし現場にあって焦燥を強めていた竹添公使は、政府の方針を踏み越えて独立党支援に傾斜していた。井上の訓令が到着するより早く、12月4日に独立党のクーデタが開始された（甲申事変）。独立党の金玉均や朴泳孝らは、昌徳宮で国王高宗の謁見を受けると、清軍が国王の身柄を押さえようとしているとして、国王を昌徳宮から離宮の景祐宮に移し、日本公使に宛てて護衛を求める書状を書くよう求めた。その書状を根拠に竹添公使は日本公使館守備隊の一個中隊を率いて景祐宮に入城。その後、独立党は国王に閔台鎬ら閔氏政権の中心人物を召集させ、彼らが景祐宮にやってきたところを殺害することで政権を奪取した。18日に独立党は高宗や日本軍とともに昌徳宮に戻り、王族の李載元（朝鮮語版）を左議政、洪英植を右議政とし、徐光範、金玉均、朴泳孝など独立党要人が要職に名を連ねる新政権を発足させた。新政権は早速清国との宗属関係を否定し、朝鮮駐留清軍は朝鮮から出ていくよう要求したが、激怒した朝鮮駐留清軍指揮官呉兆有幕下の袁世凱率いる清軍が、昌徳宮にいる独立党政権と日本軍に対して攻撃を開始した。清軍は半数が撤退していたとはいえ、一個中隊しかいない日本軍を圧倒するには十分な兵力を残しており、形勢不利と見た竹添公使は昌徳宮から撤退を決意し、仁川から日本郵船の千歳丸に乗船して日本へ逃れた。独立党主要メンバーのうち金玉均や朴泳孝は竹添公使に従って日本に亡命したが、右議政に就任していた洪英植は高宗に従って昌徳宮に留まることを決意したため、その後昌徳宮を占領した清軍により殺害された。それ以外にも甲申事変に関わった独立党の家族の多くが殺害されたり、自殺に追いやられた。クーデタの失敗と独立党壊滅で朝鮮における親日勢力は消滅し、清軍は日本に勝利したことで朝鮮における威信を高め、漢城を軍事的に完全掌握した。またこの際に閔氏政権によって日本人居留民29名が殺害され、日本公使館も焼き払われた。

漢城でのクーデタの発生と失敗について12月13日までには日本政府に判明した。12月19日の閣議で、外務卿井上馨を特命全権大使として朝鮮に特派すること、朝鮮政府には、日本使臣への暴行、日本公使館の破壊、日本人殺害について処罰と賠償を求めること、清国政府には、日清双方の朝鮮からの撤兵、今度の事変で日本に攻撃をしかけた清軍指揮官の処罰を要求することが閣議決定された。

天皇も12月21日に井上馨を召し、彼を朝鮮へ送る特派全権大使に任じ、また次の内訓状を与えた。「朝鮮国王に謁見し、朝鮮国全権大臣と談判して今回の事変の責任の所在を明らかにし、適切な処罰を実行しなければならない。日本公使館が受けた被害の損害の賠償を受け取らなければならない。また、もし、朝鮮国王から日本公使に対して護衛依頼があった事実が認められた場合、事件に関する内外の疑惑を晴らすため、朝鮮国王は日本国天皇に謝罪の書を呈しなければならない。また清国に対しては将来の平和維持のため、日本と共に朝鮮駐在の軍隊を撤退させることを約束させねばならない」。

井上が漢城に到着するより前、朝鮮側は、日本の竹添公使のクーデターへの関与を非難する強硬な態度に出ており、交渉決裂の空気が漂っていた。朝鮮の強硬姿勢は、甲申事変で清軍の指揮を執っていた袁世凱によって推進された。袁は、この事変に乗じて朝鮮に監国（総督）を置いて朝鮮の内外政を代行し、朝鮮属国化の一挙実現を目指す構想を持っており、日本に先んじて大軍を朝鮮に送り込む必要性を主張していたためである。しかし対フランス戦争の最中にある清本国としては、日本との間に新たな戦線を開くわけにはいかず、対日戦争に至る可能性が高い袁の強硬路線は取りうるものではなかった。

清国は呉大澂に数百の兵を預けて朝鮮に派遣し、1885年（明治18年）1月1日に呉は朝鮮国王高宗の謁見を受けると、対日譲歩すべきことを要求した。清国に従順な閔氏政権は、これを受けてただちに「1.竹添公使の責任は不問、2.国書で日本に謝罪することは認める、3.日本公使館焼失の賠償や日本人被害者への恤給（見舞金）の如何は交渉次第、4.日本の駐兵権の拡大は拒否する」という新たな対日交渉4方針を立てた。呉が最も恐れていたのは日本の駐兵権の拡大であり、日本側の要求が謝罪や賠償や恤給など事件後始末の範囲に留まるなら受諾して問題ないという判断だった。この朝鮮側の交渉方針の転換は1月4日には日本側の知るところとなり、井上も対朝・対清交渉の方針を最終的に固めることができた。

実際に日朝会談が始まる前から日本側の要求と朝鮮側の譲歩許容範囲はほぼ一致していたわけだが、1月7日から井上馨と金弘集の間で始まった日朝会談では、金が日本の竹添公使が今回の事変の原因だと批判しはじめ、井上がそれに抗議し、交渉における原因問題の一切排除を主張したが、金は原因論も議論すべきと主張して譲らず、交渉が進まなかった。これに対して、井上はこのままでは交渉は決裂し、日朝開戦とならざるをえないと強硬姿勢を示しつつ、他方で井上角五郎を朝鮮側に遣わして 「（条約では）敢て償金の多きを望まず、 又（国書の）文辞の卑きを欲せず、唯今回の変乱曲は日本に在りと云ふことなくんば可なり」と宥和的な意を伝えるなど、硬軟併用しての交渉の進行を図った。 その結果、翌8日の交渉はスムーズに進み（一時清国の呉が介入してきて混乱をきたす一幕があったが）、9日に日朝両国は漢城条約を締結した。その主な内容は「一、朝鮮政府は国書によって日本政府に謝罪する」「二、朝鮮政府は日本人被害者遺族への恤給および商民の物質的被害への填補として11万円を支払う」「三、朝鮮政府は磯村大尉殺害（事件中の混乱で朝鮮民衆により殺害された日本軍人で日清両軍衝突の死者ではない）の犯人を逮捕・処罰する」「四、日本公使館及び兵舎は朝鮮側負担により再建される」などである。

2月には朝鮮国王高宗から送られてきた使節団が訪日して参内し、甲申事変で日本人が殺害されたことに対する正式な謝罪の国書が天皇に贈られた。

甲申事変をめぐる朝鮮側との事後処理はこれで片付いたが、清側との事後処理がまだ残っていた。この点に関し、最も重要なのは清軍の撤兵であった。事変直後の清軍の漢城制圧はそのまま清国による朝鮮完全支配につながるので、独立論を維持する限り、その解除を図ることが必要であったが、そのための方法は2つ考えられ、1つは撤兵の実現、もう1つは有力な日本軍派遣による牽制である。後者は井上が伴った二大隊のうち一大隊が井上帰国後も漢城に駐屯して清軍とにらみ合いになっていることで一部実現していた。そしてこのまま両軍がにらみ合えば、遠からず全面衝突するので、日清両軍は同時に朝鮮から撤兵すべきというのが日本側の主張であった。

また甲申事変で日本軍を攻撃した清軍指揮官の処罰も要求することになったが、こちらは事変時の清軍の行動についての正当性に関わる問題であるため、同時撤兵案以上に清側が受諾する可能性が低く、井上馨や伊藤博文は要求に入れるのを躊躇ったが、対外強硬派が多い陸海軍内薩閥を中心とした主戦論者（高島鞆之助陸軍中将や樺山資紀海軍少将など）が井上の主和論に強く反対していたことから、彼らへの配慮で入れられた要求とみられる。しかし2月7日の決定までには井上が主戦派を説得し、撤兵要求を清側が受諾するなら、この要求は放棄してもよいことが決められたため、交渉の余地を残した。

2月の廟議において当時宮内卿であった伊藤博文が特派全権大使として清国に派遣されることになった。伊藤は2月28日に清国皇帝に宛てた天皇の国書をもって横浜を出港し、清国に向かった。天皇は和平協定を結ぶにあたり、伊藤の交渉力に全幅の信頼を置くことを表明している。しかし国民の間では清国への憤慨が高まっており、膺懲を求める世論が圧倒的多数だった。その勢いはかつての征韓論の時に近いものがあった。これを憂慮した太政大臣三条実美は各省卿以下の政府高官たちに対し、和平を願う天皇の大御心を強調し、人心を鎮静させ、軽挙に出ないよう手配するよう命じる内諭を出している。

3月14日に天津に到着した日本全権の伊藤は、清国全権の李鴻章と日清会談に入った。李は朝鮮に対する清と日本の立場の差と、朝鮮内乱の際に派兵し朝鮮国王を保護する清の義務を強調し、清の派兵権を明文化するよう要求したが、伊藤は清にのみ派兵権が認められるのは相互均一でないとして、その要求を拒否した。伊藤は東洋の平和を保ち、開明を期するには日清の和親協力が不可欠であり、この和協の目的を達成せんとすれば、朝鮮の独立を図り、日清双方が朝鮮に干渉しないことが重要であると主張した。

伊藤も李も簡単には譲らず、交渉は長引いたが、4月15日に至って妥結、18日に日清両国は天津条約に調印した。その内容は、現在朝鮮にいる日清両軍は同時に撤兵、将来朝鮮で変乱が発生して日清両国、あるいはどちらか一国が再び朝鮮に派兵する必要が生じた場合には相互に通知し、かつ事態が収束した後は直ちに朝鮮から撤退する、また日清両国とも軍事教官を朝鮮に送らないことなどを定めていた。同条約は出兵という軍事面に限定すれば、日清両国は朝鮮に対して均等の権利を有するものと規定され、清は属邦保護権、日本は済物浦条約に基づく日本公使館防衛権を根拠に朝鮮に出兵する権利をそれぞれ有した。そのため、朝鮮に対する清の独占的立場は多少後退したものとなった。

一方朝鮮国王高宗は、甲申事変直後の頃から清国の影響力増大を懸念し、清牽制のための新たな勢力としてロシアを朝鮮に招きいれるようになった。高宗は、メレンドルフ（清国から派遣されて朝鮮の顧問となったが、その後清国は不当に朝鮮を圧迫していると考えて、清国を非難して朝鮮を擁護する立場に転じていたドイツ人）を通じてロシアに接近を図った。メレンドルフは日本への謝罪のための朝鮮側使節として1月に東京を訪問したが、その際に駐日ロシア公使アレクサンドル・ダヴィドフ（ロシア語版）と会見し、ロシア軍から軍事教官を朝鮮に送ることを招請。この案はロシア皇帝アレクサンドル3世と高宗の裁可を受けたが、朝鮮側においては高宗とメレンドルフが中心となって独断的に進めたもので、他の朝鮮政府高官の預かり知らぬところであり、特に外交担当者である督辦交渉通商事務金允植は協定の調印を拒否、やがて清国の知るところとなり、李鴻章に睨まれた高宗は腰砕けとなり、メレンドルフに責任転嫁して彼を解任した。高宗や閔妃の親ロシア傾向に警戒を強めた清国は、3年前に拉致した大院君を解放して帰国させ、高宗と閔妃を牽制させるようになった。しかしこれ以降も清の朝鮮への圧迫が強まるほど、高宗はロシアに接近し、それが清国に露見するたびに臣下に責任転嫁して処罰するということを繰り返すようになる。

イギリスも朝鮮のロシア接近を警戒し、天津条約締結直後の頃に朝鮮の巨文島を占領し、ロシア艦隊の航路を遮断した。それに反発したロシアが対抗の構えを見せた（巨文島事件）。

このような情勢下、日本の井上馨は、高宗の動きを封じるためとして「弁法8ヵ条」を清の李鴻章に提案した。これは清の主導のもと朝鮮に改革を行わせることで、ロシア勢力の朝鮮浸透を阻止する内容であり、日本の対清協調路線と評価されるが、清の朝鮮に対する「宗主権」の存在を認める代わりに、日本の関与権も認めさせるものでもあった。たとえば第3条では朝鮮国内政治を委任する人物の選任について朝鮮国王は、清国の李鴻章の承認を受けるが、その承認について李は井上と協議しなければならないとしている。他の条文も政策実施に当たって李が必ず井上との話し合いを必要とするようになるものだった。井上は巨文島事件を李の説得のための論理として用いているが、李は「恰モ予ハ井上君ノ指揮ヲ奉ズル地位ニ陥入ルニ似タリ」としてこの提案を拒否した。

李は朝鮮政策遂行にあたる顔ぶれの一新を図り、メレンドルフの罷免、後任の顧問としてアメリカ人オーウェン・ニッカーソン・デニー（Owen Nickerson Denny)の登用を行い、また甲申事変で戦功を挙げた袁世凱を「総理交渉通商時宜」という清国を代表する立場で漢城に常駐させるようになった。

天津条約に基づき、日清両軍が朝鮮から同時撤兵すると、朝鮮半島は軍事的空白状態となった。しかし清国は朝鮮について「属国」と「保護」を不可分なものとみなす対外アピールを欠かさなかった。李が袁を漢城に常駐させたこともこれと関係している。袁はことあるごとに朝鮮は清国の「属国」であることを強調し、自分を宗主国代表として他国の公使より格上の扱いにするよう朝鮮政府に要求し、尊大にふるまって朝鮮政府を威圧した。しかし朝鮮政府も、日本も欧米各国もその言動には必ずしも賛同しなかった。この状況が軍事的空白と相まって、相互牽制の作用が働いて、朝鮮半島は緩衝地帯のような様相を呈し、10年ほど朝鮮半島情勢の小康が続いたのである。

明治18年（1885年）7月26日に天皇は、横浜港から横浜丸で出港し、六大巡幸の最後となる、山口県・広島県・岡山県三県への巡幸に出発した。本来は4月に広島・熊本鎮台の部隊による大規模演習で福岡に行幸した帰路にこの三県への巡幸が予定されていたが、同時期に天皇が病を患ったため、演習に参加できず、巡幸も延期となった。行幸を待ち焦がれていた三県の県民はこれに落胆したが、天皇は7月末に三県巡幸を開始することを約束していた。

巡幸には、東京鎮台司令長官・陸軍少将北白川宮能久親王、参議兼宮内卿伊藤博文伯爵、侍従長徳大寺実則侯爵、内務少輔芳川顕正以下130名の随員を伴った。

天皇はお召艦「横浜丸」に乗って三県に向かい、いずれの県でも学校や県庁や裁判所を視察。

山口県では別格官弊豊栄神社に侍従北条氏恭子爵を勅使として遣わし、神饌料を賜り、明治維新に功績があった毛利敬親、大村益次郎、錦小路頼徳の墳墓に祭祀料を賜り、また県に対しても、幕末に倒幕蜂起した天皇の叔父中山忠光、故陸軍大佐福原和勝、故毛利親信などの祭祀料を賜った。維新の志士たちを祀る桑山、江良、天神の各招魂社にも祭祀料を賜っている。

広島県では厳島神社を行幸。行幸を記念して厳島神社造酒所で造られる御神酒は、「御幸（みゆき）」という酒銘が与えられた。また同年に架橋されたばかりの京橋川に架かる広島で最も長い橋の「長橋」と、同じく同年開通したばかりの皆実町から宇品島に至る通りは、行幸中に天皇が通御したことから、それぞれ「御幸橋」「御幸通り」と名付けられた。

岡山県では県民による古器物の展示、剣道・馬術の試合の天覧、戊辰戦争における県内の戦没者の追悼などを行った。

18日間にわたる巡幸を終えて8月12日に東京に還幸。天皇は行幸先各地で熱烈に拝迎されたが、巡幸中は連日の猛暑日となったため、酷暑に苦しめられたという。

天皇の地方行幸はこの後も続くが、「巡幸」と称される広い範囲の地域を巡る行幸はこれをもって終わった。6回にわたった明治天皇の巡幸の意義を総括すると、これは日本の精神的統一事業だったということができる。そもそも明治維新とは日本を近代統一国家と為すための改革であり、四民平等、廃藩置県、学制、徴兵制、地租改正など明治初期に行われた改革の多くは国家統一事業である。巡幸もその一環として位置づけられるべきものであり、国民にもっとも深く天皇に親近させ、皇室に親しむ機会を与えるものに他ならなかった。皇室と国民は近づけば近づくほど親しくなり、国民は天皇の恩沢をしみじみと感じたからである。天皇が当時の日本人としては立派な体格であったことも、行列を拝観する国民に天皇の頼もしさと力強さを感じさせるのに奏功した。もちろん精神面以外にも意義はあり、巡幸によって当該地域の道路・建築・産業・教育などのインフラ整備が加速されたり、荒廃した名勝旧跡の保護のきっかけになったりした。

憲法調査のための欧州歴訪から帰国した伊藤博文は、憲法制定作業を前にして、再び明治14年の政変のような事態に至らぬよう、閣内分裂に至りがちな現在の太政官制度、参議・省卿兼任制を、行政一元化させ、自らが内閣総理大臣として閣僚を強力に指導する内閣制度に変えることを模索するようになった。

明治18年（1885年）11月に太政大臣三条実美は、岩倉具視の薨去以来空席となっていた右大臣の職位に内閣顧問黒田清隆を任命する人事案を提案した。三条は伊藤が政体再編を図ろうとしていることを察知していたから、それを牽制する意図があり、伊藤も三条が現在の地位を手放すことに乗り気でないのに気づいていたので、三条の警戒を解くためにも黒田を右大臣とすることに賛同を示した。そのため三条が11月に閣議を招集して黒田の右大臣就任について諮った時、異論は出なかった。

三条から右大臣就任要請を受けた黒田は伊藤に意見を質した。伊藤は黒田が最適任者だと思うし、自分は微力ながら支える覚悟だと答えた。それを聞いて黒田は右大臣就任の決意を固めたが、三条が参内して黒田の右大臣任命を奏請した際、天皇は「右大臣の職は極めて重い。誰もがその徳識名望を推す人物でなければならない。黒田は適任とはいいがたい」「仮に黒田が右大臣に就任したとしても、実際の権力は伊藤に握られていることを覚えれば、不平を鳴らすことになるのではないか」と述べて難色を示した。

これを聞いた三条は、黒田では天皇の勅許を得るのが難しいと判断し、伊藤に右大臣就任を求めるようになった。しかし伊藤は自分が右大臣に就任すれば、廃止を考えている太政官制度をかえって強化してしまうことに気づいていたので、これを辞退し、あくまで黒田の右大臣就任を推した。やむなく三条は再び参内して黒田の右大臣任命を天皇に再度奏請した。天皇は黒田の右大臣就任は参議全員一致の考えか、と質すことで参議の全員一致を要求した。天皇の信頼厚き工部卿佐佐木高行が酒癖が悪い黒田を嫌って黒田の右大臣就任に反対していたから全員一致ではなかったのである。三条は佐佐木の説得にあたり、なんとか同意を取り付けたものの、直後に黒田が右大臣就任を辞退した。黒田はその理由について、西郷隆盛や大久保利通でさえなれなかった地位に自分が就任するのは心苦しい、伊藤参議の上座を占めるのも気が進まないと述べたが、恐らく天皇と佐佐木が自分の右大臣就任に反対であることを耳にしたのだと思われる。

この間にも伊藤は太政官制度の廃止と、内閣総理大臣を首席とする内閣制度の創設に向けて動いていた。三条は今にも自分の太政大臣の地位が失われようとしていることに狼狽しつつも、天皇から政体組織の再編の検討を命じられた際に内閣制度に反対はしなかった。12月22日に三条は天皇に政体再編の必要性について論じるとともに、自分はその任には堪えないので太政大臣を辞職したいと願い出、天皇はその辞表を受理した。同日、太政大臣、左大臣、右大臣、参議、各省卿の職位は廃止され、内閣総理大臣を首席とし、九省を率いる各大臣（外務大臣、内務大臣、大蔵大臣、陸軍大臣、海軍大臣、司法大臣、文部大臣、農商務大臣、逓信大臣）から構成される内閣制度が発足することとなり、初代内閣総理大臣には宮内大臣兼務で伊藤博文が任命された。

公家清華家の出身で、華族である三条実美が日本政府のトップたる太政大臣の地位に長くあり続けたのは、藩士階級出身の士族の参議たちでは権威が足りなかったからであり、近世から近代への過渡的な人事だったといえるが、今やその過渡期も終え、百姓生まれの元足軽が直接政府のトップである内閣総理大臣に就任する時代が到来したのである。

第1次伊藤内閣の閣僚人事について天皇は伊藤の上奏した人事案をほぼ認めているが、唯一文部大臣森有礼のみ難色を示した。森はキリスト教に偏り、とかく物議を醸すというのがその理由だったが、伊藤は森を擁護し「臣が総理の任に在るの間は、決して聖慮を煩はしたてまつるが如きことなきを保す」と請け負うので、天皇は、伊藤に組閣の大命を下した以上、しばらくは伊藤の自由にやらせてやることにし、森を文部大臣に任じた。

内閣制度発足と同時に「内閣職権」が定められた。これは、プロイセンの1810年10月27日の勅令、すなわちハルデンベルク官制を模範とした大宰相主義を取っており、内閣総理大臣には「各大臣ノ首班トシテ機務ヲ奏宣シ旨ヲ承テ大政ノ方向ヲ指示シ行政各部ヲ統督ス」という各省大臣に対する大きな権限が付与されているのが特徴である。

しかし法務官僚の井上毅は、内閣総理大臣の権限が巨大すぎると、天皇親政の原則を侵しかねないとして大宰相主義に反対した。この危険は憲法制定作業の中でも問題視され、結局4年後には「内閣職権」は「内閣官制」に改正されて、内閣総理大臣の権限は縮小され、各大臣は単独で天皇を輔弼する責任制となり、いわば「大宰相主義」から「小宰相主義」へ移行していった。

明治19年（1886年）10月24日にはノルマントン号事件が起きた。横浜港を出港して神戸港に向かった英国貨物船ノルマントン号が和歌山県沖で座礁沈没し、英国人乗組員は全員脱出したが、25人の日本人乗客と12人のインド人水夫は救助されず、全員溺死したという事件である。この事件が報道されるとたちまち日本の世論は沸騰し、白人至上主義の人種差別の顕著な事例として日本中で抗議の声が巻き起こった。11月5日に英国領事館はノルマントン号船長ジョン・ウィリアム・ドレイク（John William Drake）を海難審判にかけたが、ドレイクに過失はないとして無罪とした。これにさらに日本の世論が沸騰。条約改正交渉を繰り返していた日本政府は、条約改正反対派の最右翼の英国政府と対立関係になるのを恐れていたが、世論の沸騰で座視できなくなり、船長を裁判にかけるよう英国領事館に要請した。日英修好通商条約に基づき英国人には治外法権・領事裁判権が認められているため、日本政府にはその司法権に直接立ち入る権限はなかったためである。横浜英国領事館は日本政府の要請に応じて、12月7日と8日にドレイク船長以下ノルマントン号乗組員の裁判を行い、ドレイク船長を怠務殺人罪で有罪として3か月の禁固刑とし、他の英国人乗組員は無罪とした。海事法に詳しい専門家によれば、この判決は妥当であったというが、ドレイクに対する刑罰の軽さは日本人に不平等条約と領事裁判権への強い怒りを残した。

明治20年（1887年）4月の条約改正会議において外務大臣井上馨は、治外法権撤廃のための大幅譲歩案を提出することで、欧米列強諸国の支持を取り付けることに成功した。同案は、改正条約批准後2年以内に日本国民が享受する権利・特権はすべて外国人居住者にも等しく認められ、日本の司法制度は批准後2年以内にあらゆる点で西洋の慣例に従って改め、刑法その他の法律はすべて英訳してそれを正本と為し、領事裁判権は批准後3年間は存続させ、外国人が関与する訴訟の審判に当たる裁判官の多数は外国人とするものだった。

しかしこの譲歩案は日本国内で朝野問わず激しい反発を巻き起こし、政府内では農商務大臣谷干城、フランス人内閣雇法律顧問ボアソナード、法務官僚井上毅などが反対の論陣を張った。井上は外国が吞める案でなければ条約改正は不可能であり、条約改正にこぎつけることが治外法権の撤廃のために必要であることを反対派に説いたが、谷は、同案を外国に内政干渉を許すもので「一時の名を貧りて百年の害を顧り見ざるもの」と難じ、そもそもこのような重大な問題を外務当局は自分たちだけで処理しようとし、各省大臣に広く意見を問わないのは論外と批判した。これに対して井上は万事に渡って日本が欧米文明国を模範としている今日にあって、法律の制定改廃もまたそれに倣うのは理の当然であると反論し、伊藤首相もその意見に賛同した。谷は自分の意見が内閣に受け入れられないと見ると、天皇から直接支持を得ようと、7月20日にも天皇に拝謁し、同改正案を中止すべき理由を述べたうえで、同案の可否は宮中顧問官等に諮問するよう奏請し、特に欧州から帰国したばかりの黒田清隆に意見を質すよう求めた。天皇は谷の熱弁を傾聴していたが、意見は何も述べなかった。天皇の支持が得られないと悟った谷は辞表を提出した（後任の農商務相は土方久元）。

しかし谷辞職後も井上の譲歩案への批判は収まらず、佐佐木高行、土方久元、元田永孚などの枢密顧問官たち、内閣顧問黒田清隆をはじめ閣内有力者も続々と同案反対派に転じた。ついに井上も断念せざるをえなくなり、7月18日の改正会議で各国全権委員に対し、先の改正案は変更せざるを得ないことを表明、8月2日に井上は天皇に拝謁し、改正会議中止の顛末を上奏した。

9月17日には総理大臣の伊藤博文が、兼職していた宮内大臣の辞職を奏請し、後任として黒田清隆を推挙した。天皇は当初これを却下した。皇室典範はいまだ定まっておらず、皇室財産はいまだ制度化されていなかった。天皇の考えるところ、これらの問題を有効に対処できるものは伊藤以外にはなかった。また天皇は黒田を好んでおらず、長時間宮中にいる役職に彼を就かせるのを嫌がった。

天皇は伊藤の宮内大臣辞職の申し出について儒学の師の元田永孚に意見を求めたが、元田は、内閣総理大臣が宮内大臣を兼務するというのは宮中と政府の一体化を意味し、立憲君主国としては最も望ましい形である。しかし、あくまで人物による。かつて、中国には諸葛亮がいた。プロシアにはビスマルクがいる。いずれも至誠大才の人物である。伊藤は才識は豊かだが、未だ徳望に欠けるところがある。伊藤がこれ以上宮中に留まれば、或いは皇室に累を及ぼすことになるかもしれないと述べ、伊藤の辞表を受理することを勧めた。

天皇はなおも宮内大臣としての伊藤の勤仕を失うことを嫌がっていたものの、しぶしぶ伊藤の辞表を受理した。ただし、後任に黒田は認めず、土方久元を後任の宮内大臣に任じ、黒田は土方の後任として農商務大臣とした。また元田の勧めを容れて、条約改正案をめぐって批判が高まっていた外務大臣井上馨を辞職させ、暫定的に首相の伊藤に外務大臣を兼務させた。元田の助言とはいえ、天皇はこの大規模な人事異動に憂慮を感じていたという。

後任の外務大臣について、井上馨は大隈重信を推挙し、首相の伊藤博文も明治14年時の対立の反感を抑え、大隈を外相に推挙した。しかし大隈を入閣させる障害として、黒田清隆と大隈の対立関係があった。前述の通り、二人は明治14年の北海道開拓使官有物払い下げ事件以来の政敵だったからである。伊藤は大隈入閣に反対する黒田の説得に努め、最終的には黒田はその説得を受け入れ、大隈を訪問して過去の経緯を詫びて入閣をさそった。黒田の態度に大隈は感銘を受けたが、大隈は、自由党ほど過激ではないものの、在野にあって伊藤内閣が嫌う変革を主唱する政党立憲改進党のリーダーだったため、自分の伊藤内閣への入閣が改進党にとって逆効果になることを躊躇していた。大隈は自身の入閣の条件として国会開設後、7、8年以内にイギリス型議院内閣制を導入するなどの要求を示し、この条件に渋った伊藤は、やむなく臨時として自ら外務大臣を兼務していたが、後に大隈との間に妥協が成立したため、大隈が外務大臣として入閣することになった。

伊藤博文が欧州での憲法調査の任を終えて帰国した後の明治17年3月に宮内省内に伊藤を長官とする制度取調局が創設され、同局が憲法制度の調査を担当することになった。伊藤は立憲政治の開始を前提として、まず太政官を廃して内閣制度を作り、立憲体制に対応できる行政府に改革することから着手したが、上記の経緯で手間取ったため、憲法草案の制定作業が本格化し始めたのは明治19年からだった。同年に来日したドイツ人法学者ルドルフ・フォン・グナイスト（伊藤博文は憲法調査のための訪独で彼の講義を受けた）の弟子であるアルベルト・モッセ、レースレルなどお雇い外国人の法学者たちの助言を得て、憲法草案は何度も加筆修正されながら、伊藤の別荘がある神奈川県夏島に伊藤以下、井上毅、伊東巳代治、金子堅太郎ら伊藤側近の官僚らが集まって集中討議を行い、所謂「夏島憲法草案」がまとめられた。「夏島憲法草案」はその後も何回も改正が加えられ、最終的に天皇に上奏される成案が完成したのは明治21年（1888年）のことだった。

また憲法と別建てで皇室典範の起草も進められた。明治18年（1885年）に宮内省制度取調局は「皇室制規」と名付けられた最初の草案を起草。この「皇室制規」は、女帝のみならず、母系からしか天皇に繋がらない女系天皇をも容認し、嫡系皇族を優先しているのが最大の特徴である。しかし法務官僚の井上毅が「謹具意見」と題した反論を提出して女帝論に反対した。井上は島田三郎や沼間守一ら民権派にも女帝反対論が根強いことを紹介、島田は、我が国には古来女帝の先例があるという主張に対して、即位事情の当時と今日の状態の違いを挙げて反論しており、また男女平等という時代の要請については女帝に一生独身を貫かせることは条理に反し、皇婿（女帝配偶者）の存在は我が国の夫婦観になじみにくいことを挙げて反論していた。井上はその島田の論に加えて我が国にかつて在位した女帝は欧州の女王と異なり、「摂位」（男性天皇不在のために代わりに皇位について政治を行うこと）だったこと、また皇婿の政治介入の恐れを指摘した。この井上の建言により伊藤博文ら政府首脳は意見を急速に変化させ、皇男子孫による継承、女帝否定に舵を切るようになり、この次の草案の「帝室典則」からは女帝即位の可能性は完全にないものとなった。柳原前光もこの頃から審議に加わるようになり（彼の妹の愛子が明治天皇に入内して明宮嘉仁親王（大正天皇）を儲けており、宮中に影響力があった）、また井上毅はレースレルにも知恵を借りて起草作業を勧めた。その後、伊藤、井上、柳原らを中心に最終草案となる「皇室典範」がまとめられ、夏島会議において憲法草案と並行して議論と修正が行われて天皇に上奏する成案としてまとめられた。

伊藤の奉呈した憲法と皇室典範草案を嘉納した天皇は、明治21年4月28日に新たに枢密院を設置し、ここに皇族、大臣、元勲と熟練の人物、当代の一流の人物をすべて集めて、草案を諮詢し、自らその審議を聞召して各条ごとに欽定することとした。当代の衆知を集めることで完璧な憲法を作ろうという天皇の思し召しであった。伊藤が内閣総理大臣を辞職して枢密院議長に就任することを希望したため、天皇は伊藤の辞表を受理し、後任の第2代内閣総理大臣に伊藤の推挙で黒田清隆を任じた。天皇は総理大臣として伊藤を失うことには気が進まなかったが、幅広い人材から成る枢密院を宰領しうる人物が伊藤以外になかったため、この転任を許した。

明治21年（1888年）5月8日に天皇は赤坂仮御所で開かれた枢密院の開会式に臨御し、次の勅語を賜った。「朕前ニ閣臣ニ命シテ起草セシムル所ノ皇室典範及憲法ノ案ヲ以テ樞密院ニ下シ詢議ニ付ス惟フニ立憲ノ大事ハ朕カ祖宗ニ對スルノ重責ニシテ經營創始　朕自ラ之ヲ斷スルノ任ヲ取ラントス而シテ帷幄ノ中勵精研思卿等ト之ヲ倶ニシ獻替啓沃一ニ卿等ノ忠悃糸眞密ニ倚籍セスンハアラス其他重要ノ法律勅令ニシテ憲法ト關係ヲ有スル者更ニ相續キテ院議ニ下サントス　朕卿等ノ勞劬ヲ勉メ機務ヲ愼ミ日ヲ期シテ功ヲ終エ以夙夜ノ憂ヲ分タンコトヲ望ム」。 なおこの勅語を前日に渡された明治天皇は勅語のような重要な文章を事前の内奏もなく直前になってできあがった文章をただ渡すだけとは何事かと激怒し、翌日の枢密院開会式には出ないと主張した。この件は7日夜に明治天皇がやはり出席の意向を示し解決したが、開院式終了後、伊藤博文はこの件を直接、明治天皇に謝罪した。

枢密院における憲法会議は毎週1日、または隔週1日に午前と午後の二回行われ、合計76回の会議が、12月17日までに及んで行われた。天皇はそのほとんどに臨御している（唯一10月12日午前中1回のみ病気で欠席している。午後は病を押して臨御した）。憲法会議における天皇の精勤さは枢密院議長の伊藤博文、宮内大臣の土方久元、書記官の金子堅太郎などが一致して証言しているところである。土方は次のように回想している。「枢密院では暑くても寒くても毎日会議を開き、憲法・議院法・皇室典範等重要な議事を論議したが、陛下にはその開院の都度必ず出御あそばされ、皇族方も丁年以上の御方は皆残らず御出席になり、各大臣は無論の事、枢密顧問官は皆大抵若い人が多かったから、少々の病気ぐらいは推して出るというような有様で、何れも心血を注いで討議し、時には熱烈火を発するごときの激論数刻に亙ることもあり、凡そ御前に於て、あれだけの大臣その他高官の人々が集って、大激論をやったことは前後あるまいと思う。大議論があってから、一週間も二週間も経って、後に何かの折の御話に、陛下には先達の何々の会議の時、何々の箇条に就いて、何某の述べた論は、あれは余程名論であった、何某の趣旨は善かったが、弁舌が十分に行届かぬので残念意思うというふうに種々御批評あそばされ、我々はもう疾くに記憶を去ってしまったことをも、よく御記憶があって、その御批評の的確なる、その判断の明白なる、御記憶の強く、御才徳の秀でたもうことに、感服したてまつったのである」。

天皇は会議中、議事進行に注意深く耳を傾け、一言も発しなかったが、会議後に議長の伊藤を召して疑義を質すことがあった。草案の一字一句でも十分に納得いかなければ、何度も伊藤に下問し、その意味が徹底するまで研究した。

11月12日に会計法の審議をしていた際、明治天皇の第4皇子昭宮猷仁親王が薨去したことが報告され、伊藤は審議を止めようとしたが、天皇はそれを認めず、審議の続行を命じている。

明治21年10月に皇居内の旧西ノ丸の跡地およびその周辺にまたがる敷地に明治宮殿が完成した。明治6年の西ノ丸焼失以来、天皇皇后は赤坂離宮を仮御所としていたが、明治22年（1889年）1月11日に天皇皇后は、皇族や閣僚、貴顕などの行列を伴って、仮御所から新宮殿に移った。沿道には諸学校の生徒らが列をなし、国歌の君が代が歌われた。新宮殿正門外では軍楽隊が演奏して出迎え、行列が二重橋に入ると、昼間の花火が打ち上げられ、あたりいっぱいに集まった奉迎の市民たちが万歳を唱えた。

新宮殿の造営をめぐっては天皇の浪費嫌いのために当初は造営さえ危ぶまれたが、君主の宮殿がみすぼらしいのは日本の国威に関わると説得されて、ついに天皇も巨額を投じた宮殿の造営を承認したという経緯があった。宮殿造営の中心人物は、代々にわたって内裏の作事に携わってきた大工の家である木子家の当主木子清敬であった。彼はこれまでも宮内省に出仕し、青山御所や皇居、御用邸など皇室関連施設の建設設計に携わってきた。また伊藤博文も宮内卿として関わり、宮中夜会などが行われる近代の宮殿にふさわしいよう一層壮麗化させる計画変更をたびたび推進した。

宮殿の床面積は5,855.805坪に及び、天皇の公務の場となる東翼の表宮殿と、天皇の私生活の場となる西翼の奥宮殿に分かれており（境界線は御学間所と聖上常御殿の間に設けられていたと考えられている）、構造形式は一部を除き木造平屋建て、外観は入母屋屋根を主とした和風意匠だった。内部意匠は表宮殿と奥宮殿で異なっており、表宮殿は正殿（建築中は謁見所と呼ばれた）や表御座所（同饗宴所）などの主要建物が大空間に作られており、和風の軸組や格天井に、床の寄木張りやガラス扉、緞帳といった洋風の要素を加えた独特の和洋折衷の建築になっていた。これに対して奥宮殿は、基本的には床の間や明障子などを備える和風建築だった（聖上常御殿や皇后宮常御殿など一部の部屋は、暖炉や絨毯といった西洋的要素も取り入れられている）。宮殿の総工費は415万3067円6銭4厘に及んだ。

『明治天皇紀』から検討すると、表宮殿で行われた宮中儀礼の内容は、年中行事たる「朝儀」と不定期に行われる「大典」で、内容が大きく異なった。「朝儀」である新年宴会（1月5日）、紀元節賜宴（2月11日）、天長節賜宴 （11月3日）の三大節賜宴は、皇后以下婦人は不参加であり、その賜宴は和食昼餐で行われたが、「大典」として行われる儀式、たとえば憲法発布式（明治22年2月11日）、皇紀2550年紀元節（明治23年2月11日）、天皇皇后の大婚25年祝典（明治27年3月9日）、皇太子御成婚の礼（明治33年5月10日）、ガーター勲章捧呈式（明治39年2月20日）などは、皇后はじめ夫人同伴で行われ、賜宴は大規模な洋風の夜会形式で開かれている。

「大典」として最初に行われた儀式は明治22年2月11日に正殿で行われた明治憲法の憲法発布式である。神武天皇の即位を記念する紀元節御親祭が行われる同日、天皇は賢所で皇室典範および憲法制定の告文を奏し、この日の大事が達成できたのはひとえに皇祖皇宗の導きのおかげであると感謝し、憲法の遵守を誓った。ついで皇霊殿に拝礼し、ここでも告文を奏した。その後、皇族、内閣総理大臣黒田清隆以下の各省大臣、各府県知事、各国家機関の総代、その他さまざまな貴賓、各国公使などが一堂に会した正殿において憲法発布式に臨んだ。

皇室の侍医を務めたドイツ人医師エルウィン・フォン・ベルツは憲法発布式典を次のように記している。「天皇の前には、やや左方に向かって諸大臣、高官が整列し、その後ろは貴族で、その中には維新がなければ立場を変えて現在将軍であっただろう徳川亀之助氏や、ただ一人（洋服姿でいながら）正真正銘の古い日本のチョンマゲを付けている薩摩の島津公の姿が認められた。珍妙な光景だ！天皇の右方は外交団。広間の周囲の歩廊は、他の高官たちや多数の外国人のために解放されている。皇后は、内親王がたや女官たちと共に、あとより続かれた。長いすそをひく、バラ色の洋服をしておられた。すると、玉座の左右から、それぞれ一人の大官が一つずつ巻物をもって進み出たが、その一人はもとの太政大臣である三条公だった。公の手にあった方が憲法である。他方の巻物を天皇は手に取ってお開きになれり、声高らかに読み上げられた。それは、かねて約束の憲法を自発的に国民に与える決定を述べたものであった。次いで天皇は、憲法の原本を黒田首相に授けられたが、首相はこれを最敬礼で受け取った。それが終わると、天皇は会釈され、皇后やお付きの者たちを従えて、広間を出ていかれた。式はわずか十分間ばかりで全部終了した。この間、祝砲が轟き、すべての鐘が鳴り響いた。儀式は終始厳めしく、煌びやかであった。ただ玉座の間が、これ自体は豪華なのだが、なにぶん地色が赤で暗すぎた」。

明治憲法は、ドイツ憲法型の君主大権の強い憲法だったが、ヨーロッパ諸国のいくつかの憲法よりも自由主義的な憲法で、アジアにおいてはもちろん最も進歩的だった。日本はアジア初の本格的な立憲国家としてスタートを切ることになった。国内の評判も概ねよく、これまで政府批判の言動をしていた識者からも「聞きしに勝る良憲法」（高田早苗『帝国憲法を読む』『憲法雑誌』第1号）「大体に於いては実に称賛すべきの憲法」（『毎日新聞』明治22年2月19日号）といった評価が多かった。

また、天皇は同日に上諭も公布し、憲法に定められた帝国議会を明治23年（1890年）に召集し、その議会開会を以て憲法が有効となることを宣言した。それは日本における代議制議会政体の始まりを告げるものとなった。

憲法発布式が終わると、天皇皇后は、青山練兵場で行われる陸海軍の観兵式に臨御するため、六頭立ての儀装馬車に乗って皇居を出た。その沿道は歓喜の市民たちで奉迎された。東京の街も日本が近代立憲国家となったことへの祝賀ムードに包まれており、街には華やかな装飾が施され、山車や仮装行列が繰り出していた。万歳の声がこだまして街は興奮の坩堝にあった。ベルツは観兵式から帰る少女たちについて、雪解けの中で数時間も立っていたはずだが、いささかも疲れを覚えていないかのように楽しげな顔で帰路に就いていたと回顧している。

また同日に天皇は、憲法制定を祝し、古傷を癒すべく、過去に処罰された人々の赦免を行い、その叙勲を行った。この際に西郷隆盛に正三位、吉田松陰に正四位が贈られた。

翌日12日も天皇皇后は上野公園で開催された東京市民奉祝会に行幸啓し、沿道や会場で多くの市民から奉迎された。

明治宮殿


正殿の天皇・皇后の玉座

豊明殿

東溜の間

西溜の間

千種の間

明治宮殿中庭

宮殿の上空写真

条約改正案への批判の高まりで辞職した井上馨の後任の外務大臣大隈重信も、井上に劣らず治外法権廃止に取り組む決意を固めていた。大隈は先の井上の譲歩案のうち、外国人の内地旅行、居住、土地購入などについてはそのままとしつつ、外国人裁判官の役割は限定させ、新しい民法の原本も日本語とした。ただこの大隈の新譲歩案も、政府内外の譲歩案反対派を懐柔するには不十分だった。明治21年から明治22年にかけて大隈の譲歩案も激しい批判に晒されることになる。

特に明治22年は憲法制定があったので、改正案の外国人裁判官任用の規定は違憲という批判が朝野に巻き起こるようになった。明治22年8月1日に開かれた黒田内閣の閣議は、この批判に対応して外国人法官は帰化して日本国籍を有する外国人に限るとしたが、現実的にはその実行は困難と考えられ、天皇もそれを案じていた。

天皇は条約改正中止を命じる気はなかったが、違憲の指摘については深く憂慮し、9月23日に侍従長徳大寺実則を通じて黒田首相に注意を出し、枢密顧問官中にも条約改正案は憲法19条に抵触し、構成法にも関係が少なくないとして反対を唱える者があるとして、閣議において討議を十分尽くして違算なきようにと命じた。この際も天皇が最も信頼したのはやはり伊藤博文であった。天皇は、伊藤は外交に通じているので、伊藤と能く相談せよと特に命じている。また大隈を召して、英国との商議の経過、条約調印後のロシアとの関係について質した。大隈は英国との交渉は極めて困難であるが、ほどなく調印される見込みであると請け負った。

9月23日に伊藤が秋季皇霊祭のために参朝した際、天皇は侍従長を通して伊藤に改正条約の議を枢密院に諮詢すべきか下問した。佐佐木高行の日記によれば、伊藤は「今日御諮詢あらせられては、議論が沸騰して、時期に破裂するから、内閣で猶も熟議させたらよろしうございましょう」と奉答し、それを聞いた天皇は、枢密院に諮詢しない方向を固めた。

しかし、同日に佐佐木が参内し、改正条約案の不都合を論じたうえで、今般の改正案は将来の国体にも関係することで、憂国の人々も日夜苦心しているので、速やかに閣議で定めて、枢密院へ御下問あそばされ、将来の方針を確定されるよう奏請した。それに対して天皇は「成る程、今日は甚だ切迫の模様なれども、大隈は目下英国と談判中である。これさへ成功すれば、他に方策もあるといっている。しかし、外交のことは伊藤には十分の見込みもある筈だから、伊藤と黒田・大隈等が篤と熟議したなら、なんとか方法もあらうからと黒田に告げ、また伊藤にも申し聞かせてある。伊藤・黒田・大隈の三人で相談がまとまらねば、何事もできないが、困ったことには伊藤は辞職々々といい、黒田は怒ってしまうので困る」と述べた。

この時の黒田首相は条約改正案を断固推し通すべきという立場であり、条約改正案が違憲という批判については、外国判事の帰化により避けることが決定しているので、今さら議論の余地はなく、閣議も枢密院会議も必要ないとしていた。また伊藤について、これまで改正案に賛成しながら、今日世論の攻撃が甚しくなったとて、今更ためらうとは何事なのか、大隈一人を見殺しにするつもりかと憤慨していた。黒田は伊藤の態度に怒り、伊藤と面会するのを好まず、ついには門を閉じて一切の外客を謝絶し、批判に耳を傾けなくなった。黒田の態度に盟友の西郷従道や吉井友実らも憂慮し、そのような態度は聖旨に反するとして黒田の説得にあたり、また伊藤の説得にもあたった。

10月3日に天皇は、宮内省次官の吉井を通じて黒田首相に、速やかに伊藤と協議し、条約改正の断行か中止の可否を定めよと命じた。黒田もようやく伊藤と会見する気になったが、実現する前の10月11日に伊藤は枢密院議長職の辞表を宮中に提出することで、条約改正問題から手を引いた。伊藤の辞職の理由は複雑だった。伊藤は単に条約改正案に反対というだけでなく、大隈の強硬な外交手段を無謀であり危険だと感じていた。特に大隈がイギリスが不当に改正案を拒否し続けるならば、イギリスとの条約は破棄するより外はありませぬと天皇に奏上したことを憂慮していた。このような発言をイギリス政府が聞いたら、どんな紛糾をもたらすか、その結果は国家を危険に陥れるものだと考えていた。

伊藤は辞表提出にあたって元田に書簡を送り、聖上に拝謁して辞職の理由を説明したいと乞うた。元田は伊藤の辞職を認めることで条約改正を中止させたい考えを持っていたので、12日朝にも天皇に拝謁して伊藤辞職の件を奏聞するとともに、伊藤に対しては陛下に奏聞したので、黒田や大隈との間でいい加減な調停に応じないようにと励ました。しかし天皇は伊藤の辞職を望んでおらず、伊藤の辞表提出を知った大隈も、12日横浜富貴楼で伊藤と会談して留任するよう説得に当たったが、伊藤は頷かなかった。

伊藤の辞職の意思は固いと見た天皇は、26日にも元田を勅使として小田原に派遣して次の叡慮を伝えた。卿の辞職はやむをえないが、条件があり、第一に官を辞しても宮廷を離れぬこと、第二に重要事件があれば諮問するから直に奉答すること、第三に国家有事の日には必ず出て救済の任に当たること。伊藤はこれを承り、謹んで命を奉じ、必ずや聖恩に報い奉る決心である旨奉答した。帰京した元田から復命を受けた天皇は、31日にも伊藤を枢密院議長から解任し、代わりに宮中顧問官に任じた。

10月15日には天皇臨御のもと閣議が開かれ、大隈が条約改正不可避を主張したが、逓信相の後藤象二郎が反対して中止を要求している。朝野問わず条約改正中止を求める声が高まる中の10月18日、大隈が条約改正反対派の凶徒に爆弾を投げつけられて片足切断の重傷を負う事件が発生した。事件に驚いた天皇は、ただちに侍従長徳大寺実則を大隈のもとに差遣して見舞わせ、金3000円を大隈に下賜した。条約改正中止論のあまりの強さに終始大隈をかばってきた黒田首相も腰砕けになった。まもなく黒田は条約改正交渉を断念し、その失敗の責任をとるとして天皇に総辞職を奏請した。大隈も外務大臣を辞することとなった。

黒田は後継の首相として山縣有朋を推したが、山縣内閣の組閣準備が整うまで、天皇の裁定により内大臣の三条実美が兼務で臨時の内閣総理大臣に就任することになった。すでに大隈は米国、ドイツ、ロシアとの間で条約改正案を調印していたため、三条は、まずその取り消しを三国に伝え、ついで内閣官制を成立させた後に速やかに退陣した。

その後を受けて山縣有朋が組閣。内閣官制下の最初の内閣となる第1次山縣内閣が成立した。同内閣は明治憲法に定められた帝国議会開設の準備のための内閣だった。世伝御料（天皇の世襲財産）や内閣機密費など議会開設後だと削られる可能性がある予算案をあらかじめ組んでおいたのもそれであった。

明治23年（1890年）1月8日にはドイツ皇后アウグスタの崩御で天皇は21日間の喪に服し、ついで1月20日にはイタリア王弟アオスタ公アメデーオ（元スペイン王アマデオ1世）の薨去で再び6日間服喪した。交際国の王族・皇族の相次ぐ訃報で天皇の服喪が長引く中、服喪期間について内規を定める必要性が生じ、交際国のうち大国（ロシア、英国、ドイツ、オーストリア、イタリア）と小国（オランダ、スペイン、ベルギー、ハワイ、スウェーデン、ポルトガル等）の皇室王室で対応を分け、後者の場合は天皇の服喪は3日にとどまる場合もありえるようになった。

天皇は3月27日に長年準備が進められていた民法を公布した。民法制定作業は、不平等条約改正のためにも不可欠であり、早くも明治3年（1870年）からナポレオン法典の翻訳という形で着手が始まっており、明治9年には民法編纂委員が指名され、最初の草案が完成したのは明治11年のことだったが、政府はこれに満足せず、よりよい民法典を目指して欧米の立法と学説の調査にあたった。明治12年に司法省雇のボアソナードに新たな草案の起草が命じられ、ボアソナードの草案に幾多の修正が加えられる形で、元老院と枢密院の承認を得られる民法典が完成したのであった。民法と同時に商法と民事訴訟法も公布した。これらは日本社会の根幹を為す重要法案であるが、公布した天皇自身は間近に迫った陸海軍合同の演習の方が関心事で、民法にはあまり関心がなかったらしく、天皇の反応は記録されていない。

3月28日、天皇は愛知県で行われる第1回陸海軍連合演習に臨御するため、午前7時30分に東京新橋駅を発ち、途中で何度か休憩を経て、午後5時に名古屋笹島駅に到着。この前年の明治22年に東京から名古屋・京都・大阪・神戸を結ぶ鉄道の幹線が竣工していたので、天皇の地方行幸は素早く移動できるようになり便利になっていた。

笹島駅を出た天皇は、奉迎の名古屋市民が立ち並ぶ沿道を通御して、午後5時40分に演習中の大本営となる東別院に入御。名古屋市民から盛大な奉迎を受け、行幸祝いに花火が打ち上げられ、紅灯が街路に輝き、奉迎の意を示す緑門が建設された。この名古屋行幸はあくまで演習への臨御が目的であり、国民に天皇を親しませる目的ではなかったから「巡幸」の一つには数えられていないものの、六大巡幸に劣らず天皇の人気を高めるのに貢献した。

3月29日午後3時に鉄道で名古屋を発した天皇は、午後4時に武豊駅に到着。八重山艦に搭乗し、その夜は武豊港内で宿泊。翌30日午前4時30分に発艦し、鳥羽港付近での海軍演習を統率後、武豊港へ戻り、午後5時20分に武豊駅を発車し、十数分で半田駅に到着。

翌31日午前8時半から愛馬の金華山に騎乗して乙川村での演習を観戦。前日30日から雨が降り始めており、31日は豪雨に見舞われたため、演習は難渋したが、天皇は風雨も道路の泥濘も意に返さず、騎乗して演習の視察にあたった。

4月2日に演習を終えた天皇は、名古屋へ還御し、同日夜、来客したフランス、ロシア、オーストリア、ポルトガル、オランダ、アメリカ、清国、朝鮮などの公使を接待するための晩さん会を秋琴楼で催した。川上操六海軍少将が接伴委員長を務め、有栖川宮、小松宮などの皇族、山縣有朋、松方正義、西郷従道、山田顕義、榎本武揚、土方久元ら各大臣、黒川通軌、黒木為楨ら陸海軍将官、愛知県知事白根専一、名古屋控訴院院長大塚正男など四十余名が臨席した。翌3日には名古屋城内の練兵場で開かれた観兵式に騎乗して臨御。観兵式には各皇族、各大臣、陸海軍将官・将校、各国公使、府県知事、判事、検事、市郡長、県会議長・副議長など公人の他、海防費献金者、実業家、赤十字社社員、新聞記者など幅広い拝観者が臨席した。その夜にはこれらの人々二千余名を大本営の東別院本堂や対面所に招いての大夜会が催された。

4月4日には愛知県会議事堂に行幸し、愛知県知事、県会議長、県内各市の市長、市会議長らの奉迎を受けた。その後、皇后も鉄道で東京から名古屋に行啓して天皇に合流し、4月5日には二人で鉄道に乗って名古屋から京都に向かった。同日に久しぶりに京都御所に戻った天皇は、満開の御所の桜を愛でながら、「ふるさとの 花のさかりを きて見れば なく鶯の こゑもなつかし」という懐旧の情の歌を詠んだ。

その後京都やその周辺の各所への行幸を行った。9日には京都府知事と滋賀県知事の請願を受け入れ、最近竣工したばかりの琵琶湖疎水に臨幸することを決めたが、そこへ行くにはトンネルを通らねばならなかったことから、久邇宮朝彦親王が宮内大臣の土方久元を呼び出し、もしトンネルを通御中に何か落ちてきて玉体に万が一があったらどうするつもりかと叱責し、恐縮した土方は疎水視察は名代を派遣するよう天皇に奏請し、天皇はそれを受け入れ、自身の行幸は見送るとともに、名代を疎水に送っている間、皇后と共に水力発電の水車を天覧した。

天皇が東京に帰京してまもない頃、山縣総理が内閣改造を行った。西国四雄藩出身者以外からの新たな閣僚として陸奥宗光を農商務大臣、芳川顕正を文部大臣として初入閣させる人事案を奏上したが、天皇は、陸奥は通謀事件に関与して服役した過去があること、芳川は人望なきを理由に難色を示した。

これに対して山縣は、陸奥の前罪は監獄で送った数年ですでに償われており、もし今日陸奥にその才幹にふさわしい地位を与えなければ、陸奥は反政府活動を行う在野の政治結社に加わるかもしれない、もし陸奥が背信することあらば、自分が責任を取るので、宸慮を煩わすようなことは決してないと請け負い、また芳川については、芳川に内務を託すのはいまだ無理であるが、文部省を任せる能力は十分備えているとして、自分が責任をもって芳川を指導することを請け負った。また、教育は国家の大事であり、再々にわたり榎本文相に将来の教育基準を定めるよう指示したが、榎本は優柔不断で何も達成できなかった、芳川を文相に任命すれば、必ずや文相が更迭されても変更する必要がない教育原則が確立できると論じた。天皇はこの説得を受け入れ、ついに陸奥と芳川を閣僚に任命した。また山縣の手腕に感心して、6月に山縣を陸軍大将に昇進させた。しかし天皇は、陸奥の入閣こそ認めたものの、その後もこれを「失策」と呼んで厳しく批判していた。天皇の陸奥嫌いはこの後もしばらく続き、翌年の第一次松方内閣の組閣時にも陸奥の入閣に難色を示している。

明治23年7月1日には第1回衆議院議員総選挙が実施された。アジアの歴史において初めての議会選挙だった。前年の明治22年2月11日に天皇が公布した衆議院議員選挙法の規定に基づき、25歳以上で当該府県に一年以上在住し、直接国税15円以上を支払っている男子国民を有権者とし、小選挙区制度による選挙により、北海道、沖縄、小笠原諸島を除く日本全国で計300議席が争われた。

当時の選挙権は有産者に限定されていたが、当時は有産者であっても、依然として文字の読み書きができない者がいたため、そういう者の代筆票をめぐって不正疑惑が持ち上がって騒ぎになった選挙区が一部にあったものの、大半の選挙区では特に大きな問題は起こらず、日本最初の選挙の投票・開票は順調に進んだ。開票の結果、総議席300議席のうち立憲自由党が130議席、立憲改進党が41議席を獲得。これら「民党」と呼ばれる反政府派の政党が過半数を占め、政府支持政党は少数派にとどまった。

政府は、議会政治の開始に備え、これまで容認してきた以上に集会・結社の自由を拡大し、7月25日には政治集会の開催と結社届け出の手続きを簡略化した。また解散を命じられた集会の演説者に1年間の政治演説を禁止する現行法の条項も削除し、治安上警察が解散を命じることができる集会の範囲についても制限が加えられ、警察が職権濫用できないようにした。

最初の衆議院議長および副議長は、衆議院が選んだ三人の候補の中から天皇が任命することになり、立憲自由党の中島信行を最初の衆議院議長に任じた。一方貴族院議長には、華族令制定の際に勲功により華族の伯爵に列していた伊藤博文を任じた。こちらの人事をめぐっては、山縣首相がもともと伊藤に内相就任を打診していたところ、伊藤は枢密院議長を辞して間もないとしてこれを固辞したので、やむなく代わりに貴族院議長就任を打診し、伊藤は最初の議会のみという条件で、これを引き受けることを約した経緯があった。

天皇はまもなく招集される議会に深い関心を寄せ、貴族院議長となる伊藤博文を召して議会開設後の諸問題について下問している。たとえば、天皇が「内閣が提出した議案で行政上緊急を要する物であるにもかかわらず、議会が協賛しなかった場合はどうするか」と質すと、伊藤は議会の協賛なしには何事も進まないので、そのような場合には内閣は議会の協賛を得るために最大限の努力をしなければならない旨を奉答している。また「貴族院と衆議院が互いに見解を異にし、また内閣と議会の所見が食い違った場合はどうするか」と質すと、伊藤はそのような場合は枢密院が重要な役割を果たさねばならない旨を奉答している。

11月29日の帝国議会開院式の日を迎え、天皇は午前10時30分に皇居を出、有栖川宮熾仁親王、内大臣三条実美、内閣総理大臣山縣有朋、枢密院議長大木喬任らを引き連れて、国会議事堂へ向かい、議員門前では貴族院議長の伊藤博文と衆議院議長の中島信行らが出迎えに立った。両院議員はすでに式場に整列しており、各国公使も着席していた。式部長官鍋島直大の先導で議場に入った天皇は玉座に就き、列席者から最敬礼を受けた後に勅語を述べ、内治諸般の制度が大方達成されたことへの満足、その発展により我が臣民たちの忠良と勇進なる気性が内外に知れ渡ることを希望することや、諸外国との交際も益々親厚を加えている成果への喜びを表明した。

しかし衆議院の議席は、民党と呼ばれた反政府派が大半を占めたことから、議会開設後早々に政府は議会対策に苦心することになった。民党は、政府の富国強兵、殖産興業政策に対して、政費削減・民力休養を主張したので、第一回議会で早くも民党から緊縮財政と地租軽減が要求された。民党が主張する予算削減案は、軍事費や公共事業費は対象にしておらず、公務員の給料や官庁の運営費の削減が主であり、それだけで800万円規模の予算を削減し、以て地租軽減を行おうという無理のある提案であり、現実性よりも政府圧迫を狙った民党による政治的攻勢であったといえる。

明治23年12月20日に終わった日本最初の衆議院予算委員会は、8332万4254円の歳出予算に対し、888万635円を削減すべきことを決議し、本会議が査定案を可決し、明治24年2月16日に歳出経常部の議事を終えた。その間に憲法67条に基づく歳出削減の議が、政府と議会の間で行われたが、合意には達しなかった。明治24年1月1日の国民新聞の報道によれば、天皇も予算案をめぐる政府と議会の対立に宸襟を悩まされたといい、大臣らを召して「予算案の事は朕が思を悩ます所なり。かかる事につきては、多くは事情の通ぜざるより生ずる行違あるべければ、十分行違のなき様に説明すべし」と命じたという。

衆院がどうしても譲歩しないつもりなら衆院解散しかないと考えていた山縣首相も、この天皇の大御心を知って考え直した。また、アジアにおける史上初の議会ということで世界の注目を集めていた日本の第1回議会を何とか平穏に終わらせて日本人の面目を立てたい思いもあり、同じ思いは民党側の領袖板垣退助にもあった。山縣首相は後藤象二郎逓信相や陸奥宗光農相を板垣のもとに送って説得にあたり、ついに妥協案を案ずることになり、その結果、2月20日、天野若円衆議院議員が提出した緊急動議が成立し、政府と議会の妥協点が見いだされ、650万円の削減をもって予算案は成立した。第1回議会が平穏に終わることができたのは聖旨を呈して、忍び難きを忍んで民党に多大な譲歩を行った山縣の功績といわれ、3月4日には井上毅も山縣に称賛と労いの書簡を送っている。

日本は、憲法制定や議会開設で近代立憲国家の形こそ整えたが、国民的統一に必要な道徳基準はいまだもっていなかった。それは江戸時代の武士階級の儒教道徳だけで済むものではなく、福沢諭吉の『帝室論』、憲法制定時の伊藤博文の演説、西村茂樹の『日本道徳論』などが指摘するように、国民の心を皇室に帰向させるものである必要があった。

明治23年2月の地方長官会議では、道徳教育論が議論され、現行の教育は知育に偏りすぎ、徳育が欠けていることを憂慮する建議が文部大臣榎本武揚に提出された。これを機に、かねてより行幸先の各学校視察などで教育に一家言あった天皇は、臨御した山縣内閣の閣議において榎本文相に対して教育の基礎となるべき要領の勅諭の起草を命じた。天皇はこれを「箴言」と呼んで重視した。榎本文相は畏んで大命に従事することを誓い、山縣首相も、宸襟を重く受け止め、この問題を内閣の最重要課題に位置付けた。

特にこの件を熱心に督励したのが、天皇の儒学の師である漢学者元田永孚だった。彼はすでに明治17年に当時宮内卿であった伊藤博文に対し、『国教を確立し、教育を拡張するの議』を論じている。元田のいう国教とは宗教的なものではなく、教育原則のことであり、その要旨は皇祖皇宗（歴代天皇）の遺訓を明微にして教育目標とし、天皇・皇族・大臣がそれを率先遵奉して、出自、生活する土地、信仰する宗教などバラバラである日本国民に共通の道徳を与えることで、国民をひとつに結び付けるべきというものである。伊藤はこの議に耳を傾けなかったが、元田は日々天皇の左右に侍して、天皇の諸事の下問に奉答するという立場にあったから、天皇もこの件に熱心であった。

にもかかわらず、榎本文相は小学校令などの審議に手間取って、天皇から「箴言」の起草に取り組むことを命じられた後、2カ月もこの件を放置していた。元田はこの状況を憂慮し、「箴言」起草の進捗状況について榎本を質したが、5月初旬に榎本は「種々制度上ノ商議」が多いことを理由にすげない返事をよこしたため、しびれを切らした元田は天皇への上奏に及んだ。徳育を重んじる天皇も元田のその進言によく耳を傾けた。前述のとおり、この後の5月の山縣内閣の内閣改造で文相は榎本から芳川顕正に交代しているが、天皇が元田からの進言を受け、山縣首相を呼びだした可能性はある。

天皇は文相任命には概して慎重であり、芳川の任用も前述のように人望なきを理由に一度難色を示したが、山縣首相の説得を受け入れて芳川を文相に任じ、改めて「箴言」起草に取り組むよう命じた。その後も元田は、天皇の意向を体して、たびたび山縣首相に詰め寄って「箴言」起草を急ぐよう促した。

芳川文相のもと「箴言」（教育勅語）の草案起草が進んだ。当初文部省は草案作りを東京大学教授を経て元老院議官となっていた中村正直に嘱託した。中村は明六社で活躍した啓蒙思想家のクリスチャンであり、『西国立志編』や『自由之理』などを著して青年層に影響力があり、漢学にも洋学にも通じた識者だったためである。中村が作成した文部省案は、忠孝をもって人倫の基本と為し、皇室に対する忠愛の心をもって、その職分とし、良心に愧じざることを務めるべしとしたうえで、忠孝の根源は敬天・敬神の心にありとする。忠孝のため不利益を被ることあれども、その美名は万古に伝わるものであり、この忠孝が社会に向けばそれは仁愛となり、信愛となる。すなわち万善の源なり、と説いた。一方で「善ニ服シ、淫ニ禍スルハ天道ノ常ナリ、サレバ勧善懲悪ノ教規ニ服シ、身ノ為、禍ヲ避ケ、福ヲ求ムルハ人々忘レルベカラザル務メナリ」というように、いくらか宗教的・功利的な部分があった。

この草案を読んだ法務官僚井上毅は、こんな宗教家の説教のようなことを論じても国民は聖勅と信じないだろうとして同案に反対した。教育勅語には難解な哲学的要素や、宗教的・政治的な意味づけは必要ない、宗教論争を招くような性格のものであってはならないというのが井上の考えだった。井上毅は開明派官僚として西洋学に通じ、伊藤博文のもとで憲法草案の起草にあたった人物であるが、熊本藩士時代には木下犀潭の門人として漢学にも通じていた。そのため山縣首相はもともと彼に草案作りを依頼していたが、彼は伊藤と同様勅語によって教育道徳を立てることに反対していたので、一度は辞退したものの、結局彼が元田の意見を加味しながら、次稿の起草にあたることになり、7月23日には山縣首相に草案を提出。その井上案の出来に満足した山縣首相や芳川文相は、文部省案を破棄して同案を天皇に奏上することとした。

こうした経緯を天皇は承知し、また元田に内命を下す形で自らも方向付けを行っていたとみられる。事実上井上から提出された次稿を天皇はよく熟読した。天皇は元田を召し、同案について前後の首尾は差し支えないが、忠孝仁義等の徳目の項目に不備があるとして再度熟考せよとして一度差し戻している。恐縮した元田は叡慮を体して、井上案の修正にあたり、8月26日に井上に送付。井上は天皇に指摘された部分に再検討を加えて、修正稿を完成させ、これが内閣の最終稿となった。10月24日に上奏されたこの最終稿を天皇は裁可し、ここに教育勅語が完成した。

その全文は「朕惟フニ我カ皇祖皇宗國ヲ肇ムルコト宏遠ニ 徳ヲ樹ツルコト深厚ナリ我カ臣民克ク忠ニ 克ク孝ニ億兆心ヲ一ニシテ世世厥ノ美ヲ濟セルハ 此レ我カ國體ノ精華ニシテ教育ノ淵源亦實ニ此ニ存ス 爾臣民父母ニ孝ニ兄弟ニ友ニ夫婦相和シ朋友相信シ 恭倹己レヲ持シ博愛衆ニ及ホシ學ヲ修メ業ヲ習ヒ 以テ智能ヲ啓發シ徳器ヲ成就シ進テ公益ヲ廣メ 世務ヲ開キ常ニ國憲ヲ重シ國法ニ遵ヒ 一旦緩急アレハ義勇公ニ奉シ以テ天壌無窮ノ皇運ヲ扶翼スヘシ 是ノ如キハ獨リ朕カ忠良ノ臣民タルノミナラス 又以テ爾祖先ノ遺風ヲ顕彰スルニ足ラン 斯ノ道ハ實ニ我カ皇祖皇宗ノ遺訓ニシテ子孫臣民ノ 倶ニ遵守スヘキ所之ヲ古今ニ通シテ謬ラス 之ヲ中外ニ施シテ悖ラス朕爾臣民ト倶ニ拳拳服膺シテ 咸其徳ヲ一ニセンコトヲ庶幾フ」という315字から成る短いものである。

「朕惟フニ」は「私が思うに」、「我カ」は「我が」、「皇祖」は初代天皇、「皇宗」は2代目以降の歴代天皇を指す。「國ヲ肇ムル」とは日本の建国のことを指すが、国の創設時だけでなく、日本の歴史とともに連続して行われている「国づくり」の活動全体を指す。「宏遠ニ」は広大で久遠という意味で、日本の建国が太古に遡り、規模が宏大であることを示したものである。

「徳ヲ樹ツルコト深厚ナリ」とは、皇祖皇宗が国民道徳を深く厚く樹立されたことを主張したものである。「我カ臣民」とは、皇祖皇宗以来天皇に仕えてきた歴代の国民のことを「我等が臣民」と親しく述べた表現であり、「克ク忠ニ克ク孝ニ」は、代々の国民が忠と孝を大事にしてきたことを指し、「億兆心ヲ一ニシテ」は、多くの人々が心を同じくしてという意味、「世々厥ノ美ヲ済セルハ」は、代々その忠孝の美しい風習を成就させて来たのは、という意味である。「國體（国体）」は日本の古典の伝承にもとづく建国の原理ないし、国家の体制を指し、「精華」とは最も純美なところという意味である。「教育ノ淵源」とは、「教育の根本」という意味だが、ここでいう教育には学校教育だけなく家庭教育なども含み、国民教育全般を指す。まとめると「此レ我カ国体ノ精華ニシテ教育ノ淵源亦実ニ此ニ存ス」は「由緒ある日本の国の特色の中でも、これ（忠孝を大切にしてきた国民性）こそが、最も純美な所である。国民教育の根本とすべきは、実にここにある」という意味である。

第2段から具体的な道徳が列挙される。「父母ニ孝ニ」は、父母に孝行を尽くすこと、「兄弟ニ友ニ」は兄弟姉妹に友愛であること、「夫婦相和シ」は、夫婦は互いに愛情を以て仲よくすること、「朋友相信シ」は、友達とは互いに正直で偽りがないよう交わること、「恭倹己レヲ持シ」は、謙虚な心で自制心を持つことを指す。続く「博愛衆ニ及ホシ」の「博愛」は、思いやりの心から人のためになるようすること、「衆」は「人々」、「及ホシ」は、「行き届かす」の意味で「施す」とは異なる。つまり「思いやりの心を人々に行き届かせる」という意味である。「学ヲ修メ行ヲ習ヒ」については、修学と習業のことだが、これらは別の二つの事ではないと考えられており、続く「以テ智能ヲ啓発シ」は、学業の修習によって智識や才能を発展させることを指す。「徳器ヲ成就シ」の「徳器」とは道徳的人格や品性のことを指し、「進テ公益ヲ広メ世務ヲ開キ」の「進テ」は、前述の学を修め業を習う立場から、更に世の中に進み出てという意味で、「公益」は社会や国家など共同体のためになること、「広メ」は発展させてその及ぶところを大きくすること、「世務」は社会や国家のためになる仕事のこと、「開キ」は創造し発展させることをそれぞれ意味する。「常ニ国憲ヲ重シ国法ニ遵ヒ」は憲法や法律を重んじて守ることを指す。「一旦緩急アレハ義勇公ニ奉シ」は、もしも急な事変が起これば、義勇 （正しい勇気） を持って公共のために奉仕することを指す。「以テ天壌無窮ノ皇運ヲ扶翼スヘシ」の「以テ」はこれまで列挙してきた道徳を指し、「天壌無窮」は天地のごとく極まりのない永遠のこと、「皇運」は日本の国の隆運、「扶翼」は助けることを指し、「これらの道徳で永遠の国の隆運を助けるべし」という意味である。続く「是ノ如キハ、独リ朕カ忠良ノ臣民タルノミナラス又以テ爾祖先ノ遺風ヲ顕彰スルニ足ラン」は、以上のような道徳を持つことは、ただ忠良の臣民であるというのみならず、これによって、汝らの祖先たちが代々伝承してきた美風を十分に顕彰することにもなる」という意味である。

第3段初めの「斯ノ道ハ實ニ我カ皇祖皇宗ノ遺訓ニシテ子孫臣民ノ 倶ニ遵守スヘキ所」は、第2段で列挙したような道徳は、実に皇祖皇宗の遺訓であるので、その子孫である天皇や皇族も国民も共に遵守すべきものという意味である。続く「之ヲ古今ニ通シテ謬ラス之ヲ中外ニ施シテ悖ラス」の「古今ニ通シテ」とは「昔も今も、いつでも」という意味であり、 「謬ラス」とは間違いがないことを指す。「中外ニ施シテ」は我が国で実行しても、外国で実行してもという意味であり、「悖ラス」は背くことがないことを指す。つまり「これらの道徳は、昔も今も間違いのない道であり、日本で実行しても、外国で実行しても、道理に背くことはない道である」と説いている。結びの「朕爾臣民ト倶ニ拳拳服膺シテ咸其徳ヲ一ニセンコトヲ庶幾フ」の「拳々服膺」とは謹んで奉戴実行することを指し、「咸」は「皆」と同義であり、「其徳」はこれまで上げてきた道徳、「庶幾」 は望むことを指す。つまり「朕は汝ら臣民と等しく、謹んでこれらの道徳を身につけるので、皆でこの道徳心を一つにすることを願う」という結びである。

以上全文の要旨をまとめると、日本の道徳の基礎は長い歴史の中にあることを説き起こし、父子、兄弟、夫婦、友人間の人倫、謙遜、博愛、修学、遵奉、義勇奉公などをその具体的な道徳として例示し、天皇自ら国民と共にそれを実践しようという祈願で結んだものである。

明治24年（1891年）元旦に天皇は例年の新年の儀式を執り行ったが、この直後に当時日本全国で流行していた流行性感冒を患った。まず宮中の女官たちが患い、それが皇后、ついで天皇にうつったと見られ、天皇は40日ほど病床に臥せり、公務に復帰したのは2月16日だった。しかしこの間も天皇の差配を必要とする重要問題については常に報告を受けていた。

この流行性感冒は、天皇の大事な側近たちの命も奪った。1月22日には天皇の儒学の師である漢学者元田永孚が発症後一週間ほどで他界した。天皇は元田の発症を聞いた際に侍医のエルヴィン・フォン・ベルツ博士を元田のもとに派遣して診察にあたらせ、再三にわたり元田の病状を尋ねている。21日に元田が危篤状態となったとの報告を受けた天皇は、侍講、修学顧問として二十余年にもわたって天皇に仕えてきた元田に感謝し、彼を華族の男爵位に列するとともに、従二位の官位を与えることにし、井上毅を勅使として元田邸に派遣して元田に勅語を伝えた。「永孚感泣し、合掌稽顙（頭を長く地につけて礼をすること）して天恩の厚きを謝したてまつる」と『明治天皇紀』にある。この翌日に元田は薨去した。元田の薨去は天皇にとって痛切なものだった。元田が天皇に残したものは、教育の重要性と、天子たるものは天賦の職務を忠実に果たすべきであるという儒学の教えである。天皇の職務に対する忠実さ、虚飾や華美を嫌う質実剛健さ、国民と苦楽を共にする君徳は元田の教えに多くを負っている。

流行性感冒は2月中も収まらず、ついで元太政大臣で現内大臣である三条実美が罹患し、2月17日には肺水腫を併発させて重篤に陥った。同日未明に三条が危篤状態になったとの報告を受けた天皇は、岩倉の薨去の時と同様に三条と直接会って永別することを希望し、行列が整うのを待たず、侍従長ら側近3人と当直近衛士官2人、伝令騎兵3人だけを護衛につけて三条邸に向かった。三条の病床に案内された天皇は、三条に病状を尋ねたが、三条は自身の病状については答えず、積年の天皇の大恩に感銘措くあたわず、今また親しく天皇の訪問を受け、感謝の言葉を知らず、病床のまま天皇をお迎えする非礼をお許しくださるよう奉答した。天皇はその場で自ら正一位の官位を三条に与えてその偉勲を讃え（正一位の生前授与は源方子が久安2年（1146年）に叙されて以来745年ぶり、男性では藤原永手が宝亀元年（770年）が叙されて以来1121年ぶりのことだった）、宮内大臣の土方久元にその位記を示させた。三条は病床に伏したままこれを拝受した。三条の体を無理に動かして病状が悪化することを恐れた天皇がそれを許したようである。翌18日に三条が薨去すると、天皇は三条を国葬に付すよう命じた。三条の国葬では埋葬される護国寺まで多くの群衆が列をなし、人々は泣きながら三条の葬列を見送ったという。

通常は新年早々に催される新年歌会始は天皇皇后の病のため、2月28日に延期された。この年のお題は「社頭祈世」であり、天皇は「とこしへに 民やすかれと いのるなる わが世をまもれ 伊勢のおほかみ」という御製を詠んだ。流行性感冒で身近な人物を2人も失って始まった年に不吉を感じた天皇の危惧の御製だったのではないかとドナルド・キーンは推測している。

天皇が流行性感冒で臥せっていた明治24年1月9日、ロシア皇帝アレクサンドル3世の第一皇子であるニコライ皇太子（後のロシア皇帝ニコライ2世）が日本訪問を計画しているとの知らせが届いた。ニコライ皇太子は、この前年11月にサンクトペテルブルクを出発し、オーストリア＝ハンガリー帝国の主要港であるトリエステから装甲巡洋艦パーミャチ・アゾーヴァに乗船して極東旅行に出ていた。ゲオルギー・アレクサンドロヴィチ大公と、ギリシャのゲオルギオス王子が同行していたが、ゲオルギーは病のため途中で帰国している。アレクサンドル3世が未来の皇帝たる息子ニコライに極東旅行させたのはロシアの東アジアに対する関心の高まりが背景にあった。

ロシアは欧州列強の中でも君主権力が最も巨大な国で、日本とは緊張関係になることも多い国であり、その未来の皇帝となるニコライは、いうまでもなく日本にとって最も重要な国賓であり、至れり尽くせりの接待を行う必要があった。日本政府はニコライ一行の接待のため、周到な準備を行った。霞が関にある有栖川宮熾仁親王の洋館がニコライ一行の東京訪問時の滞在先に決められ、天皇はそのための邸宅修繕費として有栖川宮家に2万円を下賜している。ニコライの滞在先の各休憩所で出される菓子の吟味に至るまで細心の注意が払われた。警備体制も万全を期すべく、ニコライ皇太子の訪問予定先には他県からも応援の警察官が派遣されることになった。

ニコライ一行は、エジプト、ボンベイ、セイロン、シンガポール、ジャワ、サイゴン、バンコク、香港、広東、上海を訪問したあと、4月27日に軍艦7隻を率いて長崎に入港した。有栖川宮熾仁親王の弟威仁親王が歓迎団を率い、ニコライ滞在中の接待役を務めた。

ニコライは復活祭で5月3日まで祈りを捧げていたため、実際に長崎観光を開始したのは5月4日からだった。ニコライは人力車で長崎の町を観光し、右腕に龍の刺青を入れた。その後、鹿児島を訪問し、島津忠義公爵の屋敷で接待を受けた。ついで下関海峡から瀬戸内海を通過して、5月9日に神戸に寄港。神戸観光後、鉄道で京都へ移動して京都観光を行った。5月11日朝に京都から大津に向かい、三井寺を観光した後、三保ヶ崎から汽船で琵琶湖を渡って唐崎に行き、唐崎神社を観光した後に大津へ戻った。

同日午後1時50分、滋賀県庁で午餐を済ませたニコライが県庁を退出して人力車に乗って県庁から7、8町ほど塗装道路を進んだ時のことだった。沿道の警備をしていた滋賀県警警察官の津田三蔵巡査が道路に飛び出し、人力車に乗るニコライにサーベルで斬りかかって右耳上部を負傷させる事件が発生した（大津事件）。ニコライはすぐに人力車から飛び降りて走って逃げて難を逃れ、その間に津田は取り押さえられた。

東京の天皇が事件を知ったのは、事件から十分後に送られた威仁親王からの電報によってであった。電報はロシア皇太子が重傷を負ったことを告げるとともに、直ちに陸軍軍医総監橋本綱常を派遣するよう要請していた。さらにこの1時間後に威仁親王が再度電報を送って天皇の京都行幸を求めた。天皇は北白川宮能久親王を京都に急派するとともに、橋本軍医総監、侍医局長など数名の医師たちにも同地に急行することを命じ、自身も翌早朝に京都へ向かうことを威仁親王に伝えた。またニコライ本人に宛てて電報を打ち、「朕ガ親友ナル皇太子」への襲撃に憤懣憂慮の念を表明し、速やかな回復を祈る気持ちを伝えた。ニコライは天皇の心配りに感謝する返信を送り、天皇を痛嘆させたのは遺憾、自分は思いのほか元気である旨述べている。さらに天皇はロシア皇帝アレクサンドル3世に事件を知らせる親電を送り、美子皇后もロシア皇后マリア・フョードロヴナに対して親電を送った。

翌12日午前6時30分、天皇は新橋駅から京都へ発車し、同日夜に京都に到着すると、ただちにニコライが滞在している常盤ホテルに赴き、ニコライのお見舞いを希望したが、ロシア公使ドミトリー・シェーヴィチに「深夜の訪問はかえって患者によくない」として断られたため、その日のお見舞いは断念し、翌13日朝に天皇は常盤ホテルのニコライをお見舞いした。天皇は、事件について深い遺憾の意と、心配しているに違いないニコライの両親への同情を表明し、犯人は早急に処罰されることを告げ、回復後には東京訪問と日本各地の名所の観光を続けることを希望した。ニコライは自分は一狂人のために負傷したが、陛下をはじめ日本国民が自分に示してくれた厚誼に感謝の意を有することは、負傷前と何ら変わらないと述べた。東京訪問については本国の指示を待たねばならないとして確約はしなかった。

13日午後にニコライは本国の母后の命令で京都から神戸に移ってパーミャチ・アゾーヴァ艦上で養生することになった。これはニコライが緊急に帰国することが決まったことを意味した。天皇は伊藤博文をロシア公使シェーヴィチのもとに派遣し、日本に留まることを慫慂したが、シェーヴィチはロシア国内では皇太子の安全に対する大きな危惧があり、特に母后が深く憂慮していることを緊急帰国の理由に挙げた。また天皇陛下におかれてはニコライ皇太子を我が子と思われ、皇太子の身の安全の確保のため、神戸まで付き添っていただけないだろうかと求めた。伊藤はその要請を天皇に奏上することを約束するとともに、もとより天皇陛下は慈仁の心でそれを聴許されるだろうと請け負った。

天皇はニコライ帰国を残念がったが、ロシアの要請通り、神戸までニコライに付き添うことにした。天皇は、常盤ホテルまで馬車でニコライを迎えに行き、同乗したニコライとともに駅まで向かい、お召列車で三宮駅まで移動し、神戸埠頭港までニコライを見送り、握手でニコライと別れた。

5月16日にニコライは天皇に電報を送り、父帝の命令により19日に日本を辞去せざるをえなくなったことを告げた。天皇は神戸御用邸での19日の午餐にニコライを招待したが、ニコライは医官の勧めによりこれを拝辞し、代わりにパーミャチ・アゾーヴァ艦の午餐に天皇を招待した。天皇は直ちに承知した。大臣たちはそれに驚き、壬申軍乱のときに清国が朝鮮の大院君を軍艦で拉致したことを天皇に思い起こさせ、外国軍艦に搭乗することの危険性を諫奏したが、天皇は「朕応（まさ）に行くべし、露国は先進文明国なり、豈（あに）敢（あ）へて汝等の憂慮するが如き蛮行を為さん」と述べてロシア艦での午餐出席の意思を変えなかった。

19日に天皇は、有栖川宮熾仁親王、北白川宮能久親王とともにロシア軍艦に行幸してニコライの午餐に出席した。天皇とニコライは食事中に煙草を吸うロシアの伝統に倣い、互いの煙草を勧めあった。ロシア公使は天皇があれほど声高に談笑するのを聞いたのは初めてだったと証言している。天皇は席上改めてニコライに謝罪し、それに対してニコライは「狂人はどこの国にもいる。いずれにしても傷は浅い、陛下が憂慮されるにはあたらない」と述べた。天皇は午後2時に退艦し、午後4時40分にロシア艦は出港してウラジオストクへ向かった。

5月20日には京都府庁前で畠山勇子という27歳の女性がニコライへの謝罪のために喉をついて自殺する事件が起きた。遺体から見つかった複数の遺書のうちの一つには「何の価値もない若い命が罪の償いに捧げられたことを知って、天子様が悲しむのをやめてくださることをお祈りする」手紙だったという。のちにここに勇子を偲んだ碑が建てられた。

事件後、大津警察署へ連行されていた津田三蔵は、警察の尋問では動機について「警衛に立ち合い逆上した」「目が眩み覚えていない」など曖昧な供述を繰り返していたが、大津地方裁判所から派遣されてきた検事からの尋問では「露国皇太子は大逆無礼」「天皇陛下に挨拶もなく各地を巡歴した」「露国皇太子が我が国を横領する野心を有し、近江等の地理を観察している」「皇太子を生かして返せば、他日必ず我が国を横領に来る」「我が国のためやむを得ず、露国皇太子の生命を戴かざるを得ざる次第なり」と供述している。

この供述通りの動機とすれば、当時日本で広まっていた「恐露思想」が背景にあった可能性がある。当時、ロシアは対朝鮮侵略を視野に入れており、いずれその脅威は日本に及ぶとみられていた。今回のニコライの来日も軍艦7隻を率いてやってきており、示威行動ととれなくもない。そのため、この訪日は将来を見越した軍事偵察が目的という噂がもっぱらだった。さらに西南戦争で死んだ西郷隆盛が実はロシアに亡命して生存しており、ニコライ皇太子の来日に随行して日本に帰国し、再び元勲に返り咲くことになっているという風説があり、その風説は当時大手新聞の紙上もにぎわせていたといい、これを知った津田がひどく落胆して事に及んだという説もあった。津田は西南戦争に従軍して戦功をあげて勲章を授与されていたが、その勲章を剥奪されると思いこんでいた節があるという。

大津地方裁判所の請求で精神鑑定にもかけられたが、異常は判明しなかった。

10月に天皇はロシアに帰国していたニコライに鎧一具、太刀一振、短刀一口、弓一対、天皇の写真一葉を書簡を添えて贈った。恐らく大津事件への重ねての謝罪の意味があった。

大津事件の事件処理をめぐって日本政府とロシア政府は外交交渉に入っており、ロシア政府は、天皇の勅令によって新規の法律を定めて津田を裁くことを求めたが、日本政府は既存の刑法116条「天皇、三后（太皇太后、皇太后、皇后）、皇太子に対し、危害を加え、または加えようとしたものは死刑に処す」の「皇太子」に外国皇太子も含まれるという解釈によって裁きたい意向を持っていた。

これは日露関係悪化を避けるため津田を死刑にする必要があるという政治判断から、刑法116条の拡大解釈を図ろうというものだった。5月12日に松方正義首相と陸奥宗光農商務相は、大審院院長だった児島惟謙を首相官邸に招き、ロシアとの外交交渉の報告や、ロシアの感情を害する危険性について説いたうえで、津田を刑法116条により死刑に処す必要があると論じた。しかし児島は「（司法の）任は大審院にあり、内閣如何に議決するも、法律の精神に反する解釈には断じて応ずることを得ず」と述べて司法権の独立を主張するとともに、裁判官の職務は独立して行われるべきであるので、下級審の判断には大審院院長といえども干渉できないことを主張した。また刑法116条の「皇太子」とは日本の皇太子に限定されるもので、外国皇太子に適用される根拠は何もないと反論した。

それに対して、松方首相は「国家あっての法律である。法律の重要性を強調するあまり、国家の存亡を忘れるなど狂気の沙汰である。」と反駁。同席していた陸奥農商務相も児島の説得にあたり、「刑法116条は単に『天皇』とだけ書いており、『日本の天皇』とは書いていない。したがって国を問わず、いかなる君主にもこの条文が適用されてしかるべきである」と指摘。だが児島は「元老院は明治13年刑法草案にあった『日本国天皇』の『日本国』を削除した。あえて『日本国』と特定しなかった理由は、天皇という称号が古来日本の君主にしか用いられない尊称だからである」と反駁し、立場を譲らなかった。

加えて児島は、ロシア刑法やドイツ刑法などの事例をあげて、外国君主謀殺未遂が自国君主謀殺未遂より軽い罪状なのは国際的にも異質なことではないことを指摘。また津田が死刑にならねばロシアは復讐の手段に出るという警告については「ロシアは決して蛮野の国ではない。卑屈無謀の策を取ることなどあり得るはずもない。諸外国は常に日本の法律の不完全と裁判官の不適正について不平を鳴らしている。今を置いて日本人の法に対する尊厳を示すときはない」と答えている。もしここで、時と場合によっては法律を曲解してよいという前例を作れば、明らかに憲法は破壊されると主張した。

翌13日に児島は大審院に判事たちを集め、刑法116条の解釈を質したが、全員一致で116条の「天皇」とは日本の天皇のみを指し、外国君主は含まれない見解を示した。同日、大津地方裁判所長からも、津田の行為は一般人（天皇、三后、皇太子以外の者）に対する謀殺未遂に該当し、刑法292条および112条が適用されるべきことが報告された。しかし、その条文で裁く場合には最高刑でも無期懲役であり、死刑にできないため、内閣は116条適用にこだわり、大審院の判事一人一人への働きかけを強めた。

5月20日に児島院長をはじめとする大審院判事たちは京都御所を参内して天皇に拝謁し、天皇より次の勅語を賜った。「今般露国皇太子ニ関スル事件ハ国家ノ大事ナリ、注意シテ速ヤカニ処分スベシ」。この謎めいた勅語の解釈は人によって著しく異なった。ある者は「注意シテ」というのをロシアを挑発するなという意味に理解し、ある者は憲法をみだりに変更してはいけないという意味に理解した。児島は、法律を曲げてまで116条に外国皇族を含めようとする内閣の横暴にあくまで反対せよという天皇の命令と理解した。

検事総長三好退蔵は大津地裁に打電して、本件を大審院の特別権限に属する事件とし、児島に予審判事を命じるよう請求した。山田顕義法相は裁判所構成法51条に基づき大津裁判所に大審院法廷を開き、津田の裁判を行うことを告知した。

裁判を前にして松方首相は再び児島を首相官邸に招き、外交関係や物事の重量を説いて、116条適用を改めて要請したが、児島は頑として受け入れず、その後、松方首相と山田法相に宛てて送った書簡の中で、津田の断罪を116条適用で行うは「国家百年ノ大計ヲ誤ルモノ」と批判した。帝国大学法科大学教授らからも116条適用は非なりとの見解が示された。ついには政府内からも法務官僚井上毅などが116条適用に反対する声明を出すようになり、司法権の独立を擁護しようという運動は朝野問わず広まっていった。

津田の裁判が始まる前日の5月24日、児島は山田法相に116条適用の可能性はないことを通知した。山田法相は驚き、西郷従道内相は激怒した。西郷内相は、児島にその決定に至った詳細説明を求めたが、児島は「裁判官はひとえに天皇陛下の命令を尊重しただけである。116条適用は刑法の成文を破り、憲法を侵犯するものであり、日本の歴史に千年にわたって消すことのできない汚点を残すことになる」と答えている。

政府の判事たちへの働きかけもむなしく、5月25日から始まった津田の裁判では、津田に刑法116条は適用されなかった。刑法292条および112条に基づき、一般人に対する謀殺未遂で有罪となり、その最高刑である無期懲役が言い渡されている。事件がもたらした最も重要な成果は日本の司法が強化されたことであった。

明治24年11月に開かれた第二回議会は、予算削減をめぐって政府と衆院を支配する民党の対立が激化し、松方内閣は早々に解散総選挙を考えるようになり、12月25日にも衆院解散となり選挙戦へ突入した。

この頃、天皇は松方内閣とやや距離をおいていた伊藤博文に繰り返し善後策を下問した。明治25年（1892年）1月に伊藤は政府側も政党を結成してはどうかという考えを天皇に奏上したが、天皇は、これまで伊藤は松方や大臣たちに批判的なことを言っていたのに、その内閣を伊藤の政党が助けられるのかと疑問に思い、松方総理に知らせることで伊藤の政党結成の動きに歯止めをかけた。当時の政府は反政党の機運が強かったので、伊藤の提案は、閣内からは農商務相の陸奥宗光以外から積極的な支持を得られず断念せざるをえなかった。

明治25年2月15日に第2回衆議院議員総選挙が行われたが、それに先立って天皇は、政府と衆院の対立が次の議会でも繰り返されることを憂慮し、松方首相に次のことを告げた。選挙に際して、もし同一議員の多くが再選されるならば、何度も解散の憂き目を見ることになるだろう。地方長官に訓戒して心して地区の良民が議員となるよう務めさせるべきである。

この勅語を最も肝に銘じたのは品川弥二郎内相だった。品川内相は地方長官に厳正中立、不偏不党の名士が選出されるよう訓戒し、警察には収賄行為を厳重に取り締まるよう指示した（品川は民党の候補に収賄が多いと考えていた）。そのため、第二回衆議院選は第一回と打って変わって騒動が多発した。1月下旬ころから全国各地で民党（反政府派）と吏党（政府支持派）の衝突が起き、死傷者が多数出る事態となった。新聞は連日のようにその衝突の模様を報じた。高地2区では暴漢に投票箱が盗まれた事件が起きて再選挙となり、佐賀3区では当日の投票が不可能になったりした。これらの激しい衝突をめぐって、民党は品川内相の「選挙干渉」を批判し、品川は「不忠の徒」による「選挙違反」を批判した。しかし結局、選挙の結果は民党163議席、吏党137議席となり、反政府派が多数を占める情勢に変化はなかった。

選挙後まもなく、違法行為が最も多く報告された石川県、福岡県、佐賀県、高知県に天皇より侍従が派遣された。天皇は選挙をめぐって各地で暴力事件が多発したことを知って深く憂慮されたようだった。

民党による選挙干渉批判は選挙後も収まらず、政府内においても枢密院議長の伊藤博文、閣内では陸奥宗光と後藤象二郎が品川内相を非難するようになった。特に伊藤は枢密院議長職の辞職を表明したが、天皇は伊藤のもとに侍従長徳大寺実則を派遣して「朕卿ガ陳情極メテ切ナルヲ知ル、但ダ（ただ）朕ハ常ニ相咫尺（あいしせき、距離が近いこと）シテ卿ガ啓沃（けいよく、心に思うことを隠さず主君に申し上げること）ニ依ランコトヲ望ム。卿其ノ餐ヲ加ヘテ静養シ以テ朕ガ懐ヲ慰メヨ、枢詢ノ職ヲ解クハ朕ガ允サザル（ゆるさざる）所ナリ」との勅語を伝え、伊藤はこれに感泣して直ちに参内して辞意を撤回した。

一方品川内相は、忠誠のためにと思ってやったことに対する閣僚たちの冷たい反応を不満に思い辞意を固めた。松方首相は山縣に品川の慰留を依頼したが、品川は留任を断り、3月11日に病気と称して辞表を提出、どちらにしても品川が留任するのは無理だろうと考えていた天皇は即日辞表を受理した。品川の後任については副島種臣が有力視されたが、天皇は高齢の副島では激務に耐えないと考えて難色を示し、前改進党員で枢密顧問官河野敏鎌を後任にしたがったが、松方首相は副島の名望は河野を上回っており、河野は地方官に信用が薄いとして、あくまで副島を後任に推挙した。天皇は不本意ながらも、それを聴許し、副島を内相に任じた。

5月6日に第3回議会が召集されたが、衆議院は政府の選挙干渉への批判一色であり、5月15日には自由・改進両党の領袖の主導で「本年2月、衆議院議員選挙において、官吏が職権を乱用して選挙権を侵犯した。」「内閣大臣は反省して責任を負い、自ら処決すべきで、さもなくば立憲政治の大綱は失墜するであろう」とする非難決議を可決させた。貴族院もこれに先立つ5月11日に、政府はこの問題を省慮して適切な処置を取るよう求める決議を可決させている。

天皇の予想通り、高齢の副島では議会の批判や内相の激務に耐えかね、6月に辞職。河野敏鎌が後任の内相となったが、やはり議会との軋轢を収められぬまま、ついに7月末には松方内閣自体が倒閣した。

このような状況下で総理が務まる者は伊藤博文以外には存在しなかったが、伊藤はこれまでも繰り返し総理再任を断り続けてきた。この時も伊藤は、松方内閣総辞職とともに病気を理由に小田原へ帰っていった。天皇は宮内大臣土方久元を伊藤のもとに派遣し、東京へ戻るよう要求。伊藤も総理再任の期が熟したと判断していたようだったが、いくつか条件を示している。その一つは「臣不肖と雖も（いえども）重任を拝するあらば、万事御委任あらせられたし、大事件は固より（もとより）悉く（ことごとく）叡慮を候するに怠らざるも、他は総て自ら其の責に任じん」というもので、天皇は「卿の言善し、朕敢へて（あえて）何事も干渉するの意なし、唯（ただ）奏聞あれば意見を告ぐべし」と応えてこれを聴許した。また元老全員が自分の内閣に加わって自分を支える保証を求め、この願いも聴許された。

かくして伊藤が第5代内閣総理大臣に再任した。第2次伊藤内閣は「元勲内閣」と呼ばれた大物揃いの内閣となった。外務大臣に陸奥宗光、内務大臣に井上馨、大蔵大臣に渡辺国武、陸軍大臣に大山巌、海軍大臣に仁礼景範、司法大臣に山縣有朋、逓信大臣に黒田清隆、農商務大臣に後藤象二郎、文部大臣に河野敏鎌という、これ以上に有能な顔ぶれは想像しがたい構成となり、前政権より効果を上げ、長期に政権を保つことができた。

前述した通り黒田内閣外務大臣大隈重信の条約改正案は国内の激しい反対を招いて流産し、黒田内閣総辞職とともに大隈は外相は辞職した。その後外相に就任した青木周蔵のもと日本政府は、妥協案ではなく、完全な法権回復を目指すという最もハードルの高い路線に回帰していった。列強諸国が応じる可能性は皆無に思われたが、皮肉にもハードルを高くしてから英国との間で条約改正交渉の進展が見られるようになった。

その背景として1891年（明治24年）からシベリア鉄道建設を契機として東アジアで再び英露の覇権争いが始まったことがある。イギリスはフランスともアジア植民地をめぐって争っていたため、ロシアとフランスは反英で連携していた。そうしたアジア情勢下において、イギリスは日本との関係を改善する必要を感じるようになり、日本が要求する条約改正にも融和的な姿勢を見せるようになったのである。

また明治23年（1890年）から日本において議会政治が開始されたことも英国の心変わりの一因だった。日本の衆議院議員の過半数は、かつて井上・大隈の譲歩的な条約改正案に反対した対外硬派であるため、イギリス政府としては、日本の立法府（およびその影響を強く受けるようになった日本の行政府）によって制定される法律や行政規則から、居留自国民の利益を守らねばならず、日本立法府の敵愾心を煽りそうな、外国人判事の任用や法典の編纂などの要求は放棄・緩和する方向に動いたのである。青木外相も議会や憲法の存在を援用して条約改正交渉にあたっていた。もはや声高に主権回復を叫ぶより、立憲政治・議会政治というイギリスも批判しにくい国内事情を理由にする方が威力を発揮したのである。

立憲政治・議会政治の開始という事情は日本の条約改正交渉における立場を有利にしたが、同時に日本政府内部の意見も一層強硬にし、穏健派の青木外相は政府内部において十分な支持を得られぬまま、明治24年（1891年）5月に大津事件により引責辞任した。

青木の後任の榎本武揚外相は、明治25年（1892年）に寺島宗則枢密顧問官など強硬派を含んで「条約改正委員会」を政府内で開催することで政府内部の意見調整を図ろうとしたが、実を結ぶ前に松方内閣の内閣総辞職で辞任。

その後を受けたのが「カミソリ大臣」の異名を持つ第2次伊藤内閣外務大臣陸奥宗光である。前述のとおり、第2次伊藤内閣は政府が一枚岩になるよう元勲を網羅した内閣だった。外交分野でも陸奥をトップとして、前外相で駐ドイツ公使の青木周蔵に対英交渉をゆだねるという強力布陣で臨んだ。

明治26年7月に天皇は陸奥外相が起草し、閣議決定された条約改正案を裁可した。陸奥の条約改正案はおおむね青木のそれを引き継いだものであるが、英米独仏の主要産品の輸入税率を協定するほかは関税自主権を回復するという、より体裁のいいものであった。しかし陸奥案が強力だった何よりの理由は、伊藤首相の政治力に助けられて事前に枢密院において了解が得られており、少なくとも後ろ（政府内）から撃たれる恐れはなかったことである。

陸奥外相は各国と個別に交渉する国別談判が望ましいと考え、まず英国政府との交渉に着手。青木をその交渉役としてロンドンへ派遣した。

一方、衆議院の多数を占める民党連合は「条約励行」というスローガンを叫んで政府批判を行っていた。これは、不平等条約体制は不平等条約よりさらに不当な運用がなされており、こうした既得権を回収していくことで列国を追い詰め、より有利に改正交渉を行うべきとする対外強硬論だった。その背景には、不公正な領事裁判に対する不満と並んで、日本政府の外国居留民に対する様々な面での宥和的な取り扱いへの不満があった。やがて外国人内地雑居の許可にすら反対する最強硬派もこの条約励行論に合流しはじめた。それは反政府の為だけの完全な野合だったが、これにより彼らは対外強硬派の強力なブロックを形成し、それが衆議院の過半数を超えているという有様となった。民党が各地で「条約励行」論を煽った結果、外国人に対する嫌がらせや暴力事件が頻発するようになり、こうした事態にイギリス政府は強い危惧を表明し、ロンドンで始まった青木と駐日英国公使ヒュー・フレイザー（当時ロンドンに帰国していた）の条約改正交渉も一時中断を余儀なくされたほどだった。

12月に民党は衆議院に条約励行建議を提出したが、陸奥は「是れ等諸案の如きは外国人を以て異類視するものにして、恰も（あたかも）猶（なお）露西亜（ロシア）国政府の猶太人（ユダヤ人）を遇するが如く、我が開国の皇謨（こうぼ。天皇が国を治める方針）に悖戻（はいれい。背くこと）するものなり」と批判した。閣議において陸奥は、こうした非開国主義の運動に対しては撲滅鎮圧の手段を取らねば、その勢いは国内に広がり、ついには内外交渉の大紛乱を惹起し、目下着手している条約改正交渉も暗礁に乗り上げると訴えたが、閣議は容易には決定せず、陸奥はその優柔不断に憤って、12月11日に外相辞意を表明するも、伊藤総理が軽率な行動をとらず熟考するようにと説得したことで陸奥は考え直して辞表を撤回している。

条約励行建議は12月19日に衆議院で可決され、12月29日に陸奥はその建議に反対する次の趣旨の演説を行った。開国進取は維新以来の日本国政府の基本方針であり、同建議はその国是に反しているものである。現行条約はすでに調印以来進歩を重ねてきた我が国の社会に適合していない。今や旧幕府の鎖国主義は排し、失った権利を回復すべき時である。外国人の内地旅行の自由など、現行条約にない権利を外国人に認めるのはその報酬である。しかし同時に次のことを忘れてはならない。もし外国人が自由に内地を旅行できるようになれば、その散財はすなわち人民の利益となる。条約の改正を欲するならば、まず外国人に日本国の進歩の実情を知らしめなくてはならない。その実現のためには開国の方針に依るより他はない。

しかし陸奥の大演説もむなしく、衆議院は建議を撤回しようとはしなかった。そのため同日中に天皇より14日間の停会の詔勅が下り、翌30日にも伊藤総理と枢密院議長山縣有朋が参内して天皇に拝謁し、衆院解散を上奏した。天皇も「幾たび停会するも、議会の情勢は変ぜざるべきを以て、解散するの外方法なかるべし」と理解を示し、同日中にも衆院解散を命じた。

天皇は衆議院があまりに急進的なのにうんざりするようになり、年を越して間もなくの頃、佐佐木高行に対して「斯かる（かかる）衝突は要するに是れ急進の弊より起る。国会開設は早きに失したるの感あり」という後悔の念を漏らしている。

明治27年（1894年）3月1日に行われた解散総選挙の結果、自由党が躍進する一方、対外硬派の中でも外国人内地雑居にすら反対する最強硬派議員たちは多くが落選した。そのため、政府支持勢力と対外強硬派は拮抗するようになった。

しかしその後に召集された第6回議会では、対外硬派の巧みな議事戦術に自由党が巻きこまれる形で政府の弱腰外交を批判する決議案が可決された。これを受けて政府は6月2日の閣議で再度の衆院解散を決定せざるをえなくなった。もしこの解散総選挙で敗北した場合、伊藤内閣は窮地に陥るところだったが、ちょうどこの時期に起きたのが、後述する日清戦争であり、これが伊藤内閣の立場を好転させることになった。

この頃、ロンドンでは青木が英国外務次官フランシス・バーティ（英語版）（後のテイムの初代バーティ子爵）と条約改正交渉を行っており、居留外国人には原則として日本人と同様の待遇を与えるが、必要に応じて外国人の権利を制限する法律・行政規則を制定する権利を確保しようと精力的に交渉していた。イギリス政府内ではその要求に強い抵抗もあったが、日本との交渉経験が長いフレイザー駐日公使らは、これが日本の長年の切実な要求であることを理解しており、彼らの擁護もあって、文言の修正は行われたものの、日本の要求は基本的に認められた。

一方関税については、香港の精糖業に配慮するイギリス政府が精糖を協定関税に含めることを強硬に主張し、日清戦争を目前に控えて調印を急いでいた日本は、これを認めたが、国内での関税引き上げの際には同じく輸入税の引き上げも認めるという条件を付けた。日本の租税政策を制約することがないようにとの配慮からだった。井上外相時代にはこの種の補償税は、列強諸国の反発が強かったが、この時期になると認められるようになっていた。

そしてついに7月16日に日英両国間で日英通商航海条約が締結された。これによりイギリスとの間では治外法権・領事裁判は撤廃された。これを嚆矢として、その後1899年までに全ての列強諸国との間で治外法権・領事裁判を撤廃する条約を締結することに成功した。幕末以来日本人の悲願だった治外法権撤廃はここに実現されたのだった。関税自主権の完全回復はまだだったが、日露戦争の勝利で日本の国際的地位が上がったのに伴い、明治44年（1911年）の通商航海条約の満期に際しての条約交渉で小村寿太郎外相が実現させ、不平等条約の完全解消に成功している。

9月1日に第4回衆議院議員総選挙が実施されたが、自由党がわずかに議席を減らす一方、対外硬派の反政府派が議席を維持したため、衆議院の構成に大きな変動はなかった。しかし、日清戦争の勃発により対外硬派は政府攻撃の糸口を失っていた。また条約改正に際して伊藤内閣が自由党から支援を受けたことは戦後に伊藤内閣と自由党が連立を組む下地となった。

明治27年（1894年）3月9日には明治天皇と美子皇后の結婚25周年を記念して「大婚二十五年祝典」が催された。日本の君主の結婚記念日が国民の祝賀対象となるのは未だかつてない事だったが、ヨーロッパの王室・皇室には結婚二十五周年を祝う銀婚式（silver wedding）の文化があり、日本でも天皇皇后結婚二十五周年の祝典を開きたいという建議があり、天皇は喜んで受け入れた。

祝典委員会が組織されて準備が進められ、ヨーロッパ諸国の例が調査された。ただし「銀婚式」ではなく「大婚二十五年祝典」という名称で行われることになり、日程は3月9日と定められた。祝典当日に参内した者を受章対象者とする大婚二十五年祝典章（金章と銀章がある）が制定され、また祝典を記念して1500万枚もの郵便切手が発行されている。日本の郵便記念切手はこれをもって嚆矢としている。

祝典当日、宮中三殿から祭典が始まった。これらの祭典に天皇皇后の出御はなく、皇太子、親王、閣僚らが拝礼した。近衛砲兵連隊や海軍各軍艦が礼砲を発射した後、午前11時に天皇皇后が鳳凰の間に出御し、皇族・閣僚をはじめ200余名の参列者から祝賀を受けた。天皇は正装で菊花大綬章をはじめとする様々な勲章を佩用していた。皇后は白い中礼服に勲一等宝冠章を佩用し、王冠を被っていた。フランス、イギリス、ドイツ、ロシア、アメリカ、ベルギー、朝鮮、オーストリア＝ハンガリーなどの公使たちが自国の君主や大統領からのお祝いの親書を奉呈、天皇は公使らに勅語を賜った。

午後2時、天皇皇后は馬車で皇居を出、2時45分に青山練兵場に到着して観兵式に臨御。この際、天皇は皇后の手を取るという異例のヨーロッパ・スタイルで入場している。彰仁親王以下の出迎えを受け、諸隊が捧剣捧銃する中、軍楽隊が国歌の君が代を吹奏した。その後、天皇皇后は、幌を開いた馬車に乗って場内を一周して閲兵式を行い、さらに分列式を天覧した。

その後皇居に戻り、夜には豊明殿で祝宴が開かれ、祝宴後には正殿で舞楽が上演された。また二十五周年の数字に因む皇族、大臣以下の男女25名、および月次歌御会詠進者が「鶯花契万春」をお題とした和歌を奉呈した。祝典出席者の贈答も行われ、菓子器、置物、花瓶など銀製の物が多く献上された。また祝典に招かれなかった者も献上品を捧げることが許されていたため、全国の国民から詩歌や酒、醬油、スルメ、鰹節、刀剣、絵画、陶器、漆器、盆栽などいろいろな物が贈られてきた。

祝典は丸一日中続き、天皇皇后が就寝したのは深夜1時50分だった。

一方、朝鮮では1880年代後半から経済状況がますます悪化し、売官が盛んにおこなわれ、地方では官職を購入した者が元を取ろうとして民衆から規定以上の税を取り立てたため、困窮した民衆による反乱が多発して社会の荒廃が進んでいた。民衆は平等を説く東学に救いを求めるようになった。

東学とは没落両班の崔済愚が1860年に創始した民衆宗教であり、キリスト教（西学）に対してこう称した。朝鮮政府は東学を危険視し、1864年に崔済愚を禁制のキリシタンとして処刑したが、運動は消えず、第2代教主崔時亨のもとで東学は朝鮮半島南部に急速に広まった。崔時亨は政府に弾圧されるのを防ぐため「守心正気」という内省主義を信徒に求めたが、他方で東学内には民衆の変革意識に期待する一派（東学異端派）も存在した。

1894年2月には全羅道古阜において古阜郡守趙秉甲（朝鮮語版）の苛酷な年貢取り立てに反発する東学異端派の農民たちが、東学異端派接主（地方組織指導者）全琫準を指導者として反乱を起こし、趙を追い払って糧穀を奪い返した。目的を達した反乱軍は一度解散したが、その後まもなく朝鮮中央政府が安覈使という調査隊を派遣してきて、反乱関与者の捜索を行い、家屋を焼き払ったり、妻子を虐殺したため、4月末に全は近隣の東学異端派の接主に呼びかけ、全羅道や忠清道の東学異端派の農民6000人から7000人の反乱軍を再結成した。この東学農民軍は、閔氏政権を打倒し、国王高宗に農民の生活の惨状を訴えて弊政改革を求めることを目標に掲げていた（彼らは国王による仁政幻想を持っていた）。

事態を危険視した国王高宗や閔氏政権は、征伐軍を派遣したが、東学軍に敗北を喫した。東学軍は勢いに乗って全州へ進軍、全州の守備軍には戦意がなく、5月31日に全州は無血占領された。

この間、駐朝鮮日本公使館一等書記官である代理公使杉村濬（駐朝鮮公使大鳥圭介はこの時休暇帰国中で公使館不在だった）は、東京の外務省に東学党の乱について報告を送り続けた。杉村からの情勢報告は日々変わって錯綜していたが、いずれにしても朝鮮政府が宗主国の清に出兵を要請する可能性は高かったため、その場合の日本の対応を決定しておく必要があった。5月30日に陸奥外相が杉村に送った電報での指示から見て陸奥外相は同日までには対抗派兵の可能性を考慮していたと見られる。伊藤総理以下他の閣僚たちも5月末までには派兵を検討していたようである。

朝鮮政府内では反乱が発生した当初より清への出兵要請が検討されていたが、清が出兵すれば日本の対抗出兵が確実であることから決断できずにいたが、5月31日に全州が占領されるに及んで出兵要請の方針を固めたようだった。同日、閔氏政権の有力者である兵曹判書（軍部大臣）閔泳徽（閔泳駿）が漢城に駐在している清国代表袁世凱と会見して派兵を要請し、袁は派兵に同意している。朝鮮政府から清への正式な出兵要請は6月3日に行われた。

日本側が清の出兵の意思を初めて知ったのは、6月1日に日本公使館書記生鄭永邦と袁の間で行われた、時局と両国の出兵について話し合った会談である。会談を終えた袁は、清本国の李鴻章に宛てて「日本側は今回の朝鮮内乱を利用して積極策を採る意向はない。公使館・居留民の保護を目的とする日本側の出兵の規模は歩兵一中隊を超えないと思われる。出兵しても日清衝突の可能性は低いので、出兵に踏み切るべきだ」という、まったくの見込み違いとなる電報を送っている。

朝鮮出兵の決意を固めた李は、配下の北洋軍閥陸海軍に出動準備を開始させた。属邦保護権の名目で出兵して内乱を鎮圧すれば、朝鮮に対する清の支配的地位はさらに確固たるものとなるため、清は是が非でも派兵したかった。日本と衝突の恐れが低いというなら、なおさらだった。

清側が日本は動けまいと思ったのは、日本で議会政治が始まった後の政府批判の激しさを見ていたからだった。こうした光景は議会政治が存在しない専制国家の清国においては見られなかったため、清国は単純に日本国内は内紛状態にあり、国民をあげての戦争など遂行できない状況だろうと思い込んでいた。いったん国が危機に晒されれば見解の相違など吹き飛ばす当時の日本人の愛国心の強さを見くびったものだった。実際には宣戦の大詔が下ったあとには、日本国内のすべての政党党派がことごとく政府攻撃の矛を収め、政府を全力で支えた。これが清の最大の計算違いだった。

鄭から袁との会談の報告を受けた杉村代理公使は「全州が昨日反乱軍の手に落ちた。朝鮮政府が清に援軍を求めたと袁世凱が語った」という電報を6月1日に発信し、翌2日にその電報を受け取った陸奥外相は、同日の閣議でこの件を取り上げた。陸奥の著した『蹇々録』によれば、陸奥は閣議の最初に電報を示したうえで「清が派兵した場合には日本も相当の軍隊を派遣して朝鮮に対する権力の平均を維持する必要がある」と論じ、閣僚全員がこの議に賛同したという。つづいて陸軍参謀総長有栖川宮熾仁親王と参謀次長川上操六に閣議の臨席を求め、内閣と軍の間で協議が行われた結果、清が派兵した場合には日本も済物浦条約に基づく日本公使館および在留邦人保護のための派兵を行う方針が閣議決定されている。また前述の通り、衆議院が政府の弱腰外交を批判する決議をしたのに伴い、この日の閣議で解散総選挙も決定している。日本は日清戦争前後の時期に総選挙をやっていたのであり、その選挙戦の中で民党により対外強硬論が煽られていた。このことは日本政府が安易な撤兵はできなかったことと関係しているので重要である。

閣議決定を受けて、川上操六参謀次長が混成一個旅団（海運基地宇品に近い歩兵第9旅団（第5師団隷下、旅団長大島義昌少将）を基幹に騎兵1中隊、砲兵1大隊、工兵1中隊、輜重兵隊、衛生部、野戦病院、兵站部で構成）の編成を決定した。

6月5日には大本営が設置され、戦時大本営条例に基づき、有栖川宮熾仁親王が陸海の両軍を統括する形となった。熾仁親王は幕末以来天皇に深く信任され、政軍の要職を歴任してきた皇族として功名心やセクショナリズムをほとんど持たなかったので、参謀総長として積極的に政軍協調、政略への軍略の従属を後押しし、軍の指揮系統と直接関係のない文官の伊藤総理が軍事的検討に口を出してきても、妨害したり、苦情を申し立てることがなかった。まさに軍のトップとして適任の人物だった。政府内や政軍関係の潤滑油となるポストに皇族が就くのは明治国家における一つの知恵であった。熾仁親王のもと陸軍は川上参謀次長、海軍は中牟田倉之助軍令長官が責任者を務め、川上はさらに兵站総監を兼務し陸軍の作戦全般を掌握した。

混成旅団派遣が決まった後、大鳥公使の漢城への帰任に誰を護衛につけるかも問題となった。陸奥外相は憲兵を護衛に付けることを考えていたが、伊藤首相は6月3日に憲兵といえども兵装であるから、日本から先に派兵したという口実を清に与えかねないとして、警察官を護衛につけることを提案した。しかしこの議論は翌4日に朝鮮政府が正式に清国に派兵を要請したとの情報が東京に届いたため、もはや重要ではなくなった。日本も若干の軍人を大鳥公使の護衛に付けることを決定した。

天津条約は日清両国が朝鮮出兵する際には相互に通知することを定めていた。後に予定される混成一個旅団の派遣とは規模が違うものの、軍人を護衛に付ける大鳥公使の帰任も出兵に該当する可能性があった。陸奥外相は、清側が主動者で、日本側は被動者であることを印象付けるためにも、日本の出兵通知が先行する形は避けたいと考えており、先に清に出兵通知させたがっていた。しかし清側も同じことを考えていたから、なかなか出兵通知を日本によこさなかった。6日に伊藤は陸奥に清側の出兵通知を待たず、日本側から出兵通知を行うべきであると促した。外交的には被動者の立場を取りたいが、軍事的に清に後れを取りたくない、しかし通知が遅れれば条約違反という難しい状況だったが、清が出兵通知を行うという情報が手に入ったため、結局それを待って7日に日清双方が出兵通知を行った。

清軍は直前の1894年5月に盛京省・直隷省・山東省において北洋軍閥を中心とする陸海軍合同演習を実施していたので、朝鮮への出兵は迅速だった。6月5日には北洋海軍の軍艦2艦が仁川に入港し、陸軍部隊も続々と忠清道・牙山に結集し、6月末までには牙山の清軍は直隷提督葉志超を総指揮官として2800人を超えていた。その一部は公州へ進軍して東学軍と戦闘を開始したが、まもなく東学軍が解散したため、牙山に駐屯を続けた。

日本側は、中牟田倉之助海軍軍令長官が各方面に夏季公開中の常備艦隊に仁川・釜山への結集を命じ、6月9日から常備艦隊の伊東祐亨司令長官が仁川に到着した五艦で偵察を開始した。また諸艦から433名と野砲4門の陸戦隊を編成し、6月10日に軍艦八重山に乗って漢城に帰任した大鳥公使の護衛として一緒に漢城に入った。続いて歩兵第11連隊第1大隊（大隊長一戸兵衛少佐）が先発部隊として6月12日に仁川に上陸。さらにその後第9旅団長大島義昌少将率いる第一次輸送部隊も6月16日に仁川に上陸した。一戸少佐率いる第1大隊は漢城に入ると、日本公使館警護の任を海兵と交代した。

日清両国の同時出兵がただちに軍事衝突の発生や宣戦布告に結び付くわけではない。かつて壬午軍乱の後2年ほど日清両軍が漢城に駐屯していたことがあるが、その時も戦争には到らなかった。この段階における日本側の公式の出兵目的はあくまで日本公使館および在留邦人保護である（もちろん陸奥外相が閣議で示したように、真の目的は清国を牽制して日清の勢力均衡を維持することにあるが）。清が漢城より南の牙山に兵を集めたのに対し、日本は漢城や仁川に兵を集めたのも、その派兵目的の違いのためである。今回は両軍の駐屯地の距離が離れているので、両軍とも漢城に駐屯していた頃より衝突の恐れは低いと考えられた。

一方、東学軍に占領された全州では城外に布陣する朝鮮政府軍が城内の東学軍に対して砲撃を加えていた。東学軍側も二度にわたって政府軍に攻撃を加えるも多大な犠牲を出して失敗に終わった。この後朝鮮政府と東学軍の間で休戦交渉が行われ、6月11日には27箇条の弊政改革請願を国王に上達することを条件に東学党は全州から撤退することになった。東学軍の士気も衰え始めていたこと、また日清両軍の派兵により、戦争の危機が高まっていたことが背景にあった。

東学党の乱が突然に収束に向かったことは、日本にとって計算外だった。もしこのまま、日清双方が実際に反乱鎮圧にあたることもなく同時撤兵という流れになった場合、清が朝鮮のために出兵した事実のみが残る。清はその事実のみで朝鮮に見返りを求める立場を得、朝鮮支配を強めることができようが、日本側の出兵はあくまで済物浦条約の自国公使館防衛権に基づくものなので、それだけでは朝鮮に見返りを要求できる立場にない。したがってこのままの同時撤兵は事実上清の勝利だった。日本国内においては、野党の民党を中心に、清に対抗する朝鮮政策の遂行を求める世論が非常に強く、ジャーナリズムの多数派もそれに同調していた。9月の総選挙を前にして政党各派は伊藤内閣の弱腰外交を批判して対外強硬論を競い合っている状況にあった。そうした中で派兵にかけた政治的・外交的・経済的コストの回収なくしての撤兵の決定など事実上不可能であり、陸奥外相もそのあたりの機微はよく心得ていた。陸奥が11日付けの大島公使宛の書簡の中で「今回の如き大兵を挙けたる結果として何の利益もなく退兵するは甚だ不妙」であり、「空しく帰国」させるわけにはいかないことが記されているのがそれを端的に示す。

そのため日本政府が次に提起するようになったのが、朝鮮で反乱が起きるそもそもの原因（朝鮮の封建主義体制）の除去、すなわち日清が共同で朝鮮を近代化させる内政改革を行うべきだという議論だった。この立場から6月13日の閣議で伊藤総理は、日清両軍が協力して反乱の鎮圧にあたり、鎮圧後には日清共同で朝鮮内政改革を行うことを提起している。清を尊重する姿勢を取りつつも、同時に朝鮮に対する日本のプレゼンスを高めることを狙った提案だった。しかし、陸奥外相が案の検討のため一両日の猶予を求めたため、その日には閣議決定されなかった。

同日中に伊藤は駐日清国公使汪鳳藻（中国語版）と私的に会談し、自らの案について協議し、内乱終結後に日清両軍は撤収し、その後朝鮮内政改革について両国で議論することで両者は合意した。しかし、6月15日の閣議では、陸奥が朝鮮内政改革の終局までは留兵すること、清が賛同しない場合には日本単独でも内政改革を行うという文言を付け加えた修正案を提起し、伊藤を含めて閣僚全員の賛同を得てその修正案が閣議決定された。この後には陸奥が朝鮮内政改革案について汪と交渉を行うことになったので、袁世凱と大鳥圭介の間の交渉、伊藤と汪の間の交渉が、陸奥の下に一元化されたといえ、以降宣戦布告までの日本外交は陸奥を中心に展開されていく。

6月15日の閣議決定後、陸奥から朝鮮内政改革案を上奏したが、天皇は陸奥が開戦に前のめりになりすぎているという疑念を持っており、すぐには裁可せず、様々な下問を行っている。陸奥は委細説明したものの、天皇はなかなか納得しなかった。陸奥は伊藤に助力を求め、伊藤から天皇の説得にあたってもらった。前述の通り、天皇は明治10年の土佐立志社事件で政府転覆の陰謀に加担した陸奥のことを対立や分裂を煽ることで台頭していく人物と見なし、信頼していなかったことが背景にあると思われる。しかし結局、天皇は朝鮮内政改革案を裁可している。

伊藤も陸奥も清国が日清共同朝鮮内政改革案を容易に受け入れるとは思っていなかった。属邦論を主張し、朝鮮との関係において他国が同等の立場に立つことを認めない清が、日清対等での朝鮮内政改革など認めるはずもなかった。

実際、6月16日に陸奥は汪駐日公使に朝鮮内政改革案を伝達しているが、22日に出された清の回答は、内乱はすでに平定されており共同鎮圧の必要はなく、また内政改革は朝鮮自らが行うべきもので日本が干渉するのは認められないこと、事変が解決した今、天津条約に基づき両軍は撤兵すべきであることなどをあげて日本の提案を全面的に拒否するものだった。これに対して陸奥は朝鮮の内乱の根底に蟠る禍因を除去せねば、根本的に解決したとは言えず、そのための共同内政改革であり、それが実現されるまでは撤兵はできないと反論した。陸奥は『蹇々録』の中でこれを「第一次絶交書」と呼んでいる。

さらに6月21日未明には天津にいる神尾光臣公使館付武官から清の李鴻章が朝鮮に5500の兵を追加で送り込もうとしているという情報が東京にもたらされた。その後、天津の荒川巳次領事からも同様の情報が上がった。陸奥はこれを事実と確信し、天皇にも上奏したが、天皇は朝鮮は平穏で日本側に撤兵を求めているというのに李が多数の兵を出すのは理解し難く、そのようなふれこみだけで実行されないのではないかと疑問を表した。

天皇の予想通り、これは誤報だったが、日本のさらなる派兵を目指す陸奥にとっては強い論拠となった。22日に開かれた内閣閣僚や軍高官が一堂に会した御前会議で第二次輸送部隊の派遣が決定された。第二次輸送部隊は24日にも宇品を発ち、27日に仁川に到着し、29日には漢城郊外龍山に到着した。この結果、漢城城内には一戸少佐率いる1個大隊1000人、漢城郊外には大島旅団長率いる7000人の日本軍が駐屯している状態になった。

一方清国の李は列強諸国に介入を促そうとする外交工作を展開中だったため、ロシアとイギリスの対日活動が活発化した。6月30日には駐日ロシア公使ミハイル・ヒトロヴォ（ロシア語版）が陸奥と面会し、日清両軍の朝鮮からの同時撤兵を強い語調で要求してきた。これは李がロシアに介入を依頼した結果だった。一方ロシアの関与を防ぐため、イギリス外相の初代キンバリー伯爵ジョン・ウッドハウスも仲介に乗り出した。清の意向を確認した後、駐日代理公使ラルフ・ページェット（英語版）を通じて、日清共同での朝鮮内政改革を進めるという条件を確認し、交渉成立には日清の同時撤兵が必要である旨の見解を伝達してきた。

同じ調停申し入れでもイギリスとロシアではニュアンスが異なった。ロシアが即時撤兵を要求するのに対し、イギリスは日清直接交渉の中で撤兵問題を議論するよう促すものだった。当然日本にとって好ましいのはイギリス案である。7月2日に日本政府は、朝鮮の変乱およびその根源は未だ収まっていないので即時撤兵は拒否することをロシアに伝えつつ、清が共同朝鮮内政改革を受け入れれば、その協議の第一議題として撤兵問題を扱う用意があることをイギリスに伝達した。

しかし清側はイギリスの仲介を受けても頑なに立場を変えなかった。7月9日に清は小村寿太郎駐清公使に対して、朝鮮内政改革協議の一環として撤兵問題を扱うことは拒否し、即時撤兵しない限り朝鮮内政改革協議にも応じないという強硬な回答を行った。これを受けて日本政府は7月12日の閣議でイギリスの調停を拒否した清国に今後起きる事態の責任があるとする清側の照会を決定した。陸奥が『蹇々録』の中で「第二次絶交書」と名付けているものである。

清国側はこの間、日本との開戦に備えて威海衛や旅順その他の海岸と奉天の防備を固めるとともに、全国の兵勇等の動員を進め、7月14日にも文武官を集めて日本と開戦する議を確定した。

一方朝鮮政府に対しては、この間、大鳥公使が交渉にあたっていた。大鳥は6月26日に朝鮮国王高宗の謁見を受け、朝鮮の内政改革が必要であることを説き、28日には清国の勢力を打破しないと改革は望めないことを告げたうえで、果たして朝鮮は独立国なのか、清の属邦なのか問うた。朝鮮政府はこの質問に即答できなかったが、大鳥に回答を強く迫られ、6月30日には独立国であると回答した。独立国という言質を得た大鳥は、7月3日にも行政、財政、法律、軍事、教育の内政改革案を朝鮮政府に提示した。それは朝鮮の自立強化策を講じることで清との宗属関係を弱めつつ、改革過程で顧問採用や借款、技術導入などを通じて日本の影響力を高めるものだった。しかし7月16日に朝鮮政府は内政改革は日本軍が撤兵後に自力で行うとしてこの案を拒否した。

それを受けて大鳥は7月18日にも東京外務省に対し、日本軍に王宮を包囲させる強硬策実行の許可を求めた。19日に陸奥外相はその策は得策ではなく、決行しないよう望むとしつつも、他国との関係に注意して大鳥自身が正当と考える方法を取ることを許可した。陸奥も事態打開のためには朝鮮で何らかのアクションを起こす必要があると考えていたものの、具体的にいつ、いかなる方策をとるかは決められておらず、事実上出先の大鳥に一任される形となった。

7月20日に大鳥は、朝鮮が清の属邦でないなら、属邦保護権の名目で朝鮮に駐留している清軍に撤退を要求するよう求め、その回答期限を7月22日までと定めた。朝鮮政府は清軍にはすでに撤退を要求していると回答したが、大鳥は回答不十分と断じ、7月23日未明にも日本軍に朝鮮王宮の景福宮を包囲させたが、この際に朝鮮王宮守備兵が日本軍に対して発砲を行ったため、結局王宮を占領した。

王宮を占領されると、日和見主義者の国王高宗は、日本への態度をただちに一変させ、7月24日にも大鳥を引見し、日本が要求する内政改革案を受け入れることを表明した。また大鳥の求めに応じて、蟄居中の大院君を再び執政の座に付けるとともに、閔氏政権の要人は解任した。大院君はかつて反日派だったが、清国で幽閉経験を経て立場を親日派に転換させていた。復権した大院君はさっそく大鳥と会見し、今後はいかなる措置を取るにあたっても事前に大鳥公使と協議を行うことを約束した。

この日清戦争に至る直前の時期、天皇は、開戦に一貫して消極姿勢だった。内閣や大臣からの上奏を退けることこそしなかったが、下問を繰り返しては疑念を表明している。たとえば大鳥公使が王宮占領を提案してきた際には、大鳥が十分に交渉を尽くしているように思えないが、外務大臣の見解如何と問いただしてるし、清が袁世凱を朝鮮から天津に呼び戻したことについても、策を授けて朝鮮に派遣するためか、日清で取り組む朝鮮政治改革委員のひとりにするためか探ってはどうかと述べたりしている。ことあるごとに自分に疑念を抱く天皇に対して陸奥が取った対策は、天皇を避けるということだった。いつまでも膠着状態が続くよりは多少強引な手を使ってでも対清軍事行動に持ち込みたい陸奥としては、天皇に下問されると答えにくい部分もあったので、伊藤とは緊密に連絡を取り合う一方、天皇への説明や報告は限定的に行った。その結果、不信と不満を募らせた天皇が、後述する「今回の戦争は朕素より不本意なり」などと言い出すことになったとする説もある。

この時期、天皇は政府からの報告や説明に不信感を強めていたこともあって、参謀総長の有栖川宮熾仁親王を通じて軍からの情報収集を盛んに行っていた。熾仁親王は常に天皇の意向にそった行動をとるし、天皇の下問には何でも答えようとしたので、熾仁親王を通じて軍の情報が天皇に吸い上げられるようになった。政軍協調、特に経費の問題に注意を払っていた天皇はその軍事情報を伊藤総理と共有することを望み、7月26日にも伊藤に大本営御前会議への出席を命じた。伊藤自身も外交政略上首相は軍の動作を知っておく必要があると主張しており、天皇はその主張に理解を示していた。27日から伊藤の会議出席が認められた。

一方清側の内情はどうなっていたか。清には議会政治は存在しないので、世論を気にする必要はなかったものの、代わりに后党（西太后派）と帝党（光緒帝派）の宮廷闘争が存在していた。「垂簾聴政」「督撫重権」のもと清国の実権を掌握してきた西太后と李鴻章は開戦に消極的だった。西太后はその年の暮れに60歳の還暦を控えていたから、その祝賀会を平穏に迎えたがっていたし、李は、配下の北洋陸海軍の拙劣さを知り尽くしており、この戦力では近代化をすすめる日本軍に勝てないと理解していたためである。西太后や李は日本と開戦するぐらいなら、清仏戦争で放棄したベトナムと同様、朝鮮も放棄した方がマシとすら考えていた。

これに対し、清の皇帝光緒帝、および翁同龢や李鴻藻ら皇帝側近グループは開戦に積極的だった。光緒帝は1889年に19歳を迎えて親政を宣言して以降、西太后から独裁権力を回収する機会を狙っていたし、西太后や李の政治に不満を抱く勢力はこの若き皇帝のもとに結集し、本来皇帝が持つ独裁権力を利用することで現状を変更しようとしていた。

日清の最初の武力衝突は1894年（明治27年、光緒20年）7月25日に発生した豊島沖海戦である。23日に佐世保を出港して朝鮮半島南部西岸に沿って偵察中だった日本の連合艦隊の第一遊撃隊（司令官坪井航三少将、「吉野」「秋津洲」「浪速」の三艦から成る）は、25日午前6時30分に豊島沖において、牙山に輸送された増援部隊の護衛の任を終えて帰港中の清軍艦「済遠」「広乙」に遭遇したが、清軍艦は日本の将旗に礼砲を発しなかったばかりか、戦闘配置につき、双方の艦隊が約3000メートルまで接近したところで清の「済遠」が砲撃を開始し、日本の「浪速」など2艦が応戦した。戦闘は約1時間続いたが、「済遠」は激しい損傷を受けて逃走し、「広乙」も座礁して放棄された。

逃走する「済遠」を追撃していた「浪速」は、西方から進航してくる清砲艦「操江」と牙山に向かう清国将兵1000余人を乗せた英国商船「高陞号」と遭遇して戦闘となったが、まもなく両艦とも白旗を掲げて降伏したため、拿捕した。「高陞号」を臨検した「浪速」艦長東郷平八郎大佐は、同船に抜錨随航を命じたが、同乗していた清兵たちが英国人船長を武力で脅迫して命令に従わせなかった。東郷は問答を重ねたが、効果がないと判断すると船員たちに退去を命じ、数回の警告信号の後に「高陞号」を撃沈した。清兵の脅迫で退去できずにいた船長以下3人の英国人は先の警告で真っ先に海に飛び込んで「浪速」に救助された。

豊島沖海戦により、日清両国が交戦状態に突入したのを受けて、朝鮮政府執政の大院君は、同日中にも清と朝鮮間の条約を破棄することを宣言、朝鮮国王高宗も、朝鮮から清軍を駆逐してほしいという依頼を日本に出し、さらに各地方長官に日本軍に協力するよう命令を出した。これにより日本軍は朝鮮国王の依頼を受けたという形式をもって清軍と戦う立場を得た。

陸上における最初の武力衝突は7月29日の成歓の戦いだった。清軍は平壌に兵力を集中すべく、7月下旬にも約40営（約2万人）の兵を平壌に向かわせており、牙山の清軍も平壌か本国に移すことが検討されたが決定できず、牙山清軍を率いる直隷提督葉志超（中国語版）の意向もあり、牙山に駐屯を続けることになった。李鴻章は牙山に1000余人の援軍を派遣しようとしたが、この援軍は前述の通り豊島沖海戦で全滅した。葉は日本軍の来攻に備えて7月26日にも部下の聶士成に主力約3000人の兵を与えて成歓付近に布陣させた。この牙山清軍と、平壌付近に集中しつつある清軍主力に京城付近の日本軍が挟撃される恐れがあったので、日本としては平壌の清軍主力の南進が開始される前に牙山清軍を撃破しておくのが望ましかった。大本営の命令、および牙山を占領する清軍の駆逐を求める朝鮮国王高宗の依頼を受けて、混成旅団長大島義昌少将は、混成旅団主力（歩兵3000人、騎兵47騎、山砲8門、兵站部隊）を率いて南進を開始し、28日から29日にかけて成歓付近で清軍と交戦を開始。

成歓の清軍主力は成歓およびその東の罌粟坊主山に布陣し、一部は西の銀杏亭高地に布陣していた。大島旅団長は広い水田を敵火に暴露しながら前進するのを避け、囮の右翼隊で銀杏亭高地方面の清軍をけん制しつつ、主力の左翼隊で罌粟坊主山の清軍主力を包囲攻撃。両軍の小銃・砲兵の火力応酬は熾烈を極めたが、やがて清軍が形勢不利となり、敵将聶士成は成歓北方の部隊を罌粟坊主山に増援に送って補強しようとするも、日本の砲兵・歩兵が猛射を加えてこれを阻止し、29日午前7時頃には清軍は罌粟坊主山からの撤退を余儀なくされ、日本軍は直ちにこれに追撃を加えた。罌粟坊主山の戦況を見て成歓と銀杏亭高地の清軍も混乱を来たして撤退を開始した。成歓の戦いの死傷者は日本軍が80余名に対し、清軍は500余名出しており、日本の圧勝に終わった。戦勝後、大島旅団長は部隊を牙山に送ったが、すでにそこに清軍の姿はなく、旅団は漢城に帰還、以降漢城を警備しつつ平壌清軍の南下に備えた。

海でも陸でも戦闘がはじまったのを受けて、日清ともに宣戦布告に向けて動き出し、清側は7月31日にも総理衙門の慶親王奕劻が小村寿太郎駐清公使に対し日清修好条規の破棄および日本との国交断絶を通告。8月1日にも光緒帝が日本への宣戦上諭を発した。

日本側も伊藤博文首相の指示で伊東巳代治内閣書記官長と井上毅文相が宣戦布告の詔勅の起草にあたり、7月31日の閣議にその詔勅案が提出されたが、開戦相手国を清のみとするか、清及び朝鮮にするかで議論がおきてその日には閣議決定されなかった。朝鮮を入れるべきという意見が出たのは、7月23日の朝鮮王宮占領の際に田上岩吉一等兵が朝鮮軍との交戦で死亡していたためと思われる。しかし8月1日に清の光緒帝の日本への宣戦布告があったため、日本の天皇も早急に宣戦詔勅を出す必要があり、8月2日の閣議で相手国は清国、日付を8月1日とする詔勅案が閣議決定し、天皇に上奏された

天皇はこれを裁可し「朕茲（ここ）ニ清国ニ対シテ戦ヲ宣ス、朕ガ百僚有司（諸処の役人）ハ宜ク朕ガ意ヲ体シ、陸上ニ海上ニ清国ニ対シテ交戦ノ事ニ従ヒ、以テ国家ノ目的ヲ達スルニ努力スベシ、苟（いやしく）モ国際法ニ戻ラザル限リ（もとらざるかぎり）、各々権能ニ応ジテ一切ノ手段ヲ尽スニ於テ（おいて）必ズ遺漏ナカラムコトヲ期セヨ」という清に対する宣戦布告の詔書を発した。

宣戦布告直後、宮内大臣土方久元は天皇の御前に伺候し、清国への宣戦を奉告するため、伊勢神宮および孝明天皇陵の後月輪東山陵に派遣する勅使の人選について伺ったところ、天皇は「其の儀に及ばず、今回の戦争は朕素（もと）より不本意なり、閣臣等戦争の已むべからざるを奏するに依り、之れを許したるのみ、之れを神宮及び先帝陵に奉告するは朕甚だ苦しむ」と答えたという。驚いた土方は「既に宣戦の詔勅を裁可あらせらる、然るに今に於て斯かる御沙汰あらせらるるは、或は過まりたまふことなきか」と天皇を諫めたが、天皇が「再び謂ふなかれ、朕復た（また）汝を見るを欲せず」と怒り出したため、土方は恐縮して退下した。

土方はどうしたものかと思い悩み、その夜眠れなかったというが、翌朝になると、徳大寺侍従長が土方の官邸にやってきて、伊勢と京都に送る勅使を速やかに選定して奉呈せよとの聖旨が伝えられた。驚いた土方は急遽参内し、御座所に伺候すると、天皇は昨日と打って変わって機嫌がよかったという。土方が勅使の人選を上奏すると、天皇は直ちにこれを裁可し、土方は感泣して退下したという。

こうして、8月11日には伊勢神宮に賞典長九条道孝、孝明天皇陵に賞典岩倉具綱がそれぞれ勅使として派遣されて、清国への宣戦を奉告する運びとなった。また宮中三殿でも清国に対する宣戦の奉告式が行われたが、天皇自身ではなく、鍋島直大が代拝している。

何故天皇がこの戦争を「不本意」と称したかは諸説ある。ドナルド・キーンはその理由を知ることはできないとしたうえで、敗北するのを恐れたのかもしれないし、戦争が諸外国の干渉を招く結果になると思ったのかもしれないし、国民が多数死ぬであろうことにいたたまれなくなったのかもしれないし、幼い頃より儒教の教えを受けて育ったことから、儒教の賢者を数多く生み出した国と戦うのを望まなかったのかもしれない、など色々な可能性を挙げている。また、天皇は重用する伊藤首相などの影響により、そもそもが対外穏健派だったこと、天皇は朝鮮出兵自体には反対でなかったが、清国との関係が悪化したことで政府の決定に不信感を強め、特に隠し事が多い陸奥の外交手法に不満を抱くようになったことなどを指摘する説もある。

いずれにせよ、この後の天皇にもはや迷いはなかった。以降は日本の勝利のために全力を尽くした。

緒戦の勝利は日本人の愛国熱を瞬く間に全国に波及させた。特に勝報とともに描かれて出版された錦絵によってそれは高められた。成歓の戦いでは松崎直臣大尉（脚に銃弾を受けても戦闘への参加を続け、頭部に銃弾を受けて戦死した将校）と白神源次郎（銃に撃たれながら喇叭を吹き続けた一兵卒。死体が発見された時、口に喇叭を加えたままだったという）という英雄が生まれた。特に白神は士族出身者でなかったことから礼賛の対象となった。これまで士族特有の行為とされてきた勇敢さを平民出身の軍人が示した事実は、日本の全国民が勇敢かつ忠誠の美徳を備えているという証拠に他ならなかった。

軍籍にある者は腕を鳴らして、召集の日を待ち望み、軍籍にない者は義勇軍を結成して従軍を願い出る者が後を絶たなかった。義勇軍は日本各地で結成され、中には職業を廃して日々軍事訓練を受ける者も少なくなかった。その話を耳にした天皇は、8月7日に各国民は各々の業務に勤めることを希望するという詔勅を出して戒めている。

宣戦布告の詔書が発せられたことを受けて、8月5日から大本営は宮中に移されており、同日参謀総長の有栖川宮熾仁親王が宮中に参内し、天皇に作戦の裁可を求めた。

この時点での作戦は、黄海・渤海の制海権を掌握し、秋までに陸上戦力を渤海湾岸に輸送し、首都北京周辺での直隷決戦に臨むというものである。だが、この作戦はすぐに変更となり、直隷決戦は翌春まで延期され、8月31日には冬季作戦方針が立案された。直隷作戦の本拠とするため遼東半島最南端の旅順を占領し、同時に平壌付近の安全確保のため朝鮮国内の清軍を掃討、さらに直隷の敵軍を分散させるため満州の中心部となる奉天を占領するという作戦となった。

今後の作戦展開に備え、大本営を戦場に近づけるため、大本営の広島移転が決まった。天皇は9月13日に内閣総理大臣伊藤博文、侍従長徳大寺実則、宮内大臣土方久元、参謀総長有栖川宮熾仁親王以下大本営メンバーを引き連れて皇居を出発した。

東京新橋駅までの沿道には兵士や市民が列をなしており、天皇の馬車が通過すると万歳の声が上がった。皇后も新橋駅まで付き添って天皇を見送った。お召列車が走る線路も各地で人々が両側に並んで天皇を奉迎した。沿道にこれほどの数の民衆が集まるのは未曾有のことだった。国民の士気がどれほど高まっていたかがうかがえる。

天皇は13日夜には名古屋本願寺別院で一泊、翌14日には神戸御用邸で一泊した。神戸には清国人が多いため、軍は天皇襲撃を警戒していたが、天皇はまるで無関心で、その夜には仲秋の名月を眺めて夜更けまで談笑していたといい、天皇側近たちは天皇の度量の広さに感銘を受けたという。 9月15日夕刻に広島に到着した天皇はただちに大本営が設置された広島城内の第5師団司令部へ向かった。そこはペンキ塗りの質素な二階建ての木造建物だった。天皇は9月15日から翌年4月26日まで225日に及んでここで生活して日清戦争の総指揮を執った。

御座所は2階東側の四十畳ばかりの部屋で、その中央に玉座が設けられていたが、御座所と分かるのは玉座の後ろに置かれる2つの金屏風、剣璽と御璽を安置する2つの机だけというほど質素な部屋である。東京の皇居より携帯した机、椅子など二、三点のほかは家具がなく、壁に飾ってあるものも、当時の中産階級の家庭ですら見られなくなりつつあった粗末な八角時計だけであった。それ以外の装飾品の設置は天皇がすべて退けた。

天皇は公務も食事も睡眠もこの部屋で行った。就寝の際には椅子と机が片づけられて、寝台が御座所の中に運びこまれ、その周りが屏風で囲まれ、天皇はその中で就寝した。起床すると寝台が片づけられて椅子と机が戻され、そこで食事をとったのである。

侍臣たちが、せめて安楽椅子や冬に備えて暖炉の使用を勧めたことがあったが、天皇は「戦地に斯くの如きものや有る」と勅答して断り、御座所が手狭なので増築を提案された際にも天皇は「出征将卒の労苦を思はば不便何かあらん」と勅答して却下した。前線将兵たちと苦楽を共にするため徹底的に質素な生活をつづけた。

御座所と廊下を隔てて軍議所があった。天皇は朝5時に起床し、6時には軍服に召し換えられ、御座所で政務についた後、9時には岡沢精侍従武官長を従えて軍議所に出御し、戦況報告と軍議を聞召された。軍議の臨席者は、参謀総長有栖川宮熾仁親王（薨去後には小松宮彰仁親王）、参謀次長・兵站総監川上操六、野戦監督長官野田豁通、運輸通信長官寺内正毅、野戦衛生長官石黒忠悳、陸軍大臣大山巌、海軍大臣西郷従道、海軍軍令部長樺山資紀、侍従武官長・軍事内局長岡沢精（ただし彼は議席には列さず、軍議中常に天皇の御側に侍立していた）、その他陸海軍参謀2名、管理部長1人（この3人は御用の時のみ呼び出される）といった軍人たちの他、文官から内閣総理大臣伊藤博文、外務大臣陸奥宗光等も臨席した。

軍議が終わると御座所へ戻るが、休む暇もなく、諸官や帰朝した出征将校などを召して種々の報告を受けたり、下問したりしていた。夜の就寝は早い日でも午後12時頃、公務が長引いたときには深夜の1時や2時になることもあった。また深夜に出征軍から新たなる報告が入った時などは深夜でも起床して臣下たちを召して軍議に入ることもあった。

いつも戦地にあるべしとの思し召しから広島大本営滞在中、天皇は常に軍服で通し、入浴後も和服でくつろぐことはなかった。侍従日野西資博子爵によれば、広島大本営における天皇は最初から同じ肋骨軍服の大元帥服を着続けており、日野西が「御服の裏が破れて参りました。新しいのと御代えあそばされては如何でございましょうか」と伺うと、天皇は「まだよい。今夜脱いで置くからつくろっておけ」と命じるので、日野西は慣れない手つきで針をとって天皇の軍服の裏をつくろったが、あまりうまくできなかった。ところが翌朝これを着た天皇は「日野西、御前仲々裁縫がうまい」と褒めて取らしたという。

日清戦争中明治天皇が滞在した広島大本営


広島大本営東側

広島大本営西側

広島大本営の邸内地図

天皇の御座所

1898年（明治31年）6月30日、大隈重信と板垣退助に対して組閣大命を下し、第1次大隈内閣]（隈板内閣）が発足した。明治天皇は当初「相応に庶務を整理し、国政を遂行し得べし」と一定の政務処理能力はあると見込んでいたが、大隈も板垣も与党である憲政会に対する影響力が皆無であり、大隈もその状況を偽って報告しているとして、組閣から一ヶ月も立たないうちから憂慮を示していた。

尾崎行雄文部大臣の共和演説事件の勃発を受け、憲政会内の板垣を始めとする旧自由党派は尾崎の排斥を求め、10月21日に板垣は参内して尾崎とともに内閣にいることはできないとする上奏を行った。翌10月22日、天皇は岩倉具定を大隈首相のもとに派遣し、「行雄共和云々の演説を為し、世論の囂々を来す。将来如何なる難事を惹起するや測り難し。此の如き大臣は信任し難し、速かに辞せしむべし」と、尾崎を辞職させるべきであるという意向を伝えた。天皇が大臣本人や首相の意向と関係なく、大臣の罷免を求めたのはこれが初めてであり、大日本帝国憲法下でもその後発生しなかった。結局形式的には尾崎が大隈首相に辞任の意向を伝え、大隈首相が尾崎の辞職願を提出すると言う形となったため、天皇が大臣を直接罷免するという形にはならなかった。

日本が初めて直面した外国との近代戦争である日清戦争と日露戦争では、明治天皇は大本営で直接戦争指導に当たった。 1900年に義和団事件が起きるとロシアは東清鉄道の被害を口実に満州に駐留を続け、日本との軍事的緊張を誘発させた。伊藤博文はロシアの満州の権益を認める見返りに韓国を日本の勢力圏と認めさせる日露協商を締結して事態を解決しようとしていたが、桂太郎首相と小村寿太郎外相、山縣有朋らはロシアは信用できないとし、日英同盟を模索していた。 外交上は1894年（明治27年）の日英通商航海条約、1902年（明治35年）の日英同盟など大国との条約を締結し、列強の一員たるべく、軍事的・経済的な国力の増強を図った。

明治天皇は開戦にもっとも慎重な立場にあり、日本政府もロシアとの交渉を重ねたが、ロシアの回答が遅いことを戦争準備のための時間稼ぎと誤解した日本政府は1904年2月4日の御前会議で開戦を決めた。 御前会議終了後、明治天皇は内廷にて「今度の戦争は全く私の本意ではない。けれども事態はとうとうこんなことになってしまった。どうしようもない」と言い、「万一、事につまずきでもできようものなら、なんといって先祖にわびよう、どうして国民に顔向けできよう」と言ってはらはらと落涙したという。 他方、日露戦争の『宣戦の詔勅』に続いて作成された詔勅草案は、「信教の自由」と「戦争の不幸」を強調していたが、大臣らの署名がないまま公布されなかった。

日英同盟締結後の明治39年には英国王エドワード7世よりガーター勲章が贈られ、コノート公爵アーサーが来日して天皇にガーター勲章を伝達。この時コノート公は誤ってピンで自分の指を傷付け出血したが、何事もなかったように式を続け、天皇も気付かない振りをした。天皇は式が終わった後、コノート公の落ち着きを称えた。

日清戦争の勝利により獲得した台湾、日露戦争後は韓国併合による朝鮮領有や満州経営（現在の中国東北部）を進め、日本をイギリスやフランス、ドイツなど他の西洋列強のような植民帝国へと膨張させる政策を採用した。

明治44年（1911年）には、開国以来の懸案であったイギリスやアメリカなどの欧米各国との不平等条約の改正を完了させ、名実共に日本は列強の一員となった。

明治天皇が崩御した公式の日時は1912年（明治45年）7月30日午前0時43分であり、同月30日に刊行された号外でも「聖上陛下、本日午前零時四十三分崩御あらせらる。」とあり、『明治天皇記』でも、「三十日、御病気終に癒えさせられず、午前零時四十三分心臓麻痺に因り崩御したまふ、宝算実に六十一歳なり」とある。持病の糖尿病が悪化して尿毒症を併発し、宝算61歳（満59歳）で崩御した。これに伴い、皇太子嘉仁親王が皇位継承し（大正天皇）、第123代天皇として践祚した。

明治天皇は明治45年（1912年）7月11日の東京帝国大学卒業式に出席したが、「気分は悪かった」という。侍医では対応できなくなり、20日青山胤通と三浦謹之助が診察し、尿毒症と診断した。20日宮内省は天皇が尿毒症で重態と発表した。28日に痙攣が始まり、初めてカンフル、食塩水の注射が始まった。「病や死などの『穢れ』を日常生活に持ち込まない」という宮中の慣習により、また、明治天皇の寝室に入れるのは基本的に皇后と御后女官（典侍）だけであり、仕事柄上、特別に侍医は入れるものの、限られた女官だけでは看病が行き届かないということで、明治天皇は自分の寝室である御内儀で休養することができなくなった。そして、明治天皇の居間であった常の御座所が臨時の病室となった。看護婦も勲五等以上でなくてはいけないので、五位以上の女官が看護した。

7月21日以後、平癒を祈願する民衆が終日宮城前に集散した。東京市は天皇に騒音が届かないよう内濠線の電車を徐行し、三宅坂交差点では軌道にボロ布を敷いた。

宮内省は崩御日時を7月30日午前0時43分と公表したが、当時宮内書記官であった栗原広太によると、実際の崩御日時は前日の7月29日22時43分である。これは「登極令の規定上、皇太子嘉仁親王が新帝になる践祚の儀式を崩御当日に行わなければならないが、その日が終わるまで1時間程度しか残されていなかったため、様々に評議した上で、崩御時刻を2時間遅らせ、翌日午前0時43分と定めた」という。

明治天皇の崩御に際してその側にいた皇族の梨本宮妃伊都子も、この間の様子を日記に克明に記している。伊都子の日記によれば、「（伊都子ら皇族は）二十八日に危篤の報を聞き、宮中に参内し待機した。二十九日午後十時半頃、奥（後宮）より、『一同御そばに参れ』と召され伊都子らが部屋に入ると、皇后、皇太子、同妃、各内親王が病床を囲み、侍医らが手当てをしていた。明治天皇は漸次、呼吸弱まり、のどに痰が罹ったらしく咳払いをしたが時計が10時半を打つ頃には天皇の声も途絶え、周囲の涙のむせぶ音だけとなった。2,3分すると、にわかに天皇が低い声で『オホンオホン』と呼び、皇后が『何にてあらせらるるやら。』と返事をしたが、そのまま音もなく眠るように亡くなった」という。

同年（大正元年）8月27日、追号を明治天皇（めいじてんのう）にすると、大正天皇による勅定がなされた。

明治天皇の崩御は、世界各国で報道された。

明治天皇崩御の代表的論調は、望月小太郎が「明治天皇の一年祭」に際して編纂し刊行された『世界に於ける明治天皇』にまとめられた。各国別全28章にわたり20余国からなり、そこには、イギリス、フランス、帝政ドイツ、アメリカ合衆国はもとより、中華民国、イギリス領インド、ベルギー、スウェーデン、ペルーなど世界各国をはじめ、アメリカ領ハワイ、ブラジルなど日系移民と関わりの深い国、在中国外国人の論調まで掲載されている。

日本との軍事同盟を締結し同様に立憲君主制を敷くイギリスは「王朝の臣民として能く日本の君民関係は理解」、革命により王政を廃止し共和制国家となったフランスは「血を以って革命を贖いたる国民なるを以って、神聖なる君主政体と立憲政体の一致とは不可能なる如し想像し、民主主義に重きを措くの先入観あり」、当時は帝政を敷きのちに君主制が崩壊するドイツ、オーストリア＝ハンガリーは「深奥なる哲理思想なる国民として多くは、大帝陛下の御治績を科学的分析的に研究」とした。

日露戦争において日本に敗北して、社会主義革命により君主制が崩壊する帝政ロシアは「沈痛懐疑の口調の中にも能く先帝陛下が常に恋々として平和を愛したる御真情を解得」、近代史上初の共和制国家としての成立起源を持ち、黒船来航を行い日本が明治維新に至るきっかけを作り、日露戦争の際には両国の講和の仲介役を務めたアメリカは「其建国の事情を異にし、自ら我が君臣の関係を知らず」さらに、米領フィリピンに対して、共和国でありながら明治天皇のために挽歌をつくり、「祖宗神霊の御加護を失ふ国民は滅亡すべしと謳える如きは最も味ふべき点」と述べ、また南米諸国も共和国であるが、「『我が国体の崇高さ』や『先帝陛下の叡聖』などを『憧憬仰慕』として感心している」と述べた。

7月30日、主要新聞は天皇崩御のために9月17日まで全ページを黒枠で囲んだ。

天皇が崩御した当時、天皇の葬儀（大葬）など、その祀り方については、規定は帝室制度取調局が上奏した段階であり、明文化されていなかった（皇室喪儀令や皇室陵墓令が公布されたのは、大正15年）。また、明治年間における天皇・皇室やそれを取り巻く社会の変化があまりにも大きかったため、それまでの先例の単なる踏襲にはならないことが想定され、具体的な式次第などは不明瞭のまま、一連の儀式の準備が始まった。

まず、天皇の陵墓について、崩御当日に阪谷芳郎東京市長が宮内省に天皇陵の造営地として、東京が選定されることの希望を申し入れた。阪谷市長が同日招集された市議会でこの意見を述べると、これに実業家の渋沢栄一ら東京の政財界の名士が賛同し、西園寺首相などに働きかけを行った。しかし8月1日、河村金五郎宮内次官発表により、陵墓造営地は京都府紀伊郡堀内村伏見城址（桃山丘陵）であること、この決定の根拠は天皇の遺志であることが公にされた。

9月13日の大喪の儀は極めて豪華だった。霊柩は午後7時に殯宮を出て轜車に移された。前侍従長徳大寺実則、侍従北条氏恭、主馬頭藤波言忠らが衣冠帯剣素服で霊柩の綱を引いた。轜車は唐庇で、英照皇太后大葬の際に用いられたのとほぼ同じであり、屋形、車体、両輪すべてが黒漆で塗られ、3000個の金具で飾られており、総重量は750貫（約280キログラム）に及んだ。轜車は8時20分に皇居を出た。その葬列は近衛騎兵連隊が先頭で、そのあとに軍楽隊が続き、弔曲「哀の極」を吹奏しながら進み、轜車の周囲は警視総監率いる警部12騎が警護を固めていた。その後に皇族や王公族、政府高官、華族などが大勢続いた。轜車が東京・青山練兵場（現神宮外苑）の式場に到着したのは10時56分のことだった。天皇、皇后、皇太后、英国王族のコノート公アーサーをはじめとした外国元首の名代、駐在大使、特派使節などが参列した。祭詞が奏された後、新天皇が玉座を離れ、霊柩に進んで拝礼し、桂太郎首相が捧げる御誄を取って読み上げた。天皇の声は低く悲しみに満ちた声だった。皇居から号砲が発射され、市民は一斉に黙とうした。また同時刻全国各地の国民が遥拝していた。14日に入った午前0時45分に式典は終了した。明治天皇の柩は遺言に従い御霊柩列車に乗せられ、東海道本線等を経由して伏見桃山陵に移動、9月14日に埋葬された。

天皇陵の東京造営が叶わなくなると、阪谷らは御陵に替わるものとして、天皇の遺徳をしのぶものを東京に構えることを模索する。天皇崩御の直後、まだ御陵の造営地が発表される前から、天皇、あるいは天皇が統治した「明治」という時代を記念する何らかの施設を設ける意見が多数あり、その中身も神社、銅像、記念門、記念塔、博物館、図書館、美術館、科学院、記念植樹など多岐にわたった。

結果、明治天皇の御霊を祀る神社を東京に創建することとなり、関東一円の複数の候補地からの選定の上で、大正9年（1920年）、明治神宮が東京に鎮座した。また、神宮外苑には聖徳記念絵画館（葬場殿の址地）をはじめ、各種の文化・体育施設が建てられ、神社のほかに立案されていた記念事業の少なくない部分を引き継いでいた。

人柄と影響

この節に雑多な内容が羅列されています。事項を箇条書きで列挙しただけの節は、本文として組み入れるか、または整理・除去する必要があります。（2021年4月）



「明治新政府、近代国家日本の指導者、象徴」として国民から畏敬された。日常生活は質素を旨とし、どれほど寒冷な日でも暖房は火鉢1つだけ、暑中も軍服（御服）を着用し続け執務するなど、自己を律すること峻厳にして、天皇としての威厳の保持に努めた。
皇太子嘉仁親王（後の大正天皇）のための住居として建築された赤坂の東宮御所（現在の迎賓館赤坂離宮）の完成を報告しに来た片山東熊に「華美過ぎる」と発言し、片山は「そのショックで、病気がちになった」という。

一方で普段は茶目っ気のある性格で、皇后や女官たちのことを、自分が考えたあだ名で呼んでいた。美子皇后（昭憲皇太后）には「皇后さん」と普段は呼びかけていたが、あだ名は「天狗さん」であった。美子皇后は鼻が高かったため、このあだ名になったと言われている。

幼少期からのいたずら好きは、東京で暮らすようになっても変わらなかった。1880年代、明治天皇はろうそくの灯を消して、女官を困らせるいたずらが好きであった。当時の奥では電気もランプも使っていなかったので、明治天皇がろうそくの灯を消していくと、女官が灯をつけ、「つけたり消したりキャッキャッ」と言って大騒ぎになった。

食後、皇后や女官たちとともに、音の鳴らない手作りの楽器に興ずることもあった。

雪が降ると、明治天皇は、奥で奉仕している10代前半の少年たちに、富士山の形のものを作れと言い、少年たちは女官たちと一緒に、庭に雪で富士山を作ったこともあった。

東京で暮らすようになっても、私的な場では生涯にわたって京都弁を話した。侍従として明治天皇に仕えた日野西資博によると、明治天皇は京都が大変好きで、1897年に英照皇太后（孝明天皇の皇后）が崩御し、京都の陵に参拝した時などは、種々の理由をつけて東京に帰ることを引き延ばし、4月17日から8月22日まで滞在した。まず東京に帰る予定の5月4日に、暴雨風によって東海道本線の大磯・国府津間などが破壊されたため、帰りが延期になった。その時、明治天皇は「マーよかった」といった様子で、「低気圧か、低気圧もよいナー」と言って笑った。間もなく鉄道は復旧したが、5月下旬に東京で、はしかが流行したので、再び還幸が延期になった。しばらくして流行が終わったという通知がきたが、明治天皇が「まだ残っているはずじゃ、もっと調べてみよ」と言うので、調べさせると、東京市中で、2人の患者がいるだけであった。そのことを報告しても「それ見よ、まだ残っているではないか」と言ってなかなか東京に帰ろうとはしなかった。京都滞在中の明治天皇は何かにつけて御気楽のようで、朝に目が覚めると、白の着物のまま、御所の奥の庭へ降りてぶらぶらと歩くなど、運動も多くなり、健康的であった。

明治天皇の食べ物の嗜好も京都好きを反映していた。元侍従の日野西資博によれば、魚では鮎・鯉・鱧や、若狭湾でとれた鯛やカレイが大好きであった。鮎は明治天皇が親王であった幕末期、賀茂川の名物であり、たびたび贈り物に使われていた。鳥類はうずらをはじめとして、たいていのものを食べ、とりわけ京都方面から取り寄せたものを好んだ。京都時代に食べていたせいか、野菜ではヨメナ・タンポポ・ウドを好んだ。明治天皇は刺身は嫌いで、絶対に食べなかった。明治天皇の育った時代、内陸部の京都では新鮮な刺身を食べることができなかった。新鮮な魚が手に入る東京に移っても、明治天皇が刺身を食べようとせず、鮎・鯉などの淡水魚の料理を好んだのは、京都時代に培われた味覚が一生変わらなかったためと考えられる。

どんなに暑い時でも、表では決して夏服を着ず、シャツや股引の薄いものを用いるだけで、冬服のままでいた。柳原愛子（明治天皇の側室で大正天皇の生母）には、「何を着ても暑い時は暑いのや、これでええ」と言っていたという。

書籍は1880年代半ばまでは勉強として熱心に読んでいた。明治天皇は、フランスのナポレオンやドイツのフリードリヒ・ヴィルヘルム1世などが好きで、翻訳された伝記を読んでいた。また「三国志」や軍談物（合戦を主題とした江戸時代の通俗小説）が好きであった。とくに軍談物は、近くに誰もいなくても、人に読んで聞かせるかのように大声を出して読んでいたという。しかしその後、多用になって書籍は読まなくなった。また、柳原愛子によれば、明治天皇は「新聞はよしあしや」と言って、新聞も読まなくなった。元侍従の日野西によれば、日清戦争の頃、天皇の体重が誤伝されてからは、全く読まなくなったという。代わりに内閣や侍従が上申することで情報を得ていたと、明治天皇の側近は推測している。

皇子の嘉仁親王（大正天皇）のことは常に気にかけ、その成長を喜んだ。柳原愛子によれば、明治天皇は、自分の子どもが病気になると「又わるいそうやな」と言い、いよいよ悪化したとの報告があると、黙って「ハー」と溜息をついていたという。しかし、嘉仁親王に対する愛情表現は不器用で、臣下の目を気にして、愛情を抑制した形でしか示せなかった。そして、嘉仁親王は成長するにつれて、厳格な父を恐れるようになった。明治天皇は、外祖父・中山忠能と生母・中山慶子を嘉仁親王の養育係にし、自身と同じ環境で育てた。さらに、嘉仁親王が11歳になってからは、身の回りの世話や教育を軍人に担当させるなど、質実剛健の教育を嘉仁親王に施そうとした。しかし、武張った教育は、病弱な嘉仁親王には悪影響を与え、明治28年（1895年）、嘉仁親王は風邪・腸チフス・肺炎を相次いで患い、一時は重体に陥った。柳原愛子によれば、嘉仁親王の病気が快方に向かった後、明治天皇は「これでわしもやっと安心した」と言って、ボロボロと涙を流した。その後、嘉仁親王の教育の見直しが始まり、明治31年（1898年）、明治天皇は、有栖川宮威仁親王に、嘉仁親王の教育を担当するよう命じた。有栖川宮威仁親王は、嘉仁親王の健康を第一にして、伸びやかに暮らさせることを教育の目的とし、明治天皇もそれを認めた。以後、嘉仁親王の健康と学習状況は大きく改善されていった。

酒が好きであった。元侍従の日野西によれば、明治天皇はブランデーやウイスキー等の少し辛い酒はほとんど飲まなかった。その代わり、日本酒・ワイン・シャンパン・ベルモットや、奈良・岡山産の「保命酒」・「霰酒」のようなものが好きであった。シャンパンなどは、2本も飲んでしまったこともあったという。天皇は日常は医者に勧められてワインばかりであったが、元来は日本酒が好きだったので、日野西たちは夜会の時には必ず「鶏酒」を一杯差し上げた。季節によっては「鴨酒」になることもあった。これらは、鶏肉または鴨肉に塩を振って軽く焼いたものを茶碗に入れて、上から熱燗の日本酒を注いだものである。

宴席によく召しだされた比志島義輝によれば、明治天皇は、比志島に酒を飲ませろと命じるが、比志島は全く酒が飲めないので困っていると、飲めぬなら歌を詠めとの難題が出ていた。ある時これを見て侍従の一人が「酒に酔ひ 顔の形も ひし島が 歌をよむやら 恥をかくやら」と詠むと、明治天皇は「それは下の句が悪い」と言って「ひげに似合はぬ 歌のやさしさ」と直した。

第九皇女東久邇聡子（稔彦王妃聡子内親王）の証言では、「記憶力が抜群で、書類には必ず目を通した後に朱筆で疑問点を書き入れ、内容を全て暗記して次の書類と相違があると必ず注意し、よく前言との相違で叱責された伊藤博文は『ごまかしが効かない』と困っていた」とある。

「日本の残すべき文化は残し、外国の取り入れるべき文化は取り入れる」という態度を示した。

乗馬と和歌を好み、文化的な素養にも富んでいた。蹴鞠も好み、自身でも蹴鞠をし、教えもした。蹴鞠の作法を知る人が少なくなったのを憂い「蹴鞠を保存せよ」との勅命と下賜金でもって明治40年（1907年）5月7日に飛鳥井家の蹴鞠を伝える蹴球保存会を梅渓道善（うめたにみちとう）を初代会長に発足させた。

能を好み、自己流の謡を吟じていた。侍従試補や掌侍に教えたりもしていた。孝明天皇と英照皇太后も能が好きであった。明治天皇は、能好きの英照皇太后のために青山御所に能舞台を造り、舞台開きを一緒に鑑賞し、たびたび能を催した。

明治初期に洋装を始めてから、日清戦争が起きるまでは、フロックコートを着て公務をしていた。

当時の最新の技術であったレコードをよく聴き、唱歌や詩吟、琵琶歌などを好んでいた。機嫌の良い時は琵琶歌を歌っていたが、周囲の証言では「あまり上手ではなかった」とある。

オルゴールを愛していた。オルゴールは、文久2年（1862年）、明治天皇が10歳の時に、天台座主の慈性親王（有栖川宮韶仁親王の第2王子）から贈られたが、これは明治天皇が最初に触れた西洋風機械仕掛けの可能性がある。明治天皇は、東京で暮らすようになってからも、オルゴールを収集していた。

1880年代、奥で奉仕する少年たちと一緒になってビリヤードを楽しんでいた。

奈良時代に聖武天皇が肉食の禁を出して以来、皇室ではタブーとされた牛肉と牛乳の飲食を自ら進んでし、新しい食生活のあり方を国民に示した。

散髪脱刀令が出された後の明治6年（1873年）3月、明治天皇が西洋風に断髪したことで、国民も同様にする者が増えたという。

「兵たちと苦楽を共にする」という信念を持っていた。例えば日清戦争で広島大本営に移った際、「暖炉も使わず殺風景な部屋で立って執務を続ける」といった具合であった。こうした態度は、晩年に自身の体調が悪化した後も崩れることがなかった。

青年期（とりわけ明治10年代：1877-1886年）には、侍補で親政論者である漢学者元田永孚や佐々木高行の影響を強く受けて、西洋の文物に対しては懐疑的であり、また自身が政局の主導権を掌握しよう（親政）と積極的であった時期がある。

元田永孚の覚書（「古稀之記」）によると、天皇は伊藤博文の欠点を「西洋好き」と評していた。

「教育に関しては、儒学を基本にすべし」とする元田の最大の理解者でもあり、教育行政のトップに田中不二麿や森有礼のような西洋的な教育論者が任命されたことには不快感を抱いていた。特に明治17年（1884年）4月下旬に森が文部省の顧問として御用掛に任命されることを知ると、「病気」を口実に伊藤（宮内卿兼務）ら政府高官との面会を一切拒絶し、6月25日まで2か月近くも公務を放棄して引籠もって承認を遅らせている。

こうした事態を憂慮した伊藤は、初代内閣総理大臣就任とともに引き続き初代宮内大臣を兼ねて、天皇の意向を内閣に伝達することで天皇の内閣への不信感を和らげ、伊藤の目指す立憲国家建設への理解を求めた。その結果、明治19年（1886年）6月23日に宮中で皇后以下の婦人が洋装することを許可し、9月7日には天皇と内閣の間で「機務六条」という契約を交わして、天皇は内閣の要請がない限り閣議に出席しないことなどを約束（「明治天皇紀」）して天皇が親政の可能性を自ら放棄したのである。

無類の刀剣愛好家としても知られている。明治14年（1881年）の東北巡幸では、山形県米沢市の旧藩主、上杉家に立ち寄り休憩したが、上杉謙信以来の名刀の数々の閲覧に夢中になる余り、翌日の予定を取り止めてしまった（当時としても公式日程のキャンセルは前代未聞である）。以後、旧大名家による刀剣の献上が相次ぎ、自身も「水龍剣」、「小竜景光」といった名剣を常に帯刀していた。これらは後に東京国立博物館に納められ、結果として名刀の散逸が防がれることとなった。反面、集めるだけでなく試し斬りを好み、数多くの名刀を試し斬りにて損傷させてもいる。

明治34年（1901年）に伊藤博文が内閣総理大臣の辞表を提出した時は「卿等は辞表を出せば済むも、朕は辞表は出されず」と述べた。現に、明治22年（1889年）に制定された旧皇室典範と登極令で退位禁止が明文化されていた。

写真嫌いであったことは有名である。現在最も有名なエドアルド・キヨッソーネ（お雇い外国人の一人）による肖像画は写真嫌いの明治天皇の壮年時の「御真影」が必要となり、作成されたものである。明治19年（1886年）に新しい軍装が制定され、内田九一が写真撮影をしてから十年以上経って明治天皇の見た目も変わり、従来の写真では、各国の王侯貴族に贈与するには適さなくなっていた。しかし、宮内大臣の伊藤博文が明治天皇に写真撮影をお願いしても、天皇は「ウン」と答えたきりで許しがなく、後継の土方久元宮内大臣が天皇にお願いしても、天皇は「ウン」と応答するのみで許しがでなかった。そこで土方は、明治天皇を撮影するのではなく、密かに筆写することを考えた。土方は、画家で大蔵省印刷局雇のエドアルド・キヨッソーネに、明治21年（1888年）1月14日、芝公園弥生社行幸の日に、明治天皇の姿を至近距離からスケッチするよう命じた。キヨッソーネは天皇をスケッチすることに成功したが、この時の天皇は正装姿ではなかったため、筆写できたのは天皇の顔のみであった。そのため、キヨッソーネは自ら正装を着用して写真に収まり、それをモデルにして天皇の身体部を描いた。その後、完成したコンテ画を当代有数の写真師であった丸木利陽が写真化して「御真影」は誕生した。明治22年（1889年）7月27日、土方は罰をも覚悟して、それを明治天皇に奉呈したところ、天皇は一言も発しなかった。その後、外国の皇族から明治天皇の写真が欲しいとの申し出があったので、土方が2、3枚の「御真影」を持って行って署名を願ったところ、天皇は直ちに署名した。土方は「御真影」の勅許を得たものと、ようやくほっとした。9月10日、明治天皇は「御真影」を作成したキヨッソーネに晩餐を与えた。

医者も嫌いだった。明治天皇は自分の健康に自信を持っていたので、体調が少し悪くても医者にかかろうとはしなかった。病気の時に医者に診察させることも、寝込むのも嫌いであり、身近な奉仕者がうかつに提言すると、明治天皇の機嫌を損ねることもあるので、気を遣った。明治天皇は、風邪を引いたら、まず生姜の砂糖湯や、橙湯を飲んで自分流に治そうとし、熱が高くなって悪化してから初めて侍医が拝診して、寝込むことになった。

最晩年は、体調も悪く歩行に困難をきたすようになった。天皇自身、身体の衰えに不安を持っていて、「朕が死んだら世の中はどうなるのか。もう死にたい」「朕が死んだら御内儀（昭憲皇太后）がめちゃめちゃになる」と弱音を吐いたり、糖尿病の進行に伴う強い眠気から枢密院会議の最中に寝てしまい「坐睡三度に及べり」と侍従に愚痴るなど、これまでの壮健な天皇に見られなかったことが起こり、周囲を心配させた。

大喪の日には、日露戦争の英雄の一人でのちに明治天皇の勅命で学習院院長を務める陸軍大将乃木希典が妻静子とともに殉死し、社会に波紋を呼ぶこととなった。

貧困層に対する医療政策として明治44年（1911年）2月11日、『済生勅語』によって、皇室からの下付金150万円を済生会創設に下付された。

諸外国では切手や貨幣に国家元首の肖像が数多く用いられていることから、イタリア人画家エドアルド・キヨッソーネが明治天皇の肖像図案を提案したが拒絶された。そのため明治天皇の肖像切手は一度も発行されていなかったが、セルビアで2007年（平成19年）に発行された「セルビア・日本相互関係125年」記念切手の図柄に、関係樹立当時のセルビア国王ミラン1世と、若き明治天皇の肖像（右の画像1枚目）が描かれている。

日露戦争で勝利した日本に列強支配打倒の希望を持った一部のイスラム教徒により、明治天皇カリフ化計画が「イジュティハート」誌上の論文にて主張された。イランからはタバタバーイーらの立憲派学者が明治天皇に電報を打ち、イスラム社会への保護と支援を求めた。


凱旋観兵式 小林万吾筆

聖徳記念絵画館（東京都新宿区）

著名な御製

明治天皇は和歌を好み、多くの御製（読み：ぎょせい、天皇の自作和歌）を遺している。その数は、九万三千首余り といわれる。

日露戦争直前に戦争回避と平和を望んだこの御製はのちに、孫の昭和天皇が1941年（昭和16年）、日米開戦の回避を切望するにあたり御前会議で閣僚・陸海軍首脳らの前で発言することで有名にもなる。

2024/06/15 01:10更新